More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plav_0143 on replicon NC_009719
Organism: Parvibaculum lavamentivorans DS-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009719  Plav_0143  tryptophan synthase subunit beta  100 
 
 		 405 aa  837    Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3887  tryptophan synthase subunit beta  76.23 
 
 		 410 aa  644    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.85731 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2507  tryptophan synthase subunit beta  78.95 
 
 		 406 aa  662    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.050152  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1693  tryptophan synthase subunit beta  76.19 
 
 		 405 aa  640    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.738848  hitchhiker  0.000000703836 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0158  tryptophan synthase, beta subunit  77.16 
 
 		 409 aa  640    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.994719  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0176  tryptophan synthase subunit beta  75.54 
 
 		 430 aa  648    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_02120  tryptophan synthase subunit beta  78.23 
 
 		 406 aa  652    Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0034  tryptophan synthase subunit beta  76.96 
 
 		 409 aa  637    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0020  tryptophan synthase subunit beta  75.19 
 
 		 406 aa  638    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0072  tryptophan synthase subunit beta  76.01 
 
 		 404 aa  640    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  decreased coverage  0.00296113  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0201  tryptophan synthase subunit beta  76.76 
 
 		 413 aa  652    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.445286  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0103  tryptophan synthase subunit beta  77.11 
 
 		 410 aa  645    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3585  tryptophan synthase subunit beta  77.15 
 
 		 409 aa  654    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.855143  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2204  tryptophan synthase subunit beta  79.45 
 
 		 406 aa  662    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.205862  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4976  tryptophan synthase subunit beta  79.05 
 
 		 410 aa  634    Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.986936  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0038  tryptophan synthase subunit beta  76.46 
 
 		 402 aa  639    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.206234  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1872  tryptophan synthase subunit beta  76.11 
 
 		 413 aa  645    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0911585 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0635  tryptophan synthase subunit beta  77.53 
 
 		 404 aa  646    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.874907  normal  0.0737735 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1302  tryptophan synthase subunit beta  75.31 
 
 		 404 aa  647    Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.212962  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3589  tryptophan synthase subunit beta  77.83 
 
 		 409 aa  646    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.738122  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0147  tryptophan synthase subunit beta  76.11 
 
 		 417 aa  644    Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.77335 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0392  tryptophan synthase subunit beta  77.06 
 
 		 404 aa  653    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.491733  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0197  tryptophan synthase subunit beta  78.03 
 
 		 404 aa  650    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0118  tryptophan synthase subunit beta  76.03 
 
 		 413 aa  652    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0206  tryptophan synthase subunit beta  76.47 
 
 		 419 aa  654    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.475237  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3237  tryptophan synthase subunit beta  75.94 
 
 		 406 aa  639    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0666  tryptophan synthase subunit beta  77.47 
 
 		 406 aa  647    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0097  tryptophan synthase subunit beta  77.56 
 
 		 407 aa  650    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0093  tryptophan synthase subunit beta  76.12 
 
 		 410 aa  650    Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_00450  tryptophan synthase subunit beta  76.71 
 
 		 402 aa  645    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.236429 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4281  tryptophan synthase subunit beta  74.81 
 
 		 406 aa  635    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.486908  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0071  tryptophan synthase subunit beta  75.44 
 
 		 411 aa  634    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3270  tryptophan synthase subunit beta  77.15 
 
 		 409 aa  654    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.244666 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3954  tryptophan synthase subunit beta  74.81 
 
 		 406 aa  637    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.291144  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3791  tryptophan synthase subunit beta  75.98 
 
 		 410 aa  642    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.20895  normal  0.0231351 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1966  tryptophan synthase subunit beta  78.25 
 
 		 411 aa  654    Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1031  tryptophan synthase subunit beta  76.57 
 
 		 410 aa  634    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.466116  normal  0.300404 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1990  tryptophan synthase subunit beta  77.53 
 
 		 414 aa  640    Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00663503 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0083  tryptophan synthase subunit beta  75.19 
 
 		 405 aa  630  1e-180  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0017562 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0101  tryptophan synthase subunit beta  75.44 
 
 		 405 aa  633  1e-180  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.500434  hitchhiker  0.000655179 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0063  tryptophan synthase subunit beta  75.06 
 
 		 414 aa  633  1e-180  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0098  tryptophan synthase subunit beta  75.19 
 
 		 405 aa  630  1e-179  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000284084 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0098  tryptophan synthase subunit beta  75.19 
 
 		 405 aa  630  1e-179  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2726  tryptophan synthase subunit beta  73.57 
 
 		 409 aa  629  1e-179  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.521455  normal  0.616105 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1328  tryptophan synthase subunit beta  75.25 
 
 		 404 aa  627  1e-178  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  decreased coverage  0.000691779  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0810  tryptophan synthase subunit beta  72.93 
 
 		 406 aa  627  1e-178  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2110  tryptophan synthase subunit beta  72.43 
 
 		 406 aa  622  1e-177  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0459587  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0055  tryptophan synthase subunit beta  74.32 
 
 		 414 aa  621  1e-177  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.660106  normal  0.224738 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_2026  tryptophan synthase subunit beta  72.18 
 
 		 422 aa  620  1e-176  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.00854562  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3427  tryptophan synthase subunit beta  74.24 
 
 		 408 aa  613  9.999999999999999e-175  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.76011  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1064  tryptophan synthase subunit beta  71.18 
 
 		 410 aa  598  1e-170  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1253  tryptophan synthase subunit beta  66.92 
 
 		 409 aa  566  1e-160  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.500519  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2125  tryptophan synthase subunit beta  65.39 
 
 		 397 aa  555  1e-157  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.661691  decreased coverage  0.00480263 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3062  tryptophan synthase subunit beta  65.65 
 
 		 403 aa  555  1e-157  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0679  tryptophan synthase subunit beta  65.65 
 
 		 397 aa  555  1e-157  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.614528  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4622  tryptophan synthase subunit beta  65.65 
 
 		 397 aa  555  1e-157  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.227508  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4374  tryptophan synthase subunit beta  65.65 
 
 		 397 aa  555  1e-157  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3570  tryptophan synthase subunit beta  65.39 
 
 		 397 aa  552  1e-156  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.266435  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1721  tryptophan synthase subunit beta  65.39 
 
 		 397 aa  554  1e-156  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0769  tryptophan synthase subunit beta  65.39 
 
 		 397 aa  554  1e-156  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1020  tryptophan synthase subunit beta  65.9 
 
 		 394 aa  551  1e-156  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1858  tryptophan synthase subunit beta  65.39 
 
 		 397 aa  554  1e-156  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.308005  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2307  tryptophan synthase subunit beta  65.39 
 
 		 397 aa  553  1e-156  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2881  tryptophan synthase subunit beta  65.9 
 
 		 397 aa  552  1e-156  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0438165  normal  0.707316 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2445  tryptophan synthase subunit beta  65.39 
 
 		 397 aa  554  1e-156  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.844513  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0529  tryptophan synthase subunit beta  65.39 
 
 		 397 aa  554  1e-156  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4409  tryptophan synthase subunit beta  65.39 
 
 		 397 aa  552  1e-156  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3348  tryptophan synthase subunit beta  65.14 
 
 		 397 aa  552  1e-156  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0451347  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3958  tryptophan synthase subunit beta  65.39 
 
 		 397 aa  552  1e-156  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.196954  normal  0.187601 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6842  tryptophan synthase subunit beta  65.9 
 
 		 397 aa  554  1e-156  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.726467  normal  0.411948 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1649  tryptophan synthase subunit beta  65.39 
 
 		 397 aa  554  1e-156  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2495  tryptophan synthase subunit beta  65.39 
 
 		 405 aa  549  1e-155  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1983  tryptophan synthase subunit beta  65.65 
 
 		 403 aa  550  1e-155  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00755336 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2137  tryptophan synthase subunit beta  65.39 
 
 		 397 aa  548  1e-155  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.22591  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1813  tryptophan synthase subunit beta  65.39 
 
 		 397 aa  548  1e-155  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1049  tryptophan synthase subunit beta  65.64 
 
 		 397 aa  548  1e-155  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  0.548234 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3853  tryptophan synthase subunit beta  64.89 
 
 		 397 aa  550  1e-155  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1236  tryptophan synthase subunit beta  64.52 
 
 		 411 aa  550  1e-155  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.617865  normal  0.527603 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0772  tryptophan synthase subunit beta  65.64 
 
 		 397 aa  547  1e-154  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.482746  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2482  tryptophan synthase subunit beta  65.14 
 
 		 396 aa  545  1e-154  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000000110786  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0803  tryptophan synthase subunit beta  66.58 
 
 		 401 aa  547  1e-154  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.118728  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2079  tryptophan synthase subunit beta  62.97 
 
 		 403 aa  545  1e-154  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1159  tryptophan synthase subunit beta  64.07 
 
 		 418 aa  545  1e-154  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.445238  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1211  tryptophan synthase subunit beta  65.9 
 
 		 396 aa  546  1e-154  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2306  tryptophan synthase subunit beta  64.38 
 
 		 397 aa  541  1e-153  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1334  tryptophan synthase, beta subunit  65.14 
 
 		 402 aa  543  1e-153  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.999699  normal  0.825059 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1804  tryptophan synthase subunit beta  64.9 
 
 		 404 aa  543  1e-153  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.603761  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1291  tryptophan synthase subunit beta  62.85 
 
 		 397 aa  541  1e-153  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.632091  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01270  tryptophan synthase subunit beta  64.2 
 
 		 405 aa  541  1e-153  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3321  tryptophan synthase subunit beta  64.56 
 
 		 396 aa  538  9.999999999999999e-153  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.0000000386703  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1157  tryptophan synthase subunit beta  67.26 
 
 		 395 aa  540  9.999999999999999e-153  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3288  tryptophan synthase subunit beta  64.12 
 
 		 397 aa  540  9.999999999999999e-153  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000135451  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1558  tryptophan synthase subunit beta  62.97 
 
 		 406 aa  538  9.999999999999999e-153  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1268  tryptophan synthase subunit beta  63.61 
 
 		 399 aa  537  1e-151  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1267  tryptophan synthase subunit beta  63.61 
 
 		 399 aa  537  1e-151  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2069  tryptophan synthase subunit beta  64.63 
 
 		 399 aa  537  1e-151  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.166636  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1864  tryptophan synthase subunit beta  64.27 
 
 		 391 aa  536  1e-151  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2843  tryptophan synthase subunit beta  62.96 
 
 		 405 aa  535  1e-151  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2157  tryptophan synthase subunit beta  64.86 
 
 		 412 aa  535  1e-151  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.595682  normal  0.092632 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3046  tryptophan synthase subunit beta  64.18 
 
 		 434 aa  535  1e-151  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>