More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_2604 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010322  PputGB1_2604  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  100 
 
 
215 aa  423  1e-117  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.526451  decreased coverage  0.0032525 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2849  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  71.16 
 
 
215 aa  308  5.9999999999999995e-83  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0467618  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3497  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  60.47 
 
 
215 aa  267  8.999999999999999e-71  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2935  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  44.71 
 
 
220 aa  175  4e-43  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1045  polar amino acid ABC transporter inner membrane subunit  41.1 
 
 
216 aa  171  1e-41  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1728  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  43.33 
 
 
219 aa  170  2e-41  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2505  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  44.9 
 
 
222 aa  170  2e-41  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.110474  normal  0.780737 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2509  polar amino acid ABC transporter inner membrane protein  43.33 
 
 
219 aa  169  3e-41  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.352919 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4986  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  42.86 
 
 
222 aa  168  4e-41  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.86981 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2032  amino acid ABC transporter permease  42.79 
 
 
220 aa  168  5e-41  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0226  polar amino acid ABC transporter inner membrane subunit  42.86 
 
 
222 aa  168  6e-41  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00679283 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0241  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  42.86 
 
 
222 aa  168  6e-41  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.213346 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1255  amino acid ABC transporter, permease protein  42.86 
 
 
219 aa  167  9e-41  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1807  His/Glu/Gln/Arg/opine amino acid ABC transporter permease  42.86 
 
 
219 aa  167  9e-41  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1823  His/Glu/Gln/Arg/opine amino acid ABC transporter permease  42.86 
 
 
219 aa  167  9e-41  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.118724  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1738  His/Glu/Gln/Arg/opine amino acid ABC transporter permease  42.86 
 
 
219 aa  167  9e-41  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.094824  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0766  His/Glu/Gln/Arg/opine amino acid ABC transporter permease  42.86 
 
 
219 aa  167  9e-41  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0399907  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1976  amino acid ABC transporter, permease protein  42.86 
 
 
230 aa  167  1e-40  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0396  His/Glu/Gln/Arg/opine amino acid ABC transporter permease  42.86 
 
 
230 aa  167  1e-40  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.310385  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2513  amino acid ABC transporter, permease protein  42.86 
 
 
274 aa  166  2e-40  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.152618  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2167  L-cystine transport system permease TcyB  42.86 
 
 
222 aa  166  2e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0765863  hitchhiker  0.00000339309 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0716  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  40.64 
 
 
216 aa  166  2.9999999999999998e-40  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.267737  normal  0.0337978 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2114  glutamine-binding periplasmic protein/glutamine transport system permease protein  42.86 
 
 
222 aa  166  2.9999999999999998e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000000000270288 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0343  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  41.15 
 
 
216 aa  165  5e-40  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1046  L-cystine ABC transporter, permease protein  42.35 
 
 
222 aa  165  5.9999999999999996e-40  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.0095554  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2152  L-cystine ABC transporter, permease protein  40 
 
 
222 aa  164  6.9999999999999995e-40  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00489018  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1168  amino acid ABC transporter, His/Glu/Gln/Arg/opine family, permease protein  42.86 
 
 
222 aa  164  6.9999999999999995e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.066667  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2692  L-cystine ABC transporter, permease protein  42.35 
 
 
222 aa  164  6.9999999999999995e-40  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0324102  normal  0.0361809 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0325  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  41.15 
 
 
216 aa  164  6.9999999999999995e-40  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2108  amino acid ABC transporter His/Glu/Gln/Arg/opine family, permease  42.86 
 
 
222 aa  164  6.9999999999999995e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.0113123 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1728  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  42.35 
 
 
222 aa  164  9e-40  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000424447  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1264  L-cystine ABC transporter, permease protein  42.35 
 
 
222 aa  164  9e-40  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0917804  normal  0.0118842 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1721  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  42.35 
 
 
222 aa  164  9e-40  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.796808 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2017  L-cystine ABC transporter, permease protein  42.35 
 
 
222 aa  164  9e-40  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0245386  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1291  His/Glu/Gln/Arg/opine family amino acid ABC transporter permease  42.86 
 
 
222 aa  164  1.0000000000000001e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000201601 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1057  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  38.5 
 
 
216 aa  162  3e-39  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.0000168875  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0469  ectoine/hydroxyectoine ABC transporter, permease protein EhuC  39.71 
 
 
216 aa  162  3e-39  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2008  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  43.54 
 
 
222 aa  162  4.0000000000000004e-39  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0198583  decreased coverage  0.00681365 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0357  amino acid ABC transporter permease  43.81 
 
 
222 aa  161  5.0000000000000005e-39  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5181  cystine ABC transporter, permease protein, putative  43.81 
 
 
222 aa  161  6e-39  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0250  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  42.86 
 
 
222 aa  160  1e-38  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2375  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  44.16 
 
 
220 aa  157  1e-37  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.617605  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2273  amino acid ABC transporter, permease protein  44.16 
 
 
220 aa  157  1e-37  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0243  amino acid ABC transporter permease  42.79 
 
 
221 aa  156  2e-37  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0296123  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3584  amino acid ABC transporter permease  39.42 
 
 
223 aa  156  3e-37  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.495139  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1927  glutamine-binding periplasmic protein/glutamine transport system permease protein  41.09 
 
 
222 aa  156  3e-37  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2587  amino acid ABC transporter permease  40.67 
 
 
234 aa  155  4e-37  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.727948  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1528  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  40.18 
 
 
230 aa  154  7e-37  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.85059 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1680  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  39.73 
 
 
230 aa  154  7e-37  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0758513 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1474  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  40.64 
 
 
259 aa  154  1e-36  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4694  ABC polar amino acid transporter, inner membrane subunit  39.73 
 
 
230 aa  154  1e-36  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.586539  normal  0.763943 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1039  amino acid ABC transporter permease  41.51 
 
 
222 aa  154  1e-36  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.549744  normal  0.0386437 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3132  amino acid ABC transporter permease  39.07 
 
 
222 aa  154  1e-36  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.9281  normal  0.0247415 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1453  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  40.64 
 
 
259 aa  154  1e-36  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0639  amino acid ABC transporter, permease protein  44.04 
 
 
226 aa  153  1e-36  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.304387  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0406  ABC transporter permease  39.11 
 
 
230 aa  153  2e-36  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1552  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  40.18 
 
 
230 aa  153  2e-36  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1759  putative ABC transporter, permease protein  40.59 
 
 
228 aa  152  2.9999999999999998e-36  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  hitchhiker  0.00086145  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2350  His/Glu/Gln/Arg/opine amino acid ABC transporter amino acid-binding protein/permease  39.71 
 
 
502 aa  152  4e-36  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.140877  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2062  glutamine-binding periplasmic protein of glutamine ABC transporter  39.71 
 
 
502 aa  151  5.9999999999999996e-36  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0760  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  39.3 
 
 
232 aa  151  7e-36  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.522965  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0813  amino acid ABC transporter permease  39.3 
 
 
235 aa  151  7e-36  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.803947  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0856  amino acid ABC transporter permease  39.3 
 
 
235 aa  151  7e-36  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.926936  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5480  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  38.39 
 
 
219 aa  151  8e-36  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0946  amino acid ABC transporter, permease protein  39.3 
 
 
234 aa  151  8.999999999999999e-36  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0761  amino acid ABC transporter, permease  38.81 
 
 
226 aa  150  1e-35  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0754  amino acid ABC transporter, permease  38.81 
 
 
232 aa  150  1e-35  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.200013  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0909  amino acid ABC transporter, permease protein  39.3 
 
 
209 aa  150  1e-35  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0166995  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1036  amino acid ABC transporter, permease protein  39.3 
 
 
209 aa  150  1e-35  Bacillus cereus AH187  Bacteria  decreased coverage  0.0000692373  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0688  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  38.81 
 
 
232 aa  150  1e-35  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.452276  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0948  amino acid ABC transporter, permease protein  39.3 
 
 
209 aa  150  1e-35  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4164  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  41.51 
 
 
226 aa  149  2e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0582  His/Glu/Gln/Arg/opine ABC transporter permease  39.35 
 
 
223 aa  150  2e-35  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4429  amino acid ABC transporter, permease protein  38.81 
 
 
209 aa  150  2e-35  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.21779  normal  0.228122 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7225  ABC transporter membrane spanning protein (amino acid)  44.95 
 
 
219 aa  149  3e-35  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1548  His/Glu/Gln/Arg/opine ABC transporter permease  40.21 
 
 
219 aa  149  3e-35  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2054  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  36.4 
 
 
233 aa  149  4e-35  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0568  amino acid ABC transporter permease  38.89 
 
 
223 aa  149  4e-35  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0162  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  38.97 
 
 
222 aa  148  6e-35  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3475  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  38.42 
 
 
219 aa  148  7e-35  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.646385  normal 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3744  ABC amino acid transporter, inner membrane subunit  38.42 
 
 
219 aa  147  8e-35  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3092  His/Glu/Gln/Arg/opine ABC transporter permease  39.69 
 
 
219 aa  147  9e-35  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1127  amino acid ABC transporter permease  35.5 
 
 
237 aa  147  9e-35  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3004  polar amino acid ABC transporter permease  39.69 
 
 
219 aa  147  9e-35  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3057  polar amino acid ABC transporter permease  39.69 
 
 
219 aa  147  1.0000000000000001e-34  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2114  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  39.11 
 
 
230 aa  147  1.0000000000000001e-34  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0835  amino acid ABC transporter inner membrane protein  38.46 
 
 
219 aa  147  1.0000000000000001e-34  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.0932034 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_04080  putative permease of ABC transporter  39.11 
 
 
230 aa  147  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0776  polar amino acid ABC transporter permease  39.18 
 
 
219 aa  146  2.0000000000000003e-34  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2135  His/Glu/Gln/Arg/opine ABC transporter permease  39.18 
 
 
219 aa  146  2.0000000000000003e-34  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2004  polar amino acid ABC transporter permease  39.18 
 
 
219 aa  146  2.0000000000000003e-34  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.695709  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2850  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  42.64 
 
 
219 aa  146  2.0000000000000003e-34  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2610  polar amino acid ABC transporter permease  39.18 
 
 
219 aa  146  2.0000000000000003e-34  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.703731  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0728  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  38.24 
 
 
221 aa  145  3e-34  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000362636  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3137  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  42.78 
 
 
226 aa  144  7.0000000000000006e-34  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.490493  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1460  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  39.81 
 
 
268 aa  144  1e-33  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1072  amino acid ABC transporter permease  45.18 
 
 
240 aa  143  2e-33  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2154  Beta tubulin, autoregulation binding site  38.92 
 
 
222 aa  143  2e-33  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0683  amino acid ABC transporter, permease protein  43.52 
 
 
226 aa  142  4e-33  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1570  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  38.69 
 
 
219 aa  142  4e-33  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  normal  0.324967 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>