More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sama_0045 on replicon NC_008700
Organism: Shewanella amazonensis SB2B



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008700  Sama_0045  DNA processing protein DprA, putative  100 
 
 
338 aa  686  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.064372  normal  0.147365 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0034  DNA processing protein DprA, putative  64.5 
 
 
338 aa  433  1e-120  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0037  DNA protecting protein DprA  64.5 
 
 
338 aa  432  1e-120  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  hitchhiker  6.15281e-06 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0029  DNA protecting protein DprA  64.5 
 
 
338 aa  432  1e-120  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.0934581 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0031  DNA protecting protein DprA  64.5 
 
 
338 aa  432  1e-120  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.912099  hitchhiker  0.00525591 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0033  DNA protecting protein DprA  62.72 
 
 
338 aa  425  1e-118  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  hitchhiker  2.24726e-06 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0033  DNA protecting protein DprA  62.72 
 
 
338 aa  425  1e-118  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000150023 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0026  DNA protecting protein DprA  63.02 
 
 
340 aa  422  1e-117  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0029  DNA protecting protein DprA  62.72 
 
 
338 aa  423  1e-117  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0034  DNA protecting protein DprA  62.72 
 
 
338 aa  423  1e-117  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0037  DNA protecting protein DprA  59.59 
 
 
368 aa  412  1e-114  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.249396  normal  0.109899 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0026  DNA protecting protein DprA  60.06 
 
 
338 aa  409  1e-113  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0026  DNA processing protein DprA, putative  59.47 
 
 
362 aa  401  1e-110  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0040  DNA protecting protein DprA  59.09 
 
 
331 aa  396  1e-109  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.529295 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3734  DNA protecting protein DprA  60.18 
 
 
339 aa  374  1e-102  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.242141  hitchhiker  0.0022522 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0033  DNA protecting protein DprA  57.23 
 
 
339 aa  358  5e-98  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0077  Smf protein  46.28 
 
 
369 aa  293  2e-78  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.64141  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002059  DNA uptake Rossmann fold nucleotide-binding protein  48.69 
 
 
369 aa  283  3e-75  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00389  nucleotide-binding protein  48.21 
 
 
369 aa  276  3e-73  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0025  DNA protecting protein DprA  46.58 
 
 
379 aa  268  1e-70  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0076  DNA protecting protein DprA  40.91 
 
 
352 aa  266  4e-70  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2471  Smf/DprA family protein  48.87 
 
 
371 aa  265  6e-70  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0022  putative DNA processing protein DprA  47 
 
 
383 aa  264  2e-69  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2650  hypothetical protein  44.95 
 
 
361 aa  264  2e-69  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0440  DNA protecting protein DprA  45.08 
 
 
377 aa  263  3e-69  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.303838  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3717  DNA protecting protein DprA  44.51 
 
 
374 aa  263  3e-69  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00862167  decreased coverage  0.00279195 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2520  hypothetical protein  44.63 
 
 
361 aa  262  5e-69  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3881  DNA protecting protein DprA  45.81 
 
 
373 aa  260  2e-68  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000308128  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4608  DNA protecting protein DprA  46.93 
 
 
374 aa  261  2e-68  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0168836  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0317  DNA protecting protein DprA  45.81 
 
 
373 aa  260  3e-68  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.595486  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3581  DNA protecting protein DprA  46.93 
 
 
374 aa  260  3e-68  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0315496  normal  0.18869 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3967  DNA protecting protein DprA  45.37 
 
 
373 aa  259  3e-68  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.104375  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3670  DNA protecting protein DprA  46.93 
 
 
374 aa  259  5e-68  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.206561  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0428  DNA protecting protein DprA  46.93 
 
 
374 aa  259  5e-68  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3479  DNA protecting protein DprA  46.93 
 
 
374 aa  259  5e-68  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000661668  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03136  hypothetical protein  46.93 
 
 
374 aa  259  5e-68  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.393563  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03087  hypothetical protein  46.93 
 
 
374 aa  259  5e-68  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.531925  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0428  DNA protecting protein DprA  46.93 
 
 
374 aa  259  5e-68  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.0030328  hitchhiker  0.00135165 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3768  DNA protecting protein DprA  46.93 
 
 
374 aa  258  9e-68  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00137702  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3602  DNA protecting protein DprA  44.44 
 
 
374 aa  256  3e-67  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.62233 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00024  DNA protecting protein DprA  44.84 
 
 
369 aa  256  5e-67  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.525554  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0357  DNA protecting protein DprA  44.16 
 
 
377 aa  255  7e-67  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0657137  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3674  DNA protecting protein DprA  44.12 
 
 
374 aa  254  1e-66  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3601  DNA protecting protein DprA  44.12 
 
 
374 aa  254  1e-66  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000541333  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3709  DNA protecting protein DprA  44.12 
 
 
374 aa  254  1e-66  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.173213  normal  0.0813608 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3772  DNA protecting protein DprA  43.79 
 
 
374 aa  252  6e-66  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2841  DNA processing protein DprA, putative  46.58 
 
 
364 aa  251  1e-65  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4510  DNA protecting protein DprA  43.69 
 
 
373 aa  248  2e-64  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00273954  hitchhiker  0.000201451 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_2098  DNA processing protein  44.19 
 
 
308 aa  246  3e-64  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.00923798  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3788  DNA protecting protein DprA  45.37 
 
 
373 aa  246  4e-64  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.00493314  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0088  DNA protecting protein DprA  44.19 
 
 
296 aa  245  6e-64  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.000403325  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0023  filamentous haemagglutinin-like protein  45.33 
 
 
399 aa  243  3e-63  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0281  putative SMF protein  44.31 
 
 
365 aa  241  2e-62  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.0175905 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0194  DNA processing protein DprA, putative  44.37 
 
 
377 aa  240  3e-62  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_3012  SMF protein  47.15 
 
 
368 aa  239  3e-62  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0193  smf protein  46.2 
 
 
375 aa  239  7e-62  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2324  DNA protecting protein DprA  43.4 
 
 
388 aa  238  1e-61  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.257169  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0034  DNA protecting protein DprA  45.22 
 
 
389 aa  238  1e-61  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0012  SMF protein  43.62 
 
 
320 aa  236  6e-61  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.143146 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0395  DNA processing protein DprA, putative  42.58 
 
 
372 aa  233  3e-60  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3410  SMF protein  42.68 
 
 
379 aa  233  3e-60  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.487064  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2630  DNA protecting protein DprA  44.88 
 
 
379 aa  233  4e-60  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.196753  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4641  DNA processing protein DprA, putative  42.95 
 
 
374 aa  229  5e-59  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2275  DNA protecting protein DprA  45.89 
 
 
377 aa  229  6e-59  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00463646 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0189  DNA processing protein DprA, putative  44.6 
 
 
336 aa  228  1e-58  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000738349 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3183  DNA protecting protein DprA  41.39 
 
 
422 aa  223  2e-57  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0022  DNA-processing protein smf chain A  46.31 
 
 
362 aa  223  3e-57  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.638184  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0412  DNA processing chain A  42.91 
 
 
368 aa  221  1e-56  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.232612  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1867  DNA protecting protein DprA  41.29 
 
 
381 aa  221  1e-56  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04053  DNA protecting protein DprA  44.04 
 
 
311 aa  220  2e-56  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0019  SMF protein  45.74 
 
 
358 aa  220  3e-56  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.108355 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1931  DNA processing chain A  41.29 
 
 
381 aa  219  4e-56  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0057  DNA protecting protein DprA  45.07 
 
 
368 aa  219  5e-56  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5115  DNA protecting protein DprA  44.41 
 
 
382 aa  218  8e-56  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.770654  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00190  DNA processing protein, DprA (SMF family)  49.29 
 
 
366 aa  218  9e-56  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0224115  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_3066  DNA protecting protein DprA  40.79 
 
 
422 aa  218  1e-55  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2865  DNA processing protein DprA, putative  44.37 
 
 
371 aa  218  1e-55  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0175  DNA processing protein DprA, putative  44.66 
 
 
394 aa  217  2e-55  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0045  DNA protecting protein DprA  40 
 
 
405 aa  217  2e-55  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4084  DNA protecting protein DprA  42.14 
 
 
399 aa  216  4e-55  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.168592  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0212  DNA protecting protein DprA  45.45 
 
 
386 aa  215  7e-55  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.00622091  normal  0.258224 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0018  DNA protecting protein DprA  42.14 
 
 
365 aa  214  1e-54  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.645037  normal  0.109485 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0835  DNA protecting protein DprA  41.28 
 
 
405 aa  214  1e-54  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0017  DNA processing protein DprA, putative  42.14 
 
 
365 aa  214  1e-54  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_00230  putative Rossmann fold nucleotide-binding protein  52.25 
 
 
362 aa  215  1e-54  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.143604  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4049  Fis family transcriptional regulator  42.72 
 
 
386 aa  214  2e-54  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0157  DNA protecting protein DprA  43.61 
 
 
434 aa  214  2e-54  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.38909  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0148  DNA protecting protein DprA  43.61 
 
 
434 aa  213  4e-54  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0348  DNA protecting protein DprA  40.98 
 
 
379 aa  213  6e-54  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.083083 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1025  DNA processing protein DprA, putative  41.98 
 
 
361 aa  212  6e-54  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00128425  unclonable  6.96536e-09 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3587  DNA protecting protein DprA  42.41 
 
 
375 aa  212  6e-54  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3881  DNA protecting protein DprA  40.83 
 
 
399 aa  212  7e-54  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.857304  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3394  DNA protecting protein DprA  41.69 
 
 
386 aa  212  8e-54  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4686  DNA protecting protein DprA  40.06 
 
 
408 aa  211  1e-53  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0021  SMF protein  42.81 
 
 
372 aa  211  1e-53  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6479  SMF protein  40 
 
 
448 aa  211  1e-53  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.848521 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0474  DNA protecting protein DprA  44.14 
 
 
367 aa  210  2e-53  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.13893  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2273  DNA protecting protein DprA  43.28 
 
 
396 aa  210  2e-53  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3144  DNA protecting protein DprA  40.77 
 
 
422 aa  211  2e-53  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0141  DNA processing protein DprA, putative  43.28 
 
 
396 aa  210  2e-53  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>