More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_5633 on replicon NC_011988
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011988  Avi_5633  ABC transporter membrane spanning protein (dipeptide)  100 
 
 
350 aa  682    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.261705  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2177  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  66.11 
 
 
363 aa  462  1e-129  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2849  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  63.12 
 
 
337 aa  402  1e-111  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.989354  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2125  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  58.51 
 
 
343 aa  381  1e-105  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.728753  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3424  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  49.1 
 
 
367 aa  303  4.0000000000000003e-81  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2176  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.96 
 
 
325 aa  298  1e-79  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0437  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.18 
 
 
342 aa  286  2.9999999999999996e-76  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.34656 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1822  oligopeptide transport integral membrane protein  35.28 
 
 
341 aa  194  2e-48  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.661927  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0269  ABC transporter related protein  34.93 
 
 
867 aa  194  2e-48  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2587  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.71 
 
 
341 aa  189  5.999999999999999e-47  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.969826  hitchhiker  0.0068543 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5914  ABC transporter, permease protein  35.65 
 
 
331 aa  189  8e-47  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0959358  normal  0.0354831 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2452  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.8 
 
 
296 aa  178  1e-43  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0368392  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0983  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.37 
 
 
495 aa  177  2e-43  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.99676  normal  0.0550466 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4391  oligopeptide ABC transporter oligopeptide-binding protein  35.22 
 
 
299 aa  177  3e-43  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4232  oligopeptide transport system, permease  35.22 
 
 
299 aa  177  3e-43  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4244  oligopeptide ABC transporter, permease  34.93 
 
 
299 aa  177  3e-43  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4609  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  35.22 
 
 
299 aa  177  3e-43  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4731  oligopeptide ABC transporter oligopeptide-binding protein  35.22 
 
 
299 aa  177  3e-43  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1851  binding-protein-dependent transporter inner membrane component  34.21 
 
 
331 aa  177  3e-43  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.737422 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0958  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.85 
 
 
318 aa  176  4e-43  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.643704  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3511  oligopeptide ABC transporter (permease)  35.94 
 
 
317 aa  176  6e-43  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2295  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.43 
 
 
344 aa  176  7e-43  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.0000360148  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1552  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.67 
 
 
349 aa  175  9.999999999999999e-43  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.233578  normal  0.142881 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1354  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.81 
 
 
299 aa  173  2.9999999999999996e-42  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_24260  ABC-type dipeptide/oligopeptide/nickel transport system, permease component  33.12 
 
 
313 aa  170  3e-41  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0481  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.9 
 
 
299 aa  170  4e-41  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00209608  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1343  peptide ABC transporter, permease protein, putative  41.52 
 
 
479 aa  169  6e-41  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.736839  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1494  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.98 
 
 
497 aa  168  1e-40  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.826633 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2403  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.75 
 
 
304 aa  168  1e-40  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000000292743  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3840  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.6 
 
 
298 aa  167  2e-40  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  decreased coverage  0.00781305  normal  0.217965 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1676  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.63 
 
 
494 aa  166  4e-40  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1543  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.3 
 
 
496 aa  166  5e-40  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0860  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.62 
 
 
287 aa  166  5e-40  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.000000642732  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4223  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.63 
 
 
301 aa  166  6.9999999999999995e-40  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2680  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  38.79 
 
 
290 aa  165  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.129024  normal  0.890863 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1493  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.23 
 
 
301 aa  162  7e-39  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1443  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.59 
 
 
277 aa  161  1e-38  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.486684  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4597  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.86 
 
 
344 aa  162  1e-38  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1644  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.74 
 
 
485 aa  161  1e-38  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.431647  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4371  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.68 
 
 
291 aa  161  1e-38  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.532821  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3128  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.53 
 
 
301 aa  161  2e-38  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.265268  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0890  glutathione ABC transporter, permease protein GsiD  32.92 
 
 
303 aa  161  2e-38  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.221253  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1412  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.99 
 
 
342 aa  161  2e-38  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2812  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.92 
 
 
303 aa  160  2e-38  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1671  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.92 
 
 
293 aa  161  2e-38  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0385  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.77 
 
 
343 aa  160  3e-38  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.519425 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0903  glutathione ABC transporter, permease protein GsiD  32.92 
 
 
303 aa  160  3e-38  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5890  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.63 
 
 
321 aa  160  3e-38  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2788  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.83 
 
 
310 aa  160  3e-38  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2030  oligopeptide ABC transporter permease protein  32.1 
 
 
293 aa  160  3e-38  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0128641  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0983  glutathione ABC transporter, permease protein GsiD  32.92 
 
 
303 aa  160  3e-38  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.631876 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_16510  ABC-type dipeptide/oligopeptide/nickel transport system, permease component  34.81 
 
 
321 aa  160  3e-38  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.341434  normal  0.69344 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2516  glutathione ABC transporter, permease protein GsiD  32.92 
 
 
303 aa  160  3e-38  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.245881  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00799  predicted peptide transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  32.6 
 
 
303 aa  160  4e-38  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2810  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.6 
 
 
303 aa  160  4e-38  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.482593  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00816  hypothetical protein  32.6 
 
 
303 aa  160  4e-38  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2972  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.81 
 
 
301 aa  160  4e-38  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3001  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.78 
 
 
299 aa  159  6e-38  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.499686  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0210  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.43 
 
 
307 aa  159  6e-38  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1288  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.56 
 
 
336 aa  159  7e-38  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1326  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.84 
 
 
307 aa  159  7e-38  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1571  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.84 
 
 
307 aa  159  7e-38  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.385135  normal  0.0216142 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1663  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.92 
 
 
293 aa  159  8e-38  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.956754  normal  0.436885 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2820  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.64 
 
 
330 aa  158  1e-37  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.403444  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1445  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.95 
 
 
352 aa  158  1e-37  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.000439393  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1157  peptide ABC transporter, permease protein, putative  41.28 
 
 
473 aa  157  2e-37  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5351  ABC transporter membrane spanning protein (dipeptide)  36.39 
 
 
317 aa  157  2e-37  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0857  glutathione ABC transporter, permease protein GsiD  32.6 
 
 
303 aa  158  2e-37  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0250  oligopeptide ABC transporter, permease protein  32.61 
 
 
307 aa  157  3e-37  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0838  ABC peptide transporter, inner membrane subunit  33.43 
 
 
301 aa  157  3e-37  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00766751  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0455  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.17 
 
 
309 aa  157  3e-37  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1137  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.01 
 
 
293 aa  157  3e-37  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  unclonable  0.0000000000296229  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1255  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.86 
 
 
299 aa  157  3e-37  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.356305  normal  0.757644 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0011  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.28 
 
 
307 aa  156  4e-37  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1924  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  33.12 
 
 
303 aa  157  4e-37  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4129  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.47 
 
 
312 aa  157  4e-37  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6649  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.45 
 
 
294 aa  157  4e-37  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.789298  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1410  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.08 
 
 
300 aa  157  4e-37  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0895579  normal  0.0461956 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1321  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.18 
 
 
299 aa  156  5.0000000000000005e-37  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.213083  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2796  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.9 
 
 
299 aa  156  5.0000000000000005e-37  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0954  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.12 
 
 
341 aa  156  5.0000000000000005e-37  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.671843  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0211  oligopeptide ABC transporter, permease  32.61 
 
 
307 aa  156  6e-37  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5078  oligopeptide ABC transporter, permease protein  32.13 
 
 
306 aa  156  6e-37  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0243  oligopeptide ABC transporter, permease protein  32.61 
 
 
307 aa  156  6e-37  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1285  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.34 
 
 
278 aa  156  6e-37  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2538  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.86 
 
 
314 aa  156  7e-37  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000570196 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3019  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.06 
 
 
347 aa  155  7e-37  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000434539  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1326  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.66 
 
 
303 aa  155  7e-37  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.999371 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0247  oligopeptide ABC transporter, permease protein  32.13 
 
 
306 aa  155  9e-37  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0546254  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1435  peptide ABC transporter, permease protein  39.66 
 
 
282 aa  155  1e-36  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.557175  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0220  oligopeptide ABC transporter permease  32.3 
 
 
307 aa  155  1e-36  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3847  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.85 
 
 
297 aa  155  1e-36  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.14687 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0023  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.09 
 
 
301 aa  155  1e-36  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1236  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  39.22 
 
 
284 aa  155  1e-36  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.143707  normal  0.209567 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2052  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.46 
 
 
280 aa  155  1e-36  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0233  oligopeptide ABC transporter permease protein  32.3 
 
 
307 aa  155  1e-36  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4054  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.35 
 
 
297 aa  155  1e-36  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.181968  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3573  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.35 
 
 
297 aa  155  1e-36  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.172272  normal  0.144154 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0611  oligopeptide ABC transporter, permease protein  31.3 
 
 
300 aa  155  1e-36  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0420  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.97 
 
 
313 aa  155  1e-36  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>