More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_2747 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009511  Swit_2747  translation initiation factor IF-3  100 
 
 		 169 aa  347  4e-95  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.128829 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2538  translation initiation factor IF-3  83.13 
 
 		 173 aa  290  7e-78  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.838605  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0265  translation initiation factor IF-3  81.55 
 
 		 173 aa  285  2e-76  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.910814  normal  0.332641 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0207  translation initiation factor IF-3  67.88 
 
 		 173 aa  229  1e-59  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0671  translation initiation factor IF-3  64.85 
 
 		 192 aa  224  4e-58  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.395911  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4267  translation initiation factor IF-3  65.06 
 
 		 178 aa  224  5.0000000000000005e-58  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0803  translation initiation factor IF-3  65.06 
 
 		 178 aa  223  1e-57  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4532  translation initiation factor IF-3  63.86 
 
 		 204 aa  221  3e-57  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.199562 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2150  translation initiation factor IF-3  63.03 
 
 		 173 aa  218  3e-56  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.235978  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3488  translation initiation factor 3  66.27 
 
 		 173 aa  217  7.999999999999999e-56  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1149  translation initiation factor IF-3  60 
 
 		 202 aa  215  2e-55  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1937  translation initiation factor IF-3  59.04 
 
 		 174 aa  211  5.999999999999999e-54  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.413665  normal  0.0464847 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1341  translation initiation factor IF-3  57.23 
 
 		 173 aa  209  2e-53  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1937  translation initiation factor IF-3  60.12 
 
 		 194 aa  209  2e-53  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0510424  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0588  translation initiation factor IF-3  60.12 
 
 		 194 aa  209  2e-53  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.954262  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0641  translation initiation factor IF-3  60.24 
 
 		 175 aa  207  7e-53  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0129727 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0333  translation initiation factor IF-3  58.33 
 
 		 194 aa  207  8e-53  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.392305  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0200  translation initiation factor IF-3  64.9 
 
 		 151 aa  206  8e-53  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0069  translation initiation factor IF-3  57.31 
 
 		 171 aa  206  1e-52  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.097761 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0218  translation initiation factor IF-3  57.83 
 
 		 200 aa  204  4e-52  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0077  translation initiation factor IF-3  56.73 
 
 		 171 aa  204  5e-52  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.646828  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0041  translation initiation factor IF-3  58.43 
 
 		 192 aa  204  6e-52  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3158  translation initiation factor IF-3  57.49 
 
 		 173 aa  203  7e-52  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4232  translation initiation factor IF-3  57.49 
 
 		 173 aa  201  4e-51  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00738998 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0412  translation initiation factor IF-3  66.43 
 
 		 144 aa  201  4e-51  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.601649  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1624  translation initiation factor IF-3  56.89 
 
 		 176 aa  199  1.9999999999999998e-50  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.0101313 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4742  translation initiation factor IF-3  56.63 
 
 		 176 aa  199  1.9999999999999998e-50  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.676759  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1906  translation initiation factor IF-3  56.89 
 
 		 173 aa  199  1.9999999999999998e-50  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.387361 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3024  translation initiation factor IF-3  55.21 
 
 		 173 aa  198  3e-50  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1612  translation initiation factor IF-3  56.29 
 
 		 173 aa  198  3.9999999999999996e-50  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00252676 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2109  translation initiation factor IF-3  58.43 
 
 		 219 aa  197  3.9999999999999996e-50  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  hitchhiker  0.0000273336  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR2117  translation initiation factor IF-3  70.23 
 
 		 134 aa  194  5.000000000000001e-49  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.998323  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_2032  translation initiation factor IF-3  70.23 
 
 		 134 aa  194  5.000000000000001e-49  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2642  translation initiation factor IF-3  54.6 
 
 		 178 aa  193  9e-49  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2769  translation initiation factor IF-3  54.6 
 
 		 178 aa  193  1e-48  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1319  translation initiation factor IF-3  54.88 
 
 		 190 aa  191  3e-48  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0918782  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0065  translation initiation factor IF-3  63.19 
 
 		 145 aa  191  5e-48  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1196  translation initiation factor IF-3  63.25 
 
 		 173 aa  189  1e-47  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.501518  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3483  translation initiation factor IF-3  68.7 
 
 		 132 aa  189  2e-47  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.113137  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2804  translation initiation factor IF-3  53.37 
 
 		 180 aa  188  2.9999999999999997e-47  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0168  translation initiation factor IF-3  65.65 
 
 		 132 aa  185  3e-46  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0123  translation initiation factor 3  62.42 
 
 		 201 aa  185  3e-46  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.228507  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1976  translation initiation factor IF-3  51.53 
 
 		 173 aa  183  8e-46  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01384  translation initiation factor IF-3  54.84 
 
 		 159 aa  183  9e-46  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1578  translation initiation factor IF-3  50.31 
 
 		 178 aa  183  1.0000000000000001e-45  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2466  translation initiation factor IF-3  54.04 
 
 		 177 aa  182  2.0000000000000003e-45  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  hitchhiker  0.00240261  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1968  translation initiation factor IF-3  54.04 
 
 		 183 aa  182  2.0000000000000003e-45  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.00361564  hitchhiker  0.00796429 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0044  translation initiation factor IF-3  53.09 
 
 		 173 aa  182  2.0000000000000003e-45  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4144  translation initiation factor IF-3  53.99 
 
 		 227 aa  182  2.0000000000000003e-45  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0415962  hitchhiker  0.000102893 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0341  initiation factor 3  64.89 
 
 		 132 aa  182  2.0000000000000003e-45  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3224  translation initiation factor IF-3  54.04 
 
 		 183 aa  182  2.0000000000000003e-45  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.51494 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3480  translation initiation factor IF-3  54.04 
 
 		 183 aa  182  2.0000000000000003e-45  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0422454  normal  0.0155112 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1768  translation initiation factor IF-3  57.32 
 
 		 221 aa  181  3e-45  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.40976 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2218  translation initiation factor IF-3  51.2 
 
 		 182 aa  182  3e-45  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  decreased coverage  0.00000264089  normal  0.129164 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1008  translation initiation factor 3  54.9 
 
 		 155 aa  181  5.0000000000000004e-45  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0442083  hitchhiker  0.00912814 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1763  translation initiation factor 3  62.41 
 
 		 137 aa  181  5.0000000000000004e-45  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1914  translation initiation factor IF-3  54.88 
 
 		 180 aa  179  1e-44  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.119522  normal  0.223345 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1924  translation initiation factor IF-3  54.88 
 
 		 180 aa  179  1e-44  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000676935  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01676  hypothetical protein  54.88 
 
 		 180 aa  179  1e-44  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0101258  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2853  translation initiation factor IF-3  53.55 
 
 		 174 aa  179  2e-44  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.0116753 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2181  translation initiation factor IF-3  52.66 
 
 		 180 aa  178  2.9999999999999997e-44  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0268784  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1889  translation initiation factor IF-3  52.66 
 
 		 180 aa  178  4e-44  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2103  translation initiation factor 3  53.55 
 
 		 177 aa  178  4e-44  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.286317  normal  0.133955 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0489  translation initiation factor IF-3  53.25 
 
 		 176 aa  177  8e-44  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  decreased coverage  0.0000720798  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0364  translation initiation factor 3  49.09 
 
 		 182 aa  176  1e-43  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000297976  normal  1 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_05720  translation initiation factor 3  52.76 
 
 		 207 aa  176  2e-43  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  hitchhiker  0.0000188671  normal  0.0169059 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2490  translation initiation factor IF-3  54.27 
 
 		 180 aa  175  2e-43  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000196048  hitchhiker  0.0000835818 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1871  translation initiation factor IF-3  53.9 
 
 		 181 aa  176  2e-43  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0930  translation initiation factor 3  47.59 
 
 		 178 aa  175  2e-43  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2242  translation initiation factor IF-3  52.8 
 
 		 166 aa  174  4e-43  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  decreased coverage  0.0000466118  hitchhiker  0.00531509 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2613  translation initiation factor IF-3  52.8 
 
 		 172 aa  174  4e-43  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0154974  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0215  translation initiation factor IF-3  50.62 
 
 		 198 aa  174  6e-43  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  2.62616e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0471  translation initiation factor IF-3  50 
 
 		 171 aa  174  6e-43  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.973019  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1249  translation initiation factor IF-3  54.37 
 
 		 174 aa  173  8e-43  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.246001 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1032  translation initiation factor IF-3  50 
 
 		 238 aa  173  8e-43  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.82167  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1952  translation initiation factor IF-3  49.7 
 
 		 180 aa  173  9.999999999999999e-43  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.26259  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2052  translation initiation factor IF-3  50.89 
 
 		 180 aa  173  9.999999999999999e-43  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0593383  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3182  translation initiation factor IF-3  51.85 
 
 		 205 aa  172  1.9999999999999998e-42  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0466683  normal  0.175076 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1800  translation initiation factor 3  49.69 
 
 		 163 aa  172  1.9999999999999998e-42  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.00939294  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1713  translation initiation factor IF-3  51.74 
 
 		 183 aa  171  2.9999999999999996e-42  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000356147  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0830  translation initiation factor IF-3  48.77 
 
 		 169 aa  172  2.9999999999999996e-42  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.124767  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0441  translation initiation factor IF-3  48.17 
 
 		 179 aa  171  2.9999999999999996e-42  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.077533  normal  0.427819 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2858  translation initiation factor 3  50.32 
 
 		 173 aa  171  2.9999999999999996e-42  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.357759  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0065  translation initiation factor IF-3  48.19 
 
 		 184 aa  171  3.9999999999999995e-42  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2042  translation initiation factor IF-3  51.53 
 
 		 199 aa  171  3.9999999999999995e-42  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0708817  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0425  translation initiation factor IF-3  50.31 
 
 		 171 aa  171  3.9999999999999995e-42  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.00000964088  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1977  translation initiation factor IF-3  52.17 
 
 		 177 aa  171  5e-42  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.269445  normal  0.0568676 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1880  translation initiation factor IF-3  53.09 
 
 		 229 aa  171  5.999999999999999e-42  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.10659 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1975  translation initiation factor IF-3  53.09 
 
 		 233 aa  171  5.999999999999999e-42  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0428  translation initiation factor IF-3  49.02 
 
 		 156 aa  170  6.999999999999999e-42  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1383  translation initiation factor IF-3  49.08 
 
 		 187 aa  170  6.999999999999999e-42  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.0000000111233  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4675  translation initiation factor IF-3  48.78 
 
 		 177 aa  170  7.999999999999999e-42  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.361003  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1758  translation initiation factor 3  50.33 
 
 		 154 aa  170  7.999999999999999e-42  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00000000120038  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_28660  translation initiation factor IF-3  51.83 
 
 		 177 aa  170  7.999999999999999e-42  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000259634 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0488  translation initiation factor IF-3  49.67 
 
 		 184 aa  170  9e-42  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.270402  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1269  translation initiation factor 3  49.08 
 
 		 225 aa  170  9e-42  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.628011  normal  0.508823 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2908  translation initiation factor IF-3  51.5 
 
 		 185 aa  169  1e-41  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.447885  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1891  translation initiation factor IF-3  48.37 
 
 		 156 aa  169  1e-41  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.210834  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3090  translation initiation factor IF-3  50.32 
 
 		 179 aa  169  1e-41  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.639467  normal  0.0869717 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2002  translation initiation factor 3  51.7 
 
 		 153 aa  169  1e-41  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0112753  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>