More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rru_A0744 on replicon NC_007643
Organism: Rhodospirillum rubrum ATCC 11170



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007643  Rru_A0744  2-nitropropane dioxygenase, NPD  100 
 
 
354 aa  706    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.620911  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1009  2-nitropropane dioxygenase, NPD  71.83 
 
 
345 aa  473  1e-132  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2147  2-nitropropane dioxygenase, NPD  70.54 
 
 
334 aa  464  9.999999999999999e-131  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4504  2-nitropropane dioxygenase, NPD  67.54 
 
 
338 aa  450  1e-125  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.372283  normal  0.089603 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3306  2-nitropropane dioxygenase, NPD  65.78 
 
 
342 aa  440  9.999999999999999e-123  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.152065  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0133  2-nitropropane dioxygenase NPD  63.87 
 
 
352 aa  439  9.999999999999999e-123  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.899957  normal  0.134277 
 
 
-
 
NC_002978  WD1170  enoyl-(acyl-carrier-protein) reductase II  61.36 
 
 
342 aa  434  1e-120  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0152  2-nitropropane dioxygenase, NPD  55.62 
 
 
345 aa  377  1e-103  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.174988  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3574  2-nitropropane dioxygenase, NPD  54.74 
 
 
331 aa  377  1e-103  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000129826  normal 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0974  trans-2-enoyl-ACP reductase II  53.55 
 
 
348 aa  359  4e-98  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0544  enoyl-(acyl-carrier-protein) reductase II  54.18 
 
 
326 aa  352  4e-96  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2074  2-nitropropane dioxygenase, NPD  38.77 
 
 
315 aa  213  4.9999999999999996e-54  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000655776  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1358  enoyl-(acyl-carrier-protein) reductase II  37.85 
 
 
316 aa  212  5.999999999999999e-54  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000252963  normal  0.0405419 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1099  enoyl-(acyl-carrier-protein) reductase II  37.97 
 
 
326 aa  204  2e-51  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  unclonable  0.00000000664093  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1178  enoyl-(acyl-carrier-protein) reductase II  35.46 
 
 
316 aa  191  2e-47  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.00000000736816  hitchhiker  0.00901561 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_10270  enoyl-(acyl-carrier-protein) reductase II  39.49 
 
 
320 aa  189  5e-47  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0212117  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1725  2-nitropropane dioxygenase, NPD  36.28 
 
 
313 aa  188  1e-46  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.0000021316  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0640  2-nitropropane dioxygenase, NPD  38.77 
 
 
316 aa  188  1e-46  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.0000697959  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1852  2-nitropropane dioxygenase-like protein  35.78 
 
 
317 aa  187  2e-46  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00272263  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0431  trans-2-enoyl-ACP reductase II  36.61 
 
 
321 aa  187  2e-46  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0612  2-nitropropane dioxygenase NPD  35.29 
 
 
323 aa  186  4e-46  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  decreased coverage  0.000000694328  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0346  enoyl-(acyl-carrier-protein) reductase II  35.93 
 
 
319 aa  184  1.0000000000000001e-45  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.182837  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0128  2-nitropropane dioxygenase, NPD  36.1 
 
 
314 aa  177  2e-43  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.0565011  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0311  dioxygenase  35.02 
 
 
321 aa  178  2e-43  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0126  enoyl-(acyl-carrier-protein) reductase II  36.1 
 
 
314 aa  177  2e-43  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.0317277  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1591  dioxygenase  35.6 
 
 
318 aa  176  7e-43  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.600793  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0946  2-nitropropane dioxygenase, NPD  40.33 
 
 
313 aa  176  8e-43  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00349563  normal 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1587  2-nitropropane dioxygenase, NPD  37.19 
 
 
309 aa  172  6.999999999999999e-42  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  hitchhiker  0.00000431839  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3819  enoyl-(acyl-carrier-protein) reductase II  35.78 
 
 
315 aa  172  9e-42  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000661973  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1035  2-nitropropane dioxygenase NPD  34.19 
 
 
317 aa  167  2e-40  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.0997484  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1989  2-nitropropane dioxygenase NPD  35.87 
 
 
325 aa  165  1.0000000000000001e-39  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal  0.563999 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_11150  2-nitropropane dioxygenase-like enzyme  35.55 
 
 
323 aa  159  7e-38  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_01050  2-nitropropane dioxygenase-like enzyme  31.78 
 
 
314 aa  145  1e-33  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal  0.250641 
 
 
-
 
NC_002950  PG1416  enoyl-(acyl-carrier-protein) reductase II  34.91 
 
 
313 aa  144  3e-33  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.578712 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0964  2-nitropropane dioxygenase NPD  30.72 
 
 
319 aa  132  7.999999999999999e-30  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0729206  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0098  2-nitropropane dioxygenase NPD  32.31 
 
 
313 aa  130  3e-29  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.718222  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2965  2-nitropropane dioxygenase NPD  30.27 
 
 
338 aa  128  1.0000000000000001e-28  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.752049  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_00985  putative dioxygenase  30.31 
 
 
314 aa  129  1.0000000000000001e-28  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0922  2-nitropropane dioxygenase, NPD  29.3 
 
 
319 aa  124  3e-27  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7295  2-nitropropane dioxygenase NPD  32.69 
 
 
311 aa  122  9e-27  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2356  2-nitropropane dioxygenase NPD  38.39 
 
 
386 aa  121  1.9999999999999998e-26  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.0726815 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3672  2-nitropropane dioxygenase  31.39 
 
 
311 aa  121  1.9999999999999998e-26  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1961  dioxygenase  26.73 
 
 
281 aa  117  3e-25  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1435  2-nitropropane dioxygenase, NPD  30.56 
 
 
362 aa  117  3.9999999999999997e-25  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.212936  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1839  2-nitropropane dioxygenase NPD  30.25 
 
 
319 aa  115  1.0000000000000001e-24  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3609  2-nitropropane dioxygenase, NPD  31.66 
 
 
323 aa  114  2.0000000000000002e-24  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0580  2-nitropropane dioxygenase NPD  30.4 
 
 
312 aa  113  5e-24  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3064  2-nitropropane dioxygenase NPD  31.45 
 
 
311 aa  112  8.000000000000001e-24  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1075  2-nitropropane dioxygenase, NPD  28.61 
 
 
328 aa  111  2.0000000000000002e-23  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.192705  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2390  2-nitropropane dioxygenase, NPD  33.33 
 
 
314 aa  111  2.0000000000000002e-23  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0521943  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3754  2-nitropropane dioxygenase, NPD  28.7 
 
 
354 aa  110  3e-23  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0363  2-nitropropane dioxygenase NPD  27.75 
 
 
325 aa  110  4.0000000000000004e-23  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3001  2-nitropropane dioxygenase, NPD  30.55 
 
 
328 aa  110  5e-23  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.152083  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_4186  2-nitropropane dioxygenase NPD  29.82 
 
 
329 aa  108  1e-22  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.330981  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1854  hypothetical protein  30.6 
 
 
316 aa  106  7e-22  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0198092  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4576  2-nitropropane dioxygenase, NPD  27.63 
 
 
330 aa  105  9e-22  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.403113  normal  0.255193 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6053  2-nitropropane dioxygenase, NPD  28.7 
 
 
335 aa  103  4e-21  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.483236  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5434  2-nitropropane dioxygenase NPD  29.73 
 
 
323 aa  103  4e-21  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.295794  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1401  2-nitropropane dioxygenase NPD  27.54 
 
 
324 aa  103  4e-21  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3013  2-nitropropane dioxygenase NPD  27.25 
 
 
324 aa  103  5e-21  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.95223  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3732  2-nitropropane dioxygenase, NPD  27.25 
 
 
324 aa  103  6e-21  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3833  2-nitropropane dioxygenase, NPD  30.84 
 
 
324 aa  102  7e-21  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1008  2-nitropropane dioxygenase, NPD  28.82 
 
 
323 aa  102  8e-21  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2858  2-nitropropane dioxygenase NPD  29.32 
 
 
316 aa  102  1e-20  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0826  2-nitropropane dioxygenase NPD  29.26 
 
 
332 aa  101  2e-20  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.289165  normal  0.500407 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5534  2-nitropropane dioxygenase NPD  30.86 
 
 
323 aa  100  3e-20  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1483  2-nitropropane dioxygenase, NPD  26.76 
 
 
335 aa  100  4e-20  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1526  2-nitropropane dioxygenase NPD  25.97 
 
 
355 aa  100  5e-20  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.172251  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7147  2-nitropropane dioxygenase, NPD  25.41 
 
 
360 aa  99.4  8e-20  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0690438  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6053  2-nitropropane dioxygenase NPD  31.1 
 
 
341 aa  98.6  1e-19  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.146292 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5269  2-nitropropane dioxygenase, NPD  27.56 
 
 
356 aa  98.2  2e-19  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.353912 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5355  2-nitropropane dioxygenase NPD  27.62 
 
 
328 aa  98.2  2e-19  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.660089  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13586  oxidoreductase  28.45 
 
 
355 aa  97.1  4e-19  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  decreased coverage  0.00804869  normal  0.19405 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1554  2-nitropropane dioxygenase, NPD  27.3 
 
 
324 aa  97.1  4e-19  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.510846  normal  0.493902 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3191  2-nitropropane dioxygenase NPD  30.75 
 
 
492 aa  97.1  4e-19  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.269993 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1855  2-nitropropane dioxygenase, NPD  28.74 
 
 
327 aa  97.4  4e-19  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.798128  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3841  2-nitropropane dioxygenase, NPD  31.14 
 
 
506 aa  96.3  7e-19  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.278341  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3815  2-nitropropane dioxygenase NPD  29.97 
 
 
314 aa  95.9  8e-19  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000146369  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5146  putative 2-nitropropane dioxygenase  28.96 
 
 
334 aa  95.9  9e-19  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.199752  normal  0.0588296 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3114  2-nitropropane dioxygenase NPD  30.84 
 
 
492 aa  95.1  1e-18  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1158  2-nitropropane dioxygenase NPD  29.72 
 
 
357 aa  95.5  1e-18  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal  0.0552766 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6901  2-nitropropane dioxygenase NPD  32.16 
 
 
328 aa  94.4  2e-18  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3433  2-nitropropane dioxygenase, NPD  27.64 
 
 
331 aa  95.1  2e-18  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.995497  normal  0.0477625 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1249  2-nitropropane dioxygenase family oxidoreductase  27.59 
 
 
355 aa  94.7  2e-18  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1061  2-nitropropane dioxygenase family oxidoreductase  27.3 
 
 
355 aa  95.1  2e-18  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.992497  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5071  2-nitropropane dioxygenase, NPD  27.81 
 
 
356 aa  94.4  3e-18  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.615847  normal  0.587247 
 
 
-
 
NC_011670  PHATRDRAFT_43560  predicted protein  24.43 
 
 
361 aa  94.4  3e-18  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4686  2-nitropropane dioxygenase, NPD  27.81 
 
 
356 aa  94.4  3e-18  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.989955  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4772  2-nitropropane dioxygenase, NPD  27.81 
 
 
356 aa  94.4  3e-18  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.829067  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0758  2-nitropropane dioxygenase NPD  30.18 
 
 
331 aa  93.6  4e-18  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0738  2-nitropropane dioxygenase NPD  28.61 
 
 
325 aa  93.6  5e-18  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.11052  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7089  2-nitropropane dioxygenase NPD  31.11 
 
 
329 aa  93.6  5e-18  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7097  2-nitropropane dioxygenase NPD  27.7 
 
 
366 aa  93.2  5e-18  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2021  2-nitropropane dioxygenase, NPD  27.93 
 
 
331 aa  93.6  5e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.01256  normal  0.586253 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3984  2-nitropropane dioxygenase NPD  28.65 
 
 
361 aa  93.6  5e-18  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2062  2-nitropropane dioxygenase, NPD  28.53 
 
 
369 aa  93.6  5e-18  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2151  2-nitropropane dioxygenase NPD  27.38 
 
 
332 aa  92.8  7e-18  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.64006  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0282  2-nitropropane dioxygenase, NPD  32.08 
 
 
315 aa  92.8  9e-18  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0713522  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0766  2-nitropropane dioxygenase NPD  27.22 
 
 
373 aa  92  1e-17  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0843777 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2913  2-nitropropane dioxygenase, NPD  29.57 
 
 
315 aa  92.4  1e-17  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.000000125004  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>