More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SbBS512_E0438 on replicon NC_010658
Organism: Shigella boydii CDC 3083-94



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010658  SbBS512_E0438  DNA-binding transcriptional activator AllS  100 
 
 		 317 aa  649    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0774203  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00454  DNA-binding transcriptional activator of the allD operon  97.16 
 
 		 308 aa  624  1e-178  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3108  transcriptional regulator, LysR family  97.16 
 
 		 308 aa  624  1e-178  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0605  DNA-binding transcriptional activator AllS  97.16 
 
 		 308 aa  624  1e-178  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3118  DNA-binding transcriptional activator AllS  96.85 
 
 		 308 aa  621  1e-177  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00151636 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0547  DNA-binding transcriptional activator AllS  96.85 
 
 		 308 aa  623  1e-177  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0541  DNA-binding transcriptional activator AllS  96.85 
 
 		 308 aa  622  1e-177  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0578  DNA-binding transcriptional activator AllS  96.85 
 
 		 308 aa  622  1e-177  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0568  DNA-binding transcriptional activator AllS  83.91 
 
 		 308 aa  549  1e-155  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.673826  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0622  DNA-binding transcriptional activator AllS  83.91 
 
 		 308 aa  549  1e-155  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.19493  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0561  DNA-binding transcriptional activator AllS  83.91 
 
 		 308 aa  548  1e-155  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.821285  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0563  DNA-binding transcriptional activator AllS  83.91 
 
 		 308 aa  549  1e-155  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0347  LysR family transcriptional regulator  37.33 
 
 		 310 aa  207  1e-52  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00272  predicted DNA-bindng transcriptional regulator  37.33 
 
 		 310 aa  207  2e-52  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.477683  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3290  transcriptional regulator, LysR family  37.33 
 
 		 310 aa  207  2e-52  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0334  LysR family transcriptional regulator  37.33 
 
 		 310 aa  207  2e-52  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0376  LysR family transcriptional regulator  37.33 
 
 		 310 aa  207  2e-52  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.999602  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00275  hypothetical protein  37.33 
 
 		 310 aa  207  2e-52  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.498926  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3307  LysR family transcriptional regulator  37.33 
 
 		 310 aa  207  2e-52  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3146  LysR family transcriptional regulator  37.02 
 
 		 309 aa  201  9.999999999999999e-51  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00000598647  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0923  putative DNA-binding transcriptional regulator  33.33 
 
 		 300 aa  187  3e-46  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1974  putative DNA-binding transcriptional regulator  33.33 
 
 		 303 aa  173  2.9999999999999996e-42  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00037862  normal  0.59258 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2002  putative DNA-binding transcriptional regulator  33.33 
 
 		 303 aa  174  2.9999999999999996e-42  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0975568  hitchhiker  0.000333311 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2061  putative DNA-binding transcriptional regulator  33.33 
 
 		 303 aa  174  2.9999999999999996e-42  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0159337  hitchhiker  0.000037985 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2312  putative DNA-binding transcriptional regulator  32.62 
 
 		 300 aa  172  5e-42  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0007989  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2167  putative DNA-binding transcriptional regulator  32.62 
 
 		 300 aa  172  5.999999999999999e-42  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000280359  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2374  putative DNA-binding transcriptional regulator  33.33 
 
 		 300 aa  172  5.999999999999999e-42  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2204  putative DNA-binding transcriptional regulator  32.62 
 
 		 300 aa  172  5.999999999999999e-42  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000582492  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2202  putative DNA-binding transcriptional regulator  32.62 
 
 		 300 aa  172  5.999999999999999e-42  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000000614587  normal  0.242008 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2137  putative DNA-binding transcriptional regulator  31.56 
 
 		 300 aa  172  7.999999999999999e-42  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00543742  normal  0.0202004 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2000  putative DNA-binding transcriptional regulator  32.62 
 
 		 329 aa  171  1e-41  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000154279  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2112  putative DNA-binding transcriptional regulator  31.21 
 
 		 300 aa  170  2e-41  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000406165  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2013  putative DNA-binding transcriptional regulator  30.5 
 
 		 300 aa  171  2e-41  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.0000000422246  normal  0.025363 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1783  putative DNA-binding transcriptional regulator  31.91 
 
 		 300 aa  170  3e-41  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.0501585 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2472  putative DNA-binding transcriptional regulator  31.21 
 
 		 300 aa  169  5e-41  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.000020853  hitchhiker  0.00151008 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2269  LysR family transcriptional regulator  32.56 
 
 		 300 aa  162  6e-39  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1810  putative DNA-binding transcriptional regulator  30.63 
 
 		 300 aa  162  6e-39  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.00000000533162  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1769  LysR family transcriptional regulator  34.26 
 
 		 299 aa  162  1e-38  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1805  putative DNA-binding transcriptional regulator  30.85 
 
 		 300 aa  161  1e-38  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.524911  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3032  putative DNA-binding transcriptional regulator  29.43 
 
 		 300 aa  161  2e-38  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.177105  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03709  putative conserved protein  32.64 
 
 		 298 aa  158  1e-37  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03658  hypothetical protein  32.64 
 
 		 298 aa  158  1e-37  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4196  LysR family transcriptional regulator  32.64 
 
 		 298 aa  158  1e-37  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00191866 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1754  putative DNA-binding transcriptional regulator  31.6 
 
 		 310 aa  156  4e-37  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000500899  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1860  putative DNA-binding transcriptional regulator  31.6 
 
 		 310 aa  156  5.0000000000000005e-37  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.178979  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2573  putative DNA-binding transcriptional regulator  31.6 
 
 		 310 aa  156  5.0000000000000005e-37  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.922833  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0757  LysR family transcriptional regulator  34.03 
 
 		 300 aa  154  1e-36  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.827898 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1539  putative DNA-binding transcriptional regulator  30.28 
 
 		 310 aa  154  2.9999999999999998e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  unclonable  0.0000412761  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1745  putative DNA-binding transcriptional regulator  30.28 
 
 		 310 aa  154  2.9999999999999998e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000149858  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1525  putative DNA-binding transcriptional regulator  29.9 
 
 		 310 aa  153  2.9999999999999998e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1914  putative DNA-binding transcriptional regulator  30.28 
 
 		 310 aa  154  2.9999999999999998e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  decreased coverage  0.000429246  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1562  putative DNA-binding transcriptional regulator  30.28 
 
 		 310 aa  154  2.9999999999999998e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  unclonable  0.000120122  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2194  putative DNA-binding transcriptional regulator  30.99 
 
 		 314 aa  152  8.999999999999999e-36  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.431967  hitchhiker  0.00000655137 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1788  putative DNA-binding transcriptional regulator  28.87 
 
 		 303 aa  149  5e-35  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.339561  normal  0.0111658 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01630  predicted DNA-binding transcriptional regulator  30.28 
 
 		 310 aa  147  2.0000000000000003e-34  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1981  transcriptional regulator, LysR family  30.28 
 
 		 310 aa  147  2.0000000000000003e-34  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0211001  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1970  putative DNA-binding transcriptional regulator  30.28 
 
 		 310 aa  147  2.0000000000000003e-34  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000977256 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1739  putative DNA-binding transcriptional regulator  30.28 
 
 		 310 aa  147  2.0000000000000003e-34  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  9.075529999999999e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1872  putative DNA-binding transcriptional regulator  30.28 
 
 		 310 aa  147  2.0000000000000003e-34  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.00000000000144024  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1539  putative DNA-binding transcriptional regulator  30.28 
 
 		 310 aa  147  2.0000000000000003e-34  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0989364  normal  0.0522368 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2371  putative DNA-binding transcriptional regulator  30.28 
 
 		 310 aa  147  2.0000000000000003e-34  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.0000000154931  normal  0.139857 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01619  hypothetical protein  30.28 
 
 		 310 aa  147  2.0000000000000003e-34  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1856  putative DNA-binding transcriptional regulator  30.28 
 
 		 310 aa  147  2.0000000000000003e-34  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  0.00000000000000498178  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002036  hypothetical protein  27.74 
 
 		 300 aa  146  4.0000000000000006e-34  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2532  putative DNA-binding transcriptional regulator  27.74 
 
 		 302 aa  145  1e-33  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6122  transcriptional regulator, LysR family  31.27 
 
 		 359 aa  143  4e-33  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1835  LysR family transcriptional regulator  29.12 
 
 		 300 aa  142  7e-33  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0852  LysR family transcriptional regulator  31.36 
 
 		 306 aa  141  9.999999999999999e-33  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0564501  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1223  LysR family transcriptional regulator  31.9 
 
 		 320 aa  140  3e-32  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1222  LysR family transcriptional regulator  31.54 
 
 		 297 aa  139  4.999999999999999e-32  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.907683  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1293  LysR family transcriptional regulator  31.9 
 
 		 297 aa  139  6e-32  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.585298  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0901  LysR family transcriptional regulator  29.81 
 
 		 335 aa  139  7e-32  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.273357  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2580  LysR family transcriptional regulator  30.21 
 
 		 342 aa  137  2e-31  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.64734 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5474  transcriptional regulator, LysR family  32.64 
 
 		 302 aa  137  2e-31  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.361907  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3011  LysR family transcriptional regulator  31.4 
 
 		 297 aa  135  6.0000000000000005e-31  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3318  LysR family transcriptional regulator  31.54 
 
 		 297 aa  135  9.999999999999999e-31  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2375  LysR family transcriptional regulator  29.97 
 
 		 306 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.624275  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1675  LysR family transcriptional regulator  29.86 
 
 		 300 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.297229  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0207  transcriptional regulator, LysR family protein  30.8 
 
 		 297 aa  134  1.9999999999999998e-30  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3247  transcriptional regulator, substrate-binding of LysR family protein  30.21 
 
 		 301 aa  134  1.9999999999999998e-30  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6436  LysR family transcriptional regulator  30 
 
 		 320 aa  134  3e-30  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1367  transcriptional regulator, LysR family  30.38 
 
 		 297 aa  133  3e-30  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.780274  hitchhiker  0.00766256 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5712  LysR family transcriptional regulator  28.77 
 
 		 306 aa  133  3.9999999999999996e-30  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.462122 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2209  transcriptional regulator transcription regulator protein  29.86 
 
 		 300 aa  132  5e-30  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.852985  normal  0.255336 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00415  putative DNA-binding transcriptional regulator  26.37 
 
 		 300 aa  132  6.999999999999999e-30  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3537  LysR family transcriptional regulator  30.31 
 
 		 306 aa  132  1.0000000000000001e-29  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.0653502 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5569  LysR family transcriptional regulator  29.66 
 
 		 320 aa  132  1.0000000000000001e-29  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.21388  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5934  LysR family transcriptional regulator  29.66 
 
 		 320 aa  132  1.0000000000000001e-29  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3154  LysR family transcriptional regulator  30.38 
 
 		 297 aa  131  2.0000000000000002e-29  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0073956 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2996  LysR family transcriptional regulator  30.38 
 
 		 297 aa  130  3e-29  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2566  transcriptional regulator, LysR family protein  30.9 
 
 		 297 aa  130  3e-29  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.169801  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1503  transcriptional regulator, LysR family  31.03 
 
 		 306 aa  130  3e-29  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0885147  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2932  LysR family transcriptional regulator  30.74 
 
 		 317 aa  130  4.0000000000000003e-29  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2658  LysR family transcriptional regulator  30.71 
 
 		 297 aa  129  5.0000000000000004e-29  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0552  LysR family transcriptional regulator  32.39 
 
 		 303 aa  128  1.0000000000000001e-28  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.268778 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4973  LysR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 312 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00010332  normal  0.633614 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2407  transcriptional regulator, LysR family  28.47 
 
 		 300 aa  127  2.0000000000000002e-28  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1388  LysR family transcriptional regulator  30.69 
 
 		 297 aa  127  2.0000000000000002e-28  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.837907  normal  0.0605197 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5812  LysR family transcriptional regulator  28.92 
 
 		 302 aa  126  5e-28  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.394289  normal  0.69254 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2013  transcriptional regulator, LysR family  28.12 
 
 		 300 aa  125  9e-28  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.706751  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>