More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene ECH74115_2371 on replicon NC_011353
Organism: Escherichia coli O157:H7 str. EC4115



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009800  EcHS_A1739  putative DNA-binding transcriptional regulator  99.68 
 
 
310 aa  639  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  9.07553e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1970  putative DNA-binding transcriptional regulator  100 
 
 
310 aa  640  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  hitchhiker  9.77256e-05 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1872  putative DNA-binding transcriptional regulator  100 
 
 
310 aa  640  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  1.44024e-12  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01630  predicted DNA-binding transcriptional regulator  99.68 
 
 
310 aa  639  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01619  hypothetical protein  99.68 
 
 
310 aa  639  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1539  putative DNA-binding transcriptional regulator  100 
 
 
310 aa  640  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0989364  normal  0.0522368 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2371  putative DNA-binding transcriptional regulator  100 
 
 
310 aa  640  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  1.54931e-08  normal  0.139857 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1856  putative DNA-binding transcriptional regulator  100 
 
 
310 aa  640  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  4.98178e-15  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1981  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 
310 aa  640  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0211001  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1562  putative DNA-binding transcriptional regulator  91.29 
 
 
310 aa  590  1e-168  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  unclonable  0.000120122  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1539  putative DNA-binding transcriptional regulator  90.97 
 
 
310 aa  589  1e-167  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  unclonable  4.12761e-05  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1745  putative DNA-binding transcriptional regulator  90.97 
 
 
310 aa  589  1e-167  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  1.49858e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1914  putative DNA-binding transcriptional regulator  90.97 
 
 
310 aa  589  1e-167  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  decreased coverage  0.000429246  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1525  putative DNA-binding transcriptional regulator  90.97 
 
 
310 aa  587  1e-166  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1788  putative DNA-binding transcriptional regulator  87.46 
 
 
303 aa  560  1e-159  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.339561  normal  0.0111658 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2194  putative DNA-binding transcriptional regulator  71.06 
 
 
314 aa  465  1e-130  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.431967  hitchhiker  6.55137e-06 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2573  putative DNA-binding transcriptional regulator  70.72 
 
 
310 aa  459  1e-128  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.922833  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1860  putative DNA-binding transcriptional regulator  70.72 
 
 
310 aa  459  1e-128  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.178979  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1754  putative DNA-binding transcriptional regulator  70.72 
 
 
310 aa  458  1e-128  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000500899  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2312  putative DNA-binding transcriptional regulator  55.52 
 
 
300 aa  357  2e-97  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0007989  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2167  putative DNA-binding transcriptional regulator  55.52 
 
 
300 aa  356  2e-97  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  2.80359e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2204  putative DNA-binding transcriptional regulator  55.52 
 
 
300 aa  356  2e-97  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  5.82492e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2202  putative DNA-binding transcriptional regulator  55.52 
 
 
300 aa  356  2e-97  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  6.14587e-07  normal  0.242008 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2013  putative DNA-binding transcriptional regulator  54.52 
 
 
300 aa  356  2e-97  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  4.22246e-08  normal  0.025363 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2000  putative DNA-binding transcriptional regulator  54.85 
 
 
329 aa  353  1e-96  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  1.54279e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1974  putative DNA-binding transcriptional regulator  54.85 
 
 
303 aa  353  2e-96  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00037862  normal  0.59258 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2002  putative DNA-binding transcriptional regulator  54.52 
 
 
303 aa  352  5e-96  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0975568  hitchhiker  0.000333311 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2061  putative DNA-binding transcriptional regulator  54.52 
 
 
303 aa  352  5e-96  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0159337  hitchhiker  3.7985e-05 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2472  putative DNA-binding transcriptional regulator  52.84 
 
 
300 aa  351  7e-96  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  2.0853e-05  hitchhiker  0.00151008 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2112  putative DNA-binding transcriptional regulator  53.85 
 
 
300 aa  348  5e-95  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000406165  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1783  putative DNA-binding transcriptional regulator  54.52 
 
 
300 aa  348  6e-95  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.0501585 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2137  putative DNA-binding transcriptional regulator  52.67 
 
 
300 aa  348  8e-95  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00543742  normal  0.0202004 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2374  putative DNA-binding transcriptional regulator  53.18 
 
 
300 aa  344  1e-93  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1805  putative DNA-binding transcriptional regulator  48.16 
 
 
300 aa  325  8e-88  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.524911  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0923  putative DNA-binding transcriptional regulator  50.84 
 
 
300 aa  325  8e-88  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3032  putative DNA-binding transcriptional regulator  50.5 
 
 
300 aa  320  1e-86  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.177105  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1810  putative DNA-binding transcriptional regulator  47.83 
 
 
300 aa  315  7e-85  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  5.33162e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002036  hypothetical protein  41 
 
 
300 aa  266  4e-70  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00415  putative DNA-binding transcriptional regulator  41 
 
 
300 aa  265  9e-70  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2532  putative DNA-binding transcriptional regulator  42.43 
 
 
302 aa  264  1e-69  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03709  putative conserved protein  34.59 
 
 
298 aa  195  7e-49  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4196  LysR family transcriptional regulator  34.59 
 
 
298 aa  195  7e-49  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00191866 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03658  hypothetical protein  34.59 
 
 
298 aa  195  7e-49  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1293  LysR family transcriptional regulator  36.04 
 
 
297 aa  193  3e-48  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.585298  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1769  LysR family transcriptional regulator  37.01 
 
 
299 aa  192  4e-48  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3318  LysR family transcriptional regulator  35.69 
 
 
297 aa  193  4e-48  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1223  LysR family transcriptional regulator  35.69 
 
 
320 aa  192  6e-48  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1222  LysR family transcriptional regulator  36.04 
 
 
297 aa  192  7e-48  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.907683  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1835  LysR family transcriptional regulator  36.4 
 
 
300 aa  190  2e-47  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2658  LysR family transcriptional regulator  34.49 
 
 
297 aa  182  6e-45  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2269  LysR family transcriptional regulator  34.52 
 
 
300 aa  182  9e-45  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3011  LysR family transcriptional regulator  35.13 
 
 
297 aa  182  9e-45  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2996  LysR family transcriptional regulator  34.75 
 
 
297 aa  178  9e-44  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1675  LysR family transcriptional regulator  33.92 
 
 
300 aa  178  1e-43  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.297229  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3537  LysR family transcriptional regulator  34.63 
 
 
306 aa  177  2e-43  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.0653502 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00275  hypothetical protein  30.18 
 
 
310 aa  176  3e-43  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.498926  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1367  transcriptional regulator, LysR family  34.28 
 
 
297 aa  176  3e-43  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.780274  hitchhiker  0.00766256 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0376  LysR family transcriptional regulator  30.18 
 
 
310 aa  176  3e-43  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.999602  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0347  LysR family transcriptional regulator  30.18 
 
 
310 aa  176  3e-43  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3307  LysR family transcriptional regulator  30.18 
 
 
310 aa  176  3e-43  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00272  predicted DNA-bindng transcriptional regulator  30.18 
 
 
310 aa  176  3e-43  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.477683  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3290  transcriptional regulator, LysR family  30.18 
 
 
310 aa  177  3e-43  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0334  LysR family transcriptional regulator  30.18 
 
 
310 aa  176  4e-43  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2407  transcriptional regulator, LysR family  36.84 
 
 
300 aa  175  7e-43  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2566  transcriptional regulator, LysR family protein  31.1 
 
 
297 aa  175  8e-43  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.169801  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2013  transcriptional regulator, LysR family  36.49 
 
 
300 aa  174  1e-42  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.706751  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3146  LysR family transcriptional regulator  30.53 
 
 
309 aa  175  1e-42  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  5.98647e-06  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2580  LysR family transcriptional regulator  35.55 
 
 
342 aa  175  1e-42  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.64734 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3154  LysR family transcriptional regulator  34.28 
 
 
297 aa  174  2e-42  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0073956 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0852  LysR family transcriptional regulator  33.9 
 
 
306 aa  174  2e-42  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0564501  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2209  transcriptional regulator transcription regulator protein  36.49 
 
 
300 aa  170  2e-41  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.852985  normal  0.255336 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0207  transcriptional regulator, LysR family protein  30.74 
 
 
297 aa  169  5e-41  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0901  LysR family transcriptional regulator  34.23 
 
 
335 aa  169  6e-41  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.273357  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0552  LysR family transcriptional regulator  34.36 
 
 
303 aa  167  2e-40  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.268778 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4888  LysR family transcriptional regulator  33.57 
 
 
306 aa  163  3e-39  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.842782  hitchhiker  5.97964e-07 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00136  transcriptional regulator  35.03 
 
 
314 aa  163  4e-39  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0939848  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4371  LysR family transcriptional regulator  33.21 
 
 
306 aa  162  6e-39  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.120427  normal  0.0114569 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5569  LysR family transcriptional regulator  33.1 
 
 
320 aa  160  2e-38  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.21388  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5934  LysR family transcriptional regulator  33.1 
 
 
320 aa  160  2e-38  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6436  LysR family transcriptional regulator  33.1 
 
 
320 aa  159  4e-38  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1388  LysR family transcriptional regulator  31.91 
 
 
297 aa  159  8e-38  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.837907  normal  0.0605197 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5712  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 
306 aa  158  1e-37  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.462122 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1175  LysR family transcriptional regulator  34.62 
 
 
304 aa  158  1e-37  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4973  LysR family transcriptional regulator  33.68 
 
 
312 aa  156  4e-37  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00010332  normal  0.633614 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6122  transcriptional regulator, LysR family  34.3 
 
 
359 aa  155  6e-37  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3118  DNA-binding transcriptional activator AllS  30.91 
 
 
308 aa  154  1e-36  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00151636 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0605  DNA-binding transcriptional activator AllS  30.91 
 
 
308 aa  154  2e-36  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0541  DNA-binding transcriptional activator AllS  30.91 
 
 
308 aa  154  2e-36  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0547  DNA-binding transcriptional activator AllS  30.91 
 
 
308 aa  154  2e-36  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3108  transcriptional regulator, LysR family  30.91 
 
 
308 aa  154  2e-36  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00454  DNA-binding transcriptional activator of the allD operon  30.91 
 
 
308 aa  154  2e-36  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0757  LysR family transcriptional regulator  32.87 
 
 
300 aa  153  4e-36  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.827898 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0689  LysR family transcriptional regulator  34.09 
 
 
332 aa  153  5e-36  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0578  DNA-binding transcriptional activator AllS  30.55 
 
 
308 aa  152  5e-36  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0622  DNA-binding transcriptional activator AllS  30.55 
 
 
308 aa  152  9e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.19493  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0568  DNA-binding transcriptional activator AllS  30.55 
 
 
308 aa  152  9e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.673826  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0563  DNA-binding transcriptional activator AllS  30.55 
 
 
308 aa  152  9e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2375  LysR family transcriptional regulator  32.41 
 
 
306 aa  152  1e-35  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.624275  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0561  DNA-binding transcriptional activator AllS  30.55 
 
 
308 aa  151  1e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.821285  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1625  LysR family transcriptional regulator  31.33 
 
 
309 aa  150  3e-35  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.27656 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>