More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_3538 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009636  Smed_3538  NADH dehydrogenase (ubiquinone)  100 
 
 
326 aa  654    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4323  NAD-dependent epimerase/dehydratase  78.53 
 
 
326 aa  533  1e-150  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4586  NAD-dependent epimerase/dehydratase  78.22 
 
 
326 aa  530  1e-149  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.126896 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0343  NADH-ubiquinone oxidoreductase  71.17 
 
 
325 aa  444  1e-123  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  decreased coverage  0.00306764  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA1041  NADH-ubiquinone oxidoreductase, putative  61.3 
 
 
328 aa  398  9.999999999999999e-111  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0980  putative NADH-ubiquinone oxidoreductase  61.3 
 
 
328 aa  398  9.999999999999999e-111  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.687755  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1340  NAD-dependent epimerase/dehydratase  59.75 
 
 
328 aa  392  1e-108  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.112176  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3602  NAD-dependent epimerase/dehydratase  61.76 
 
 
323 aa  388  1e-107  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.692612  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1691  NADH dehydrogenase (ubiquinone)  63.14 
 
 
328 aa  385  1e-106  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  hitchhiker  0.0053937  hitchhiker  0.000000612217 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0437  NAD-dependent epimerase/dehydratase  59.38 
 
 
349 aa  340  1e-92  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0369  NAD-dependent epimerase/dehydratase  56.62 
 
 
381 aa  338  9e-92  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0842718  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0224  hypothetical protein  62.5 
 
 
322 aa  335  3.9999999999999995e-91  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.362913  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1308  NADH dehydrogenase (ubiquinone)  55.21 
 
 
336 aa  335  5.999999999999999e-91  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0046  NADH dehydrogenase (ubiquinone)  56.6 
 
 
321 aa  334  1e-90  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0166  NAD-dependent epimerase/dehydratase  56.88 
 
 
353 aa  330  2e-89  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0755  NADH dehydrogenase (ubiquinone)  55.31 
 
 
389 aa  330  3e-89  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0660  dehydrogenase  57.23 
 
 
321 aa  327  2.0000000000000001e-88  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.173269 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0152  NADH dehydrogenase (ubiquinone)  57.05 
 
 
335 aa  326  3e-88  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.274944 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0173  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  56.88 
 
 
321 aa  322  5e-87  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0183  NAD-dependent epimerase/dehydratase  57.5 
 
 
322 aa  320  1.9999999999999998e-86  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.922509  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1007  NADH dehydrogenase  55.62 
 
 
389 aa  320  3e-86  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1318  NADH dehydrogenase  55 
 
 
389 aa  318  7.999999999999999e-86  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.131603 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1049  NADH dehydrogenase (ubiquinone)  57.55 
 
 
412 aa  318  9e-86  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2820  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  53.96 
 
 
329 aa  313  1.9999999999999998e-84  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0203208  normal  0.613644 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0113  NAD-dependent epimerase/dehydratase  52.06 
 
 
321 aa  306  3e-82  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  hitchhiker  0.00247828  normal  0.481083 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0197  NAD-dependent epimerase/dehydratase  54.02 
 
 
321 aa  305  9.000000000000001e-82  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2776  NADH dehydrogenase  52.96 
 
 
328 aa  303  4.0000000000000003e-81  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.424947  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3590  ubiquinone dependent NADH dehydrogenase  50.76 
 
 
327 aa  300  2e-80  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.885976  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1151  NADH-ubiquinone oxidoreductase  50.47 
 
 
328 aa  298  1e-79  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2812  NAD-dependent epimerase/dehydratase  50.47 
 
 
328 aa  298  1e-79  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.626398  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2240  NADH dehydrogenase (ubiquinone)  53.29 
 
 
381 aa  290  2e-77  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.167528  normal  0.0621826 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0246  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  49.09 
 
 
327 aa  288  8e-77  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4953  NADH dehydrogenase  53.38 
 
 
318 aa  285  8e-76  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.575257  normal 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1353  NAD dependent epimerase/dehydratase family protein  41.8 
 
 
332 aa  268  8.999999999999999e-71  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0016  3-beta-hydroxy-delta(5)-steroid dehydrogenase  46.77 
 
 
340 aa  266  2.9999999999999995e-70  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0492  NAD-dependent epimerase/dehydratase  47.48 
 
 
330 aa  259  5.0000000000000005e-68  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0107  NAD-dependent epimerase/dehydratase  42.63 
 
 
308 aa  233  5e-60  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2136  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  46.96 
 
 
312 aa  229  5e-59  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1668  NADH dehydrogenase (ubiquinone)  46.84 
 
 
316 aa  226  6e-58  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD1129  NADH-ubiquinone oxidoreductase, putative  36.54 
 
 
316 aa  216  5e-55  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0035  NADH-ubiquinone oxidoreductase, putativ  35.76 
 
 
320 aa  206  3e-52  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0332  NADH dehydrogenase (ubiquinone)  44.74 
 
 
307 aa  205  9e-52  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.171865  normal  0.33471 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0063  putative NADH-ubiquinone oxidoreductase,-like protein  34.69 
 
 
320 aa  202  4e-51  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0661  NADH dehydrogenase  42.55 
 
 
312 aa  193  3e-48  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.251745  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3081  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.6 
 
 
310 aa  179  4e-44  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0977  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.78 
 
 
294 aa  179  7e-44  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0152042  normal  0.193057 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3737  NADH dehydrogenase  37.66 
 
 
317 aa  172  6.999999999999999e-42  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.288709  normal  0.886457 
 
 
-
 
NC_006670  CNA02430  conserved hypothetical protein  35.61 
 
 
375 aa  171  2e-41  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  hitchhiker  0.000237678  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0199  hypothetical protein  37.01 
 
 
317 aa  170  3e-41  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0701  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.15 
 
 
318 aa  169  4e-41  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2899  NADH dehydrogenase  38.51 
 
 
318 aa  169  5e-41  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.328837  normal  0.117785 
 
 
-
 
NC_009364  OSTLU_26150  predicted protein  35.13 
 
 
366 aa  167  2e-40  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  normal  0.22468 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6380  NAD-dependent epimerase/dehydratase  38.26 
 
 
319 aa  166  2.9999999999999998e-40  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.851831  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3052  NADH dehydrogenase  37.94 
 
 
319 aa  166  5e-40  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0275567 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2419  NAD-dependent epimerase/dehydratase  38.26 
 
 
319 aa  165  8e-40  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3033  NAD-dependent epimerase/dehydratase  38.26 
 
 
319 aa  165  8e-40  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3466  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.6 
 
 
318 aa  165  1.0000000000000001e-39  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.826321  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0332  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.54 
 
 
314 aa  161  1e-38  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3910  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.64 
 
 
318 aa  161  2e-38  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.835741  normal  0.353507 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2944  NADH dehydrogenase (ubiquinone)  36.98 
 
 
319 aa  158  1e-37  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.808799  normal  0.557805 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3028  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.3 
 
 
319 aa  157  2e-37  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.563899 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3078  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.66 
 
 
319 aa  154  2e-36  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2454  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.62 
 
 
320 aa  151  2e-35  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1314  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.97 
 
 
301 aa  150  2e-35  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000631185 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0390  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.48 
 
 
320 aa  149  7e-35  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4134  NAD-dependent epimerase/dehydratase:3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase:dTDP-4-dehydrorhamnose reductase:NmrA-like  32.51 
 
 
320 aa  145  1e-33  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0386  NADH-ubiquinone oxidoreductase family protein  30.57 
 
 
340 aa  145  1e-33  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3561  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.77 
 
 
295 aa  144  2e-33  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2690  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.72 
 
 
319 aa  144  2e-33  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2361  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  33.33 
 
 
345 aa  142  7e-33  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.252137 
 
 
-
 
NC_011669  PHATRDRAFT_17671  predicted protein  28.82 
 
 
397 aa  142  9.999999999999999e-33  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.659794  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2260  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.82 
 
 
321 aa  141  9.999999999999999e-33  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000270425 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0029  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.77 
 
 
320 aa  141  1.9999999999999998e-32  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0234  NADH-ubiquinone oxidoreductase, putative  34.73 
 
 
319 aa  140  3e-32  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2332  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.02 
 
 
320 aa  139  7.999999999999999e-32  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.665439  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3144  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.38 
 
 
294 aa  139  1e-31  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2450  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.78 
 
 
312 aa  137  3.0000000000000003e-31  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2704  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.71 
 
 
308 aa  137  3.0000000000000003e-31  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.135035  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1299  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.89 
 
 
291 aa  135  7.000000000000001e-31  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0898  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.9 
 
 
309 aa  134  1.9999999999999998e-30  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.760567  normal  0.885082 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3627  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.01 
 
 
295 aa  134  1.9999999999999998e-30  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0385  NADH dehydrogenase subunit, putative  32.88 
 
 
294 aa  134  3e-30  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1891  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.03 
 
 
298 aa  134  3e-30  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.0168492  normal  0.486121 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0184  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.69 
 
 
296 aa  133  3.9999999999999996e-30  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1410  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.01 
 
 
306 aa  132  6.999999999999999e-30  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.217032  normal  0.873139 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1481  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.99 
 
 
309 aa  131  2.0000000000000002e-29  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0783672  hitchhiker  0.0000370596 
 
 
-
 
BN001302  ANIA_10440  NADH-ubiquinone oxidoreductase 39 kDa subunit, putative (AFU_orthologue; AFUA_6G12790)  29.17 
 
 
382 aa  130  4.0000000000000003e-29  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  decreased coverage  0.00432444  normal 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2985  putative NADH-ubiquinone oxidoreductase  32.69 
 
 
319 aa  130  4.0000000000000003e-29  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3363  putative NADH-ubiquinone oxidoreductase  32.69 
 
 
319 aa  130  4.0000000000000003e-29  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0455  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  32.69 
 
 
319 aa  130  4.0000000000000003e-29  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2107  putative NADH-ubiquinone oxidoreductase  32.69 
 
 
319 aa  130  4.0000000000000003e-29  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0270  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  32.69 
 
 
319 aa  130  4.0000000000000003e-29  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1676  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.09 
 
 
296 aa  129  5.0000000000000004e-29  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1078  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.98 
 
 
338 aa  129  5.0000000000000004e-29  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0963  male sterility protein  30.98 
 
 
338 aa  129  5.0000000000000004e-29  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0258  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  32.69 
 
 
320 aa  129  5.0000000000000004e-29  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.3276  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3315  NADH-ubiquinone oxidoreductase, putative  32.9 
 
 
312 aa  129  9.000000000000001e-29  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006686  CND01070  NADH dehydrogenase (ubiquinone), putative  32.44 
 
 
411 aa  128  2.0000000000000002e-28  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1223  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.43 
 
 
287 aa  126  4.0000000000000003e-28  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000016396  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0177  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.8 
 
 
340 aa  125  1e-27  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.440205 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>