More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lreu_1054 on replicon NC_009513
Organism: Lactobacillus reuteri DSM 20016



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009513  Lreu_1054  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  100 
 
 
281 aa  586  1e-166  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1420  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  62.59 
 
 
279 aa  365  1e-100  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1445  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  60.57 
 
 
283 aa  355  5e-97  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1444  dTDP-4-keto-L-rhamnose reductase  60.87 
 
 
283 aa  337  9e-92  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0205  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  58.78 
 
 
313 aa  331  8e-90  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1424  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  59.78 
 
 
284 aa  330  2e-89  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  decreased coverage  0.000208207  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4467  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  45.85 
 
 
287 aa  243  1.9999999999999999e-63  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4129  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  44.29 
 
 
461 aa  237  2e-61  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.671731  hitchhiker  0.00000000841547 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1338  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  43.93 
 
 
284 aa  231  1e-59  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.326275  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0940  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  44.68 
 
 
283 aa  229  3e-59  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1125  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  42.86 
 
 
284 aa  229  4e-59  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.110653  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1376  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  43.57 
 
 
284 aa  229  5e-59  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.580619  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1138  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  43.57 
 
 
284 aa  228  9e-59  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.131341  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1231  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  43.57 
 
 
284 aa  228  9e-59  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3036  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  41.49 
 
 
283 aa  228  1e-58  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1118  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  43.57 
 
 
284 aa  226  3e-58  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000464599  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1299  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  43.21 
 
 
284 aa  226  3e-58  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000423325 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1112  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  43.57 
 
 
284 aa  226  5.0000000000000005e-58  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0345479  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2129  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  42.76 
 
 
286 aa  220  1.9999999999999999e-56  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3679  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  40.93 
 
 
285 aa  217  1e-55  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.0000149825  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_13108  putative dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  39.15 
 
 
288 aa  217  2e-55  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1381  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  42.21 
 
 
291 aa  217  2e-55  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.682696  hitchhiker  0.0000283984 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3018  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  41.79 
 
 
281 aa  215  5e-55  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.253174  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0060  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  43.48 
 
 
281 aa  213  3.9999999999999995e-54  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2828  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  40.85 
 
 
291 aa  210  2e-53  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.39163  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1779  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  43.36 
 
 
297 aa  209  3e-53  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.00243798  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0881  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  41.38 
 
 
298 aa  209  5e-53  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2262  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  38.23 
 
 
294 aa  209  5e-53  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1487  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  41.36 
 
 
294 aa  208  8e-53  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000030027 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1344  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  41.52 
 
 
293 aa  208  8e-53  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.0280705 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2472  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  42.81 
 
 
280 aa  207  2e-52  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2888  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  40.48 
 
 
291 aa  207  2e-52  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.124362  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3106  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  39.93 
 
 
278 aa  205  9e-52  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2365  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  41.37 
 
 
280 aa  204  1e-51  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.304818  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1270  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  42.62 
 
 
246 aa  204  1e-51  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.120317  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2231  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  41.61 
 
 
261 aa  203  2e-51  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1659  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  42.39 
 
 
277 aa  204  2e-51  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3287  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  41.46 
 
 
290 aa  204  2e-51  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4071  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  45.11 
 
 
237 aa  203  3e-51  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.142911  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1891  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  41.28 
 
 
286 aa  203  3e-51  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.657644  hitchhiker  0.00910437 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0232  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  40.5 
 
 
270 aa  202  4e-51  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0488037  normal  0.41258 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3463  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  41.18 
 
 
294 aa  202  5e-51  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.585813  normal  0.226975 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2538  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  40.7 
 
 
291 aa  202  6e-51  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2661  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  40.62 
 
 
291 aa  202  6e-51  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3972  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  39.73 
 
 
294 aa  201  8e-51  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.160847  normal  0.379333 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1285  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  39.86 
 
 
301 aa  200  1.9999999999999998e-50  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.181094  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1686  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  37.59 
 
 
285 aa  200  1.9999999999999998e-50  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1724  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  40.43 
 
 
296 aa  200  1.9999999999999998e-50  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.00037704  normal  0.832838 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3020  dTDP-6-deoxy-l-mannose-dehydrogenase  41.38 
 
 
293 aa  200  3e-50  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.361116  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0633  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  40.29 
 
 
285 aa  199  3.9999999999999996e-50  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2097  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  40.94 
 
 
280 aa  199  3.9999999999999996e-50  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2599  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  40.62 
 
 
300 aa  198  9e-50  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0845  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  41.1 
 
 
294 aa  197  1.0000000000000001e-49  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0431465 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0392  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  40.82 
 
 
299 aa  197  1.0000000000000001e-49  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0874  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  40.82 
 
 
299 aa  197  1.0000000000000001e-49  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2292  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  42.21 
 
 
292 aa  197  2.0000000000000003e-49  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2594  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  39.46 
 
 
314 aa  197  2.0000000000000003e-49  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0627  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  40.42 
 
 
287 aa  197  2.0000000000000003e-49  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.144272 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1403  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  37.76 
 
 
288 aa  197  2.0000000000000003e-49  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00211248 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0416  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  40.07 
 
 
293 aa  196  3e-49  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.128844  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2344  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  41.38 
 
 
298 aa  196  4.0000000000000005e-49  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1777  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  38.23 
 
 
297 aa  195  7e-49  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.309718  normal 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0481  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  39.45 
 
 
294 aa  195  7e-49  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0599  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  39.45 
 
 
294 aa  195  7e-49  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2316  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  41.05 
 
 
297 aa  195  9e-49  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.0781595 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1133  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  38.29 
 
 
328 aa  194  1e-48  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  normal  0.853451 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3917  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  39.64 
 
 
284 aa  194  1e-48  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.0252378 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0478  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  38.62 
 
 
296 aa  192  5e-48  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3891  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  38.25 
 
 
294 aa  192  5e-48  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0492  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  38.62 
 
 
296 aa  192  6e-48  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.37943 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0045  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  40 
 
 
288 aa  192  7e-48  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.478799 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0187  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  40.51 
 
 
270 aa  192  7e-48  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4296  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  38.46 
 
 
298 aa  191  1e-47  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.73519  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3355  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  36.79 
 
 
296 aa  191  1e-47  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.909711  normal  0.207765 
 
 
-
 
NC_002950  PG1561  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  39.86 
 
 
285 aa  190  2e-47  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3272  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  40.65 
 
 
276 aa  189  2.9999999999999997e-47  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4140  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  39.13 
 
 
287 aa  189  2.9999999999999997e-47  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000198546 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2011  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  40.83 
 
 
306 aa  189  5e-47  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.73104  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2525  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  37.81 
 
 
298 aa  188  7e-47  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00990  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  38.62 
 
 
288 aa  188  1e-46  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0715  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  38.27 
 
 
298 aa  186  3e-46  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.466634 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0953  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  41.07 
 
 
281 aa  186  4e-46  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.719428  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3993  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  38.57 
 
 
292 aa  185  6e-46  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.268063  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0764  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  39.18 
 
 
299 aa  185  7e-46  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4945  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  38.16 
 
 
286 aa  185  8e-46  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000489214 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2856  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  36.71 
 
 
285 aa  184  1.0000000000000001e-45  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0978379  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0515  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  38.33 
 
 
291 aa  184  1.0000000000000001e-45  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0637  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  38.49 
 
 
306 aa  184  1.0000000000000001e-45  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.618272 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1996  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  42.65 
 
 
290 aa  184  1.0000000000000001e-45  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.0138572  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3011  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  36.33 
 
 
303 aa  184  2.0000000000000003e-45  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.289187  hitchhiker  0.00172114 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0332  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  39.5 
 
 
281 aa  184  2.0000000000000003e-45  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.326946  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2734  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  37.84 
 
 
306 aa  183  2.0000000000000003e-45  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2763  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  35.96 
 
 
295 aa  183  2.0000000000000003e-45  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1580  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  37.18 
 
 
278 aa  182  4.0000000000000006e-45  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_3073  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  37.94 
 
 
282 aa  182  4.0000000000000006e-45  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.419885  normal  0.223963 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0840  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  36.08 
 
 
291 aa  182  6e-45  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.774562  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0925  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  37.75 
 
 
301 aa  181  1e-44  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.377982 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0713  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  37.5 
 
 
304 aa  181  1e-44  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2138  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  36.95 
 
 
296 aa  181  1e-44  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3692  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  38.46 
 
 
296 aa  180  2e-44  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>