142 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Apar_R0050 on replicon NC_013203
Organism: Atopobium parvulum DSM 20469



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013203  Apar_R0050  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  172  9e-42  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00212894 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0035  tRNA-Leu  90.8 
 
 		 87 bp  109  1e-22  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.438975  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_R0058  tRNA-Leu  88.51 
 
 		 87 bp  93.7  6e-18  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_03410  tRNA-Leu  88.51 
 
 		 87 bp  93.7  6e-18  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  0.706698 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_26300  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  91.7  3e-17  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0041  tRNA-Leu  87.1 
 
 		 87 bp  60  0.00000009  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_31720  tRNA-Leu  94.59 
 
 		 87 bp  58  0.0000004  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0002  tRNA-Leu  94.59 
 
 		 84 bp  58  0.0000004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0003  tRNA-Leu  94.59 
 
 		 87 bp  58  0.0000004  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.337564  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0003  tRNA-Leu  94.59 
 
 		 84 bp  58  0.0000004  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4332  tRNA-Leu  94.59 
 
 		 85 bp  58  0.0000004  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0031  tRNA-Leu  94.59 
 
 		 85 bp  58  0.0000004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0836194  normal  0.282288 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0066  tRNA-Leu  94.59 
 
 		 85 bp  58  0.0000004  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.477099  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_00250  tRNA-Leu  94.59 
 
 		 87 bp  58  0.0000004  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0011  tRNA-Leu  94.59 
 
 		 85 bp  58  0.0000004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0003  tRNA-Leu  94.59 
 
 		 84 bp  58  0.0000004  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0038  tRNA-Leu  94.59 
 
 		 85 bp  58  0.0000004  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0045  tRNA-Leu  94.59 
 
 		 85 bp  58  0.0000004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0034  tRNA-Leu  94.59 
 
 		 85 bp  58  0.0000004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.947339  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0003  tRNA-Leu  94.59 
 
 		 84 bp  58  0.0000004  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.257366  normal  0.235874 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0020  tRNA-Leu  94.44 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  hitchhiker  0.000105173  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0020  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  54  0.000006  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0381951  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0003  tRNA-Leu  94.29 
 
 		 87 bp  54  0.000006  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.399335 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_t1580  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  54  0.000006  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_t1615  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  54  0.000006  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  0.622416 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_t1465  tRNA-Leu  92.31 
 
 		 84 bp  54  0.000006  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0017  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  54  0.000006  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP_tRNA-Leu-4  tRNA-Leu  100 
 
 		 83 bp  52  0.00002  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5691  tRNA-Leu  100 
 
 		 81 bp  52  0.00002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00000246969  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5729  tRNA-Leu  100 
 
 		 81 bp  52  0.00002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.0000000506844  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  tRNA-Leu-1  tRNA-Leu  100 
 
 		 82 bp  52  0.00002  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  tRNA-Leu-3  tRNA-Leu  100 
 
 		 82 bp  52  0.00002  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.0293749  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  tRNA-Leu-6  tRNA-Leu  100 
 
 		 82 bp  52  0.00002  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  tRNA-Leu-3  tRNA-Leu  100 
 
 		 84 bp  52  0.00002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.0000254003  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  tRNA-Leu-6  tRNA-Leu  100 
 
 		 84 bp  52  0.00002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.0000113622  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Leu-1  tRNA-Leu  100 
 
 		 84 bp  52  0.00002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000108286  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Leu-3  tRNA-Leu  100 
 
 		 84 bp  52  0.00002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.0312649  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Leu-8  tRNA-Leu  100 
 
 		 84 bp  52  0.00002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Leu-2  tRNA-Leu  100 
 
 		 84 bp  52  0.00002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.0000233591  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Leu-4  tRNA-Leu  100 
 
 		 84 bp  52  0.00002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.000000129423  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  tRNA-Leu-3  tRNA-Leu  100 
 
 		 81 bp  52  0.00002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.000000000150176  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  tRNA-Leu-6  tRNA-Leu  100 
 
 		 81 bp  52  0.00002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.0000003271  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0057  tRNA-Leu  100 
 
 		 80 bp  52  0.00002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0744744  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5000  tRNA-Leu  100 
 
 		 86 bp  52  0.00002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008532  STER_t0026  tRNA-Leu  100 
 
 		 81 bp  52  0.00002  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  0.000829114  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_t0175  tRNA-Leu  100 
 
 		 82 bp  52  0.00002  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_t0416  tRNA-Leu  100 
 
 		 82 bp  52  0.00002  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.0685783  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_R0059  tRNA-Leu  100 
 
 		 82 bp  52  0.00002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0060  tRNA-Leu  100 
 
 		 82 bp  52  0.00002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0782  tRNA-Leu  100 
 
 		 86 bp  52  0.00002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  6.20057e-31 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0067  tRNA-Leu  100 
 
 		 82 bp  52  0.00002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.00168442  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_R0059  tRNA-Leu  100 
 
 		 82 bp  52  0.00002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.408323  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0021  tRNA-Leu  100 
 
 		 81 bp  52  0.00002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00453135  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0049  tRNA-Leu  100 
 
 		 81 bp  52  0.00002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00000545607  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0097  tRNA-Leu  100 
 
 		 81 bp  52  0.00002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.000723849  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0136  tRNA-Leu  100 
 
 		 81 bp  52  0.00002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.000000583941  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0048  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  52  0.00002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000119164  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0021  tRNA-Leu  100 
 
 		 81 bp  52  0.00002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0114577  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4574  tRNA-Leu  100 
 
 		 86 bp  52  0.00002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  unclonable  0.0000000000586853  normal  0.081406 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0101  tRNA-Leu  100 
 
 		 81 bp  52  0.00002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.0000651871  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0140  tRNA-Leu  100 
 
 		 81 bp  52  0.00002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.000406181  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0098  tRNA-Leu  100 
 
 		 86 bp  52  0.00002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00160817  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0857  tRNA-Leu  100 
 
 		 86 bp  52  0.00002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.000000000493478  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5031  tRNA-Leu  100 
 
 		 86 bp  52  0.00002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000000523525  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5636  tRNA-Leu  100 
 
 		 86 bp  52  0.00002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.115457  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0215  tRNA-Leu  100 
 
 		 86 bp  52  0.00002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00000000224426  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5729  tRNA-Leu  100 
 
 		 86 bp  52  0.00002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.00000974817  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5816  tRNA-Leu  100 
 
 		 86 bp  52  0.00002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  decreased coverage  0.0000614665  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0028  tRNA-Leu  96.55 
 
 		 85 bp  50.1  0.00009  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_R0069  tRNA-Leu  94.59 
 
 		 83 bp  50.1  0.00009  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.649401 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0071  tRNA-Leu  96.55 
 
 		 85 bp  50.1  0.00009  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.690951  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0023  tRNA-Leu  96.55 
 
 		 85 bp  50.1  0.00009  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.184177  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0008  tRNA-Leu  96.55 
 
 		 85 bp  50.1  0.00009  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.429157  normal  0.0709893 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_R0055  tRNA-Leu  94.59 
 
 		 86 bp  50.1  0.00009  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.0868413 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_t1590  tRNA-Leu  100 
 
 		 84 bp  50.1  0.00009  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.154762  normal  0.774176 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0003  tRNA-Leu  94.59 
 
 		 86 bp  50.1  0.00009  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.48253  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0003  tRNA-Leu  94.59 
 
 		 83 bp  50.1  0.00009  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_R0003  tRNA-Leu  94.59 
 
 		 86 bp  50.1  0.00009  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0005  tRNA-Leu  96.55 
 
 		 84 bp  50.1  0.00009  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0067  tRNA-Leu  93.94 
 
 		 87 bp  50.1  0.00009  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.07892  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0068  tRNA-Leu  93.94 
 
 		 87 bp  50.1  0.00009  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.46503  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0003  tRNA-Leu  94.59 
 
 		 86 bp  50.1  0.00009  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.0112279  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0012  tRNA-Leu  96.55 
 
 		 85 bp  50.1  0.00009  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.597175 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_00430  tRNA-Leu  94.59 
 
 		 83 bp  50.1  0.00009  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.366056  normal  0.305981 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_R0003  tRNA-Leu  94.59 
 
 		 86 bp  50.1  0.00009  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.207592  hitchhiker  0.00400711 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0003  tRNA-Leu  94.59 
 
 		 86 bp  50.1  0.00009  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0003  tRNA-Leu  94.59 
 
 		 84 bp  50.1  0.00009  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.068778  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_R0023  tRNA-Leu  96.55 
 
 		 85 bp  50.1  0.00009  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000000058482  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0037  tRNA-Leu  96.55 
 
 		 85 bp  50.1  0.00009  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.17364  normal  0.432753 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_R0051  tRNA-Leu  96.55 
 
 		 83 bp  50.1  0.00009  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0058  tRNA-Leu  96.55 
 
 		 85 bp  50.1  0.00009  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.0724128 
 
 
-
 
NC_002976  SERP_tRNA-Leu-2  tRNA-Leu  100 
 
 		 84 bp  48.1  0.0003  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0013  tRNA-Leu  96.43 
 
 		 82 bp  48.1  0.0003  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_R0037  tRNA-Leu  100 
 
 		 84 bp  48.1  0.0003  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.53557  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_R0037  tRNA-Leu  100 
 
 		 84 bp  48.1  0.0003  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.254346  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0026  tRNA-Leu  90 
 
 		 84 bp  48.1  0.0003  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0026  tRNA-Leu  90 
 
 		 84 bp  48.1  0.0003  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0052  tRNA-Leu  91.43 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_t1859  tRNA-Leu  96.3 
 
 		 82 bp  46.1  0.001  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0079  tRNA-Leu  96.3 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000254468  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>