130 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BR_t11 on replicon NC_004310
Organism: Brucella suis 1330



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004310  BR_t11  tRNA-Val  100 
 
 		 73 bp  145  2e-33  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.089356  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0022  tRNA-Val  100 
 
 		 76 bp  145  2e-33  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.796952  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0793  tRNA-Val  100 
 
 		 76 bp  145  2e-33  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0047  tRNA-Val  100 
 
 		 76 bp  145  2e-33  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.496428  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4591  tRNA-Val  97.26 
 
 		 76 bp  129  9.000000000000001e-29  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0012  tRNA-Val  97.26 
 
 		 76 bp  129  9.000000000000001e-29  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0013  tRNA-Val  97.26 
 
 		 76 bp  129  9.000000000000001e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0776  tRNA-Val  95.89 
 
 		 76 bp  121  1.9999999999999998e-26  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.522118  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6035  tRNA-Val  97.1 
 
 		 76 bp  121  1.9999999999999998e-26  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  hitchhiker  0.0015496  normal  0.392625 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0026  tRNA-Val  98.33 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.583187  normal  0.249624 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0013  tRNA-Val  98.33 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0012  tRNA-Val  91.78 
 
 		 76 bp  97.6  3e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_4337  tRNA-Val  92.45 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_R0049  tRNA-Val  92.45 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0024  tRNA-Val  92.45 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0723361  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6031  tRNA-Val  89.86 
 
 		 75 bp  73.8  0.000000000005  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.54533  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_R0005  tRNA-Val  88.41 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.000127143  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0027  tRNA-Val  88.41 
 
 		 75 bp  65.9  0.000000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.532393  normal  0.247414 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0012  tRNA-Val  88.41 
 
 		 75 bp  65.9  0.000000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.230814  normal  0.0269943 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_R0010  tRNA-Val  86.3 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.564067  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_R0014  tRNA-Val  86.3 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0053  tRNA-Ala  89.29 
 
 		 73 bp  63.9  0.000000005  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000600525 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_R0037  tRNA-Val  87.1 
 
 		 73 bp  60  0.00000007  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1374  tRNA-Val  86.49 
 
 		 74 bp  60  0.00000007  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.110948 
 
 
-
 
NC_002978  tRNA-Val-2  tRNA-Val  84.93 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0325  tRNA-Val  92.68 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.241533  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4328  tRNA-Val  91.67 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0024  tRNA-Val  91.67 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.540332 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0014  tRNA-Val  91.67 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.167112  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0033  tRNA-Val  93.18 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0044  tRNA-Val  93.18 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00403684  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0055  tRNA-Ala  88.24 
 
 		 76 bp  54  0.000004  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0046  tRNA-Val  89.09 
 
 		 77 bp  54  0.000004  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.56925  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0029  tRNA-Val  93.02 
 
 		 75 bp  54  0.000004  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.198673  normal  0.11041 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0040  tRNA-Val  90.48 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.184579  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_R0033  tRNA-Val  92.86 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_R0023  tRNA-Val  92.86 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.169175  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_R0024  tRNA-Val  92.86 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.469275  hitchhiker  0.0000034793 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1359  tRNA-Ala  100 
 
 		 73 bp  52  0.00002  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_t0001  tRNA-Val  85.14 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_t0043  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_R0053  tRNA-Val  92.86 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0873696  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0044    100 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0066  tRNA-Val  90.24 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.894934  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0046  tRNA-Lys  100 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_R0002  tRNA-Ala  85.96 
 
 		 73 bp  50.1  0.00007  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_t1552  tRNA-Thr  100 
 
 		 73 bp  50.1  0.00007  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0047  tRNA-Val  90.24 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_R0002  tRNA-Ala  85.96 
 
 		 73 bp  50.1  0.00007  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.22367  normal  0.0175054 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_R0002  tRNA-Ala  85.96 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.534142 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_R0002  tRNA-Ala  85.96 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.353187  normal  0.0609648 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_R0003  tRNA-Ala  85.96 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0411773  normal  0.562233 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_R0026  tRNA-Val  83.56 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0062  tRNA-Val  100 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.0000000673345  normal  0.0836086 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0051  tRNA-Val  90.24 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.472837  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4223  tRNA-Val  100 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000199522  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4224  tRNA-Val  100 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000021788  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4225  tRNA-Val  100 
 
 		 78 bp  50.1  0.00007  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000000000236439  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0048  tRNA-Val  90.24 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.253759  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0042  tRNA-Val  90.24 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.965777  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0077  tRNA-Val  100 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  unclonable  0.0000000000297609  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2737  tRNA-Val  100 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000828053  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2738  tRNA-Val  100 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000778313  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0050  tRNA-Val  83.56 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.721622 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0015  tRNA-Val  100 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  0.00000000129516  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0016  tRNA-Val  100 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  0.00000000137967  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0017  tRNA-Val  100 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.0000000103702  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0062  tRNA-Val  83.56 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0043  tRNA-Val  90.24 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.408373 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_R0028  tRNA-Val  83.56 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_R0064  tRNA-Val  86.89 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.192566  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0036  tRNA-Val  90.24 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.457558 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_R0057  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.117051  hitchhiker  0.00489854 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0052  tRNA-Val  83.56 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0048  tRNA-Val  90.24 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0037  tRNA-Val  90.91 
 
 		 72 bp  48.1  0.0003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.960362  normal  0.0810888 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_R0037  tRNA-Val  96.43 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  hitchhiker  0.00204676  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_R0039  tRNA-Val  96.43 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  hitchhiker  0.00777868  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0026  tRNA-Val  90.91 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0408746  normal  0.0924489 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_14900  tRNA-Val  90.91 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0030  tRNA-Val  90.91 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0014  tRNA-Val  84 
 
 		 78 bp  48.1  0.0003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0064  tRNA-Val  84 
 
 		 78 bp  48.1  0.0003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.614158  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0065  tRNA-Val  84 
 
 		 78 bp  48.1  0.0003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0047  tRNA-Val  90.91 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.561657  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0029  tRNA-Val  90.91 
 
 		 72 bp  48.1  0.0003  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.742373  hitchhiker  0.00208243 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0042  tRNA-Val  90.91 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0153066  hitchhiker  0.00834851 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_R0033  tRNA-Val  96.3 
 
 		 73 bp  46.1  0.001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.000215711  hitchhiker  0.00721353 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_R0043  tRNA-Ala  100 
 
 		 73 bp  46.1  0.001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_R0008  tRNA-Ala  100 
 
 		 73 bp  46.1  0.001  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.594698  normal  1 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0393  tRNA-Val  91.43 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_R0058  tRNA-Val  96.3 
 
 		 73 bp  46.1  0.001  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.703111  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_tRNAAlaVIMSS1309286  tRNA-Ala  100 
 
 		 73 bp  46.1  0.001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.0564631 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_R0029  tRNA-Ala  86.27 
 
 		 73 bp  46.1  0.001  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.978783  normal  0.786802 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_R0021  tRNA-Val  96.3 
 
 		 73 bp  46.1  0.001  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.824854  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0025  tRNA-Val  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.004  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000570702  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0026  tRNA-Val  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.004  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  unclonable  0.000000263702  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0061  tRNA-Val  91.18 
 
 		 76 bp  44.1  0.004  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.0000000599859  normal  0.0850662 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0063  tRNA-Val  91.18 
 
 		 76 bp  44.1  0.004  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.000000680631  normal  0.0845615 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0020  tRNA-Val  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.004  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000221319  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>