More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic_3265 on replicon NC_010682
Organism: Ralstonia pickettii 12J



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010682  Rpic_3265  cytochrome c class I  100 
 
 		 219 aa  453  1e-127  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.838246  normal  0.141063 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2918  cytochrome c class I  97.26 
 
 		 219 aa  442  1e-123  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00059713 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2987  oxidoreductase cytochrome C-type signal peptide protein  86.76 
 
 		 219 aa  372  1e-102  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3284  cytochrome c, class I  65.16 
 
 		 219 aa  276  1e-73  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3147  cytochrome c, class I  61.99 
 
 		 219 aa  274  8e-73  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0082  cytochrome c class I  55.32 
 
 		 238 aa  213  9.999999999999999e-55  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000520703 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3611  cytochrome c class I  52.19 
 
 		 217 aa  211  7e-54  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00161979  hitchhiker  0.0000000311228 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0085  cytochrome c553-like protein  54.79 
 
 		 246 aa  208  5e-53  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0346  cytochrome c, class I  50 
 
 		 217 aa  206  2e-52  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0101877 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3036  cytochrome c family protein  50 
 
 		 265 aa  206  3e-52  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0281  cytochrome c class I  51.11 
 
 		 217 aa  205  5e-52  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.174718  normal  0.337626 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2807  cytochrome c class I  50.44 
 
 		 217 aa  203  2e-51  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.988864 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0772  cytochrome c, class I  54.55 
 
 		 223 aa  203  2e-51  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1131  cytochrome c class I  53.12 
 
 		 222 aa  202  2e-51  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0299  cytochrome c, class I  49.56 
 
 		 217 aa  202  3e-51  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.194352  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0308  cytochrome c class I  49.56 
 
 		 217 aa  202  3e-51  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.618372  normal  0.165447 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1956  cytochrome c family protein  49.33 
 
 		 265 aa  202  4e-51  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3137  cytochrome c family protein  49.33 
 
 		 265 aa  202  4e-51  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2599  cytochrome c family protein  49.55 
 
 		 215 aa  201  5e-51  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3745  cytochrome C  49.55 
 
 		 545 aa  201  5e-51  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.110713  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0432  cytochrome c  52.79 
 
 		 205 aa  201  7e-51  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.660944  normal  0.289813 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0380  cytochrome c, class I  49.56 
 
 		 217 aa  199  1.9999999999999998e-50  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0359  cytochrome c class I  49.56 
 
 		 217 aa  199  1.9999999999999998e-50  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2727  cytochrome c, class I  49.56 
 
 		 217 aa  199  1.9999999999999998e-50  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0624  cytochrome c, class I  48.85 
 
 		 211 aa  199  3e-50  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3479  cytochrome c, class I  49.12 
 
 		 217 aa  197  1.0000000000000001e-49  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3772  cytochrome c family protein  51.15 
 
 		 206 aa  197  1.0000000000000001e-49  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0383758  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3714  cytochrome c family protein  51.15 
 
 		 206 aa  197  1.0000000000000001e-49  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3510  cytochrome c family protein  51.15 
 
 		 206 aa  197  1.0000000000000001e-49  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0984  cytochrome c, class I  51.74 
 
 		 242 aa  196  3e-49  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.336073  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5589  cytochrome c class I  53.48 
 
 		 255 aa  195  6e-49  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.6296 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4839  cytochrome c, class I  53.44 
 
 		 212 aa  194  7e-49  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.173442  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0664  cytochrome c, class I  51.87 
 
 		 225 aa  194  1e-48  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0074134 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0394  cytochrome c class I  53.44 
 
 		 209 aa  191  1e-47  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.091013 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3191  cytochrome c, class I  50 
 
 		 219 aa  179  2e-44  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0690  cytochrome c class I  50.26 
 
 		 212 aa  179  2.9999999999999997e-44  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0729078  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0710  cytochrome c, class I  50.26 
 
 		 212 aa  179  4e-44  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.272303 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2630  cytochrome c, class I  43.05 
 
 		 220 aa  178  4.999999999999999e-44  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.930488  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1530  cytochrome c class I  49.71 
 
 		 209 aa  170  2e-41  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.49035  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0187  cytochrome c oxidase  47.92 
 
 		 208 aa  160  9e-39  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0207051  normal  0.526918 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0013  cytochrome c, class I  49.72 
 
 		 229 aa  160  1e-38  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.741785  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00575  cytochrome c553  46.02 
 
 		 205 aa  155  3e-37  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00014  cytochrome c4 cytochrome C, class I in atlantica  45.2 
 
 		 207 aa  154  1e-36  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3999  cytochrome c, class I  40.74 
 
 		 207 aa  152  2.9999999999999998e-36  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.898029  normal  0.022349 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3907  cytochrome c, class I  40.74 
 
 		 207 aa  152  2.9999999999999998e-36  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0045605  normal  0.272938 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4292  cytochrome c class I  39.81 
 
 		 207 aa  152  4e-36  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.0000000136847  unclonable  0.00000000000512206 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0051  cytochrome c class I  39.81 
 
 		 207 aa  152  4e-36  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00284279  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4487  cytochrome c class I  39.81 
 
 		 207 aa  152  4e-36  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000352733  normal  0.0165724 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4347  cytochrome c class I  39.81 
 
 		 207 aa  152  4e-36  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.000000000402028  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_4111  cytochrome c, class I  40.28 
 
 		 207 aa  152  4e-36  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.148177  normal  0.590499 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3716  cytochrome c, class I  42.61 
 
 		 206 aa  152  5e-36  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000156417  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4666  cytochrome c  40.28 
 
 		 207 aa  151  7e-36  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001915  cytochrome c4  43.75 
 
 		 205 aa  150  2e-35  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.352914  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2406  cytochrome c4  43.75 
 
 		 223 aa  150  2e-35  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0057  cytochrome c class I  38.01 
 
 		 206 aa  148  5e-35  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.53791  hitchhiker  0.00143417 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3622  cytochrome c, class I  39.77 
 
 		 206 aa  144  9e-34  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00635609  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3908  cytochrome c, class I  37.5 
 
 		 207 aa  144  1e-33  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0094  cytochrome c, class I  36.65 
 
 		 206 aa  141  8e-33  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00310871  decreased coverage  0.00000781089 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0229  cytochrome c  42.61 
 
 		 205 aa  140  9.999999999999999e-33  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.779368  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0040  cytochrome c class I  41.18 
 
 		 207 aa  140  1.9999999999999998e-32  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0091  cytochrome c, class I  38.25 
 
 		 206 aa  139  3e-32  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.00000000145105  normal  0.1806 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0100  cytochrome c class I  41.48 
 
 		 206 aa  139  3.9999999999999997e-32  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0123  hypothetical protein  43.68 
 
 		 200 aa  138  4.999999999999999e-32  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0210  cytochrome c, class I  44.71 
 
 		 200 aa  138  4.999999999999999e-32  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.478667  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0283  cytochrome c family protein  43.43 
 
 		 318 aa  137  1e-31  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0089  cytochrome c class I  44.71 
 
 		 205 aa  137  1e-31  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0138  hypothetical protein  43.1 
 
 		 200 aa  137  2e-31  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0552  cytochrome c, class I  38.6 
 
 		 209 aa  136  2e-31  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3945  cytochrome c, class I  40.34 
 
 		 207 aa  133  1.9999999999999998e-30  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.405176  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2853  cytochrome c, class I  40.24 
 
 		 205 aa  130  2.0000000000000002e-29  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.530376  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3569  cytochrome c, class I  43.86 
 
 		 202 aa  128  6e-29  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.697012  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0141  cytochrome c class I  42.69 
 
 		 205 aa  128  9.000000000000001e-29  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2603  cytochrome c family protein  38.25 
 
 		 202 aa  127  1.0000000000000001e-28  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.44743  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0126  cytochrome c4  42.69 
 
 		 205 aa  126  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.813624  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0143  cytochrome c, class I  42.69 
 
 		 205 aa  126  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.286683  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5102  cytochrome c class I  41.52 
 
 		 205 aa  123  2e-27  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0768786 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_02000  Cytochrome c4  40.22 
 
 		 210 aa  122  3e-27  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3403  cytochrome c class I  37.63 
 
 		 266 aa  122  3e-27  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.670594  normal  0.50409 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1889  cytochrome c, class I  36.59 
 
 		 221 aa  122  5e-27  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0157  cytochrome c, class I  40.91 
 
 		 201 aa  121  9.999999999999999e-27  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.71333  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0572  cytochrome c, class I  38.07 
 
 		 227 aa  117  9.999999999999999e-26  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0076  cytochrome c4 precursor  31.22 
 
 		 227 aa  117  1.9999999999999998e-25  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.699547  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3138  cytochrome c, class I  38.92 
 
 		 205 aa  115  5e-25  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3139  di-heme cytochrome c, class IC  37.87 
 
 		 200 aa  115  6.9999999999999995e-25  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6289  cytochrome c4 precursor  39.77 
 
 		 196 aa  114  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.484546  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_72460  cytochrome c4 precursor  39.77 
 
 		 201 aa  114  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.462993  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0523  cytochrome c family protein  36.63 
 
 		 199 aa  114  1.0000000000000001e-24  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2392  cytochrome c, class I  36.08 
 
 		 214 aa  113  3e-24  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0287  cytochrome c, class I  32.97 
 
 		 222 aa  111  8.000000000000001e-24  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.745608 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0261  cytochrome C, c4  32.97 
 
 		 222 aa  111  1.0000000000000001e-23  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0053  cytochrome c, class I  39.31 
 
 		 203 aa  110  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.301772 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2377  cytochrome c, class I  40.12 
 
 		 224 aa  110  2.0000000000000002e-23  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00000176036  hitchhiker  0.0000215746 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0194  cytochrome c, class I  37.37 
 
 		 220 aa  109  3e-23  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0567  cytochrome c family protein  35.47 
 
 		 208 aa  108  6e-23  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0129  cytochrome c-type protein  39.31 
 
 		 213 aa  108  8.000000000000001e-23  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.19667  normal  0.20244 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2705  cytochrome c class I  36.81 
 
 		 260 aa  108  8.000000000000001e-23  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  unclonable  0.00000000103804  unclonable  0.0000000000307641 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0159  cytochrome c, class I  37.29 
 
 		 256 aa  107  9.000000000000001e-23  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3107  cytochrome c4  36.81 
 
 		 234 aa  108  9.000000000000001e-23  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0350454  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0528  cytochrome c family protein  34.2 
 
 		 204 aa  107  1e-22  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.000129168  normal  0.22493 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3769  cytochrome c family protein  35.47 
 
 		 208 aa  107  1e-22  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>