More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic_0679 on replicon NC_010682
Organism: Ralstonia pickettii 12J



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010682  Rpic_0679  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 
250 aa  509  1e-143  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.22723  normal  0.897045 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0723  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  98.8 
 
 
250 aa  504  1e-142  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.335838  normal  0.191484 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0730  oxidoreductase protein  89.6 
 
 
262 aa  455  1e-127  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.711353 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0629  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  71.37 
 
 
248 aa  368  1e-101  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2450  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  68.55 
 
 
248 aa  360  1e-98  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0764  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  68.55 
 
 
248 aa  357  9e-98  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.467056  normal  0.141575 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0774  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  67.74 
 
 
248 aa  355  5e-97  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.295991  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0682  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  67.34 
 
 
248 aa  353  1e-96  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0805  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  66.94 
 
 
248 aa  353  2e-96  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1939  3-hydroxy acid dehydrogenase  66.13 
 
 
248 aa  353  2e-96  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0322  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  66.94 
 
 
248 aa  353  2e-96  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2050  3-hydroxy acid dehydrogenase  66.8 
 
 
249 aa  352  3e-96  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.309895  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0699  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  66.53 
 
 
248 aa  351  6e-96  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1614  3-hydroxy acid dehydrogenase  67.21 
 
 
248 aa  348  5e-95  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.594866  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1826  3-hydroxy acid dehydrogenase  67.21 
 
 
248 aa  348  6e-95  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0315451  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1660  3-hydroxy acid dehydrogenase  67.21 
 
 
248 aa  348  6e-95  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00687336  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1623  3-hydroxy acid dehydrogenase  67.21 
 
 
248 aa  348  6e-95  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1682  3-hydroxy acid dehydrogenase  67.21 
 
 
248 aa  348  6e-95  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.97667  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1378  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  66.53 
 
 
248 aa  347  9e-95  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.73447  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2351  3-hydroxy acid dehydrogenase  65.18 
 
 
249 aa  347  2e-94  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.11526  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2130  3-hydroxy acid dehydrogenase  65.18 
 
 
249 aa  343  1e-93  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2119  3-hydroxy acid dehydrogenase  64.37 
 
 
248 aa  343  2e-93  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  unclonable  1.42813e-08  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1629  3-hydroxy acid dehydrogenase  64.37 
 
 
248 aa  343  2e-93  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  5.55142e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3894  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  64.92 
 
 
248 aa  341  7e-93  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2666  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  66.94 
 
 
248 aa  341  8e-93  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.99175  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0832  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  66.94 
 
 
248 aa  341  8e-93  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3251  putative short-chain dehydrogenase  66.94 
 
 
248 aa  341  8e-93  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3198  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  66.94 
 
 
248 aa  341  8e-93  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3236  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  66.94 
 
 
248 aa  341  8e-93  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.964469  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1944  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  66.94 
 
 
248 aa  341  8e-93  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2076  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  66.94 
 
 
248 aa  341  8e-93  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01498  L-allo-threonine dehydrogenase, NAD(P)-binding  63.97 
 
 
248 aa  339  2e-92  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  6.75994e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2155  3-hydroxy acid dehydrogenase  63.97 
 
 
248 aa  340  2e-92  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  1.80953e-07  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2290  3-hydroxy acid dehydrogenase  64.37 
 
 
249 aa  340  2e-92  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.997293 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2582  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  65.73 
 
 
248 aa  339  2e-92  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.445367  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01509  hypothetical protein  63.97 
 
 
248 aa  339  2e-92  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  8.65743e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1748  3-hydroxy acid dehydrogenase  63.97 
 
 
248 aa  339  2e-92  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  1.24318e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1701  3-hydroxy acid dehydrogenase  63.97 
 
 
248 aa  339  2e-92  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  6.49919e-08  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2106  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  63.97 
 
 
248 aa  339  2e-92  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  1.49507e-13  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0373  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  65.2 
 
 
256 aa  338  3e-92  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1626  3-hydroxy acid dehydrogenase  63.97 
 
 
248 aa  338  4e-92  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  1.77661e-07  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2896  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  63.86 
 
 
252 aa  336  2e-91  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0691773  normal  0.0221679 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3915  putative short-chain dehydrogenase/reductase SDR  64.92 
 
 
248 aa  333  1e-90  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.29888  normal  0.0896324 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1864  3-hydroxy acid dehydrogenase  64.11 
 
 
249 aa  331  5e-90  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.612513  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1976  3-hydroxy acid dehydrogenase  64.11 
 
 
249 aa  331  5e-90  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1893  3-hydroxy acid dehydrogenase  62.75 
 
 
249 aa  331  6e-90  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1109  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  62.2 
 
 
254 aa  308  5e-83  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  hitchhiker  0.00727999  normal  0.180483 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1841  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  61.54 
 
 
250 aa  304  8e-82  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00165114  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1374  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  61.38 
 
 
253 aa  303  1e-81  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.542817  normal  0.89387 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1405  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  60.48 
 
 
256 aa  303  3e-81  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.565969  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1968  glucose/ribitol dehydrogenase  56.68 
 
 
250 aa  300  1e-80  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000140483 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2264  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  56.28 
 
 
250 aa  299  2e-80  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0530041  hitchhiker  0.00231678 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0542  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  58.13 
 
 
253 aa  292  3e-78  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.0795693 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0398  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  64.07 
 
 
267 aa  292  4e-78  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.110488 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0342  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.47 
 
 
251 aa  290  2e-77  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.0363598  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0833  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  60.89 
 
 
256 aa  288  7e-77  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.824921  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2952  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  57.03 
 
 
253 aa  287  1e-76  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0488  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  56.91 
 
 
253 aa  284  1e-75  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.596302  normal  0.0751805 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0521  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  56.5 
 
 
253 aa  283  2e-75  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.413243 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4914  oxidoreductase, short chain dehydrogenase/reductase family  55.24 
 
 
254 aa  275  5e-73  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0091  putative serine dehydrogenase  52.23 
 
 
252 aa  272  3e-72  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0557  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.78 
 
 
254 aa  270  1e-71  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  decreased coverage  7.97066e-07  normal  0.366163 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0197  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  56.68 
 
 
254 aa  269  3e-71  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4654  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.24 
 
 
255 aa  269  3e-71  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  3.09791e-05  hitchhiker  0.00252207 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1376  NADP-dependent l-serine/l-allo-threonine dehydrogenase ydfg  51.88 
 
 
250 aa  268  5e-71  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1630  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  57.83 
 
 
252 aa  267  1e-70  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0602  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.03 
 
 
254 aa  267  1e-70  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0114024  normal  0.546802 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1129  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  59.92 
 
 
254 aa  266  2e-70  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.402664  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5631  putative short-chain dehydrogenase  53.23 
 
 
253 aa  266  2e-70  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64840  putative short-chain dehydrogenase  52.82 
 
 
253 aa  266  3e-70  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  1.42595e-07  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2812  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.25 
 
 
257 aa  266  3e-70  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.197802 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4862  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  53.63 
 
 
254 aa  265  5e-70  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  decreased coverage  0.000522303  unclonable  3.85865e-07 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1963  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  57.03 
 
 
254 aa  265  5e-70  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1198  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  59.51 
 
 
254 aa  265  5e-70  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4918  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.63 
 
 
255 aa  265  5e-70  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  1.55421e-10  hitchhiker  1.59857e-12 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4740  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.63 
 
 
254 aa  265  5e-70  Pseudomonas putida F1  Bacteria  unclonable  2.61149e-11  unclonable  5.03217e-10 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1070  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  60.32 
 
 
254 aa  265  6e-70  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2127  Serine 3-dehydrogenase  55.24 
 
 
255 aa  265  7e-70  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.247906  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02915  serine 3-dehydrogenase  55.28 
 
 
251 aa  265  7e-70  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2261  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.42 
 
 
254 aa  263  2e-69  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00671569  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0278  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.28 
 
 
250 aa  261  6e-69  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.241835 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1406  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  49.59 
 
 
248 aa  258  7e-68  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  decreased coverage  0.000194485  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1091  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  55.61 
 
 
216 aa  253  1e-66  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  hitchhiker  0.000796504  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1418  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  50.41 
 
 
248 aa  251  1e-65  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  hitchhiker  6.53973e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0033  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.41 
 
 
254 aa  250  1e-65  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0045  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.96 
 
 
256 aa  246  3e-64  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00292404 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0107  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.22 
 
 
271 aa  245  4e-64  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0977  NADP-dependent l-serine/l-allo-threonine dehydrogenase ydfg  50.42 
 
 
248 aa  245  5e-64  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.616956  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3599  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.2 
 
 
256 aa  244  1e-63  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0122  oxidoreductase  50.81 
 
 
253 aa  243  3e-63  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.49595  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1650  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52 
 
 
254 aa  241  9e-63  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.206138  normal 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0850  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  46.12 
 
 
249 aa  239  3e-62  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0920  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  45.49 
 
 
249 aa  238  8e-62  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1181  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  45.49 
 
 
249 aa  237  1e-61  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_30890  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR protein  52.61 
 
 
252 aa  235  5e-61  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.972168  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_16870  glucose/ribitol dehydrogenase family protein  52.61 
 
 
254 aa  233  2e-60  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.494697  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0161  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.03 
 
 
253 aa  233  3e-60  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0971  oxidoreductase, short chain dehydrogenase/reductase family  45.45 
 
 
248 aa  233  3e-60  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1363  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.61 
 
 
250 aa  230  1e-59  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0154  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.6 
 
 
261 aa  224  1e-57  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>