61 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smal_2530 on replicon NC_011071
Organism: Stenotrophomonas maltophilia R551-3



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011071  Smal_2530  phage transcriptional regulator, AlpA  100 
 
 
71 aa  142  2e-33  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3140  phage transcriptional regulator, AlpA  37.93 
 
 
68 aa  55.1  0.0000003  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4148  phage transcriptional regulator, AlpA  43.4 
 
 
55 aa  53.9  0.0000007  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.260842  normal  0.601946 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2205  Phage AlpA family protein  43.4 
 
 
64 aa  53.9  0.0000008  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1730  phage transcriptional regulator, AlpA  42.37 
 
 
72 aa  53.5  0.000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.907409  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2372  prophage CP4-57 regulatory  44.64 
 
 
67 aa  52.4  0.000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.296006  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3429  DNA-binding protein, putative  41.38 
 
 
80 aa  52  0.000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  hitchhiker  0.000259221  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4887  prophage CP4-57 regulatory protein AlpA  33.9 
 
 
92 aa  51.6  0.000004  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2135  prophage CP4-57 regulatory protein AlpA  33.9 
 
 
92 aa  51.6  0.000004  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1076  prophage CP4-57 regulatory protein AlpA  35.59 
 
 
68 aa  51.6  0.000004  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.154592 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4782  AlpA family transcriptional regulator  34.48 
 
 
77 aa  51.6  0.000004  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.320716 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2878  phage transcriptional regulator, AlpA  34.48 
 
 
68 aa  51.2  0.000005  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.891339  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3391  prophage CP4-57 regulatory protein  34.48 
 
 
76 aa  51.2  0.000005  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3196  AlpA family transcriptional regulator  34.48 
 
 
78 aa  50.4  0.000008  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3994  phage transcriptional regulator, AlpA  44.64 
 
 
78 aa  49.3  0.00002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.168145  normal  0.273173 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0763  AlpA family protein  32.76 
 
 
69 aa  48.9  0.00002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4693  AlpA family transcriptional regulator  35.85 
 
 
57 aa  48.1  0.00004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0893  AlpA family protein  42.11 
 
 
66 aa  47.4  0.00006  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0948  phage transcriptional regulator, AlpA  42.11 
 
 
66 aa  47.4  0.00006  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3863  AlpA family protein  42.11 
 
 
66 aa  47.4  0.00006  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0520497  hitchhiker  0.0087856 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_04065  phage transcriptional regulator, AlpA  43.4 
 
 
80 aa  47.4  0.00007  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1258  phage transcriptional regulator, AlpA  38.18 
 
 
61 aa  46.2  0.0001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.496683 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1777  phage transcriptional regulator, AlpA  35.71 
 
 
73 aa  47  0.0001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.235945 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0668  hypothetical protein  37.29 
 
 
65 aa  45.8  0.0002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.778257  hitchhiker  0.000000528136 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1390  phage transcriptional regulator, AlpA  29.31 
 
 
70 aa  45.4  0.0002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0381  phage transcriptional regulator, AlpA  37.7 
 
 
66 aa  45.8  0.0002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000563179 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3427  phage transcriptional regulator, AlpA  36.21 
 
 
70 aa  45.4  0.0003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2092  hypothetical protein  40.35 
 
 
72 aa  45.1  0.0004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2334  hypothetical protein  40.35 
 
 
72 aa  45.1  0.0004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.31954  hitchhiker  0.0000000198775 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3885  phage transcriptional regulator, AlpA  38.6 
 
 
68 aa  45.1  0.0004  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1260  phage transcriptional regulator, AlpA  37.5 
 
 
67 aa  45.1  0.0004  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3522  phage transcriptional regulator, AlpA  37.5 
 
 
65 aa  45.1  0.0004  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2950  hypothetical protein  43.4 
 
 
103 aa  43.9  0.0007  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.058037  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3413  phage transcriptional regulator, AlpA  38.89 
 
 
71 aa  43.9  0.0008  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00533865 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2784  phage transcriptional regulator, AlpA  32.2 
 
 
66 aa  43.9  0.0008  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.834885  normal  0.857348 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2907  hypothetical protein  40.35 
 
 
69 aa  43.9  0.0008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00184004 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1496  phage transcriptional regulator, AlpA  36.84 
 
 
64 aa  43.5  0.001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0962  putative bacteriophage DNA-binding transcription regulator protein  32.14 
 
 
88 aa  43.1  0.001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.907406 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1156  phage transcriptional regulator, AlpA  37.25 
 
 
71 aa  43.5  0.001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0384  phage transcriptional regulator, AlpA  35.48 
 
 
65 aa  43.1  0.001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000580996 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1700  phage transcriptional regulator, AlpA  36 
 
 
64 aa  43.1  0.001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.843747  normal  0.0591517 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2677  transcriptional regulator  35.82 
 
 
70 aa  42.7  0.002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3550  phage transcriptional regulator, AlpA  34.55 
 
 
67 aa  42.4  0.002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40550  prophage CP4-57 regulatory protein  35.29 
 
 
74 aa  42.4  0.002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3697  phage transcriptional regulator, AlpA  34.55 
 
 
67 aa  42.4  0.002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0664555  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3709  phage transcriptional regulator, AlpA  34.55 
 
 
67 aa  42.4  0.002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1159  phage transcriptional regulator, AlpA  29.09 
 
 
62 aa  42.4  0.002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0925485  normal  0.345427 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1424  phage transcriptional regulator, AlpA  37.7 
 
 
61 aa  42  0.003  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.435044  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0412  Phage transcriptional regulator, AlpA  36.73 
 
 
75 aa  42  0.003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.338686  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1687  phage transcriptional regulator, AlpA  36.84 
 
 
64 aa  42  0.003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3285  phage transcriptional regulator, AlpA  36.36 
 
 
71 aa  42  0.003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.597574  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2913  phage transcriptional regulator, AlpA  36.36 
 
 
71 aa  41.6  0.003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1382  transcriptional regulator  36.73 
 
 
68 aa  41.6  0.004  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_17010  Prophage CP4-57 regulatory, AlpA-like protein  36.67 
 
 
95 aa  41.6  0.004  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1935  phage transcriptional regulator, AlpA  31.25 
 
 
75 aa  41.2  0.004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2153  phage transcriptional regulator, AlpA  37.25 
 
 
81 aa  41.2  0.005  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004310  phage transcriptional regulator AlpA  28.12 
 
 
66 aa  41.2  0.005  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.207831  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02082  phage transcriptional regulator, AlpA  37.29 
 
 
70 aa  40.4  0.008  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.376453  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2904  phage transcriptional regulator, AlpA  36.84 
 
 
68 aa  40.4  0.008  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.438187 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3120  phage transcriptional regulator, AlpA  28.33 
 
 
86 aa  40.4  0.009  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0522  phage transcriptional regulator  28 
 
 
73 aa  40.4  0.009  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.527959  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>