297 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dole_R0049 on replicon NC_009943
Organism: Desulfococcus oleovorans Hxd3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009943  Dole_R0049  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0023  tRNA-Arg  94.81 
 
 		 77 bp  121  1.9999999999999998e-26  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0048  tRNA-Arg  92 
 
 		 77 bp  101  2e-20  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.544929  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0048  tRNA-Arg  90.91 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.759858 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0048  tRNA-Arg  90.54 
 
 		 74 bp  91.7  2e-17  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.195029  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0050  tRNA-Arg  90.54 
 
 		 74 bp  91.7  2e-17  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0050  tRNA-Arg  90.54 
 
 		 74 bp  91.7  2e-17  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0038  tRNA-Arg  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.0000250994  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_R0023  tRNA-Arg  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.45343  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0001  tRNA-Arg  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.486164 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_R0056  tRNA-Arg  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.0000671008  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0005  tRNA-Arg  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.0000000000152331  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0062  tRNA-Arg  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0906817  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0003  tRNA-Arg  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000538631 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0003  tRNA-Arg  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_R0003  tRNA-Arg  89.04 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.0000378947  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0084  tRNA-Arg  91.8 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000200461  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0035  tRNA-Arg  88.89 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0010  tRNA-Arg  91.53 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0041  tRNA-Arg  87.84 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_R0024  tRNA-Arg  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  unclonable  0.0000000000092316  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_R0024  tRNA-Arg  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.0000167821  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0046  tRNA-Arg  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.497461 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0023  tRNA-Arg  86.84 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0598975  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_R0036  tRNA-Arg  93.62 
 
 		 74 bp  69.9  0.00000000008  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  unclonable  1.49468e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0017  tRNA-Arg  88.06 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0088  tRNA-Arg  89.83 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.706466  normal  0.421027 
 
 
-
 
NC_011879  Achl_R0086  tRNA-Arg  89.83 
 
 		 74 bp  69.9  0.00000000008  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0052  tRNA-Arg  88.06 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  decreased coverage  0.0000000819113  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0024  tRNA-Arg  93.62 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00738285 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0055  tRNA-Arg  87.32 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0773774  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0048  tRNA-Arg  86.49 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0048  tRNA-Arg  86.49 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0071  tRNA-Arg  87.01 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.0216295  normal  0.909849 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0844  tRNA-Arg  86.3 
 
 		 79 bp  65.9  0.000000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.998646  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0075  tRNA-Arg  87.69 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000306891  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0035  tRNA-Arg  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0004  tRNA-Arg  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000567869 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_R0009  tRNA-Arg  87.69 
 
 		 74 bp  65.9  0.000000001  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000000152408  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_R0009  tRNA-Arg  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0053  tRNA-Arg  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00902576 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1260  tRNA-Arg  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.285329  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0038  tRNA-Arg  87.69 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000962108  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0011  tRNA-Arg  89.47 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.223913  normal  0.579153 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0053  tRNA-Arg  87.69 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000144377  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0004  tRNA-Arg  86.3 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.0000356411  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0016  tRNA-Arg  86.3 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.625219  normal  0.104037 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0004  tRNA-Arg  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0046  tRNA-Arg  86.11 
 
 		 74 bp  63.9  0.000000005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.712276  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Arg-3  tRNA-Arg  91.49 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0473563  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE_tRNA-Arg-3  tRNA-Arg  93.02 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  unclonable  0.000000000427256  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_R0019  tRNA-Arg  85.33 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000464578  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0034  tRNA-Arg  91.49 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000100399  hitchhiker  0.00520953 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1317  tRNA-Arg  85.33 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.0566482  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0033  tRNA-Arg  86.57 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_R0019  tRNA-Arg  85.33 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.00000230793  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0041  tRNA-Arg  85.33 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.225323  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0033  tRNA-Arg  86.57 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.335539  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0004  tRNA-Arg  92.86 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0010  tRNA-Arg  92.68 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.312192  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0011  tRNA-Arg  92.68 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0064  tRNA-Arg  85.51 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00190165  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_R0056  tRNA-Arg  84.42 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.0000119061  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_R0055  tRNA-Arg  84.93 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.000044342  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0064  tRNA-Arg  92.68 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.294983  normal  0.0656653 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0033    84.42 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.465257  normal  0.162996 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0054    92.68 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0048  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0027  tRNA-Arg  84.42 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_R0036  tRNA-Arg  84.42 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.269516  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0058  tRNA-Arg  89.8 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0013  tRNA-Arg  92.68 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.249758  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0030  tRNA-Arg  84.42 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.54758  normal  0.411932 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0034  tRNA-Arg  84.42 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00000000620516  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0048  tRNA-Arg  84.93 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.480879  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0059  tRNA-Arg  89.8 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0068  tRNA-Arg  92.68 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.754645  normal  0.377618 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0001  tRNA-Arg  92.68 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.336526  hitchhiker  0.00896286 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0021  tRNA-Arg  84.42 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  decreased coverage  0.0000000063734  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0022  tRNA-Arg  84.42 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  decreased coverage  0.00000000656086  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0036  tRNA-Arg  84.42 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.219616  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0062  tRNA-Arg  92.68 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_R0041  tRNA-Arg  85.71 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0045  tRNA-Arg  86.3 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0058  tRNA-Arg  92.68 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0009  tRNA-Arg  92.68 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0891708  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0067  tRNA-Arg  92.68 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.645419 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0006  tRNA-Arg  92.68 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0064  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0059  tRNA-Arg  89.8 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0036  tRNA-Arg  84.42 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.957158  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA24  tRNA-Arg  84.42 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0111791  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0049  tRNA-Arg  84.42 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.00000247527  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0024  tRNA-Arg  84.42 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.000000441917  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0107  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  unclonable  9.38441e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0042  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  0.00513283  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5230  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0000000196112  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0124  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  decreased coverage  0.00000592514  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4319  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.0000432818  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4157  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.000000000133465  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>