More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_4408 on replicon NC_008687
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002947  PP_3515  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  56.15 
 
 
694 aa  786    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.113195  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2260  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  56.15 
 
 
694 aa  787    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1519  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  60.55 
 
 
690 aa  839    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2413  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  56.44 
 
 
694 aa  787    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4408  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  100 
 
 
711 aa  1446    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.401653 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0498  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  41.07 
 
 
704 aa  496  1e-139  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.530751  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2130  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  39.94 
 
 
687 aa  473  1e-132  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4226  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  38.61 
 
 
690 aa  436  1e-121  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0475  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  38.57 
 
 
680 aa  433  1e-120  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1967  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  36.47 
 
 
683 aa  434  1e-120  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.471219  normal 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6272  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  38.87 
 
 
687 aa  431  1e-119  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.106273 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6536  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  38.01 
 
 
678 aa  417  9.999999999999999e-116  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.234426 
 
 
-
 
NC_013923  Nmag_3957  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  36.19 
 
 
674 aa  417  9.999999999999999e-116  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8320  hydantoin utilization protein  36.96 
 
 
676 aa  416  9.999999999999999e-116  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4193  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  34.38 
 
 
765 aa  414  1e-114  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4085  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  37.16 
 
 
706 aa  413  1e-114  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.170701 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2368  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  36.74 
 
 
680 aa  412  1e-113  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.773275  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3416  Hydantoinase/oxoprolinase  37.99 
 
 
698 aa  409  1.0000000000000001e-112  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3115  Hydantoinase/oxoprolinase  38.66 
 
 
686 aa  405  1e-111  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4581  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  36.65 
 
 
690 aa  404  1e-111  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5622  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  36.17 
 
 
706 aa  401  9.999999999999999e-111  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.49803 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2410  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  38.51 
 
 
658 aa  399  9.999999999999999e-111  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1559  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  33.91 
 
 
680 aa  401  9.999999999999999e-111  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.63787  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4697  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  38.5 
 
 
692 aa  399  9.999999999999999e-111  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.599265  normal 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2447  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  34.01 
 
 
683 aa  398  1e-109  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3568  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  37.61 
 
 
701 aa  396  1e-109  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6260  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  36.92 
 
 
691 aa  394  1e-108  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  hitchhiker  0.00292738  normal  0.765217 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1245  Hydantoinase/oxoprolinase  39.3 
 
 
679 aa  394  1e-108  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.529227  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0803  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  35.78 
 
 
684 aa  388  1e-106  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.148951  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3649  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  34.85 
 
 
721 aa  384  1e-105  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.495656  normal  0.769943 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2035  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  35.14 
 
 
701 aa  385  1e-105  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4143  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  36.34 
 
 
702 aa  384  1e-105  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2209  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  35.69 
 
 
690 aa  385  1e-105  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.454656  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2083  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  34.99 
 
 
712 aa  384  1e-105  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.359641  normal 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8176  hydantoin utilization protein  34.42 
 
 
681 aa  383  1e-105  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3765  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  35.06 
 
 
690 aa  383  1e-105  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.32896  normal 
 
 
-
 
NC_013412  GYMC61_3601  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  35.03 
 
 
682 aa  383  1e-105  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0472  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  33.91 
 
 
687 aa  383  1e-105  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0377  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  34.94 
 
 
676 aa  381  1e-104  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4353  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  35.78 
 
 
692 aa  377  1e-103  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4389  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  36.52 
 
 
684 aa  376  1e-103  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0371  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  35.23 
 
 
707 aa  379  1e-103  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9128  hydantoin utilization protein  34.73 
 
 
680 aa  378  1e-103  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5988  N-methylhydantoinase A (Hydantoin utilization protein A)  34.3 
 
 
685 aa  370  1e-101  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.553202  normal  0.148202 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5243  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  36.41 
 
 
765 aa  371  1e-101  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3664  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  35.72 
 
 
691 aa  371  1e-101  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00438442 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1063  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  37.74 
 
 
663 aa  366  1e-100  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.39661  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1577  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  34.66 
 
 
739 aa  367  1e-100  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5632  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  34.28 
 
 
698 aa  367  1e-100  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.0796839 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1913  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  36.27 
 
 
684 aa  367  1e-100  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.0388506 
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9148  hydantoin utilization protein  36.02 
 
 
687 aa  369  1e-100  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0176  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  33.14 
 
 
682 aa  363  4e-99  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1696  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  34.45 
 
 
684 aa  363  4e-99  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5966  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  33.43 
 
 
694 aa  362  1e-98  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.858122  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4826  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  35.27 
 
 
831 aa  362  1e-98  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.112308 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2293  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  34.81 
 
 
690 aa  360  5e-98  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.0499935 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0560  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  35.46 
 
 
657 aa  360  6e-98  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.341867  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3103  N-methylhydantoinase A/acetone carboxylase, beta subunit  34.76 
 
 
660 aa  360  7e-98  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.133099  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0079  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  35.37 
 
 
687 aa  360  7e-98  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1980  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  37.65 
 
 
693 aa  357  3.9999999999999996e-97  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2299  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  34.76 
 
 
694 aa  355  2e-96  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.375878  normal  0.208319 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2860  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  34.68 
 
 
684 aa  355  2e-96  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2632  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  34.33 
 
 
701 aa  353  5e-96  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.502801 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5648  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  37.09 
 
 
697 aa  353  5.9999999999999994e-96  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6595  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  34.55 
 
 
674 aa  352  1e-95  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2039  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  33.43 
 
 
707 aa  352  1e-95  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6223  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  32.94 
 
 
690 aa  352  2e-95  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.220681  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4925  Hydantoin utilization protein A  34.53 
 
 
694 aa  351  2e-95  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.153977 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5220  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  33.91 
 
 
680 aa  351  3e-95  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.46382  normal  0.858688 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3091  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  34.36 
 
 
681 aa  350  6e-95  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.435048  normal  0.0725739 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1719  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  35.06 
 
 
688 aa  349  8e-95  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0691  hydantoin utilization protein A  36.17 
 
 
689 aa  349  1e-94  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.167885  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4047  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  34.44 
 
 
676 aa  348  2e-94  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0166577  decreased coverage  0.00142198 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0135  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  33.04 
 
 
699 aa  348  2e-94  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_20940  N-methylhydantoinase A/acetone carboxylase, beta subunit  33.48 
 
 
706 aa  347  3e-94  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.796393  normal  0.0791884 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4428  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  33.76 
 
 
690 aa  347  6e-94  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5474  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  33.38 
 
 
692 aa  344  2.9999999999999997e-93  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0124  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  34.24 
 
 
690 aa  343  5e-93  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.256267  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0790  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  33.24 
 
 
679 aa  342  2e-92  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.745628 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2208  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  36.92 
 
 
688 aa  341  2.9999999999999998e-92  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.170446  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3493  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  35.08 
 
 
681 aa  340  5e-92  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.875843  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3097  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  34.26 
 
 
702 aa  340  5e-92  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.364987  normal  0.554031 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1935  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  36.08 
 
 
690 aa  340  5.9999999999999996e-92  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0038  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  35.64 
 
 
661 aa  339  9.999999999999999e-92  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0985  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  35.68 
 
 
726 aa  338  1.9999999999999998e-91  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.623858  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2647  hydantoinase/oxoprolinase  32.55 
 
 
678 aa  338  1.9999999999999998e-91  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1496  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  34.94 
 
 
706 aa  338  2.9999999999999997e-91  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0678775  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3731  hydantoinase/oxoprolinase  33.19 
 
 
692 aa  337  7e-91  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.863672  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1876  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  34.1 
 
 
690 aa  336  9e-91  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3075  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  34.16 
 
 
684 aa  335  2e-90  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3641  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  32.65 
 
 
676 aa  334  4e-90  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2529  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  34.41 
 
 
685 aa  332  1e-89  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.413249  normal  0.693617 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2267  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  33.33 
 
 
697 aa  327  5e-88  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.739176  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2497  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  32.51 
 
 
719 aa  327  6e-88  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3811  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  33.81 
 
 
693 aa  326  1e-87  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.0144893 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5834  hydantoin utilization protein  33.52 
 
 
687 aa  325  2e-87  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.302011  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4028  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  31.42 
 
 
711 aa  325  2e-87  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1848  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  32.57 
 
 
726 aa  322  9.999999999999999e-87  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0551032  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5342  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  33.71 
 
 
699 aa  322  9.999999999999999e-87  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2412  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  34.51 
 
 
662 aa  318  2e-85  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.0201127  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>