More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pnuc_1998 on replicon NC_009379
Organism: Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009379  Pnuc_1998  NAD-dependent epimerase/dehydratase  100 
 
 
302 aa  618  1e-176  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1713  NAD-dependent epimerase/dehydratase  84.72 
 
 
229 aa  407  1e-113  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0087  putative NADH-ubiquinone oxidoreductase protein  49.48 
 
 
334 aa  260  2e-68  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.645522 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3663  NADH dehydrogenase  47.4 
 
 
334 aa  255  6e-67  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3340  NADH dehydrogenase  47.06 
 
 
334 aa  254  1e-66  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0177  NAD-dependent epimerase/dehydratase  43.73 
 
 
340 aa  248  9e-65  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.440205 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0220  NAD-dependent epimerase/dehydratase:3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase:dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  43.39 
 
 
340 aa  243  2e-63  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3737  NADH dehydrogenase  47.64 
 
 
317 aa  237  2e-61  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.288709  normal  0.886457 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0199  hypothetical protein  47.27 
 
 
317 aa  235  7e-61  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2899  NADH dehydrogenase  44.57 
 
 
318 aa  224  9e-58  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.328837  normal  0.117785 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0701  NAD-dependent epimerase/dehydratase  44.2 
 
 
318 aa  225  9e-58  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3028  NAD-dependent epimerase/dehydratase  45.52 
 
 
319 aa  223  2e-57  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.563899 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3910  NAD-dependent epimerase/dehydratase  43.88 
 
 
318 aa  222  5e-57  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.835741  normal  0.353507 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2419  NAD-dependent epimerase/dehydratase  45.04 
 
 
319 aa  219  4e-56  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3033  NAD-dependent epimerase/dehydratase  45.04 
 
 
319 aa  219  4e-56  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3052  NADH dehydrogenase  44.68 
 
 
319 aa  219  5e-56  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0275567 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6380  NAD-dependent epimerase/dehydratase  44.33 
 
 
319 aa  218  9e-56  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.851831  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2944  NADH dehydrogenase (ubiquinone)  45.74 
 
 
319 aa  215  7e-55  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.808799  normal  0.557805 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3078  NAD-dependent epimerase/dehydratase  45.04 
 
 
319 aa  211  1e-53  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4134  NAD-dependent epimerase/dehydratase:3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase:dTDP-4-dehydrorhamnose reductase:NmrA-like  43.37 
 
 
320 aa  209  5e-53  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0029  NAD-dependent epimerase/dehydratase  42.41 
 
 
320 aa  208  1e-52  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2361  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  38.55 
 
 
345 aa  203  3e-51  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.252137 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0110  NADH dehydrogenase  43.66 
 
 
321 aa  203  3e-51  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00120981 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0332  NAD-dependent epimerase/dehydratase  43.06 
 
 
314 aa  202  5e-51  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2450  NAD-dependent epimerase/dehydratase  43.24 
 
 
312 aa  201  1e-50  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3296  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  43.37 
 
 
316 aa  199  6e-50  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.587332  normal  0.308743 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0390  NAD-dependent epimerase/dehydratase  40.97 
 
 
320 aa  197  2e-49  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3466  NAD-dependent epimerase/dehydratase  39.93 
 
 
318 aa  193  2e-48  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.826321  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2690  NAD-dependent epimerase/dehydratase  40.6 
 
 
319 aa  193  3e-48  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1078  NAD-dependent epimerase/dehydratase  38.7 
 
 
338 aa  191  9e-48  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0963  male sterility protein  38.7 
 
 
338 aa  191  9e-48  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0270  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  42.65 
 
 
319 aa  191  1e-47  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3363  putative NADH-ubiquinone oxidoreductase  42.65 
 
 
319 aa  191  1e-47  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2107  putative NADH-ubiquinone oxidoreductase  42.65 
 
 
319 aa  191  1e-47  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2985  putative NADH-ubiquinone oxidoreductase  42.65 
 
 
319 aa  191  1e-47  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0258  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  42.65 
 
 
320 aa  191  2e-47  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.3276  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3315  NADH-ubiquinone oxidoreductase, putative  42.6 
 
 
312 aa  190  2e-47  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0455  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  42.65 
 
 
319 aa  190  3e-47  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0593  NAD-dependent epimerase/dehydratase  39.32 
 
 
316 aa  186  4e-46  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.490453  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0234  NADH-ubiquinone oxidoreductase, putative  41.58 
 
 
319 aa  185  7e-46  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2260  NAD-dependent epimerase/dehydratase  39.86 
 
 
321 aa  185  7e-46  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  hitchhiker  2.70425e-05 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2454  NAD-dependent epimerase/dehydratase  39.13 
 
 
320 aa  184  2e-45  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3627  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.52 
 
 
295 aa  149  4e-35  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2332  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.67 
 
 
320 aa  149  5e-35  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.665439  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3144  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32 
 
 
294 aa  149  7e-35  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3561  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.09 
 
 
295 aa  148  1e-34  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0113  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.87 
 
 
321 aa  147  1e-34  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  hitchhiker  0.00247828  normal  0.481083 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0977  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.22 
 
 
294 aa  146  4e-34  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0152042  normal  0.193057 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0385  NADH dehydrogenase subunit, putative  34.36 
 
 
294 aa  144  2e-33  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0898  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.45 
 
 
309 aa  141  1e-32  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.760567  normal  0.885082 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0016  3-beta-hydroxy-delta(5)-steroid dehydrogenase  33.11 
 
 
340 aa  140  3e-32  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2820  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  32.06 
 
 
329 aa  139  5e-32  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0203208  normal  0.613644 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2136  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  35.82 
 
 
312 aa  139  6e-32  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0184  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.22 
 
 
296 aa  138  9e-32  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0197  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.23 
 
 
321 aa  137  2e-31  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0332  NADH dehydrogenase (ubiquinone)  32.19 
 
 
307 aa  135  6e-31  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.171865  normal  0.33471 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0046  NADH dehydrogenase (ubiquinone)  30.55 
 
 
321 aa  134  2e-30  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0246  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  30.45 
 
 
327 aa  134  2e-30  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1481  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.37 
 
 
309 aa  133  3e-30  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0783672  hitchhiker  3.70596e-05 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0437  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.21 
 
 
349 aa  133  4e-30  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1410  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.1 
 
 
306 aa  132  6e-30  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.217032  normal  0.873139 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0369  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.39 
 
 
381 aa  132  6e-30  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0842718  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA1041  NADH-ubiquinone oxidoreductase, putative  30.9 
 
 
328 aa  132  8e-30  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0166  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.63 
 
 
353 aa  132  8e-30  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0980  putative NADH-ubiquinone oxidoreductase  30.9 
 
 
328 aa  132  1e-29  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.687755  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0755  NADH dehydrogenase (ubiquinone)  32.47 
 
 
389 aa  130  2e-29  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1891  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.41 
 
 
298 aa  130  2e-29  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.0168492  normal  0.486121 
 
 
-
 
NC_002978  WD1129  NADH-ubiquinone oxidoreductase, putative  29.5 
 
 
316 aa  130  4e-29  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1340  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.84 
 
 
328 aa  129  5e-29  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.112176  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1668  NADH dehydrogenase (ubiquinone)  33.73 
 
 
316 aa  128  1e-28  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0374  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.11 
 
 
299 aa  128  1e-28  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.932671  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1007  NADH dehydrogenase  31.17 
 
 
389 aa  127  2e-28  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4953  NADH dehydrogenase  31.66 
 
 
318 aa  127  3e-28  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.575257  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1049  NADH dehydrogenase (ubiquinone)  30.49 
 
 
412 aa  125  8e-28  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0660  dehydrogenase  31.12 
 
 
321 aa  125  9e-28  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.173269 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1318  NADH dehydrogenase  30.49 
 
 
389 aa  125  1e-27  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.131603 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0380  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.06 
 
 
294 aa  125  1e-27  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.270994  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1308  NADH dehydrogenase (ubiquinone)  29.12 
 
 
336 aa  125  1e-27  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1299  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.16 
 
 
291 aa  124  2e-27  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1151  NADH-ubiquinone oxidoreductase  28.91 
 
 
328 aa  124  2e-27  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0035  NADH-ubiquinone oxidoreductase, putativ  30.6 
 
 
320 aa  124  2e-27  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2812  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.91 
 
 
328 aa  124  2e-27  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.626398  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0107  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.67 
 
 
308 aa  123  5e-27  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0020  nucleoside-diphosphate-sugar epimerases  32.02 
 
 
297 aa  122  6e-27  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  1.12867e-14  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0386  NADH-ubiquinone oxidoreductase family protein  29.39 
 
 
340 aa  122  6e-27  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0173  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  30.18 
 
 
321 aa  122  8e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0183  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.8 
 
 
322 aa  121  1e-26  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.922509  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0063  putative NADH-ubiquinone oxidoreductase,-like protein  30.86 
 
 
320 aa  121  1e-26  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0490  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.06 
 
 
298 aa  120  2e-26  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3590  ubiquinone dependent NADH dehydrogenase  27.84 
 
 
327 aa  120  4e-26  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.885976  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1691  NADH dehydrogenase (ubiquinone)  31.89 
 
 
328 aa  119  8e-26  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  hitchhiker  0.0053937  hitchhiker  6.12217e-07 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2776  NADH dehydrogenase  28.37 
 
 
328 aa  118  1e-25  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.424947  normal 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1223  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.29 
 
 
287 aa  118  1e-25  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  decreased coverage  1.6396e-13  n/a   
 
 
-
 
NC_009364  OSTLU_26150  predicted protein  29.07 
 
 
366 aa  117  3e-25  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  normal  0.22468 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2629  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.34 
 
 
309 aa  117  3e-25  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.262596  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3602  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.53 
 
 
323 aa  116  4e-25  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.692612  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2704  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.34 
 
 
308 aa  114  2e-24  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.135035  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0492  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.79 
 
 
330 aa  112  9e-24  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0297  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.51 
 
 
306 aa  110  3e-23  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4323  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.37 
 
 
326 aa  108  8e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>