More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_5125 on replicon NC_011988
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011988  Avi_5125  two component response regulator  100 
 
 		 222 aa  442  1e-123  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2615  two component transcriptional regulator, winged helix family  88.44 
 
 		 229 aa  395  1e-109  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.507206  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2283  two component transcriptional regulator, winged helix family  89.45 
 
 		 222 aa  375  1e-103  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1039  two component transcriptional regulator, winged helix family  65.28 
 
 		 222 aa  291  5e-78  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.232578  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2065  two component transcriptional regulator  65.6 
 
 		 221 aa  288  6e-77  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0454664 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2126  two component transcriptional regulator, winged helix family  52.97 
 
 		 224 aa  241  6e-63  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.245988  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1433  two component transcriptional regulator  51.8 
 
 		 223 aa  241  7e-63  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3067  two component transcriptional regulator  52.05 
 
 		 224 aa  239  2e-62  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.43316  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0801  two component transcriptional regulator  54.34 
 
 		 221 aa  239  2e-62  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.0203691 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1187  two component transcriptional regulatory protein  52.25 
 
 		 223 aa  239  2.9999999999999997e-62  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1997  winged helix family two component transcriptional regulator  52.97 
 
 		 224 aa  238  5e-62  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.981118  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0936  two component transcriptional regulator  53.18 
 
 		 225 aa  238  6.999999999999999e-62  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.966492  normal  0.099028 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3454  two component transcriptional regulator  52.51 
 
 		 257 aa  237  1e-61  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.215717 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0894  two component transcriptional regulator  52.51 
 
 		 222 aa  237  1e-61  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0604  DNA-binding response regulator  52.31 
 
 		 229 aa  236  2e-61  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.121209  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2674  two component transcriptional regulator  53.27 
 
 		 230 aa  236  2e-61  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.238816  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4436  two component transcriptional regulator  53.24 
 
 		 227 aa  236  2e-61  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.177006  normal  0.889846 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2066  two component transcriptional regulator  52.04 
 
 		 225 aa  233  1.0000000000000001e-60  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0603  DNA-binding response regulator  51.85 
 
 		 229 aa  234  1.0000000000000001e-60  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0630  two component transcriptional regulator  51.6 
 
 		 223 aa  233  2.0000000000000002e-60  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0672917  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4171  two component transcriptional regulator, winged helix family  52.78 
 
 		 225 aa  233  2.0000000000000002e-60  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0434  two component transcriptional regulator, winged helix family  53.18 
 
 		 236 aa  232  3e-60  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.569156 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1358  two component response regulator  51.6 
 
 		 224 aa  230  1e-59  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.333715  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1066  two component transcriptional regulator, winged helix family  51.35 
 
 		 223 aa  230  1e-59  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3444  two component transcriptional regulator  52.51 
 
 		 220 aa  229  2e-59  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.112849  normal  0.384843 
 
 
-
 
NC_009431  Rsph17025_4326  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  52.78 
 
 		 222 aa  229  3e-59  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.0885545 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1407  two component transcriptional regulator, winged helix family  50.93 
 
 		 225 aa  228  6e-59  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.440596  normal  0.126744 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0917  two component transcriptional regulator, winged helix family  50.45 
 
 		 223 aa  228  7e-59  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.349593 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1685  two component transcriptional regulator, winged helix family  50.93 
 
 		 225 aa  228  8e-59  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  decreased coverage  0.00118059  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1411  response regulator receiver  50.93 
 
 		 225 aa  228  8e-59  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.110033 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4988  two component transcriptional regulator  50.93 
 
 		 225 aa  226  2e-58  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000131605 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0928  two component transcriptional regulator  54.79 
 
 		 223 aa  226  3e-58  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0428  transcriptional regulator FeuP  49.77 
 
 		 221 aa  224  8e-58  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.461578  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3187  two component transcriptional regulator  50.92 
 
 		 229 aa  223  2e-57  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1830  two component transcriptional regulator  53.46 
 
 		 229 aa  223  2e-57  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  hitchhiker  0.000334727  normal  0.705517 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5130  OmpR/winged helix family two component transcriptional regulator  48.86 
 
 		 223 aa  222  4e-57  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.76336  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1585  two component transcriptional regulator  50.93 
 
 		 220 aa  221  8e-57  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.346975  normal  0.0159834 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1311  two component transcriptional regulator  50.93 
 
 		 220 aa  219  1.9999999999999999e-56  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.821017  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4311  two component transcriptional regulator  48.15 
 
 		 221 aa  214  9.999999999999999e-55  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0333339  normal  0.0442497 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3176  two component transcriptional regulator  52.51 
 
 		 223 aa  214  9.999999999999999e-55  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.987704  normal  0.0233237 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3896  two component transcriptional regulator  54.38 
 
 		 226 aa  213  1.9999999999999998e-54  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.253425  normal  0.177785 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3765  two component transcriptional regulator, winged helix family  47.49 
 
 		 219 aa  213  1.9999999999999998e-54  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.757734  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2228  two component transcriptional regulator  51.83 
 
 		 235 aa  212  2.9999999999999995e-54  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3060  two component transcriptional regulator  49.08 
 
 		 223 aa  209  2e-53  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5573  two component transcriptional regulator  50 
 
 		 221 aa  209  3e-53  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.106335 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1885  two component transcriptional regulator  45.83 
 
 		 221 aa  206  3e-52  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4932  two component transcriptional regulator  47.25 
 
 		 221 aa  203  2e-51  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.202515 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4694  two component transcriptional regulator  47.69 
 
 		 221 aa  202  4e-51  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.73278  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1388  transcriptional regulatory protein PhoP  50.45 
 
 		 224 aa  202  5e-51  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1244  DNA-binding response regulator  47.25 
 
 		 219 aa  201  6e-51  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000551267  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5304  two component transcriptional regulator, winged helix family  46.3 
 
 		 221 aa  201  9e-51  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1979  putative transcriptional regulator  46.33 
 
 		 219 aa  200  9.999999999999999e-51  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5099  two component transcriptional regulator  50 
 
 		 223 aa  201  9.999999999999999e-51  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.620422  normal  0.120293 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4404  winged helix family two component transcriptional regulator  45.87 
 
 		 221 aa  199  1.9999999999999998e-50  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.656013  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0630  two component transcriptional regulator  49.08 
 
 		 223 aa  199  3e-50  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.0000549408  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6194  two component transcriptional regulator, winged helix family  45.95 
 
 		 222 aa  199  3e-50  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003784  two-component system response regulator QseB  47.25 
 
 		 219 aa  198  5e-50  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000147394  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1884  two component transcriptional regulator  45.5 
 
 		 222 aa  197  9e-50  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0239131 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0229  two component transcriptional regulator, winged helix family  44.84 
 
 		 227 aa  195  5.000000000000001e-49  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.069189  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3156  two component transcriptional regulator  49.08 
 
 		 220 aa  195  5.000000000000001e-49  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.0570697 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3511  two component transcriptional regulator  49.08 
 
 		 220 aa  194  7e-49  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.346117  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02658  hypothetical protein  46.79 
 
 		 219 aa  194  8.000000000000001e-49  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1264  response regulator receiver  45.61 
 
 		 243 aa  194  1e-48  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000000000227049  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1773  two component transcriptional regulator  44.95 
 
 		 227 aa  193  2e-48  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.894508  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1842  response regulator receiver protein  44.95 
 
 		 227 aa  193  2e-48  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0282  two component transcriptional regulator, winged helix family protein  46.15 
 
 		 230 aa  192  3e-48  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0932199  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02297  response regulator in two-component regulatory system with PhoQ  43.89 
 
 		 224 aa  192  3e-48  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4083  two component transcriptional regulator  49.31 
 
 		 223 aa  192  3e-48  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.193454 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02836  two-component system regulatory protein (response regulator) required for AvrXa21 activity R2 (raxR2)  44.29 
 
 		 223 aa  191  7e-48  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3431  two component transcriptional regulator, winged helix family  49.07 
 
 		 223 aa  191  1e-47  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.866455  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3303  response regulator receiver protein  46.15 
 
 		 224 aa  190  1e-47  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.206004 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1913  two component transcriptional regulator, winged helix family  47.47 
 
 		 221 aa  189  2e-47  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3246  two component transcriptional regulator  43.89 
 
 		 231 aa  189  4e-47  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000000050319  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4114  response regulator receiver  44.5 
 
 		 221 aa  188  5e-47  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.584042  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4482  two component transcriptional regulator, winged helix family  44.5 
 
 		 221 aa  188  5e-47  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.273549  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4595  two component transcriptional regulator, winged helix family  44.95 
 
 		 224 aa  188  5.999999999999999e-47  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3267  two component transcriptional regulator, winged helix family  46.08 
 
 		 220 aa  188  5.999999999999999e-47  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.387524  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4487  DNA-binding response regulator  45.62 
 
 		 220 aa  186  2e-46  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0242  two component transcriptional regulator  45.16 
 
 		 219 aa  186  2e-46  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0699  two component transcriptional regulator  45.16 
 
 		 220 aa  186  2e-46  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0239  two component transcriptional regulator  45.16 
 
 		 219 aa  186  2e-46  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0239  two component transcriptional regulator  45.16 
 
 		 219 aa  186  2e-46  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0357  two component transcriptional regulator  45.16 
 
 		 219 aa  186  3e-46  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0245  two component transcriptional regulator, winged helix family  45.16 
 
 		 219 aa  186  3e-46  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000117592 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3772  two component transcriptional regulator  42.86 
 
 		 222 aa  186  3e-46  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.701851  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1787  two component transcriptional regulator  42.47 
 
 		 222 aa  186  3e-46  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.132601  normal  0.0795693 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2976  two component transcriptional regulator  42.99 
 
 		 225 aa  185  4e-46  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.176642 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0241  two component transcriptional regulator  45.16 
 
 		 220 aa  186  4e-46  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000169962 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3349  two component transcriptional regulator  42.47 
 
 		 222 aa  185  5e-46  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2347  winged helix family two component transcriptional regulator  42.47 
 
 		 222 aa  185  5e-46  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000302018 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1947  two component transcriptional regulator  42.01 
 
 		 222 aa  185  5e-46  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.421076  normal  0.0119241 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0240  two component transcriptional regulator  44.7 
 
 		 220 aa  185  6e-46  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000039366 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3781  two component transcriptional regulator  44.7 
 
 		 220 aa  185  6e-46  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0469  two component transcriptional regulator  46.08 
 
 		 220 aa  184  1.0000000000000001e-45  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.601273  normal  0.0513669 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3817  two component transcriptional regulator  43.18 
 
 		 227 aa  182  2.0000000000000003e-45  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.00000444115  decreased coverage  0.00121668 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1132  two component transcriptional regulator, winged helix family protein  42.73 
 
 		 227 aa  183  2.0000000000000003e-45  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.12057  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4647  DNA-binding response regulator  43.18 
 
 		 231 aa  182  3e-45  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3852  two component transcriptional regulator  42.11 
 
 		 231 aa  182  3e-45  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.15775  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1354  two comoponent transcriptional regulator  45.12 
 
 		 219 aa  182  4.0000000000000006e-45  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.12417  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_29730  putative two-component response regulator  46.05 
 
 		 223 aa  182  4.0000000000000006e-45  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>