More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_1050 on replicon NC_012856
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012856  Rpic12D_1050  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 308 aa  614  1e-175  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0198617  normal  0.025944 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0953  transcriptional regulator, LysR family  96.05 
 
 		 311 aa  586  1e-166  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0145345  decreased coverage  0.00704929 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1110  transcriptional regulatory DNA-binding transcription regulator protein  81.97 
 
 		 306 aa  495  1e-139  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.00000488361  normal  0.138015 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2242  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  53.9 
 
 		 303 aa  310  2e-83  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2284  LysR family transcriptional regulator  52.86 
 
 		 305 aa  303  2.0000000000000002e-81  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.471609  hitchhiker  0.00164938 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6168  putative transcriptional regulator  51.37 
 
 		 296 aa  259  5.0000000000000005e-68  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.220915  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1928  putative DNA-binding transcriptional regulator  48.59 
 
 		 290 aa  258  6e-68  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0121617  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1657  putative DNA-binding transcriptional regulator  48.07 
 
 		 290 aa  258  7e-68  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0307226  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2440  putative DNA-binding transcriptional regulator  49.47 
 
 		 287 aa  254  9e-67  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.924518 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2392  putative DNA-binding transcriptional regulator  49.47 
 
 		 287 aa  254  9e-67  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.26292  hitchhiker  0.00212314 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2550  putative DNA-binding transcriptional regulator  49.47 
 
 		 287 aa  254  9e-67  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00111574 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2436  putative DNA-binding transcriptional regulator  49.47 
 
 		 287 aa  254  9e-67  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.0199714 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2348  putative DNA-binding transcriptional regulator  49.47 
 
 		 287 aa  254  9e-67  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000261353  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_71090  LysR family transcriptional regulator  50.34 
 
 		 297 aa  254  1.0000000000000001e-66  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02086  predicted DNA-binding transcriptional regulator  48.42 
 
 		 293 aa  251  9.000000000000001e-66  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0640427  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2454  putative DNA-binding transcriptional regulator  48.42 
 
 		 293 aa  251  9.000000000000001e-66  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2293  putative DNA-binding transcriptional regulator  48.42 
 
 		 293 aa  251  9.000000000000001e-66  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2304  putative DNA-binding transcriptional regulator  48.42 
 
 		 293 aa  251  9.000000000000001e-66  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00791446 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02045  hypothetical protein  48.42 
 
 		 293 aa  251  9.000000000000001e-66  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.074382  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3293  putative DNA-binding transcriptional regulator  48.42 
 
 		 293 aa  251  9.000000000000001e-66  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.020887  normal  0.438576 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0809  putative DNA-binding transcriptional regulator  48.07 
 
 		 293 aa  251  1e-65  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2419  putative DNA-binding transcriptional regulator  47.57 
 
 		 292 aa  248  9e-65  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2324  putative DNA-binding transcriptional regulator  46.53 
 
 		 286 aa  247  2e-64  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2754  putative DNA-binding transcriptional regulator  46.83 
 
 		 290 aa  242  6e-63  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.810251  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2672  putative DNA-binding transcriptional regulator  46.83 
 
 		 290 aa  242  6e-63  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1535  putative DNA-binding transcriptional regulator  46.83 
 
 		 290 aa  242  6e-63  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0934769  normal  0.198722 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2758  putative DNA-binding transcriptional regulator  46.48 
 
 		 288 aa  240  2.9999999999999997e-62  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5196  LysR family transcriptional regulator  46.25 
 
 		 308 aa  239  4e-62  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3225  putative DNA-binding transcriptional regulator  46.13 
 
 		 291 aa  236  3e-61  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000454466 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3540  transcriptional regulator, LysR family  46.23 
 
 		 317 aa  236  4e-61  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3312  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  45.57 
 
 		 317 aa  234  9e-61  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.404557 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1501  transcriptional regulator, LysR family  48.47 
 
 		 268 aa  232  7.000000000000001e-60  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000205194  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1491  putative DNA-binding transcriptional regulator  48.47 
 
 		 268 aa  232  7.000000000000001e-60  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00000696654  normal  0.0147604 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1184  LysR family transcriptional regulator  42.23 
 
 		 308 aa  228  1e-58  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.204393 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1732  putative transcriptional regulator  43.2 
 
 		 308 aa  227  2e-58  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.470848  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_20130  LysR family transcriptional regulator  43.2 
 
 		 308 aa  226  5.0000000000000005e-58  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2818  LysR family transcriptional regulator  46.13 
 
 		 304 aa  225  8e-58  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.246785  normal  0.200278 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2307  transcriptional regulator, LysR family  46.13 
 
 		 304 aa  225  8e-58  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.870686  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4025  transcriptional regulator, LysR family  41.55 
 
 		 308 aa  221  1.9999999999999999e-56  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.854112  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1386  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  41.55 
 
 		 308 aa  221  1.9999999999999999e-56  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4022  LysR family transcriptional regulator  41.5 
 
 		 308 aa  219  5e-56  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000162423 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4080  LysR family transcriptional regulator  41.84 
 
 		 308 aa  218  7.999999999999999e-56  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1637  LysR family transcriptional regulator  41.5 
 
 		 308 aa  217  2e-55  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.841057  normal  0.105618 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1239  LysR family transcriptional regulator  41.5 
 
 		 308 aa  215  5.9999999999999996e-55  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.603267  hitchhiker  0.00000000418584 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1478  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  44.98 
 
 		 347 aa  215  8e-55  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4612  transcriptional regulator, LysR family  44.98 
 
 		 298 aa  214  9.999999999999999e-55  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.681307  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1597  putative transcriptional regulator LysR-type  41.89 
 
 		 308 aa  214  9.999999999999999e-55  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5712  LysR family transcriptional regulator  46.49 
 
 		 301 aa  213  2.9999999999999995e-54  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0283707 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3816  transcriptional regulator, LysR family  47.83 
 
 		 313 aa  213  3.9999999999999995e-54  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0677379  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0861  LysR family transcriptional regulator  44.76 
 
 		 325 aa  209  6e-53  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.278142  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1292  LysR family transcriptional regulator  40.61 
 
 		 308 aa  207  2e-52  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.781932 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0678  HTH-type transciptional regulator, LysR-family  39.04 
 
 		 291 aa  206  3e-52  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0849029  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1537  LysR family transcriptional regulator  40.21 
 
 		 307 aa  206  4e-52  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000000000701673  normal  0.891545 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0127  LysR family transcriptional regulator  40.88 
 
 		 308 aa  204  1e-51  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1763  LysR family transcriptional regulator  43.54 
 
 		 296 aa  202  5e-51  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3997  LysR family transcriptional regulator  46.98 
 
 		 323 aa  201  9.999999999999999e-51  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.256903  normal  0.0346423 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2817  LysR family transcriptional regulator  40 
 
 		 296 aa  198  7.999999999999999e-50  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0186  LysR family transcriptional regulator  39.12 
 
 		 296 aa  198  7.999999999999999e-50  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000312054  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1631  transcriptional regulator, LysR family  45.89 
 
 		 291 aa  194  1e-48  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.172115  normal  0.256911 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0726  LysR family transcriptional regulator  38.05 
 
 		 308 aa  192  5e-48  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.414898  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2180  LysR family transcriptional regulator  38.7 
 
 		 297 aa  191  1e-47  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.000148525  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3384  LysR family transcriptional regulator  36.68 
 
 		 295 aa  188  1e-46  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.478481  normal  0.271127 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0657  LysR family transcriptional regulator  35.37 
 
 		 297 aa  187  1e-46  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0325779  normal  0.831688 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_38480  FinR, transcriptional regulator, LysR-family  41.16 
 
 		 308 aa  187  2e-46  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03305  transcriptional regulator  39.52 
 
 		 305 aa  187  2e-46  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0783  transcriptional regulator, LysR family protein  39.25 
 
 		 300 aa  186  4e-46  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2131  LysR family transcriptional regulator  36.93 
 
 		 313 aa  185  7e-46  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002681  transcriptional regulator LysR family  38.1 
 
 		 308 aa  184  1.0000000000000001e-45  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.0000951441  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1844  LysR family transcription regulator  37.21 
 
 		 311 aa  183  3e-45  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  decreased coverage  0.00735854  normal  0.299605 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1907  LysR family transcriptional regulator  38.7 
 
 		 304 aa  182  5.0000000000000004e-45  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1031  LysR family transcriptional regulator  34.85 
 
 		 341 aa  180  2.9999999999999997e-44  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0953  transcriptional regulator, LysR family  41.38 
 
 		 294 aa  179  4e-44  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4023  LysR family transcriptional regulator  44.91 
 
 		 310 aa  179  4.999999999999999e-44  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.576826 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1857  LysR family transcriptional regulator  38.49 
 
 		 301 aa  175  8e-43  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.110484  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2531  LysR family transcriptional regulator  37.8 
 
 		 300 aa  173  3.9999999999999995e-42  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2680  transcriptional regulator, LysR family  41.14 
 
 		 308 aa  172  7.999999999999999e-42  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.578382  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1726  LysR family transcriptional regulator  29.39 
 
 		 294 aa  169  4e-41  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  decreased coverage  0.000000302117  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4699  LysR family substrate binding transcriptional regulator  34.46 
 
 		 296 aa  164  1.0000000000000001e-39  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2469  transcriptional regulator, LysR family protein  34.66 
 
 		 297 aa  162  7e-39  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.101022  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1454  LysR family transcriptional regulator  29.05 
 
 		 294 aa  160  3e-38  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0215589  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2471  LysR family transcriptional regulator  37.23 
 
 		 301 aa  157  3e-37  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.643373 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1882  LysR family transcriptional regulator  36.7 
 
 		 302 aa  154  2e-36  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0108244  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2387  LysR family transcriptional regulator  35.8 
 
 		 304 aa  153  2.9999999999999998e-36  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0274334 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0026  LysR family transcriptional regulator  36.39 
 
 		 295 aa  153  4e-36  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.615193  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1712  LysR family transcriptional regulator  33.94 
 
 		 303 aa  153  4e-36  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00125801 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05922  transcriptional regulator  33.57 
 
 		 324 aa  153  4e-36  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2404  LysR family transcriptional regulator  34.8 
 
 		 298 aa  153  4e-36  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000653141  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2375  LysR family transcriptional regulator  34.3 
 
 		 303 aa  153  4e-36  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0284  LysR family transcriptional regulator  30.07 
 
 		 294 aa  152  5.9999999999999996e-36  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0411  LysR family transcriptional regulator  31.31 
 
 		 308 aa  150  2e-35  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2879  LysR family transcriptional regulator  33.85 
 
 		 301 aa  150  2e-35  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00417764 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000192  transcriptional regulator LysR family  33.21 
 
 		 301 aa  150  2e-35  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0226889  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1791  LysR family transcriptional regulator  38.63 
 
 		 290 aa  151  2e-35  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.027343 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2495  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  38.18 
 
 		 292 aa  150  3e-35  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.197012  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1991  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 298 aa  149  5e-35  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.000000289116  hitchhiker  0.00000179151 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2609  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 299 aa  148  9e-35  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.000000141724  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0266  LysR family transcriptional regulator  33.66 
 
 		 313 aa  147  2.0000000000000003e-34  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.275341  normal  0.0743516 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2659  LysR family transcriptional regulator  33.66 
 
 		 313 aa  147  2.0000000000000003e-34  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.112809  normal  0.412166 
 
 
-
 
NC_004310  BR0029  LysR family transcriptional regulator  35 
 
 		 299 aa  146  3e-34  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.266984  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0030  LysR family transcriptional regulator  35 
 
 		 299 aa  146  3e-34  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>