236 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_0032 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



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Plasmid clonability

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Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007925  RPC_0342  PII uridylyl-transferase  85.3 
 
 
931 aa  1670  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.52528  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0414  PII uridylyl-transferase  57.8 
 
 
928 aa  1013  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.394312  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0682  PII uridylyl-transferase  45.64 
 
 
912 aa  740  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1811  PII uridylyl-transferase  43.67 
 
 
930 aa  712  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0594  PII uridylyl-transferase  90.89 
 
 
933 aa  1758  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0045  PII uridylyl-transferase  54.35 
 
 
968 aa  955  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.893675 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2787  PII uridylyl-transferase  46.77 
 
 
935 aa  739  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.565994  normal  0.190561 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0446  PII uridylyl-transferase  43.78 
 
 
893 aa  723  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0030  PII uridylyl-transferase  54.24 
 
 
968 aa  947  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.892083 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3539  PII uridylyl-transferase  47.28 
 
 
936 aa  786  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0226  PII uridylyl-transferase  82.24 
 
 
931 aa  1584  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.952956  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0116  PII uridylyl-transferase  94.75 
 
 
933 aa  1814  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.870381 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0424  PII uridylyl-transferase  54.75 
 
 
941 aa  932  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0032  PII uridylyl-transferase  100 
 
 
932 aa  1917  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.968292  normal  0.957944 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0897  PII uridylyl-transferase  41.46 
 
 
914 aa  689  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.88473 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2799  PII uridylyl-transferase  54.16 
 
 
937 aa  973  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1147  PII uridylyl-transferase  56.16 
 
 
1029 aa  1022  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.845695  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0382  PII uridylyl-transferase  56.77 
 
 
928 aa  1016  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.267202 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3956  PII uridylyl-transferase  41.86 
 
 
936 aa  693  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.619091  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0133  PII uridylyl-transferase  80.82 
 
 
925 aa  1527  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.633689  normal  0.494173 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2833  PII uridylyl-transferase  42.37 
 
 
943 aa  720  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.141519  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0284  PII uridylyl-transferase  63.76 
 
 
969 aa  1185  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.610069  normal  0.0372398 
 
 
-
 
NC_004310  BR0144  PII uridylyl-transferase  59.23 
 
 
934 aa  1074  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3602  PII uridylyl-transferase  50.81 
 
 
931 aa  936  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0914  PII uridylyl-transferase  41.17 
 
 
938 aa  644  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7648  PII uridylyl-transferase  82.62 
 
 
931 aa  1595  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.285774 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0139  PII uridylyl-transferase  59.12 
 
 
934 aa  1071  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0157  PII uridylyl-transferase  58.61 
 
 
934 aa  1072  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0335  PII uridylyl-transferase  56.7 
 
 
928 aa  1018  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.636952  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0458  PII uridylyl-transferase  43.67 
 
 
930 aa  712  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0418586  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0031  PII uridylyl-transferase  55.64 
 
 
949 aa  993  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  hitchhiker  4.04003e-05 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3127  PII uridylyl-transferase  54.23 
 
 
953 aa  930  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2185  PII uridylyl-transferase  57.3 
 
 
936 aa  1030  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  hitchhiker  0.00224079  normal  0.664857 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3543  PII uridylyl-transferase  58.92 
 
 
935 aa  1034  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.654766 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_4033  PII uridylyl-transferase  56.79 
 
 
912 aa  1008  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.23625  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0469  PII uridylyl-transferase  42.81 
 
 
930 aa  723  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.0882544 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0009  PII uridylyl-transferase  42.6 
 
 
941 aa  652  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0300  PII uridylyl-transferase  39.52 
 
 
989 aa  598  1e-169  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.940535  normal  0.172702 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1411  UTP-GlnB uridylyltransferase, GlnD  35.61 
 
 
924 aa  525  1e-147  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_3022  UTP-GlnB uridylyltransferase, GlnD  39.88 
 
 
936 aa  516  1e-145  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1820  protein-P-II uridylyltransferase, putative  33.72 
 
 
902 aa  459  1e-127  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.074397  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1877  UTP-GlnB uridylyltransferase, GlnD  33.37 
 
 
894 aa  452  1e-126  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1426  UTP-GlnB (protein PII) uridylyltransferase, GlnD  33.45 
 
 
899 aa  455  1e-126  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.918297  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2333  UTP-GlnB uridylyltransferase, GlnD  32.53 
 
 
894 aa  455  1e-126  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2766  (protein-PII) uridylyltransferase  47.71 
 
 
487 aa  434  1e-120  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.66342  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4188  PII uridylyl-transferase  33.69 
 
 
900 aa  431  1e-119  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.445496  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2384  metal dependent phosphohydrolase  32.34 
 
 
898 aa  431  1e-119  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1144  PII uridylyl-transferase  32.4 
 
 
900 aa  426  1e-118  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.206269  normal  0.972072 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1589  PII uridylyl-transferase  33.57 
 
 
900 aa  429  1e-118  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.590557 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0565  protein-P-II uridylyltransferase  33.29 
 
 
877 aa  423  1e-117  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.184337  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4084  PII uridylyl-transferase  32.75 
 
 
900 aa  425  1e-117  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.822232 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_39010  PII uridylyl-transferase  33.04 
 
 
899 aa  423  1e-117  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1739  PII uridylyl-transferase  32.33 
 
 
852 aa  422  1e-116  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3055  PII uridylyl-transferase  31.79 
 
 
899 aa  421  1e-116  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.460023  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1099  PII uridylyl-transferase  31.91 
 
 
900 aa  419  1e-115  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.30098  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2112  metal dependent phosphohydrolase  35.42 
 
 
927 aa  416  1e-115  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0838808  normal  0.131108 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1157  (Protein-PII) uridylyltransferase  34.13 
 
 
899 aa  417  1e-115  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2602  PII uridylyl-transferase  30.69 
 
 
900 aa  412  1e-113  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2691  UTP-GlnB uridylyltransferase, GlnD  30.45 
 
 
900 aa  407  1e-112  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.79049  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_17040  PII uridylyl-transferase  32.78 
 
 
900 aa  408  1e-112  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1481  PII uridylyl-transferase  32.7 
 
 
900 aa  406  1e-112  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.918327  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1499  UTP-GlnB uridylyltransferase, GlnD  31.99 
 
 
893 aa  408  1e-112  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.179178  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1532  [protein-pII] uridylyltransferase  31.44 
 
 
898 aa  406  1e-112  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2180  PII uridylyl-transferase  33.94 
 
 
858 aa  409  1e-112  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.234625  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2983  PII uridylyl-transferase  32.75 
 
 
890 aa  404  1e-111  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2457  PII uridylyl-transferase  33.25 
 
 
859 aa  403  1e-111  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.100241  hitchhiker  0.00205013 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1512  protein-P-II uridylyltransferase  32.42 
 
 
906 aa  404  1e-111  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1679  PII uridylyl-transferase  33.25 
 
 
859 aa  403  1e-111  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0894657  normal  0.0862944 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3167  PII uridylyl-transferase  32.43 
 
 
893 aa  400  1e-110  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0806  protein-P-II uridylyltransferase  32.74 
 
 
892 aa  401  1e-110  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.389764  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0939  PII uridylyl-transferase  32.72 
 
 
904 aa  400  1e-110  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.119925  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1433  PII uridylyl-transferase  32.93 
 
 
857 aa  401  1e-110  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000939305 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2253  UTP-GlnB uridylyltransferase, GlnD  33.85 
 
 
930 aa  397  1e-109  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1532  PII uridylyl-transferase  30.72 
 
 
856 aa  396  1e-109  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0731964  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3792  PII uridylyl-transferase  33 
 
 
892 aa  394  1e-108  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.991129  hitchhiker  0.000938474 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1692  metal dependent phosphohydrolase  33.61 
 
 
930 aa  396  1e-108  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.427674  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1865  UTP-GlnB uridylyltransferase, GlnD  31.47 
 
 
894 aa  394  1e-108  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.678957  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2164  UTP-GlnB uridylyltransferase, GlnD  34.05 
 
 
930 aa  394  1e-108  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.191815  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1883  PII uridylyl-transferase  33.33 
 
 
869 aa  392  1e-107  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.779236  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0561  PII uridylyl-transferase  32.49 
 
 
891 aa  392  1e-107  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.113275  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2496  PII uridylyl-transferase  32.38 
 
 
858 aa  390  1e-107  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0815155  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1340  PII uridylyl-transferase  32.39 
 
 
862 aa  390  1e-107  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.423567 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3362  PII uridylyl-transferase  32.1 
 
 
903 aa  392  1e-107  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1557  PII uridylyl-transferase  32.27 
 
 
858 aa  388  1e-106  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1255  PII uridylyl-transferase  33.58 
 
 
858 aa  388  1e-106  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0751944  normal 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1331  PII uridylyl-transferase  32.27 
 
 
858 aa  388  1e-106  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.118754  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3252  PII uridylyl-transferase  32.27 
 
 
858 aa  388  1e-106  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.131607  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1759  PII uridylyl-transferase  32.58 
 
 
875 aa  387  1e-106  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.308233 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2439  PII uridylyl-transferase  32.27 
 
 
858 aa  388  1e-106  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1341  PII uridylyl-transferase  32.05 
 
 
898 aa  389  1e-106  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.636582 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1276  PII uridylyl-transferase  32.14 
 
 
862 aa  388  1e-106  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.111517  normal  0.077343 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2054  PII uridylyl-transferase  33.33 
 
 
858 aa  388  1e-106  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2585  PII uridylyl-transferase  32.27 
 
 
858 aa  388  1e-106  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0783  PII uridylyl-transferase  33.53 
 
 
850 aa  387  1e-106  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.483078 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1923  PII uridylyl-transferase  33.5 
 
 
858 aa  388  1e-106  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.289399 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2025  PII uridylyl-transferase  33 
 
 
858 aa  389  1e-106  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00165  PII uridylyl-transferase  32.62 
 
 
890 aa  386  1e-106  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3493  PII uridylyl-transferase  32.62 
 
 
890 aa  386  1e-106  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.761936  normal 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2059  PII uridylyl-transferase  32.27 
 
 
858 aa  388  1e-106  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.222746  n/a   
 
 
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NC_012892  B21_00164  hypothetical protein  32.62 
 
 
890 aa  386  1e-106  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.920413  n/a   
 
 
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