66 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_4148 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010322  PputGB1_4148  phage transcriptional regulator, AlpA  100 
 
 		 55 aa  115  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.260842  normal  0.601946 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3994  phage transcriptional regulator, AlpA  47.17 
 
 		 78 aa  58.2  0.00000004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.168145  normal  0.273173 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2530  phage transcriptional regulator, AlpA  43.4 
 
 		 71 aa  53.9  0.0000007  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0893  AlpA family protein  49.06 
 
 		 66 aa  52  0.000003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3863  AlpA family protein  49.06 
 
 		 66 aa  52  0.000003  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0520497  hitchhiker  0.0087856 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0948  phage transcriptional regulator, AlpA  49.06 
 
 		 66 aa  52  0.000003  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3413  phage transcriptional regulator, AlpA  49.02 
 
 		 71 aa  51.2  0.000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00533865 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0668  hypothetical protein  43.4 
 
 		 65 aa  51.2  0.000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.778257  hitchhiker  0.000000528136 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2153  phage transcriptional regulator, AlpA  40.82 
 
 		 81 aa  49.7  0.00001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2334  hypothetical protein  45.65 
 
 		 72 aa  47.8  0.00005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.31954  hitchhiker  0.0000000198775 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2092  hypothetical protein  45.65 
 
 		 72 aa  47.8  0.00005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2904  phage transcriptional regulator, AlpA  45.1 
 
 		 68 aa  47.4  0.00006  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.438187 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1424  phage transcriptional regulator, AlpA  41.18 
 
 		 61 aa  47  0.00008  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.435044  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2907  hypothetical protein  42.86 
 
 		 69 aa  47  0.00009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00184004 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1156  phage transcriptional regulator, AlpA  42.31 
 
 		 71 aa  47  0.00009  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2878  phage transcriptional regulator, AlpA  35.85 
 
 		 68 aa  47  0.00009  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.891339  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0522  phage transcriptional regulator  40 
 
 		 73 aa  46.6  0.0001  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.527959  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2205  Phage AlpA family protein  36.36 
 
 		 64 aa  46.2  0.0001  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4777  hypothetical protein  40 
 
 		 76 aa  46.2  0.0001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.606513  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0763  AlpA family protein  37.04 
 
 		 69 aa  46.2  0.0002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1730  phage transcriptional regulator, AlpA  46.94 
 
 		 72 aa  45.8  0.0002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.907409  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1687  phage transcriptional regulator, AlpA  46.94 
 
 		 64 aa  45.8  0.0002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2372  prophage CP4-57 regulatory  35.29 
 
 		 67 aa  45.8  0.0002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.296006  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0412  Phage transcriptional regulator, AlpA  40.38 
 
 		 75 aa  45.8  0.0002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.338686  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2812  phage transcriptional regulator, AlpA  42.86 
 
 		 72 aa  45.4  0.0003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.652167  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4782  AlpA family transcriptional regulator  37.25 
 
 		 77 aa  45.1  0.0003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.320716 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3196  AlpA family transcriptional regulator  37.25 
 
 		 78 aa  45.1  0.0003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4887  prophage CP4-57 regulatory protein AlpA  33.33 
 
 		 92 aa  45.4  0.0003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2135  prophage CP4-57 regulatory protein AlpA  33.33 
 
 		 92 aa  45.4  0.0003  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2677  transcriptional regulator  35.85 
 
 		 70 aa  45.1  0.0003  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3391  prophage CP4-57 regulatory protein  37.25 
 
 		 76 aa  45.1  0.0004  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3885  phage transcriptional regulator, AlpA  36.54 
 
 		 68 aa  45.1  0.0004  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1382  transcriptional regulator  38.78 
 
 		 68 aa  45.1  0.0004  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1159  phage transcriptional regulator, AlpA  43.75 
 
 		 62 aa  44.3  0.0006  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0925485  normal  0.345427 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3140  phage transcriptional regulator, AlpA  33.96 
 
 		 68 aa  44.3  0.0006  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1777  phage transcriptional regulator, AlpA  42.86 
 
 		 73 aa  44.3  0.0006  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.235945 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_04065  phage transcriptional regulator, AlpA  38.46 
 
 		 80 aa  43.9  0.0007  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0381  phage transcriptional regulator, AlpA  39.22 
 
 		 66 aa  43.5  0.001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000563179 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1496  phage transcriptional regulator, AlpA  42.31 
 
 		 64 aa  43.5  0.001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1667  phage transcriptional regulator, AlpA  40.82 
 
 		 70 aa  43.5  0.001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.215931  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0653  phage transcriptional regulator, AlpA  44.9 
 
 		 75 aa  42.4  0.002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0437376  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0243  phage transcriptional regulator, AlpA  38.46 
 
 		 74 aa  42.4  0.002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.95474  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0481  phage transcriptional regulator, AlpA  40.82 
 
 		 70 aa  42.7  0.002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.922024  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1076  prophage CP4-57 regulatory protein AlpA  31.48 
 
 		 68 aa  42.4  0.002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.154592 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3522  phage transcriptional regulator, AlpA  38.78 
 
 		 65 aa  42.4  0.002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_17010  Prophage CP4-57 regulatory, AlpA-like protein  42.86 
 
 		 95 aa  42.4  0.002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0635  phage transcriptional regulator, AlpA  40.82 
 
 		 72 aa  42  0.003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.1566  normal  0.0401138 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1260  phage transcriptional regulator, AlpA  38.78 
 
 		 67 aa  41.6  0.003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3697  phage transcriptional regulator, AlpA  38 
 
 		 67 aa  41.2  0.004  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0664555  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3709  phage transcriptional regulator, AlpA  38 
 
 		 67 aa  41.2  0.004  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3429  DNA-binding protein, putative  42.86 
 
 		 80 aa  41.2  0.004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  hitchhiker  0.000259221  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1897  hypothetical protein  29.17 
 
 		 71 aa  41.6  0.004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.088473  normal  0.90287 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2332  phage transcriptional regulator, AlpA  38.78 
 
 		 72 aa  41.6  0.004  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0434  putative prophage CP4-57 regulatory protein  36.54 
 
 		 72 aa  41.6  0.004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0988805  normal  0.918772 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3550  phage transcriptional regulator, AlpA  38 
 
 		 67 aa  41.2  0.005  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0102  phage transcriptional regulator, AlpA  40.82 
 
 		 71 aa  41.2  0.005  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.11769 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1000  phage transcriptional regulator, AlpA  38.78 
 
 		 72 aa  40.8  0.006  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3285  phage transcriptional regulator, AlpA  34 
 
 		 71 aa  40.8  0.007  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.597574  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2913  phage transcriptional regulator, AlpA  34 
 
 		 71 aa  40.4  0.007  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4693  AlpA family transcriptional regulator  39.53 
 
 		 57 aa  40.4  0.008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1935  phage transcriptional regulator, AlpA  34.62 
 
 		 75 aa  40.4  0.009  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1597  phage transcriptional regulator, AlpA  38.78 
 
 		 72 aa  40.4  0.009  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2993  Phage transcriptional regulator, AlpA  36.73 
 
 		 86 aa  40  0.01  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02082  phage transcriptional regulator, AlpA  32.69 
 
 		 70 aa  40  0.01  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.376453  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1390  phage transcriptional regulator, AlpA  32.08 
 
 		 70 aa  40  0.01  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3427  phage transcriptional regulator, AlpA  37.25 
 
 		 70 aa  40  0.01  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>