More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Afer_0888 on replicon NC_013124
Organism: Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013124  Afer_0888  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  100 
 
 
293 aa  559  1e-158  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0885  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  98.63 
 
 
293 aa  549  1e-155  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1143  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  49.82 
 
 
319 aa  246  4e-64  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.112458  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4780  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.4 
 
 
300 aa  236  3e-61  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.684387  decreased coverage  0.0000235996 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2260  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.34 
 
 
295 aa  233  2.0000000000000002e-60  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.00197888  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4338  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.04 
 
 
300 aa  230  2e-59  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.244803  normal  0.769148 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8319  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.36 
 
 
311 aa  228  6e-59  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.57975 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2030  oligopeptide ABC transporter permease protein  38.44 
 
 
293 aa  199  5e-50  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0128641  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2796  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37 
 
 
299 aa  198  1.0000000000000001e-49  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4406  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.52 
 
 
308 aa  191  1e-47  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0611  oligopeptide ABC transporter, permease protein  38.3 
 
 
300 aa  190  2e-47  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3265  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.07 
 
 
300 aa  188  7e-47  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0286495 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2419  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.77 
 
 
301 aa  188  9e-47  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.264728 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1948  oligopeptide transport system permease protein C  37.23 
 
 
300 aa  188  1e-46  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002961  oligopeptide transport system permease protein OppC  36.88 
 
 
300 aa  186  4e-46  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02947  hypothetical protein  36.88 
 
 
302 aa  186  4e-46  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4732  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.24 
 
 
300 aa  186  5e-46  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2052  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.96 
 
 
280 aa  185  7e-46  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5320  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.24 
 
 
300 aa  185  9e-46  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.474615  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5540  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.24 
 
 
300 aa  185  9e-46  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.988714  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1592  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.78 
 
 
280 aa  185  1.0000000000000001e-45  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.961775 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5411  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.21 
 
 
300 aa  183  3e-45  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2947  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.06 
 
 
300 aa  182  4.0000000000000006e-45  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.456335  normal  0.0430362 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4864  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.86 
 
 
300 aa  182  6e-45  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2642  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.15 
 
 
280 aa  182  8.000000000000001e-45  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0117  dipeptide/oligopeptide/nickel ABC transporter inner membrane protein  42.34 
 
 
300 aa  181  1e-44  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.697818  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0590  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  36.65 
 
 
302 aa  180  2e-44  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.305304  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2013  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.75 
 
 
285 aa  180  2e-44  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1326  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.97 
 
 
307 aa  178  7e-44  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1571  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.97 
 
 
307 aa  178  7e-44  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.385135  normal  0.0216142 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2553  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, permease protein  35.59 
 
 
304 aa  178  9e-44  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2256  oligopeptide ABC transporter, permease component  35.59 
 
 
304 aa  178  9e-44  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4436  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.65 
 
 
304 aa  177  2e-43  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.673312 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1867  ABC-type transport system protein  39.34 
 
 
288 aa  176  3e-43  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0407  peptide ABC transporter, permease protein  40.7 
 
 
302 aa  176  5e-43  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.404999  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1536  oligopeptide ABC transporter, permease protein OppC  40.33 
 
 
300 aa  175  6e-43  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2901  oligopeptide ABC transporter, permease protein OppC  40.2 
 
 
300 aa  175  8e-43  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  decreased coverage  0.00914111  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1251  putative oligopeptide transport system permease protein  40.2 
 
 
300 aa  175  8e-43  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3017  oligopeptide ABC transporter, permease protein OppC  40.2 
 
 
300 aa  175  8e-43  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2603  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.47 
 
 
303 aa  175  9e-43  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0011  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.33 
 
 
307 aa  174  9.999999999999999e-43  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0247  oligopeptide ABC transporter, permease protein  36.09 
 
 
306 aa  174  9.999999999999999e-43  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0546254  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1236  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  38.38 
 
 
284 aa  174  9.999999999999999e-43  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.143707  normal  0.209567 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0755  ABC oligopeptide/dipeptide transporter, inner membrane subunit  38.95 
 
 
304 aa  174  9.999999999999999e-43  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2990  peptide ABC transporter, permease protein  40.47 
 
 
296 aa  174  9.999999999999999e-43  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.905505  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1878  oligopeptide ABC transporter permease OppC  40.34 
 
 
302 aa  174  1.9999999999999998e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.991183  normal  0.695732 
 
 
-
 
NC_002967  TDE0638  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, permease protein  35.69 
 
 
320 aa  173  1.9999999999999998e-42  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0350  peptide ABC transporter, permease protein  40.35 
 
 
302 aa  173  1.9999999999999998e-42  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0207  oligopeptide ABC transporter, permease  36.89 
 
 
307 aa  174  1.9999999999999998e-42  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0353  oligopeptide ABC transporter, permease protein  40.33 
 
 
300 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1401  oligopeptide ABC transporter, permease protein OppC  40.34 
 
 
302 aa  174  1.9999999999999998e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2217  oligopeptide ABC transporter, permease protein  40.34 
 
 
300 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3001  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.68 
 
 
299 aa  174  1.9999999999999998e-42  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.499686  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1935  oligopeptide ABC transporter permease OppC  40.34 
 
 
302 aa  174  1.9999999999999998e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.0740124 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1583  oligopeptide ABC transporter permease OppC  40.34 
 
 
302 aa  174  1.9999999999999998e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0387  oligopeptide ABC transporter, permease protein OppC  40.33 
 
 
300 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.510408  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1726  oligopeptide ABC transporter, permease protein OppC  40.33 
 
 
300 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0391  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.45 
 
 
295 aa  173  2.9999999999999996e-42  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5078  oligopeptide ABC transporter, permease protein  36.09 
 
 
306 aa  173  2.9999999999999996e-42  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1435  peptide ABC transporter, permease protein  40 
 
 
282 aa  172  3.9999999999999995e-42  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.557175  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2324  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.25 
 
 
319 aa  172  3.9999999999999995e-42  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.98941 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1872  oligopeptide ABC transporter permease protein OppC  40.34 
 
 
302 aa  172  3.9999999999999995e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.293082  normal 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0243  oligopeptide ABC transporter, permease protein  37.59 
 
 
307 aa  172  5e-42  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1904  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.86 
 
 
310 aa  172  6.999999999999999e-42  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.373123  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0250  oligopeptide ABC transporter, permease protein  37.59 
 
 
307 aa  172  7.999999999999999e-42  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0211  oligopeptide ABC transporter, permease  37.59 
 
 
307 aa  171  9e-42  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0210  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.89 
 
 
307 aa  171  9e-42  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0220  oligopeptide ABC transporter permease  37.59 
 
 
307 aa  171  1e-41  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0268  oligopeptide ABC transporter, permease protein  37.72 
 
 
307 aa  171  1e-41  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0233  oligopeptide ABC transporter permease protein  37.59 
 
 
307 aa  171  1e-41  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4794  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.49 
 
 
292 aa  171  2e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3052  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.91 
 
 
317 aa  171  2e-41  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.367551 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2300  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.62 
 
 
302 aa  170  3e-41  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.137764  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2032  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.11 
 
 
285 aa  170  3e-41  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0548  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.14 
 
 
310 aa  170  3e-41  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0621  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.14 
 
 
310 aa  169  4e-41  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0465132  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2680  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  37.33 
 
 
290 aa  169  5e-41  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.129024  normal  0.890863 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3739  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.57 
 
 
300 aa  169  5e-41  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.146994  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1766  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.75 
 
 
468 aa  169  6e-41  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0164204  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0624  oligopeptide ABC transporter permease  33.82 
 
 
301 aa  167  1e-40  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.728554  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0998  oligopeptide ABC transporter, permease protein  36.36 
 
 
283 aa  167  1e-40  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  3.8284200000000003e-62 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0657  oligopeptide ABC transporter permease protein  33.82 
 
 
301 aa  167  1e-40  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0023  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.33 
 
 
301 aa  167  1e-40  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2699  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.28 
 
 
302 aa  167  1e-40  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00582583  hitchhiker  0.00187492 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3865  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.36 
 
 
307 aa  168  1e-40  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0725  oligopeptide ABC transporter, permease protein  33.82 
 
 
301 aa  167  2e-40  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5301  ABC transporter membrane spanning protein (oligopeptide)  37.17 
 
 
296 aa  167  2e-40  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.527833  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4684  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.19 
 
 
292 aa  167  2e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0714  oligopeptide ABC transporter, permease protein  33.82 
 
 
301 aa  167  2e-40  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000150204 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0567  oligopeptide ABC transporter, permease  33.82 
 
 
301 aa  167  2e-40  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0786  oligopeptide ABC transporter, permease protein  33.82 
 
 
301 aa  167  2e-40  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1916  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.25 
 
 
325 aa  167  2e-40  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00471699  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2594  oligopeptide ABC transporter, permease protein  41.77 
 
 
285 aa  167  2.9999999999999998e-40  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1222  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.13 
 
 
310 aa  166  2.9999999999999998e-40  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal  0.0299978 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0221  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.45 
 
 
307 aa  166  2.9999999999999998e-40  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3886  ABC transporter membrane spanning protein (oligopeptide)  38.91 
 
 
301 aa  167  2.9999999999999998e-40  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1250  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.27 
 
 
301 aa  166  2.9999999999999998e-40  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.70134 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3831  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.58 
 
 
308 aa  166  2.9999999999999998e-40  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.810845 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01229  hypothetical protein  41.02 
 
 
302 aa  166  4e-40  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.239558  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1354  oligopeptide ABC transporter, permease protein OppC  41.02 
 
 
302 aa  166  4e-40  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000186421  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>