More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic_1841 on replicon NC_010682
Organism: Ralstonia pickettii 12J



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010682  Rpic_1841  two component heavy metal response transcriptional regulator, winged helix family  100 
 
 
228 aa  452  1e-126  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.99331  hitchhiker  2.22676e-06 
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5099  two component heavy metal response transcriptional regulator, winged helix family  97.81 
 
 
228 aa  445  1e-124  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.0773075 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1780  two component heavy metal response transcriptional regulator, winged helix family  86.73 
 
 
228 aa  395  1e-109  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.817023  normal  0.826624 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1718  two component heavy metal response transcriptional regulator, winged helix family  86.34 
 
 
228 aa  395  1e-109  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.348336  normal 
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5335  two component heavy metal response transcriptional regulator, winged helix family  86.34 
 
 
228 aa  395  1e-109  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.733276  normal  0.970872 
 
 
-
 
NC_003296  RSp0655  two component response regulator transcription regulator protein  85.02 
 
 
228 aa  390  1e-108  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.81937 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0451  two component heavy metal response transcriptional regulator  80.97 
 
 
230 aa  369  1e-101  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1236  two component heavy metal response transcriptional regulator  82.65 
 
 
219 aa  361  6e-99  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2337  two component heavy metal response transcriptional regulator  78.67 
 
 
227 aa  360  1e-98  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1948  response regulator receiver domain-containing protein  78.83 
 
 
226 aa  352  2e-96  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.679676 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2490  heavy metal response regulator  82.74 
 
 
228 aa  351  7e-96  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.289616  n/a   
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_6111  regulator protein CopR  81.86 
 
 
228 aa  349  2e-95  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.110686  normal  0.158568 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1742  two component heavy metal response transcriptional regulator, winged helix family  82.02 
 
 
228 aa  348  5e-95  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.595604 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5672  DNA-binding response regulator  79.2 
 
 
228 aa  343  1e-93  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2165  two component heavy metal response transcriptional regulator, winged helix family  75.77 
 
 
232 aa  342  2e-93  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.77286 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3075  DNA-binding transcriptional activator CusR  71.49 
 
 
227 aa  334  6e-91  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.204173  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3058  two component heavy metal response transcriptional regulator, winged helix family  71.49 
 
 
227 aa  334  6e-91  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0651  DNA-binding transcriptional activator CusR  71.49 
 
 
227 aa  334  6e-91  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.589216  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0588  DNA-binding transcriptional activator CusR  71.49 
 
 
227 aa  334  6e-91  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.372008  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0618  DNA-binding transcriptional activator CusR  71.49 
 
 
227 aa  334  6e-91  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000374882  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2259  two component heavy metal response transcriptional regulator  73.33 
 
 
225 aa  332  2e-90  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0589  DNA-binding transcriptional activator CusR  71.05 
 
 
227 aa  333  2e-90  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.180273  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00532  DNA-binding response regulator in two-component regulatory system with CusS  71.05 
 
 
227 aa  333  2e-90  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00521  hypothetical protein  71.05 
 
 
227 aa  333  2e-90  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3985  two component heavy metal response transcriptional regulator, winged helix family  74.67 
 
 
226 aa  332  3e-90  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0422  two component heavy metal response transcriptional regulator  74.11 
 
 
227 aa  330  1e-89  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_4055  two component heavy metal response transcriptional regulator, winged helix family  73.33 
 
 
226 aa  328  3e-89  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2474  heavy metal response regulator  72.97 
 
 
223 aa  326  2e-88  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1208  two component heavy metal response transcriptional regulator, winged helix family  76 
 
 
226 aa  323  1e-87  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1699  two component heavy metal response transcriptional regulator  73.42 
 
 
226 aa  322  2e-87  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00419772 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5383  two component heavy metal response transcriptional regulator  70.67 
 
 
225 aa  323  2e-87  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.651671 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3584  two component heavy metal response transcriptional regulator  73.87 
 
 
226 aa  323  2e-87  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00315  probable two component response regulator transcription regulator protein  70.74 
 
 
227 aa  322  3e-87  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2158  two component heavy metal response transcriptional regulator  73.87 
 
 
226 aa  322  3e-87  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.144347  normal  0.036827 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3855  two component heavy metal response transcriptional regulator  71.62 
 
 
226 aa  321  5e-87  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.845216 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0019  two component heavy metal response transcriptional regulator  70.67 
 
 
225 aa  319  2e-86  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.593373  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1461  two component heavy metal response transcriptional regulator  75.22 
 
 
227 aa  319  2e-86  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0017  two component heavy metal response transcriptional regulator  70.67 
 
 
225 aa  319  2e-86  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0017  two component heavy metal response transcriptional regulator  70.67 
 
 
225 aa  319  2e-86  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.0468746 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_27810  putative two-component response regulator  71.62 
 
 
226 aa  319  3e-86  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2348  putative two-component response regulator  71.17 
 
 
228 aa  317  8e-86  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.804247  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5178  two component heavy metal response transcriptional regulator  70.22 
 
 
225 aa  315  3e-85  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.341313  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3426  DNA-binding transcriptional activator CusR  68.44 
 
 
226 aa  315  5e-85  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1675  two component heavy metal response transcriptional regulator  72.57 
 
 
226 aa  314  8e-85  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.294903  normal 
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4296  DNA-binding transcriptional activator CusR  68 
 
 
226 aa  312  3e-84  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  2.52174e-05  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0258  DNA-binding transcriptional activator CusR  68 
 
 
226 aa  311  5e-84  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1497  heavy metal response regulator  69.3 
 
 
228 aa  311  6e-84  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1751  two component heavy metal response transcriptional regulator  69.06 
 
 
224 aa  306  2e-82  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.0784096 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1749  two component heavy metal response transcriptional regulator  72.97 
 
 
242 aa  306  2e-82  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2201  two component heavy metal response transcriptional regulator, winged helix family  72.12 
 
 
227 aa  304  6e-82  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2725  two component heavy metal response transcriptional regulator  72.12 
 
 
227 aa  304  6e-82  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1510  two component heavy metal response transcriptional regulator, winged helix family  67.7 
 
 
227 aa  304  7e-82  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0202  two component heavy metal response transcriptional regulator  66.08 
 
 
226 aa  304  7e-82  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3258  two component heavy metal response transcriptional regulator  65.32 
 
 
238 aa  304  8e-82  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00206307  normal  0.0675777 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2234  two component heavy metal response transcriptional regulator  70.22 
 
 
225 aa  303  1e-81  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.162422  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0708  two component heavy metal response transcriptional regulator  68.47 
 
 
226 aa  302  2e-81  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.328024  normal  0.9016 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2960  two component heavy metal response transcriptional regulator  67.57 
 
 
227 aa  301  6e-81  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1815  two component heavy metal response transcriptional regulator  68.47 
 
 
224 aa  301  6e-81  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.275759  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4389  two component heavy metal response transcriptional regulator, winged helix family  68.16 
 
 
226 aa  298  3e-80  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3680  two component heavy metal response transcriptional regulator  65.92 
 
 
228 aa  298  6e-80  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.224842  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4683  two component heavy metal response transcriptional regulator  65.92 
 
 
228 aa  298  6e-80  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.222547  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RSp0489  response regulator for cobalt zinc cadmium resistance transcription regulator protein  66.22 
 
 
224 aa  297  7e-80  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3842  two component heavy metal response transcriptional regulator  65.92 
 
 
227 aa  298  7e-80  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.67414 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2430  two component heavy metal response transcriptional regulator  65.47 
 
 
227 aa  296  2e-79  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010070  Bmul_6173  two component heavy metal response transcriptional regulator  65.47 
 
 
228 aa  296  2e-79  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.400074 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3961  heavy metal response regulator  67.4 
 
 
229 aa  295  4e-79  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  decreased coverage  0.00889091  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1760  two component heavy metal response transcriptional regulator, winged helix family  64.76 
 
 
225 aa  295  5e-79  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.133831  normal  0.402692 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1028  DNA-binding response regulator IrlR  66.22 
 
 
229 aa  293  2e-78  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0282692  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0402  transcriptional activator IrlR  66.22 
 
 
229 aa  293  2e-78  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0800763  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1439  transcriptional activator IrlR  66.22 
 
 
229 aa  293  2e-78  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1180  transcriptional activator IrlR  66.22 
 
 
229 aa  293  2e-78  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0831411  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5988  two component heavy metal response transcriptional regulator  66.52 
 
 
225 aa  292  2e-78  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1524  transcriptional activator protein IrlR  66.22 
 
 
229 aa  293  2e-78  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1376  DNA-binding response regulator IrlR  66.22 
 
 
229 aa  292  2e-78  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.498923  n/a   
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_5978  regulatory protein CzcR  64.76 
 
 
225 aa  292  2e-78  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  2.69255e-05  normal  0.0723212 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0010  transcriptional activator IrlR  66.22 
 
 
229 aa  293  2e-78  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.121051  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5744  two component heavy metal response transcriptional regulator  66.96 
 
 
225 aa  293  2e-78  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0360294  normal  0.749662 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0030  DNA-binding response regulator IrlR  66.22 
 
 
229 aa  293  2e-78  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.122488  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3962  two component heavy metal response transcriptional regulator  65.78 
 
 
225 aa  292  3e-78  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1389  two component heavy metal response transcriptional regulator  66.22 
 
 
225 aa  291  4e-78  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.717226  normal  0.091392 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3412  two component heavy metal response transcriptional regulator  65.33 
 
 
226 aa  292  4e-78  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1505  two component heavy metal response transcriptional regulator  66.08 
 
 
225 aa  290  2e-77  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.228186  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6324  two component heavy metal response transcriptional regulator  66.08 
 
 
225 aa  290  2e-77  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.313253  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0376  DNA-binding response regulator IrlR  66.22 
 
 
230 aa  290  2e-77  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.083776  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6987  two component heavy metal response transcriptional regulator  66.08 
 
 
225 aa  290  2e-77  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.67799  normal  0.586494 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1103  DNA-binding response regulator IrlR  65.77 
 
 
230 aa  289  3e-77  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0630149  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_15530  heavy metal response regulator, two-component  70.72 
 
 
227 aa  289  3e-77  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2716  DNA-binding heavy metal response regulator  65.77 
 
 
230 aa  289  3e-77  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.558922  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2869  transcriptional activator protein IrlR  65.77 
 
 
230 aa  289  3e-77  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.354021  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0102  two component heavy metal response transcriptional regulator  66.22 
 
 
223 aa  286  1e-76  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.753235  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5224  two component heavy metal response transcriptional regulator, winged helix family  65.32 
 
 
225 aa  287  1e-76  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.57611  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3379  two component heavy metal response transcriptional regulator  64.84 
 
 
223 aa  286  2e-76  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1986  two component heavy metal response transcriptional regulator  63.96 
 
 
223 aa  285  5e-76  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0566795  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0197  transcriptional activator protein, response regulator  59.56 
 
 
227 aa  284  9e-76  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.0086442  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1381  two component heavy metal response transcriptional regulator  60.81 
 
 
224 aa  282  3e-75  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.961918 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3374  heavy metal response regulator  62.16 
 
 
229 aa  279  2e-74  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001641  putative two component response regulator transcription regulator protein  58.7 
 
 
230 aa  280  2e-74  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.170142  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4933  two component heavy metal response transcriptional regulator, winged helix family  61.54 
 
 
223 aa  277  8e-74  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.461594  normal  0.344735 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1748a  hypothetical protein  61.09 
 
 
223 aa  277  9e-74  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0697031  normal  0.305387 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1174  two component heavy metal response transcriptional regulator  61.88 
 
 
224 aa  277  1e-73  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.216853  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>