More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Afer_1143 on replicon NC_013124
Organism: Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013124  Afer_1143  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  100 
 
 
319 aa  618  1e-176  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.112458  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4780  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  53.05 
 
 
300 aa  289  5.0000000000000004e-77  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.684387  decreased coverage  0.0000235996 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4338  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  53.76 
 
 
300 aa  285  8e-76  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.244803  normal  0.769148 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8319  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.71 
 
 
311 aa  275  1.0000000000000001e-72  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.57975 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0885  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50.18 
 
 
293 aa  264  1e-69  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0888  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  49.82 
 
 
293 aa  261  1e-68  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2260  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.67 
 
 
295 aa  258  1e-67  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.00197888  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1592  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.8 
 
 
280 aa  222  8e-57  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.961775 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2642  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.8 
 
 
280 aa  219  3.9999999999999997e-56  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2030  oligopeptide ABC transporter permease protein  40.21 
 
 
293 aa  215  7e-55  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0128641  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2052  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.65 
 
 
280 aa  215  8e-55  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1236  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  42.28 
 
 
284 aa  212  5.999999999999999e-54  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.143707  normal  0.209567 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4384  oligopeptide ABC transporter, permease protein  41.95 
 
 
283 aa  212  9e-54  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  9.52955e-23 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2796  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.16 
 
 
299 aa  211  9e-54  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0947  oligopeptide ABC transporter, permease protein  42.11 
 
 
283 aa  211  1e-53  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.177412  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0860  oligopeptide ABC transporter permease  41.57 
 
 
283 aa  211  1e-53  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0824  oligopeptide ABC transporter, permease  42.11 
 
 
283 aa  211  1e-53  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002961  oligopeptide transport system permease protein OppC  37.37 
 
 
300 aa  211  1e-53  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0910  oligopeptide ABC transporter permease protein  41.57 
 
 
283 aa  211  1e-53  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0805  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.32 
 
 
283 aa  210  2e-53  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.789025  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1002  oligopeptide ABC transporter, permease protein  42.11 
 
 
283 aa  211  2e-53  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02947  hypothetical protein  38.97 
 
 
302 aa  210  2e-53  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0809  oligopeptide ABC transporter, permease  41.57 
 
 
283 aa  210  2e-53  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1948  oligopeptide transport system permease protein C  38.73 
 
 
300 aa  209  5e-53  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0763  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.2 
 
 
312 aa  209  5e-53  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5301  ABC transporter membrane spanning protein (oligopeptide)  42.75 
 
 
296 aa  209  5e-53  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.527833  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0998  oligopeptide ABC transporter, permease protein  41.2 
 
 
283 aa  208  8e-53  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  3.8284200000000003e-62 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2947  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.05 
 
 
300 aa  207  1e-52  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.456335  normal  0.0430362 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4406  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.08 
 
 
308 aa  206  4e-52  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0611  oligopeptide ABC transporter, permease protein  38.18 
 
 
300 aa  206  5e-52  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2553  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, permease protein  41.26 
 
 
304 aa  204  1e-51  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2256  oligopeptide ABC transporter, permease component  41.26 
 
 
304 aa  204  1e-51  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1435  peptide ABC transporter, permease protein  42.07 
 
 
282 aa  204  2e-51  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.557175  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0250  oligopeptide ABC transporter, permease protein  39.37 
 
 
307 aa  202  4e-51  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0220  oligopeptide ABC transporter permease  38.97 
 
 
307 aa  202  4e-51  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0233  oligopeptide ABC transporter permease protein  38.97 
 
 
307 aa  202  4e-51  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1118  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.08 
 
 
324 aa  202  4e-51  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.588573  decreased coverage  0.00594817 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0243  oligopeptide ABC transporter, permease protein  38.28 
 
 
307 aa  202  5e-51  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1872  oligopeptide ABC transporter permease protein OppC  40.7 
 
 
302 aa  202  7e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.293082  normal 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0211  oligopeptide ABC transporter, permease  38.28 
 
 
307 aa  201  9.999999999999999e-51  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0207  oligopeptide ABC transporter, permease  38.67 
 
 
307 aa  200  1.9999999999999998e-50  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1878  oligopeptide ABC transporter permease OppC  40.21 
 
 
302 aa  201  1.9999999999999998e-50  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.991183  normal  0.695732 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0590  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  38.35 
 
 
302 aa  200  1.9999999999999998e-50  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.305304  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1583  oligopeptide ABC transporter permease OppC  40.21 
 
 
302 aa  201  1.9999999999999998e-50  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1401  oligopeptide ABC transporter, permease protein OppC  40.21 
 
 
302 aa  201  1.9999999999999998e-50  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1935  oligopeptide ABC transporter permease OppC  40.21 
 
 
302 aa  201  1.9999999999999998e-50  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.0740124 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0210  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.95 
 
 
307 aa  200  1.9999999999999998e-50  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3052  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.74 
 
 
317 aa  200  3e-50  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.367551 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2013  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.45 
 
 
285 aa  200  3e-50  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1867  ABC-type transport system protein  38.69 
 
 
288 aa  199  3.9999999999999996e-50  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1485  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.15 
 
 
274 aa  198  9e-50  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0146821  normal  0.125484 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1137  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.99 
 
 
293 aa  198  9e-50  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  unclonable  0.0000000000296229  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0921  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.86 
 
 
284 aa  198  1.0000000000000001e-49  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.399737 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0268  oligopeptide ABC transporter, permease protein  39.58 
 
 
307 aa  197  2.0000000000000003e-49  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003659  oligopeptide transport system permease protein OppC  36.65 
 
 
310 aa  197  2.0000000000000003e-49  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0011  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.06 
 
 
307 aa  196  4.0000000000000005e-49  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0807  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.55 
 
 
349 aa  196  4.0000000000000005e-49  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1343  peptide ABC transporter, permease protein, putative  40.48 
 
 
479 aa  196  4.0000000000000005e-49  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.736839  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1494  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.09 
 
 
497 aa  196  4.0000000000000005e-49  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.826633 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5078  oligopeptide ABC transporter, permease protein  38.83 
 
 
306 aa  196  4.0000000000000005e-49  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2699  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.7 
 
 
302 aa  196  5.000000000000001e-49  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00582583  hitchhiker  0.00187492 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1183  putative permease of ABC transporter  41.03 
 
 
301 aa  196  6e-49  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.056047  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0221  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.93 
 
 
307 aa  195  7e-49  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0247  oligopeptide ABC transporter, permease protein  38.89 
 
 
306 aa  194  1e-48  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0546254  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE1274  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, permease protein  36.33 
 
 
305 aa  193  3e-48  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  hitchhiker  0.000176481  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2300  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.58 
 
 
302 aa  193  3e-48  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.137764  normal 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0758  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.22 
 
 
327 aa  193  3e-48  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.0000093135  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1676  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.09 
 
 
494 aa  193  3e-48  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1631  ABC transporter, permease protein  40 
 
 
312 aa  193  4e-48  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.0718199  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2419  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.27 
 
 
301 aa  193  4e-48  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.264728 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3001  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.66 
 
 
299 aa  192  4e-48  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.499686  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7777  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.18 
 
 
350 aa  192  4e-48  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.551458 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4533  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.73 
 
 
306 aa  192  5e-48  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.664024  normal  0.640764 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4864  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.15 
 
 
300 aa  192  5e-48  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1644  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.18 
 
 
485 aa  192  8e-48  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.431647  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3233  ABC peptide transporter, inner membrane subunit  37.93 
 
 
300 aa  191  1e-47  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3971  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.93 
 
 
300 aa  191  1e-47  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0983  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.73 
 
 
495 aa  191  1e-47  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.99676  normal  0.0550466 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0548  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.77 
 
 
310 aa  191  1e-47  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0814  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.77 
 
 
603 aa  191  1e-47  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.959889  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0391  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.84 
 
 
295 aa  191  1e-47  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0860  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.23 
 
 
287 aa  191  1e-47  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.000000642732  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1222  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.69 
 
 
310 aa  191  2e-47  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal  0.0299978 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0958  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.07 
 
 
318 aa  191  2e-47  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.643704  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5591  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.62 
 
 
319 aa  191  2e-47  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.532842  normal  0.592231 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5411  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.78 
 
 
300 aa  190  2e-47  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0621  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.49 
 
 
310 aa  191  2e-47  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0465132  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3265  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.15 
 
 
300 aa  190  2.9999999999999997e-47  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0286495 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7646  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.48 
 
 
304 aa  190  2.9999999999999997e-47  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1543  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.18 
 
 
496 aa  190  2.9999999999999997e-47  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3831  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.51 
 
 
308 aa  190  2.9999999999999997e-47  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.810845 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2403  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.15 
 
 
304 aa  189  5e-47  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000000292743  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3250  dipeptide ABC transporter, permease protein DppC, putative  38.28 
 
 
301 aa  189  7e-47  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.193894  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1157  peptide ABC transporter, permease protein, putative  42.27 
 
 
473 aa  188  9e-47  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4436  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.29 
 
 
304 aa  188  9e-47  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.673312 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4391  oligopeptide ABC transporter oligopeptide-binding protein  35.84 
 
 
299 aa  188  1e-46  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0755  ABC oligopeptide/dipeptide transporter, inner membrane subunit  39.29 
 
 
304 aa  188  1e-46  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4609  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  35.84 
 
 
299 aa  188  1e-46  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4687  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.03 
 
 
376 aa  188  1e-46  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.161422  normal  0.279284 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2452  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.31 
 
 
296 aa  187  1e-46  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0368392  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>