139 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_1359 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002947  PP_1359  FxsA  100 
 
 
153 aa  296  5e-80  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  decreased coverage  0.00729111  normal  0.184311 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4365  FxsA  99.35 
 
 
153 aa  294  3e-79  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.403503  normal  0.04543 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4490  FxsA  98.69 
 
 
153 aa  293  7e-79  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  decreased coverage  0.00316913  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0966  FxsA  95.59 
 
 
153 aa  224  3e-58  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.248752  normal  0.778639 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4958  FxsA  60.13 
 
 
155 aa  165  2e-40  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.276785  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_57030  FxsA  59.48 
 
 
155 aa  163  1e-39  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4503  FxsA  67.83 
 
 
158 aa  153  8e-37  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.329001  decreased coverage  0.000252852 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4379  cytoplasmic membrane family protein  63.7 
 
 
164 aa  151  3e-36  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4074  FxsA  62.33 
 
 
164 aa  148  2e-35  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.283215  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3686  FxsA  64.47 
 
 
149 aa  147  5e-35  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00153  FxsA  35.62 
 
 
178 aa  109  1e-23  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002215  protein affecting phage T7 exclusion by the F plasmid  35.37 
 
 
172 aa  109  2e-23  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0882  biotin--acetyl-CoA-carboxylase ligase  36.65 
 
 
158 aa  109  2e-23  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000346375  hitchhiker  0.000146857 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2805  FxsA  36.54 
 
 
167 aa  107  4e-23  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0540  FxsA cytoplasmic membrane protein  35.54 
 
 
196 aa  106  1e-22  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0336938  decreased coverage  0.00333151 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0437  FxsA cytoplasmic membrane protein  39.33 
 
 
158 aa  102  1e-21  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0113799  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0638  FxsA cytoplasmic membrane protein  37.2 
 
 
202 aa  102  2e-21  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0585  FxsA cytoplasmic membrane protein  33.13 
 
 
195 aa  102  2e-21  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.743828  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0661  FxsA cytoplasmic membrane protein  37.2 
 
 
202 aa  102  2e-21  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0665  FxsA cytoplasmic membrane protein  37.2 
 
 
202 aa  102  2e-21  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3724  FxsA cytoplasmic membrane protein  37.2 
 
 
202 aa  101  3e-21  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2268  FxsA  35.53 
 
 
161 aa  101  4e-21  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0164931  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2035  FxsA cytoplasmic membrane protein  37.91 
 
 
159 aa  101  4e-21  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.923078  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2032  FxsA cytoplasmic membrane protein  38.71 
 
 
175 aa  100  5e-21  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.178119  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3664  FxsA cytoplasmic membrane protein  35.19 
 
 
215 aa  99  2e-20  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0363971  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_13450  FxsA  54.86 
 
 
159 aa  99.4  2e-20  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0083  FxsA cytoplasmic membrane protein  30.26 
 
 
161 aa  99  2e-20  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0418  FxsA cytoplasmic membrane protein  36.08 
 
 
217 aa  97.8  4e-20  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  1.90293e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4156  FxsA cytoplasmic membrane protein  31.14 
 
 
187 aa  96.3  1e-19  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.306524  normal  0.505374 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2923  FxsA cytoplasmic membrane protein  34.18 
 
 
154 aa  94.7  4e-19  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  9.84187e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03920  fxsA protein  32.57 
 
 
178 aa  93.6  8e-19  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4013  FxsA cytoplasmic membrane protein  31.9 
 
 
191 aa  90.5  7e-18  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  unclonable  1.10243e-10 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5815  FxsA-like protein  40.38 
 
 
181 aa  88.6  3e-17  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0514097  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3016  FxsA cytoplasmic membrane protein  39.45 
 
 
131 aa  87.8  5e-17  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0698  fxsA protein  33.93 
 
 
187 aa  86.3  1e-16  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2158  FxsA cytoplasmic membrane protein  34.55 
 
 
170 aa  84.3  5e-16  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.900116  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2785  FxsA cytoplasmic membrane protein  33.33 
 
 
192 aa  82.4  2e-15  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.37721  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2422  FxsA protein  39.58 
 
 
191 aa  81.6  3e-15  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  decreased coverage  0.00614218  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0530  FxsA  33.05 
 
 
129 aa  80.9  5e-15  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0841  FxsA cytoplasmic membrane protein  29.53 
 
 
161 aa  81.3  5e-15  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0842342  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3281  FxsA  30.4 
 
 
151 aa  80.1  1e-14  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0447  FxsA cytoplasmic membrane protein  30.26 
 
 
194 aa  79.7  1e-14  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0955  fxsA protein  27.49 
 
 
172 aa  79.3  2e-14  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.951475  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4707  FxsA  30.65 
 
 
129 aa  78.6  3e-14  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3405  FxsA cytoplasmic membrane protein  36.24 
 
 
157 aa  78.2  4e-14  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3264  FxsA cytoplasmic membrane protein  33.54 
 
 
197 aa  77.8  5e-14  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.113686  hitchhiker  0.00449743 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0290  FxsA cytoplasmic membrane protein  38.41 
 
 
161 aa  77.8  6e-14  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.185009  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2668  FxsA cytoplasmic membrane protein  44.33 
 
 
154 aa  77.4  7e-14  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.414082  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1830  FxsA cytoplasmic membrane protein  35.97 
 
 
161 aa  77  8e-14  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.432657  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0552  FxsA cytoplasmic membrane protein  26.14 
 
 
163 aa  76.3  1e-13  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  2.93084e-05  normal  0.866587 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3574  FxsA cytoplasmic membrane protein  31.48 
 
 
206 aa  75.9  2e-13  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.965876  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1806  FxsA cytoplasmic membrane protein  30.18 
 
 
170 aa  76.3  2e-13  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0261  FxsA cytoplasmic membrane protein  33.61 
 
 
132 aa  75.1  3e-13  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3245  FxsA cytoplasmic membrane protein  32.3 
 
 
197 aa  75.1  3e-13  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3404  FxsA cytoplasmic membrane protein  29.45 
 
 
206 aa  75.1  4e-13  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.50678  hitchhiker  0.00954058 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3484  FxsA  37.04 
 
 
157 aa  75.1  4e-13  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.696908  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0964  FxsA cytoplasmic membrane protein  39.6 
 
 
131 aa  74.7  4e-13  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.865324 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0548  FxsA cytoplasmic membrane protein  29.45 
 
 
206 aa  74.7  4e-13  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0925421  normal  0.234648 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1039  fxsA protein  36.96 
 
 
143 aa  73.9  7e-13  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2856  FxsA cytoplasmic membrane protein  31.51 
 
 
165 aa  73.9  7e-13  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.596074  normal  0.72438 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0847  FxsA  32.67 
 
 
169 aa  73.6  9e-13  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.635008  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0192  FxsA cytoplasmic membrane protein  27.78 
 
 
173 aa  72.4  2e-12  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3198  FxsA  28 
 
 
137 aa  72.8  2e-12  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.355615  normal  0.0148258 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3285  FxsA cytoplasmic membrane protein  36.63 
 
 
131 aa  72.8  2e-12  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3531  FxsA cytoplasmic membrane protein  32.89 
 
 
166 aa  72  3e-12  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.170077  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3944  FxsA cytoplasmic membrane protein  31.13 
 
 
205 aa  71.6  3e-12  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.2208  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3677  FxsA  33.33 
 
 
195 aa  71.6  4e-12  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4723  FxsA  32.08 
 
 
129 aa  71.6  4e-12  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3824  FxsA  33.33 
 
 
195 aa  71.6  4e-12  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3609  FxsA cytoplasmic membrane protein  40.82 
 
 
187 aa  71.2  5e-12  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.540395  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0724  FxsA  32.3 
 
 
200 aa  69.7  1e-11  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4728  FxsA  30.77 
 
 
129 aa  69.7  1e-11  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1993  FxsA  35.58 
 
 
165 aa  69.7  1e-11  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2073  FxsA  35.58 
 
 
165 aa  69.7  1e-11  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4842  FxsA  28.81 
 
 
129 aa  68.9  2e-11  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4326  FxsA  28.81 
 
 
129 aa  68.9  2e-11  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4491  FxsA  28.81 
 
 
129 aa  68.9  2e-11  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.157783  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4338  FxsA  28.81 
 
 
129 aa  68.9  2e-11  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0110569  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2684  FxsA cytoplasmic membrane protein  34.91 
 
 
129 aa  68.6  3e-11  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0125864  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1249  FxsA cytoplasmic membrane protein  36 
 
 
196 aa  68.6  3e-11  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_06350  FxsA cytoplasmic membrane protein  24.49 
 
 
151 aa  68.2  4e-11  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  2.72141e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3215  FxsA cytoplasmic membrane protein  30.72 
 
 
182 aa  67.8  5e-11  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4427  FxsA  31.13 
 
 
129 aa  67.8  6e-11  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3446  FxsA cytoplasmic membrane protein  30.41 
 
 
163 aa  67.4  6e-11  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3107  FxsA cytoplasmic membrane protein  44.64 
 
 
253 aa  67  9e-11  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00439581 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0772  FxsA cytoplasmic membrane protein  36 
 
 
130 aa  65.9  2e-10  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1534  FxsA cytoplasmic membrane protein  31.11 
 
 
186 aa  66.2  2e-10  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.161841  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0726  FxsA cytoplasmic membrane protein  33.09 
 
 
156 aa  65.1  4e-10  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3715  FxsA cytoplasmic membrane protein  38.58 
 
 
192 aa  62.8  2e-09  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.238341  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1845  FxsA cytoplasmic membrane protein  38.04 
 
 
186 aa  62.4  2e-09  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3941  FxsA  30.61 
 
 
168 aa  61.2  4e-09  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.762293  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0407  FxsA cytoplasmic membrane protein  36.71 
 
 
178 aa  60.1  1e-08  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000598629 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1365  FxsA  33.68 
 
 
226 aa  59.7  2e-08  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0507  FxsA cytoplasmic membrane protein  30.22 
 
 
157 aa  59.3  2e-08  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.198266  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2675  FxsA cytoplasmic membrane protein  32.64 
 
 
159 aa  58.9  2e-08  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.546891  normal  0.675793 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3462  FxsA cytoplasmic membrane protein  33.57 
 
 
155 aa  59.3  2e-08  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.21312  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0030  FxsA cytoplasmic membrane protein  32.21 
 
 
142 aa  58.9  3e-08  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0670  FxsA cytoplasmic membrane protein  29.33 
 
 
151 aa  56.2  1e-07  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2899  FxsA cytoplasmic membrane protein  32.81 
 
 
158 aa  55.8  2e-07  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.25042  normal  0.555463 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1238  putative FxsA cytoplasmic membrane protein  32.81 
 
 
158 aa  55.8  2e-07  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>