298 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Xaut_R0052 on replicon NC_009720
Organism: Xanthobacter autotrophicus Py2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009720  Xaut_R0052  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_R0022  tRNA-Arg  95.52 
 
 		 73 bp  101  2e-20  Frankia sp. CcI3  Bacteria  decreased coverage  0.00550976  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_R0041  tRNA-Arg  95.52 
 
 		 76 bp  101  2e-20  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.0315154 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_11730  tRNA-Arg  91.04 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.827241  normal  0.87857 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0024  tRNA-Arg  92.54 
 
 		 73 bp  85.7  0.000000000000001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0027  tRNA-Arg  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0953414  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0013  tRNA-Arg  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.473005 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0012  tRNA-Arg  91.53 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.255284 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_R0033  tRNA-Arg  89.55 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.434346  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_R0017  tRNA-Arg  89.55 
 
 		 74 bp  77.8  0.0000000000003  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0023  tRNA-Arg  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.865399 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0043  tRNA-Arg  87.67 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.478862  hitchhiker  0.000308471 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0043  tRNA-Arg  87.67 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00315798 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0045  tRNA-Arg  87.67 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0029  tRNA-Arg  87.67 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0027  tRNA-Arg  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  hitchhiker  0.005  hitchhiker  0.000281231 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0050  tRNA-Arg  87.67 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.581658  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0030  tRNA-Arg  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.685684 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4570  tRNA-Arg  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.188546  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_14028  tRNA-Arg  88.06 
 
 		 74 bp  69.9  0.00000000008  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  4.989e-27  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0034  tRNA-Arg  88.06 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00000000620516  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0049  tRNA-Arg  88.06 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.00000247527  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_24820  tRNA-Arg  89.55 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.173239 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_R0057  tRNA-Arg  90.48 
 
 		 73 bp  69.9  0.00000000008  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_R0050  tRNA-Arg  93.48 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_tArg02  tRNA-Arg  93.48 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.114778 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0027  tRNA-Arg  87.14 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000775321  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0026  tRNA-Arg  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.423722 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0010  tRNA-Arg  86.3 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_R0044  tRNA-Arg  88.41 
 
 		 73 bp  65.9  0.000000001  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.959306  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0020  tRNA-Arg  89.47 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.732276  normal  0.397145 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0027  tRNA-Arg  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0275955  normal  1 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_R0029  tRNA-Arg  90.38 
 
 		 74 bp  63.9  0.000000005  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.179908  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_tRNAArgVIMSS1309379  tRNA-Arg  90.38 
 
 		 74 bp  63.9  0.000000005  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.0734599  normal  0.0320984 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_tRNAArgVIMSS1309170  tRNA-Arg  90.38 
 
 		 74 bp  63.9  0.000000005  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.269731  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_tRNAArgVIMSS1309097  tRNA-Arg  90.38 
 
 		 74 bp  63.9  0.000000005  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_tRNAArgVIMSS1309268  tRNA-Arg  90.38 
 
 		 74 bp  63.9  0.000000005  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.292305 
 
 
-
 
NC_002947  PP_t50  tRNA-Arg  86.57 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.294768  normal  0.033693 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t45  tRNA-Arg  86.57 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0584269  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA31  tRNA-Arg  86.57 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.977486  normal  0.953507 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R55  tRNA-Arg  86.57 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.923094 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3506  tRNA-Arg  86.57 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0063  tRNA-Arg  86.57 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.540821  normal  0.0441285 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0040  tRNA-Arg  86.57 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.138426 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60210  tRNA-Arg  86.57 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_R0029  tRNA-Arg  88.06 
 
 		 73 bp  61.9  0.00000002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.403719 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0039  tRNA-Arg  86.57 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.247045  normal  0.262143 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41340  tRNA-Arg  86.57 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.383585 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0059  tRNA-Arg  86.57 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000413322 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0041  tRNA-Arg  86.57 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0106412  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET_tRNA-Arg-2  tRNA-Arg  94.74 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.0167609  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0040  tRNA-Arg  87.93 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0061  tRNA-Arg  87.93 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.204064  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1282  tRNA-Arg  87.93 
 
 		 79 bp  60  0.00000008  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000513688  normal  1 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_R0017  tRNA-Arg  86.49 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_654  tRNA-Arg  94.74 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.026244  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4261  tRNA-Arg  87.93 
 
 		 79 bp  60  0.00000008  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000175716  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0025  tRNA-Arg  85.14 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0042  tRNA-Arg  87.93 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.155325  normal  0.0810865 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0015  tRNA-Arg  86.15 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  hitchhiker  0.00000253898  normal  0.0315467 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0024  tRNA-Arg  87.72 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0028  tRNA-Arg  86.89 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  hitchhiker  0.000461136  normal  0.88573 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_R0049  tRNA-Arg  88.68 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0047  tRNA-Arg  87.72 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.67913  normal  0.0842935 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0018  tRNA-Arg  84.42 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0055  tRNA-Arg  86.89 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.000000000183529  normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_t0022  tRNA-Arg  84.93 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0035  tRNA-Arg  87.72 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.111651 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0064  tRNA-Arg  87.72 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002978  tRNA-Arg-4  tRNA-Arg  87.5 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_R0012  tRNA-Arg  88.46 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.0409907  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_R0031  tRNA-Arg  90.91 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.292104 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_R0023  tRNA-Arg  88.46 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.601001  normal  0.725234 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0770  tRNA-Arg  87.5 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.595906  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_tRNAArgVIMSS1309209  tRNA-Arg  88.46 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna24  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_R0029  tRNA-Arg  94.29 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0017  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0007  tRNA-Arg  85.07 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.173702  normal  0.696884 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0033  tRNA-Arg  86.57 
 
 		 73 bp  54  0.000005  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.561657  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_R0064  tRNA-Arg  90.7 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0015  tRNA-Arg  96.77 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0039  tRNA-Val  86.44 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.430844  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_R0035  tRNA-Arg  86.57 
 
 		 73 bp  54  0.000005  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.262035  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0070  tRNA-Arg  85.07 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00000571368  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0015  tRNA-Arg  87.27 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000000291538  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_R0032  tRNA-Arg  86.57 
 
 		 73 bp  54  0.000005  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.51737  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_R0032  tRNA-Arg  86.57 
 
 		 73 bp  54  0.000005  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.133841  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_R0036  tRNA-Arg  86.57 
 
 		 73 bp  54  0.000005  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.398617  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0053  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.673095  normal  0.662911 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0023  tRNA-Arg  84.51 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_tRNAArgVIMSS1309129  tRNA-Arg  94.29 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.751283  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0020  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0801009 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_R0048  tRNA-Arg  100 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.427603  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_R0016  tRNA-Arg  92.11 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.0047026  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_R0022  tRNA-Arg  85.14 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000193997 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0713  tRNA-Arg  83.78 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0037  tRNA-Arg  86.21 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0028  tRNA-Arg  84.62 
 
 		 74 bp  50.1  0.00008  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00106807  normal  0.150294 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0030  tRNA-Arg  83.12 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000202832  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>