More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nham_0009 on replicon NC_007964
Organism: Nitrobacter hamburgensis X14



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007964  Nham_0009  Pirin-like  100 
 
 
306 aa  627  1e-179  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  decreased coverage  0.00543202  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0219  pirin  91.83 
 
 
306 aa  593  1e-168  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0561  Pirin domain protein  84.92 
 
 
305 aa  543  1e-153  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0589357  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0149  Pirin-like  84.26 
 
 
305 aa  536  1e-151  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0019  putative Pirin family protein  84.59 
 
 
305 aa  536  1e-151  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.495948 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0703  Pirin-like protein  83.28 
 
 
305 aa  529  1e-149  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0346  Pirin-like  81.97 
 
 
305 aa  523  1e-147  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2143  pirin domain-containing protein  70.26 
 
 
305 aa  452  1e-126  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0185  pirin domain-containing protein  61.44 
 
 
312 aa  384  1e-105  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0128  Pirin domain protein  61.44 
 
 
312 aa  384  1e-105  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.266704 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1965  pirin domain-containing protein  61.64 
 
 
309 aa  380  1e-104  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0444426  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4855  pirin domain-containing protein  60.46 
 
 
312 aa  375  1e-103  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0608  Pirin domain protein  56.68 
 
 
307 aa  348  8e-95  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.228088 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0364  pirin domain-containing protein  55.05 
 
 
318 aa  346  3e-94  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.372355 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0566  Pirin domain protein  56.35 
 
 
307 aa  345  8e-94  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.660641  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0493  pirin domain-containing protein  56.17 
 
 
307 aa  339  3e-92  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0734  Pirin-like  55.05 
 
 
306 aa  335  5e-91  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2372  pirin domain-containing protein  52.88 
 
 
311 aa  333  2e-90  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.178763  normal  0.995053 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2092  Pirin domain protein  52.41 
 
 
311 aa  332  4e-90  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.909914  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4923  Pirin domain protein  55.13 
 
 
310 aa  332  6e-90  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.695284  normal  0.690041 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1889  Pirin-like  50.8 
 
 
313 aa  325  5e-88  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3573  Pirin domain protein  55.56 
 
 
307 aa  325  6e-88  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.319857  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3641  Pirin domain protein  55.56 
 
 
307 aa  324  1e-87  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0649  Pirin-like protein  55.63 
 
 
294 aa  324  1e-87  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.0954189 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3510  pirin domain-containing protein  51.44 
 
 
314 aa  322  4e-87  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1817  pirin-like protein  52.7 
 
 
312 aa  318  5e-86  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.123159  normal  0.257408 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2513  Pirin-like  53.18 
 
 
311 aa  315  6e-85  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.140905  normal  0.277892 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3489  Pirin-like  54.86 
 
 
307 aa  311  1e-83  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0273  Pirin-like protein  53.12 
 
 
291 aa  310  2e-83  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.355193 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2565  pirin domain-containing protein  52.6 
 
 
293 aa  309  3e-83  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1954  Pirin-like  52.6 
 
 
293 aa  309  3e-83  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0828005  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0377  putative pirin-like protein  52.8 
 
 
289 aa  308  6e-83  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3218  Pirin domain protein  52.6 
 
 
291 aa  308  8e-83  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2589  pirin domain-containing protein  52.6 
 
 
293 aa  308  9e-83  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.437288  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2484  pirin domain-containing protein  52.76 
 
 
293 aa  308  9e-83  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.0887266 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0326  Pirin, N-terminal:Pirin, C-terminal  51.9 
 
 
291 aa  307  1e-82  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0286  pirin-related protein  53.79 
 
 
306 aa  308  1e-82  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0546  pirin domain-containing protein  50.81 
 
 
306 aa  306  2e-82  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.266378  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2613  pirin domain-containing protein  52.43 
 
 
293 aa  305  7e-82  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5897  Pirin-like protein  52.26 
 
 
293 aa  302  5e-81  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.867942  normal  0.311827 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5228  pirin domain-containing protein  52.04 
 
 
298 aa  301  8e-81  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.739076  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0252  Pirin domain protein  50.69 
 
 
289 aa  300  1e-80  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.175941 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0731  pirin domain-containing protein  52.26 
 
 
293 aa  300  2e-80  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0720  hypothetical protein  50.85 
 
 
340 aa  300  2e-80  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.00526543  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0233  Pirin domain protein  50.35 
 
 
289 aa  300  3e-80  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0744  hypothetical protein  51.21 
 
 
291 aa  299  4e-80  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.738482  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1634  pirin domain-containing protein  51.75 
 
 
310 aa  297  1e-79  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.411948 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3781  Pirin-like  53.31 
 
 
294 aa  296  2e-79  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.871122 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1805  Pirin domain protein  53.47 
 
 
296 aa  294  1e-78  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.5163  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0517  pirin domain-containing protein  49.13 
 
 
293 aa  293  3e-78  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.858026 
 
 
-
 
NC_004310  BR0435  pirin-related protein  51.2 
 
 
290 aa  290  3e-77  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04763  pirin, N-terminal:Pirin, C-terminal  51.58 
 
 
296 aa  289  3e-77  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2897  Pirin-like  50.17 
 
 
294 aa  287  1e-76  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.606344 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2913  Pirin-like  51.76 
 
 
296 aa  287  2e-76  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2089  Pirin domain protein  50.33 
 
 
304 aa  286  3e-76  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0904  pirin domain-containing protein  51.38 
 
 
293 aa  285  7e-76  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0362  hypothetical protein  51.03 
 
 
293 aa  284  2e-75  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0654105  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0662  hypothetical protein  51.03 
 
 
293 aa  284  2e-75  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.276579  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2498  hypothetical protein  51.03 
 
 
293 aa  284  2e-75  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.149095  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0111  hypothetical protein  51.03 
 
 
293 aa  284  2e-75  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.335192  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0907  pirin domain-containing protein  51.03 
 
 
293 aa  283  3e-75  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5556  Pirin domain protein  52.23 
 
 
304 aa  281  9e-75  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.856561 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2983  Pirin domain protein  48.78 
 
 
287 aa  279  4e-74  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.373808  normal  0.0595027 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2928  pirin domain-containing protein  50 
 
 
304 aa  278  8e-74  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3120  Pirin domain protein  49.29 
 
 
307 aa  276  4e-73  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.680161  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0818  pirin domain-containing protein  50.7 
 
 
296 aa  274  1e-72  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1918  pirin domain-containing protein  48.04 
 
 
297 aa  273  2e-72  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.883605 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4570  pirin domain-containing protein  48.79 
 
 
296 aa  272  4e-72  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.203406  normal  0.316672 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2278  pirin domain-containing protein  50 
 
 
301 aa  270  3e-71  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.263885  normal  0.199618 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1596  Pirin domain protein  50 
 
 
301 aa  269  4e-71  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2116  pirin domain-containing protein  49.31 
 
 
297 aa  268  6e-71  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0157857  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1367  pirin domain-containing protein  46.95 
 
 
293 aa  268  1e-70  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0431465 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1300  pirin domain-containing protein  48.03 
 
 
294 aa  267  2e-70  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.937895  normal  0.0576323 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1102  pirin domain-containing protein  48.54 
 
 
274 aa  266  2e-70  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.596816  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1266  pirin domain-containing protein  47.67 
 
 
294 aa  267  2e-70  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4532  Pirin-like protein  47.33 
 
 
294 aa  267  2e-70  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.289961 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0907  Pirin-like  46.95 
 
 
293 aa  266  4e-70  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1389  pirin domain-containing protein  46.95 
 
 
293 aa  266  4e-70  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.614726  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3027  pirin domain-containing protein  49.83 
 
 
316 aa  265  7e-70  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.319772 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1666  pirin-related protein  45.3 
 
 
290 aa  263  4e-69  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.0486523  normal  0.312443 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0640  pirin-related protein  47.1 
 
 
291 aa  262  6e-69  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.524638  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0588  putative pirin-like protein  50.52 
 
 
299 aa  259  5e-68  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.927348  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2359  Pirin domain protein  47.92 
 
 
306 aa  257  2e-67  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.355023 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3490  pirin domain-containing protein  42.21 
 
 
293 aa  238  7e-62  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.970505  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3696  Pirin domain protein  44.06 
 
 
300 aa  238  7e-62  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.01108  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3500  pirin domain-containing protein  41.7 
 
 
287 aa  238  1e-61  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.324071  normal  0.945982 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1691  pirin domain-containing protein  42.05 
 
 
287 aa  237  2e-61  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0748863  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4177  Pirin domain protein  42.4 
 
 
293 aa  235  7e-61  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.630171  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2988  Pirin-related protein  48.05 
 
 
254 aa  233  4e-60  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3748  pirin domain-containing protein  40.99 
 
 
287 aa  233  4e-60  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0421  pirin domain-containing protein  48.26 
 
 
298 aa  232  7e-60  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1627  Pirin-like  40.48 
 
 
296 aa  228  9e-59  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.0199876 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2485  pirin domain-containing protein  39.36 
 
 
286 aa  218  1e-55  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.110651 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3147  Pirin domain protein  38.91 
 
 
301 aa  184  2e-45  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.933167  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_48730  hypothetical protein  36.43 
 
 
315 aa  179  7e-44  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000159869 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4173  hypothetical protein  36.06 
 
 
332 aa  177  2e-43  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.217194  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_35540  Pirin-related protein  39.29 
 
 
381 aa  174  2e-42  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0663  pirin domain-containing protein  37.55 
 
 
351 aa  174  2e-42  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3190  Pirin domain protein  37.37 
 
 
351 aa  171  1e-41  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0055  pirin domain-containing protein  38.49 
 
 
307 aa  170  3e-41  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  hitchhiker  2.41022e-06 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>