292 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bcav_R0012 on replicon NC_012669
Organism: Beutenbergia cavernae DSM 12333



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012669  Bcav_R0012  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00458677 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_31670  tRNA-Thr  92.96 
 
 		 76 bp  101  2e-20  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0011  tRNA-Thr  95.16 
 
 		 76 bp  99.6  9e-20  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_R0008  tRNA-Thr  95 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0033  tRNA-Thr  94.92 
 
 		 76 bp  93.7  5e-18  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0048  tRNA-Thr  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  hitchhiker  0.000131085  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_R0029  tRNA-Thr  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  decreased coverage  0.00000138088  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0004  tRNA-Thr  91.67 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_R0053  tRNA-Thr  91.67 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.317776 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0088  tRNA-Thr  91.67 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.241374 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0003  tRNA-Thr  91.67 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0003  tRNA-Thr  91.67 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.210155  normal  0.203261 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0009  tRNA-Thr  91.67 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.317875 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_R0009  tRNA-Thr  96 
 
 		 75 bp  75.8  0.000000000001  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.0475152  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0003  tRNA-Thr  90 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.000194068  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0004  tRNA-Ala  89.06 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  hitchhiker  0.000000388071  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0037  tRNA-Thr  90 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.928979  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0048  tRNA-Thr  90 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.929187 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0004  tRNA-Ala  89.06 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  hitchhiker  0.000000194526  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0010  tRNA-Ala  89.06 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  hitchhiker  0.0000320815  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0010  tRNA-Ala  89.06 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  hitchhiker  0.00600624  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0062  tRNA-Thr  88.57 
 
 		 75 bp  67.9  0.0000000003  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0057  tRNA-Arg  89.23 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0008  tRNA-Ala  87.5 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0425989  normal  0.0119872 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_R0012  tRNA-Thr  87.5 
 
 		 75 bp  63.9  0.000000005  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0084  tRNA-Ala  87.5 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000245479  normal  0.337418 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna58  tRNA-Ala  87.5 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  hitchhiker  0.000146437  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0003  tRNA-Ala  87.5 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000778688  normal  0.0120453 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0089  tRNA-Ala  87.5 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000139487  normal  0.187722 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna51  tRNA-Ala  87.5 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  decreased coverage  0.000980823  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0035  tRNA-Thr  87.1 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0890141  normal  0.484774 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_14009  tRNA-Thr  87.14 
 
 		 75 bp  60  0.00000008  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_tThr01  tRNA-Thr  85.71 
 
 		 79 bp  60  0.00000008  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.969246 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_tThr02  tRNA-Thr  85.71 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.965954 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_R0004  tRNA-Ala  87.72 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000171326  hitchhiker  0.00000000652292 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0017  tRNA-Thr  91.11 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  hitchhiker  0.0090775  normal  0.0337983 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0013  tRNA-Thr  96.88 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.137492  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0048  tRNA-Thr  94.44 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.155621  normal  1 
 
 
-
 
NC_006055  Mflt023  tRNA-Ala  86.67 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Mesoplasma florum L1  Bacteria  hitchhiker  0.00025586  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0050  tRNA-Thr  94.44 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.272149 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0048  tRNA-Thr  96.88 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  decreased coverage  0.00108032  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_R0064  tRNA-Thr  96.88 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.333908 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0043  tRNA-Thr  94.44 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.168441 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_R0011  tRNA-Arg  92.5 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_R0009  tRNA-Thr  87.5 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  decreased coverage  0.0000000517155  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0025  tRNA-Thr  96.88 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.000000414519  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0047  tRNA-Thr  94.44 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.424478 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0011  tRNA-Thr  96.88 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna54  tRNA-Thr  94.29 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_t0042  tRNA-Thr  92.31 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0024  tRNA-Thr  90.7 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0700552  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0006  tRNA-Lys  88.24 
 
 		 73 bp  54  0.000005  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0071  tRNA-Thr  96.77 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_R0022  tRNA-Thr  88.24 
 
 		 73 bp  54  0.000005  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  hitchhiker  0.000272434  normal  1 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_R0011  tRNA-Thr  96.67 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.176514  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0001  tRNA-Thr  100 
 
 		 73 bp  52  0.00002  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0041  tRNA-Ala  86.21 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0709552  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0006  tRNA-Ala  86.21 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0860739  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0011  tRNA-Ala  86.21 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.193139  normal  0.133058 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0009  tRNA-Ala  86.21 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  hitchhiker  0.0000731062  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RS05584  tRNA-Ile  86.79 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.00134136  normal  0.130887 
 
 
-
 
NC_003295  RS05733  tRNA-Ala  86.79 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0746893  normal  0.61314 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0063  tRNA-Ala  86.79 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0043  tRNA-Ala  86.79 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0232966  normal  0.0867643 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0061  tRNA-Ala  86.79 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0210957  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_BR0080  tRNA-Ala  86.79 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0573035  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0011  tRNA-Ala  86.79 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0380305  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0039  tRNA-Ala  86.79 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  hitchhiker  0.00000177246  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0052  tRNA-Ala  86.79 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.0000478154  hitchhiker  0.000454644 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0030  tRNA-Thr  93.94 
 
 		 73 bp  50.1  0.00007  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0013  tRNA-Ala  86.79 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0442856  hitchhiker  0.0033866 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0053  tRNA-Ala  86.79 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0417957  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0096  tRNA-Ala  86.79 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000493226 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0091  tRNA-Ala  86.79 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000387028 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0006  tRNA-Ala  86.79 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.118096  hitchhiker  0.00000272915 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0011  tRNA-Ala  86.79 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.620126  normal  0.156635 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_R0077  tRNA-Ala  86.79 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.000309206  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_R0073  tRNA-Ala  86.79 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.0000000385296  hitchhiker  0.0000734054 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0020  tRNA-Thr  93.94 
 
 		 73 bp  50.1  0.00007  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.868603  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0060  tRNA-Ala  86.79 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.00000596545  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0053  tRNA-Ala  86.79 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  hitchhiker  0.000325055  normal  0.687052 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0004  tRNA-Ala  86.79 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000188504  normal  0.758397 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0055  tRNA-Ala  86.79 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0151112  normal  0.444616 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0042  tRNA-Ala  86.79 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0776895  normal  0.130903 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0027  tRNA-Ala  86.79 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00000000951116  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0072  tRNA-Ala  86.79 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.0000111766  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0082  tRNA-Ala  86.79 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00000000104949  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_BR0003  tRNA-Ala  86.79 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00000000376598  normal  0.235119 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_BR0009  tRNA-Ala  86.79 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00000000275815  normal  0.23625 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_BR0014  tRNA-Ala  86.79 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  6.55572e-16  normal  0.0217689 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0052  tRNA-Ala  86.79 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000131419  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0062  tRNA-Ala  86.79 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.509078  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0015  tRNA-Ala  86.79 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.143157  hitchhiker  0.00508793 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0010  tRNA-Ala  86.79 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.081559  normal  0.0343248 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0003  tRNA-Ala  86.79 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0015  tRNA-Ala  86.79 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_R0080  tRNA-Ala  86.79 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.000119822  normal  0.781959 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_R0068  tRNA-Ala  86.79 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00000449242  hitchhiker  0.000000587301 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_R0062  tRNA-Ala  86.79 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  hitchhiker  0.0000193695  normal  0.338495 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0062  tRNA-Ala  86.79 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.000000375232  hitchhiker  0.000000804387 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>