More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_3032 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007777  Francci3_3032  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  100 
 
 		 143 aa  278  1e-74  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.921134 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3804  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family  52.9 
 
 		 141 aa  142  1e-33  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.602111  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_22810  rrf2 family protein, putative transcriptional regulator  47.18 
 
 		 149 aa  121  3e-27  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.489543 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3203  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family  48.25 
 
 		 143 aa  115  3e-25  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0422  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  51.72 
 
 		 155 aa  114  5e-25  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3513  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  45.39 
 
 		 142 aa  114  6e-25  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3450  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family  43.48 
 
 		 146 aa  110  7.000000000000001e-24  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.138812  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0358  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family  48.3 
 
 		 151 aa  108  2.0000000000000002e-23  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.53378 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0786  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  37.12 
 
 		 156 aa  105  2e-22  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3220  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  40 
 
 		 150 aa  103  8e-22  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3383  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  37.86 
 
 		 155 aa  101  3e-21  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3453  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  42.07 
 
 		 148 aa  101  4e-21  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.879628  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2020  protein of unknown function UPF0074  40.4 
 
 		 177 aa  100  5e-21  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0707899  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3073  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  42.76 
 
 		 148 aa  99.8  1e-20  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  decreased coverage  0.00965194  normal  0.580811 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1064  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family  38.57 
 
 		 143 aa  98.2  3e-20  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2600  hypothetical protein  33.58 
 
 		 143 aa  96.7  1e-19  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0943  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  43.85 
 
 		 153 aa  95.1  3e-19  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0631  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family protein  34.11 
 
 		 147 aa  95.1  3e-19  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1447  Rrf2 family protein  39.06 
 
 		 143 aa  94.4  4e-19  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0973586  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2456  hypothetical protein  32.84 
 
 		 143 aa  94  6e-19  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0915  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  42.31 
 
 		 153 aa  93.2  1e-18  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.127976  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0932  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  42.31 
 
 		 153 aa  93.2  1e-18  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0937  transcriptional regulator, TrmB  38.89 
 
 		 175 aa  92.4  2e-18  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.901092 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1758  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  40.85 
 
 		 172 aa  92  2e-18  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.106493 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2223  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  40.3 
 
 		 151 aa  91.7  3e-18  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.339527  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_4024  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family protein  34.33 
 
 		 151 aa  90.9  5e-18  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.89096  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04045  predicted DNA-binding transcriptional regulator  38.93 
 
 		 141 aa  90.9  6e-18  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.58974  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4737  transcriptional repressor NsrR  38.93 
 
 		 141 aa  90.9  6e-18  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3835  transcriptional repressor NsrR  38.93 
 
 		 141 aa  90.9  6e-18  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.678572  hitchhiker  0.00000129464 
 
 
-
 
NC_012892  B21_04007  hypothetical protein  38.93 
 
 		 141 aa  90.9  6e-18  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.7208  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4421  transcriptional repressor NsrR  38.93 
 
 		 141 aa  90.9  6e-18  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4221  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  35.66 
 
 		 149 aa  90.5  7e-18  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1425  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  40.88 
 
 		 161 aa  90.5  7e-18  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0574582  hitchhiker  0.00433375 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5149  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  39.72 
 
 		 171 aa  90.5  8e-18  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.911409  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0930  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family  37.78 
 
 		 150 aa  90.1  8e-18  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.276668  n/a   
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_5030  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  39.31 
 
 		 145 aa  90.1  9e-18  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002267  nitrite-sensitive transcriptional repressor NsrR  41.26 
 
 		 141 aa  89.4  1e-17  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1786  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  40.43 
 
 		 172 aa  89.7  1e-17  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2545  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family  37.16 
 
 		 147 aa  89.7  1e-17  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0766  transcriptional repressor NsrR  37.4 
 
 		 141 aa  89.7  1e-17  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.61103  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3815  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family  38.93 
 
 		 141 aa  89  2e-17  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4709  transcriptional repressor NsrR  38.93 
 
 		 141 aa  89.4  2e-17  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4635  transcriptional repressor NsrR  38.93 
 
 		 141 aa  89.4  2e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0412  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family  38.89 
 
 		 163 aa  89.4  2e-17  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3702  hypothetical protein  34.03 
 
 		 151 aa  89.4  2e-17  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4649  transcriptional repressor NsrR  38.93 
 
 		 141 aa  89  2e-17  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.317237 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4785  transcriptional repressor NsrR  38.93 
 
 		 141 aa  89.4  2e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.124056  normal  0.626622 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4645  transcriptional repressor NsrR  38.93 
 
 		 141 aa  89.4  2e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0787  transcriptional repressor NsrR  38.17 
 
 		 141 aa  88.6  3e-17  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.959014  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0536  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  38.06 
 
 		 143 aa  88.2  3e-17  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.315603  normal  0.655757 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0041  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 151 aa  88.6  3e-17  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0191012  hitchhiker  0.000277794 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0047  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 151 aa  88.2  3e-17  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000883142 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1872  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  40.43 
 
 		 171 aa  88.2  4e-17  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.628801  hitchhiker  0.000127972 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0039  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 151 aa  88.2  4e-17  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0043  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family  33.33 
 
 		 151 aa  88.2  4e-17  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000000767573 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0043  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 151 aa  88.2  4e-17  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0465453  unclonable  0.0000121376 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1513  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family  38.85 
 
 		 146 aa  88.2  4e-17  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.334315 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6231  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  40.43 
 
 		 171 aa  87.8  4e-17  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_03520  rrf2 family protein, putative transcriptional regulator  38.93 
 
 		 157 aa  87.8  4e-17  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4336  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 151 aa  88.2  4e-17  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.312159  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0437  transcriptional repressor NsrR  38.06 
 
 		 141 aa  88.2  4e-17  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.900839  unclonable  0.0000000282304 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1848  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  40.43 
 
 		 171 aa  87.8  4e-17  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5694  transcriptional repressor NsrR  37.4 
 
 		 141 aa  88.2  4e-17  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.883582  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3603  transcriptional repressor NsrR  37.4 
 
 		 141 aa  87.8  5e-17  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3647  transcriptional repressor NsrR  36.09 
 
 		 141 aa  87.4  5e-17  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0039  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  32.58 
 
 		 151 aa  87.4  6e-17  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.370774  hitchhiker  0.00270297 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1812  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family  40.43 
 
 		 166 aa  87.4  6e-17  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.502319  normal  0.154118 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3446  transcriptional repressor NsrR  37.4 
 
 		 141 aa  87.4  6e-17  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4728  transcriptional repressor NsrR  38.17 
 
 		 162 aa  87.4  7e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.462578  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4764  transcriptional repressor NsrR  38.17 
 
 		 162 aa  87.4  7e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0252301  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1843  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 139 aa  87  7e-17  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.795397  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0361  transcriptional repressor NsrR  37.4 
 
 		 141 aa  87  7e-17  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00329253 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3286  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family  38.81 
 
 		 159 aa  87  8e-17  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3608  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family  38.81 
 
 		 159 aa  87  8e-17  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00086  transcriptional repressor NsrR  38.46 
 
 		 141 aa  87  8e-17  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2375  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  40.43 
 
 		 166 aa  87  8e-17  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.727332 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0045  Rrf2 family protein  32.58 
 
 		 151 aa  86.3  1e-16  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3642  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  37.14 
 
 		 163 aa  86.7  1e-16  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0315634 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0640  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  33.59 
 
 		 149 aa  86.7  1e-16  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0693  transcriptional repressor NsrR  35.34 
 
 		 154 aa  85.9  2e-16  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1628  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family  35.88 
 
 		 147 aa  85.5  2e-16  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3792  transcriptional repressor NsrR  35.34 
 
 		 154 aa  85.9  2e-16  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0788  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  31.3 
 
 		 145 aa  85.5  2e-16  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0036  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  32.58 
 
 		 151 aa  84.7  3e-16  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3810  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  33.57 
 
 		 150 aa  85.1  3e-16  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.209804  normal  0.479131 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0908  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family  37.67 
 
 		 160 aa  84.3  4e-16  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.459375  normal  0.322179 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2272  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  36.11 
 
 		 154 aa  84  6e-16  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.257031  normal  0.323507 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0968  rrf2 family transcriptional regulator  37.04 
 
 		 157 aa  84  7e-16  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.438038  normal  0.0231013 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0932  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family  37.04 
 
 		 157 aa  84  7e-16  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.193956 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4881  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  32.58 
 
 		 152 aa  83.6  8e-16  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0149  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  37.32 
 
 		 167 aa  83.6  9e-16  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0056  Rrf2 family protein  33.33 
 
 		 151 aa  83.2  0.000000000000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0941015  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2653  hypothetical protein  37.59 
 
 		 142 aa  82  0.000000000000002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.87475  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3040  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  38.76 
 
 		 149 aa  82.8  0.000000000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.323158 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1800  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  34.04 
 
 		 150 aa  82  0.000000000000002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2769  transcriptional repressor NsrR  34.31 
 
 		 141 aa  82.4  0.000000000000002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1789  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  36.11 
 
 		 147 aa  81.6  0.000000000000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3494  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family  37.86 
 
 		 183 aa  82  0.000000000000003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.915426 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3397  hypothetical protein  36.99 
 
 		 172 aa  81.3  0.000000000000004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1378  Rrf2 family protein  37.58 
 
 		 165 aa  81.3  0.000000000000004  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>