More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_0042 on replicon NC_008686
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008686  Pden_0042  phosphomethylpyrimidine kinase  100 
 
 		 284 aa  561  1.0000000000000001e-159  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0834315  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0209  phosphomethylpyrimidine kinase  62.96 
 
 		 304 aa  289  3e-77  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.606568  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0218  phosphomethylpyrimidine kinase  62.59 
 
 		 291 aa  286  2e-76  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.940459  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3649  phosphomethylpyrimidine kinase type-2  62.78 
 
 		 267 aa  281  8.000000000000001e-75  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4453  phosphomethylpyrimidine kinase  59.33 
 
 		 270 aa  280  2e-74  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.800707  normal  0.352817 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0285  phosphomethylpyrimidine kinase  61.57 
 
 		 295 aa  278  6e-74  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1082  phosphomethylpyrimidine kinase  58.87 
 
 		 271 aa  269  2.9999999999999997e-71  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.457786 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4493  phosphomethylpyrimidine kinase  62.74 
 
 		 266 aa  267  2e-70  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1628  phosphomethylpyrimidine kinase  57.84 
 
 		 266 aa  266  2e-70  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.522982  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5600  hydroxy-methylpyrimidine kinase /hydroxy-phosphomethylpyrimidine kinase  58.58 
 
 		 266 aa  263  2e-69  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.429432  normal  0.105983 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4934  phosphomethylpyrimidine kinase  56.72 
 
 		 268 aa  263  2e-69  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.566917  normal  0.666851 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4470  phosphomethylpyrimidine kinase  56.72 
 
 		 268 aa  263  2e-69  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.668119  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1443  phosphomethylpyrimidine kinase  57.25 
 
 		 269 aa  263  2e-69  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.600581  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1310  phosphomethylpyrimidine kinase  59.33 
 
 		 268 aa  262  4e-69  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3082  phosphomethylpyrimidine kinase  54.17 
 
 		 266 aa  257  1e-67  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.190737 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1554  phosphomethylpyrimidine kinase  53.79 
 
 		 266 aa  256  2e-67  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1135  phosphomethylpyrimidine kinase  53.79 
 
 		 266 aa  256  2e-67  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.878652  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2391  phosphomethylpyrimidine kinase  53.79 
 
 		 266 aa  256  2e-67  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1544  phosphomethylpyrimidine kinase  53.79 
 
 		 266 aa  256  2e-67  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2239  phosphomethylpyrimidine kinase  53.79 
 
 		 266 aa  256  2e-67  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0961  phosphomethylpyrimidine kinase  53.79 
 
 		 266 aa  256  2e-67  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3577  phosphomethylpyrimidine kinase  54.72 
 
 		 266 aa  256  2e-67  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.385467 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02031  phosphomethylpyrimidine kinase  53.41 
 
 		 266 aa  256  4e-67  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01995  hypothetical protein  53.41 
 
 		 266 aa  256  4e-67  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1191  phosphomethylpyrimidine kinase  53.76 
 
 		 267 aa  256  4e-67  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.16328  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1301  phosphomethylpyrimidine kinase  52.26 
 
 		 267 aa  253  2.0000000000000002e-66  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.185406  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4984  phosphomethylpyrimidine kinase  55.06 
 
 		 268 aa  252  4.0000000000000004e-66  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.702252  normal  0.243702 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2979  phosphomethylpyrimidine kinase  52.26 
 
 		 267 aa  251  7e-66  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2711  phosphomethylpyrimidine kinase  53.01 
 
 		 267 aa  251  1e-65  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.725967  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0372  phosphomethylpyrimidine kinase  54.81 
 
 		 285 aa  249  4e-65  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.591258  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2710  phosphomethylpyrimidine kinase  53.41 
 
 		 266 aa  249  5e-65  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.227545  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1617  phosphomethylpyrimidine kinase  58.96 
 
 		 272 aa  248  1e-64  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1545  phosphomethylpyrimidine kinase  49.81 
 
 		 264 aa  248  1e-64  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.104036  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2289  phosphomethylpyrimidine kinase  52.65 
 
 		 266 aa  246  2e-64  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.426705  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2490  phosphomethylpyrimidine kinase  52.65 
 
 		 266 aa  246  2e-64  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1338  phosphomethylpyrimidine kinase  49.43 
 
 		 264 aa  246  2e-64  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00019728  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4968  phosphomethylpyrimidine kinase  61.8 
 
 		 267 aa  247  2e-64  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.949163  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2378  phosphomethylpyrimidine kinase  52.65 
 
 		 266 aa  247  2e-64  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.305846  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0915  phosphomethylpyrimidine kinase  63.02 
 
 		 265 aa  247  2e-64  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.257449  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2333  phosphomethylpyrimidine kinase  52.65 
 
 		 266 aa  244  8e-64  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2382  phosphomethylpyrimidine kinase  52.27 
 
 		 266 aa  243  1.9999999999999999e-63  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.779831 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3091  phosphomethylpyrimidine kinase  52.65 
 
 		 266 aa  243  1.9999999999999999e-63  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0488797  normal  1 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0649  phosphomethylpyrimidine kinase  49.62 
 
 		 267 aa  243  1.9999999999999999e-63  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.0890915  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1203  phosphomethylpyrimidine kinase  52.65 
 
 		 266 aa  242  3.9999999999999997e-63  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.564031  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1361  phosphomethylpyrimidine kinase  57.25 
 
 		 268 aa  242  5e-63  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.628466  normal  0.92591 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1321  phosphomethylpyrimidine kinase  52.65 
 
 		 266 aa  242  6e-63  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1176  phosphomethylpyrimidine kinase  51.87 
 
 		 267 aa  241  1e-62  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.82174  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3463  phosphomethylpyrimidine kinase  51.81 
 
 		 297 aa  241  1e-62  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2250  phosphomethylpyrimidine kinase  52.43 
 
 		 268 aa  239  2.9999999999999997e-62  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.660572  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3496  phosphomethylpyrimidine kinase  53.11 
 
 		 268 aa  236  3e-61  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.828772  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1658  phosphomethylpyrimidine kinase  56.88 
 
 		 268 aa  235  6e-61  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0210202 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5350  phosphomethylpyrimidine kinase  57.41 
 
 		 269 aa  235  8e-61  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.120967 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1236  phosphomethylpyrimidine kinase  57.04 
 
 		 269 aa  235  8e-61  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.174718  normal  0.252768 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6036  phosphomethylpyrimidine kinase type-2  57.04 
 
 		 269 aa  234  1.0000000000000001e-60  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.190496  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2041  phosphomethylpyrimidine kinase  57.04 
 
 		 269 aa  234  1.0000000000000001e-60  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2060  phosphomethylpyrimidine kinase  56.67 
 
 		 269 aa  233  2.0000000000000002e-60  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.373143 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4962  phosphomethylpyrimidine kinase  57.41 
 
 		 266 aa  233  2.0000000000000002e-60  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.996636  normal  0.0189851 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1305  phosphomethylpyrimidine kinase  51.89 
 
 		 323 aa  233  2.0000000000000002e-60  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.279698  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0486  phosphomethylpyrimidine kinase  50.53 
 
 		 284 aa  231  1e-59  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0828  phosphomethylpyrimidine kinase  50.38 
 
 		 264 aa  231  1e-59  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.192548  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2522  phosphomethylpyrimidine kinase  53.44 
 
 		 262 aa  230  2e-59  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2479  phosphomethylpyrimidine kinase  55.39 
 
 		 268 aa  230  2e-59  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0351011  hitchhiker  0.000627669 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3018  phosphomethylpyrimidine kinase  53.31 
 
 		 270 aa  229  3e-59  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1942  phosphomethylpyrimidine kinase  57.04 
 
 		 269 aa  229  4e-59  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.719295  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1992  phosphomethylpyrimidine kinase  44.98 
 
 		 270 aa  228  7e-59  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2073  phosphomethylpyrimidine kinase  56.67 
 
 		 269 aa  228  7e-59  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0071  phosphomethylpyrimidine kinase  48.3 
 
 		 267 aa  228  1e-58  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1958  phosphomethylpyrimidine kinase  58.76 
 
 		 271 aa  226  2e-58  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0610158  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1561  phosphomethylpyrimidine kinase  52.27 
 
 		 335 aa  226  2e-58  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06838  phosphomethylpyrimidine kinase  51.27 
 
 		 295 aa  226  3e-58  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6681  phosphomethylpyrimidine kinase  53.76 
 
 		 269 aa  226  5.0000000000000005e-58  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.432529 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3133  phosphomethylpyrimidine kinase  49.45 
 
 		 277 aa  225  5.0000000000000005e-58  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1473  phosphomethylpyrimidine kinase  52.08 
 
 		 336 aa  224  1e-57  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.021769  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0060  phosphomethylpyrimidine kinase  52.27 
 
 		 335 aa  224  1e-57  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.422645  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0605  phosphomethylpyrimidine kinase  50.38 
 
 		 267 aa  224  2e-57  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5777  phosphomethylpyrimidine kinase  53.9 
 
 		 277 aa  223  2e-57  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.269735  normal  0.0629461 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2005  phosphomethylpyrimidine kinase  55.93 
 
 		 269 aa  223  2e-57  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000863  phosphomethylpyrimidine kinase  51.33 
 
 		 286 aa  222  4e-57  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0585  phosphomethylpyrimidine kinase  53.96 
 
 		 267 aa  222  7e-57  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.339166  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2517  phosphomethylpyrimidine kinase  50.38 
 
 		 260 aa  221  9.999999999999999e-57  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0918  phosphomethylpyrimidine kinase  44.74 
 
 		 269 aa  220  1.9999999999999999e-56  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1153  phosphomethylpyrimidine kinase  43.94 
 
 		 272 aa  219  3.9999999999999997e-56  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.0935315  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_5051  phosphomethylpyrimidine kinase  50.18 
 
 		 274 aa  218  7.999999999999999e-56  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0928  phosphomethylpyrimidine kinase  53.01 
 
 		 271 aa  218  1e-55  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0346056  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4939  phosphomethylpyrimidine kinase  62.17 
 
 		 267 aa  216  4e-55  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1501  phosphomethylpyrimidine kinase  46.03 
 
 		 271 aa  215  5e-55  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1670  phosphomethylpyrimidine kinase  49.43 
 
 		 260 aa  213  1.9999999999999998e-54  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.42362 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0565  phosphomethylpyrimidine kinase  50 
 
 		 264 aa  213  1.9999999999999998e-54  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00127347  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1100  phosphomethylpyrimidine kinase  43.56 
 
 		 270 aa  212  3.9999999999999995e-54  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0641  phosphomethylpyrimidine kinase  43.56 
 
 		 270 aa  212  3.9999999999999995e-54  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.328033  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0125  phosphomethylpyrimidine kinase  50.37 
 
 		 285 aa  212  4.9999999999999996e-54  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.713324 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2378  phosphomethylpyrimidine kinase  50.19 
 
 		 283 aa  212  4.9999999999999996e-54  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_03000  hydroxymethylpyrimidine kinase/phosphomethylpyrimidine kinase  48.87 
 
 		 265 aa  211  9e-54  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2604  phosphomethylpyrimidine kinase  54.39 
 
 		 778 aa  211  1e-53  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.354014  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0914  phosphomethylpyrimidine kinase  50.75 
 
 		 282 aa  211  1e-53  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0556569  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3528  phosphomethylpyrimidine kinase  52.38 
 
 		 484 aa  209  3e-53  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0639  phosphomethylpyrimidine kinase  44.4 
 
 		 290 aa  209  3e-53  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.784703  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1225  phosphomethylpyrimidine kinase  43.18 
 
 		 270 aa  209  4e-53  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1397  phosphomethylpyrimidine kinase  45.38 
 
 		 265 aa  209  4e-53  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  unclonable  0.000000000385147  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2300  phosphomethylpyrimidine kinase  50.94 
 
 		 267 aa  209  5e-53  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.13158 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>