More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene EcE24377A_0334 on replicon NC_009801
Organism: Escherichia coli E24377A



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
CP001509  ECD_00272  predicted DNA-bindng transcriptional regulator  99.68 
 
 
310 aa  645  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.477683  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0334  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 
310 aa  645  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00275  hypothetical protein  99.68 
 
 
310 aa  645  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.498926  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3307  LysR family transcriptional regulator  99.68 
 
 
310 aa  645  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0347  LysR family transcriptional regulator  99.03 
 
 
310 aa  642  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3290  transcriptional regulator, LysR family  99.35 
 
 
310 aa  643  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0376  LysR family transcriptional regulator  99.68 
 
 
310 aa  645  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.999602  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3146  LysR family transcriptional regulator  89.94 
 
 
309 aa  585  1e-166  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  5.98647e-06  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3118  DNA-binding transcriptional activator AllS  38.52 
 
 
308 aa  214  1e-54  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00151636 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0605  DNA-binding transcriptional activator AllS  38.52 
 
 
308 aa  214  2e-54  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00454  DNA-binding transcriptional activator of the allD operon  38.52 
 
 
308 aa  214  2e-54  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0547  DNA-binding transcriptional activator AllS  38.52 
 
 
308 aa  214  2e-54  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3108  transcriptional regulator, LysR family  38.52 
 
 
308 aa  214  2e-54  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0541  DNA-binding transcriptional activator AllS  38.52 
 
 
308 aa  213  2e-54  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0578  DNA-binding transcriptional activator AllS  38.16 
 
 
308 aa  213  4e-54  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0438  DNA-binding transcriptional activator AllS  37.25 
 
 
317 aa  204  2e-51  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0774203  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0568  DNA-binding transcriptional activator AllS  37.37 
 
 
308 aa  201  9e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.673826  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0563  DNA-binding transcriptional activator AllS  37.37 
 
 
308 aa  201  9e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0622  DNA-binding transcriptional activator AllS  37.37 
 
 
308 aa  201  9e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.19493  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0561  DNA-binding transcriptional activator AllS  37.37 
 
 
308 aa  201  1e-50  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.821285  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0923  putative DNA-binding transcriptional regulator  34.56 
 
 
300 aa  192  4e-48  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1860  putative DNA-binding transcriptional regulator  32.98 
 
 
310 aa  188  1e-46  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.178979  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2061  putative DNA-binding transcriptional regulator  32.04 
 
 
303 aa  188  1e-46  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0159337  hitchhiker  3.7985e-05 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2573  putative DNA-binding transcriptional regulator  32.98 
 
 
310 aa  188  1e-46  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.922833  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2002  putative DNA-binding transcriptional regulator  32.04 
 
 
303 aa  188  1e-46  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0975568  hitchhiker  0.000333311 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1754  putative DNA-binding transcriptional regulator  32.98 
 
 
310 aa  187  1e-46  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000500899  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1974  putative DNA-binding transcriptional regulator  32.64 
 
 
303 aa  187  3e-46  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00037862  normal  0.59258 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2312  putative DNA-binding transcriptional regulator  32.28 
 
 
300 aa  184  1e-45  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0007989  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2204  putative DNA-binding transcriptional regulator  32.28 
 
 
300 aa  184  1e-45  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  5.82492e-05  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03709  putative conserved protein  34.4 
 
 
298 aa  184  1e-45  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2167  putative DNA-binding transcriptional regulator  32.28 
 
 
300 aa  184  1e-45  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  2.80359e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4196  LysR family transcriptional regulator  34.4 
 
 
298 aa  184  1e-45  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00191866 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03658  hypothetical protein  34.4 
 
 
298 aa  184  1e-45  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2202  putative DNA-binding transcriptional regulator  32.28 
 
 
300 aa  184  1e-45  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  6.14587e-07  normal  0.242008 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1783  putative DNA-binding transcriptional regulator  32.98 
 
 
300 aa  183  4e-45  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.0501585 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2000  putative DNA-binding transcriptional regulator  31.17 
 
 
329 aa  182  5e-45  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  1.54279e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2374  putative DNA-binding transcriptional regulator  31.7 
 
 
300 aa  182  5e-45  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2194  putative DNA-binding transcriptional regulator  31.23 
 
 
314 aa  182  7e-45  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.431967  hitchhiker  6.55137e-06 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1805  putative DNA-binding transcriptional regulator  31.58 
 
 
300 aa  181  9e-45  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.524911  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1810  putative DNA-binding transcriptional regulator  31.93 
 
 
300 aa  181  1e-44  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  5.33162e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1562  putative DNA-binding transcriptional regulator  30.18 
 
 
310 aa  181  2e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  unclonable  0.000120122  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1914  putative DNA-binding transcriptional regulator  30.18 
 
 
310 aa  181  2e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  decreased coverage  0.000429246  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1539  putative DNA-binding transcriptional regulator  30.18 
 
 
310 aa  181  2e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  unclonable  4.12761e-05  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1525  putative DNA-binding transcriptional regulator  30.18 
 
 
310 aa  180  2e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1745  putative DNA-binding transcriptional regulator  30.18 
 
 
310 aa  181  2e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  1.49858e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2472  putative DNA-binding transcriptional regulator  31.58 
 
 
300 aa  181  2e-44  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  2.0853e-05  hitchhiker  0.00151008 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2013  putative DNA-binding transcriptional regulator  30.53 
 
 
300 aa  179  6e-44  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  4.22246e-08  normal  0.025363 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3032  putative DNA-binding transcriptional regulator  33.45 
 
 
300 aa  179  6e-44  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.177105  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2112  putative DNA-binding transcriptional regulator  30.88 
 
 
300 aa  179  7e-44  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000406165  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2137  putative DNA-binding transcriptional regulator  30.26 
 
 
300 aa  178  1e-43  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00543742  normal  0.0202004 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1539  putative DNA-binding transcriptional regulator  30.18 
 
 
310 aa  176  4e-43  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0989364  normal  0.0522368 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2371  putative DNA-binding transcriptional regulator  30.18 
 
 
310 aa  176  4e-43  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  1.54931e-08  normal  0.139857 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1856  putative DNA-binding transcriptional regulator  30.18 
 
 
310 aa  176  4e-43  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  4.98178e-15  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1981  transcriptional regulator, LysR family  30.18 
 
 
310 aa  176  4e-43  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0211001  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1970  putative DNA-binding transcriptional regulator  30.18 
 
 
310 aa  176  4e-43  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  hitchhiker  9.77256e-05 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1872  putative DNA-binding transcriptional regulator  30.18 
 
 
310 aa  176  4e-43  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  1.44024e-12  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1739  putative DNA-binding transcriptional regulator  30.18 
 
 
310 aa  176  6e-43  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  9.07553e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01619  hypothetical protein  30.18 
 
 
310 aa  176  6e-43  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01630  predicted DNA-binding transcriptional regulator  30.18 
 
 
310 aa  176  6e-43  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1788  putative DNA-binding transcriptional regulator  29.47 
 
 
303 aa  175  9e-43  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.339561  normal  0.0111658 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1835  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 
300 aa  172  6e-42  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2269  LysR family transcriptional regulator  30.42 
 
 
300 aa  167  2e-40  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1784  transcriptional regulator, LysR family  32.3 
 
 
312 aa  166  3e-40  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1984  LysR family transcriptional regulator  32.3 
 
 
312 aa  165  1e-39  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.482578  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3030  LysR family transcriptional regulator  30.24 
 
 
315 aa  155  1e-36  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.503722  normal  0.316328 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6436  LysR family transcriptional regulator  29.7 
 
 
320 aa  152  6e-36  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5934  LysR family transcriptional regulator  29.7 
 
 
320 aa  151  1e-35  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002036  hypothetical protein  28.2 
 
 
300 aa  151  1e-35  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5569  LysR family transcriptional regulator  29.7 
 
 
320 aa  151  1e-35  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.21388  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4371  LysR family transcriptional regulator  30.71 
 
 
306 aa  150  3e-35  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.120427  normal  0.0114569 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00415  putative DNA-binding transcriptional regulator  27.3 
 
 
300 aa  149  4e-35  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4888  LysR family transcriptional regulator  30.36 
 
 
306 aa  149  6e-35  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.842782  hitchhiker  5.97964e-07 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3318  LysR family transcriptional regulator  29.83 
 
 
297 aa  149  8e-35  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_7006  LysR family transcriptional regulator  30.69 
 
 
302 aa  148  1e-34  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00245056 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3537  LysR family transcriptional regulator  30.03 
 
 
306 aa  148  1e-34  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.0653502 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1223  LysR family transcriptional regulator  29.83 
 
 
320 aa  147  2e-34  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1222  LysR family transcriptional regulator  29.49 
 
 
297 aa  147  2e-34  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.907683  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5812  LysR family transcriptional regulator  30.88 
 
 
302 aa  147  3e-34  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.394289  normal  0.69254 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0852  LysR family transcriptional regulator  30.66 
 
 
306 aa  146  4e-34  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0564501  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1293  LysR family transcriptional regulator  29.83 
 
 
297 aa  146  4e-34  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.585298  normal 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6340  LysR family transcriptional regulator  30.34 
 
 
302 aa  146  5e-34  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1489  LysR family transcriptional regulator  30.34 
 
 
302 aa  146  5e-34  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1459  LysR family transcriptional regulator  30.53 
 
 
302 aa  145  8e-34  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6369  LysR family transcriptional regulator  30.53 
 
 
302 aa  145  8e-34  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5596  LysR family transcriptional regulator  30.18 
 
 
302 aa  145  1e-33  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.21872  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_7036  LysR family transcriptional regulator  30.18 
 
 
302 aa  144  2e-33  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.753996  normal  0.202987 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1769  LysR family transcriptional regulator  31.54 
 
 
299 aa  144  2e-33  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0552  LysR family transcriptional regulator  30 
 
 
303 aa  142  9e-33  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.268778 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3124  transcriptional regulator, LysR family  30.74 
 
 
317 aa  140  2e-32  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.151908  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3011  LysR family transcriptional regulator  29.72 
 
 
297 aa  140  3e-32  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1503  transcriptional regulator, LysR family  31.62 
 
 
306 aa  139  5e-32  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0885147  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4110  transcriptional regulator, MarR family  27.05 
 
 
308 aa  139  6e-32  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.180794 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2407  transcriptional regulator, LysR family  28.21 
 
 
300 aa  139  6e-32  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3997  transcriptional regulator, MarR family  27.05 
 
 
308 aa  139  6e-32  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.686656 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2013  transcriptional regulator, LysR family  28.21 
 
 
300 aa  138  9e-32  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.706751  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1907  LysR family transcriptional regulator  29.83 
 
 
312 aa  138  1e-31  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.683551  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2580  LysR family transcriptional regulator  28.22 
 
 
342 aa  138  1e-31  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.64734 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2890  LysR family transcriptional regulator  27.87 
 
 
326 aa  137  2e-31  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.357452  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2209  transcriptional regulator transcription regulator protein  29.33 
 
 
300 aa  137  3e-31  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.852985  normal  0.255336 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1432  transcriptional regulator, MarR family  27.3 
 
 
307 aa  137  3e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.830157 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>