More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Amir_6347 on replicon NC_013093
Organism: Actinosynnema mirum DSM 43827



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013093  Amir_6347  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  100 
 
 
330 aa  677    Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.378586  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_06090  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  79.33 
 
 
330 aa  548  1e-155  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.262708  normal  0.550779 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4211  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  73.49 
 
 
331 aa  496  1e-139  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal  0.315212 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0415  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  72.7 
 
 
324 aa  490  1e-137  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.021137  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4331  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  71.08 
 
 
331 aa  477  1e-133  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6490  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  68.73 
 
 
325 aa  449  1e-125  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2799  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  64.55 
 
 
336 aa  445  1.0000000000000001e-124  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0141685  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2336  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  64.65 
 
 
357 aa  431  1e-119  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.930883  normal  0.268504 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4724  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  64.62 
 
 
330 aa  431  1e-119  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8193  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  64.62 
 
 
338 aa  426  1e-118  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2222  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  66.46 
 
 
335 aa  416  9.999999999999999e-116  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0231  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  58.33 
 
 
318 aa  405  1.0000000000000001e-112  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.592131  normal  0.59425 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2232  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  57.41 
 
 
318 aa  402  1e-111  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0632  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  62.81 
 
 
340 aa  397  1e-109  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2363  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  61.8 
 
 
324 aa  393  1e-108  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.930883  normal  0.0474481 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2246  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  61.49 
 
 
324 aa  385  1e-106  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.844731  normal 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0186  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  57.36 
 
 
320 aa  377  1e-103  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0260  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  57.01 
 
 
327 aa  371  1e-102  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2404  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  55.79 
 
 
323 aa  371  1e-101  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.672695  normal 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0305  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  51.52 
 
 
342 aa  357  1.9999999999999998e-97  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1375  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  52.29 
 
 
322 aa  354  1e-96  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1298  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  52.29 
 
 
322 aa  353  2e-96  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000895742 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1137  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  51.99 
 
 
322 aa  352  5e-96  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1111  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  51.99 
 
 
322 aa  352  5e-96  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1230  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  51.99 
 
 
322 aa  352  5e-96  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0141  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  56.33 
 
 
340 aa  352  5.9999999999999994e-96  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.215848 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1337  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  51.68 
 
 
322 aa  351  1e-95  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.120656  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1269  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  51.52 
 
 
323 aa  351  1e-95  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.281724  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1685  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  55.28 
 
 
342 aa  351  1e-95  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2884  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  53.61 
 
 
341 aa  350  2e-95  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.543075  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1117  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  51.68 
 
 
322 aa  349  3e-95  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.0565824  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4138  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  52 
 
 
330 aa  348  6e-95  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000244942 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4072  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  51.52 
 
 
323 aa  347  1e-94  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.416009  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6288  NAD-dependent epimerase/dehydratase  56.62 
 
 
342 aa  345  6e-94  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4425  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  55.73 
 
 
336 aa  344  1e-93  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1704  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  53.01 
 
 
340 aa  343  2e-93  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  hitchhiker  0.00817913  normal  0.680282 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4443  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  55.11 
 
 
336 aa  341  1e-92  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0956  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  53.94 
 
 
344 aa  339  2.9999999999999998e-92  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.417373  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4443  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  54.8 
 
 
336 aa  339  4e-92  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4288  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  55.11 
 
 
336 aa  339  4e-92  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.954612  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0957  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  51.75 
 
 
357 aa  339  5e-92  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.177421 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4298  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  51.02 
 
 
354 aa  337  1.9999999999999998e-91  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.901656 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1405  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  50.88 
 
 
354 aa  337  1.9999999999999998e-91  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2182  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  51.64 
 
 
340 aa  336  2.9999999999999997e-91  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1447  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  51.06 
 
 
329 aa  335  5e-91  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0380  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  49.69 
 
 
312 aa  334  1e-90  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1489  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  50.44 
 
 
354 aa  334  1e-90  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000204421 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4468  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  48.77 
 
 
337 aa  334  1e-90  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3554  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  50.44 
 
 
355 aa  333  2e-90  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.110317  normal  0.824259 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2366  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  54.22 
 
 
358 aa  333  3e-90  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.501885  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4019  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  51.28 
 
 
352 aa  333  3e-90  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.68615  normal 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1314  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  50.64 
 
 
307 aa  332  6e-90  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3035  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  48.05 
 
 
362 aa  332  6e-90  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2473  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  52.35 
 
 
358 aa  331  1e-89  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4335  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  50.88 
 
 
349 aa  331  1e-89  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.796314  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5507  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  51.17 
 
 
349 aa  331  1e-89  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2639  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  50.44 
 
 
356 aa  329  3e-89  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.997652  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1124  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  51.22 
 
 
323 aa  329  4e-89  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0644506  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3346  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  53.92 
 
 
355 aa  329  5.0000000000000004e-89  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0590  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  50.32 
 
 
307 aa  329  5.0000000000000004e-89  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1780  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  53.25 
 
 
355 aa  328  6e-89  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.629198  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0481  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  50 
 
 
355 aa  328  1.0000000000000001e-88  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0899  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  53.31 
 
 
355 aa  327  1.0000000000000001e-88  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.4439400000000002e-32 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2379  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  50.88 
 
 
349 aa  327  2.0000000000000001e-88  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.577133  hitchhiker  0.00102073 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1491  dTDP-D-glucose-46-dehydratase  50.29 
 
 
352 aa  327  2.0000000000000001e-88  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.170996  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5836  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  50.58 
 
 
350 aa  326  3e-88  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.277988  normal  0.144839 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5789  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  54.18 
 
 
331 aa  326  3e-88  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.0435819 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1380  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  49.85 
 
 
356 aa  327  3e-88  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.724349  hitchhiker  0.000724393 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3235  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  49.3 
 
 
352 aa  326  3e-88  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0494  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  49.71 
 
 
355 aa  326  3e-88  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.774907  normal  0.262414 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0715  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  51.62 
 
 
353 aa  326  4.0000000000000003e-88  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.256455  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1071  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  51.03 
 
 
348 aa  325  5e-88  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1986  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  50.29 
 
 
352 aa  325  6e-88  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.149951  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_68170  dTDP-D-glucose 4,6-dehydratase  51.03 
 
 
352 aa  325  6e-88  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0640014  decreased coverage  0.00283529 
 
 
-
 
NC_002950  PG1560  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  50 
 
 
354 aa  324  1e-87  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1237  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  51.03 
 
 
354 aa  324  1e-87  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0419  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  51.2 
 
 
350 aa  323  2e-87  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008042  TM1040_3861  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  49.86 
 
 
350 aa  323  2e-87  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.646368 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3680  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  51.23 
 
 
341 aa  324  2e-87  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.00834015  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0120  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  50.44 
 
 
353 aa  323  2e-87  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5900  dTDP-D-glucose 4,6-dehydratase  50.74 
 
 
352 aa  323  3e-87  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2291  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  50.75 
 
 
349 aa  323  3e-87  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.494545  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3273  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  51.95 
 
 
357 aa  323  3e-87  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0256  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  49.23 
 
 
334 aa  323  4e-87  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  hitchhiker  0.00101554  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0056  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  48.89 
 
 
318 aa  322  5e-87  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2719  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  49.28 
 
 
358 aa  322  6e-87  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.719616  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1995  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  48.97 
 
 
357 aa  322  6e-87  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.10362  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4022  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  50.15 
 
 
360 aa  322  7e-87  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.535733 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2593  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  51.18 
 
 
362 aa  322  8e-87  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3994  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  52.21 
 
 
355 aa  321  9.999999999999999e-87  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.353509  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2735  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  51.79 
 
 
354 aa  321  9.999999999999999e-87  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2146  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  53.65 
 
 
308 aa  320  9.999999999999999e-87  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.478357  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1217  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  53.21 
 
 
308 aa  321  9.999999999999999e-87  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0752  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  51.63 
 
 
360 aa  321  9.999999999999999e-87  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0939  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  47.18 
 
 
348 aa  320  1.9999999999999998e-86  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1658  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  51.04 
 
 
359 aa  320  1.9999999999999998e-86  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.548961  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2319  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  51.34 
 
 
353 aa  320  1.9999999999999998e-86  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.251448 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0307  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  50.75 
 
 
339 aa  319  3e-86  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2139  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  51.91 
 
 
356 aa  320  3e-86  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2456  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  48.1 
 
 
353 aa  319  3.9999999999999996e-86  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>