More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dole_0001 on replicon NC_009943
Organism: Desulfococcus oleovorans Hxd3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009943  Dole_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  100 
 
 
460 aa  964  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  34.78 
 
 
450 aa  297  2e-79  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.439492 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0785  chromosomal replication initiator protein DnaA  31.91 
 
 
460 aa  265  9e-70  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00010  chromosomal replication initiator protein DnaA  31.53 
 
 
463 aa  264  2e-69  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00536902  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  32.39 
 
 
453 aa  263  4e-69  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  decreased coverage  2.08022e-10  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0001  chromosomal replication initiation protein  30.04 
 
 
450 aa  260  5e-68  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  4.47845e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0001  chromosomal replication initiation protein  31.06 
 
 
446 aa  258  2e-67  Bacillus cereus AH187  Bacteria  decreased coverage  1.84902e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0001  chromosomal replication initiation protein  31.06 
 
 
446 aa  258  2e-67  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.000594007  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  32.32 
 
 
444 aa  257  3e-67  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0001  chromosomal replication initiation protein  31.43 
 
 
446 aa  257  3e-67  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.562714  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0001  chromosomal replication initiation protein  29.64 
 
 
450 aa  257  3e-67  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0001  chromosomal replication initiation protein  30.6 
 
 
446 aa  256  5e-67  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  3.25337e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0001  chromosomal replication initiation protein  30.84 
 
 
446 aa  256  7e-67  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  decreased coverage  4.25777e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0001  chromosomal replication initiation protein  30.84 
 
 
446 aa  256  7e-67  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  decreased coverage  2.44098e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0001  chromosomal replication initiation protein  30.84 
 
 
446 aa  256  7e-67  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0001  chromosomal replication initiation protein  30.84 
 
 
446 aa  256  7e-67  Bacillus cereus E33L  Bacteria  unclonable  4.59109e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0001  chromosomal replication initiation protein  30.84 
 
 
446 aa  256  7e-67  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  decreased coverage  1.63866e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5319  chromosomal replication initiation protein  30.84 
 
 
446 aa  254  3e-66  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.679479  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0001  chromosomal replication initiation protein  30.84 
 
 
446 aa  254  3e-66  Bacillus cereus B4264  Bacteria  decreased coverage  0.000585905  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  31.29 
 
 
449 aa  253  4e-66  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  1.41272e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  33.04 
 
 
449 aa  251  1e-65  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2320  DnaA family protein  31.97 
 
 
461 aa  247  3e-64  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0326594  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0001  chromosomal replication initiation protein  30.24 
 
 
443 aa  247  4e-64  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00172749  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0001  initiation of chromosome replication  30.87 
 
 
436 aa  247  4e-64  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  30.84 
 
 
454 aa  246  5e-64  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.00039195  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  31.83 
 
 
467 aa  245  9e-64  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0002  chromosomal replication initiation protein  30.74 
 
 
442 aa  245  2e-63  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0135977  hitchhiker  1.01386e-05 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0001  chromosomal replication initiation protein  29.57 
 
 
460 aa  242  1e-62  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  31 
 
 
498 aa  241  2e-62  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.184051 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0001  chromosomal replication initiation protein  32.65 
 
 
450 aa  240  4e-62  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0000.1  chromosomal replication initiation protein  30.91 
 
 
445 aa  240  4e-62  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.159401  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0001  chromosomal replication initiation protein  29.91 
 
 
458 aa  240  4e-62  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  3.04436e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0991  chromosomal replication initiator protein DnaA  31.71 
 
 
504 aa  239  9e-62  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  hitchhiker  0.00365365  normal  0.278242 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0001  chromosomal replication initiation protein  30.59 
 
 
460 aa  238  1e-61  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.831436  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  28.07 
 
 
446 aa  238  2e-61  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  decreased coverage  2.08181e-06  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0001  chromosomal replication initiation protein  32.03 
 
 
461 aa  236  5e-61  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  5.1e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0001  chromosomal replication initiation protein  31.54 
 
 
441 aa  236  5e-61  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  decreased coverage  0.000247534  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0001  chromosomal replication initiation protein  31.39 
 
 
462 aa  236  6e-61  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  9.98931e-09  unclonable  3.43779e-12 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0001  chromosomal replication initiation protein  31.39 
 
 
462 aa  236  6e-61  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  5.62887e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0001  chromosomal replication initiation protein  31.39 
 
 
462 aa  236  6e-61  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  1.57699e-06  unclonable  1.21376e-05 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0001  chromosomal replication initiation protein  31.39 
 
 
462 aa  236  6e-61  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  2.57358e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0001  chromosomal replication initiation protein  30.17 
 
 
440 aa  236  8e-61  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  decreased coverage  1.18947e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0001  chromosomal replication initiation protein  31.44 
 
 
456 aa  235  1e-60  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0001  chromosomal replication initiation protein  29.16 
 
 
457 aa  234  2e-60  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  5.97417e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0001  chromosomal replication initiation protein  31.36 
 
 
453 aa  234  3e-60  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0001  chromosomal replication initiation protein  30.26 
 
 
470 aa  233  4e-60  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  hitchhiker  0.000177247  normal  0.980205 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3714  chromosomal replication initiator protein DnaA  31.67 
 
 
458 aa  233  5e-60  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0883513  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0001  chromosomal replication initiation protein  31.32 
 
 
462 aa  233  7e-60  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  2.11976e-10  n/a   
 
 
 
NC_011661  Dtur_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  29.91 
 
 
443 aa  233  7e-60  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0001  chromosomal replication initiation protein  32.1 
 
 
445 aa  232  1e-59  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.00343862  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0001  chromosomal replication initiation protein  29.04 
 
 
457 aa  232  1e-59  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.000458864  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_05681  chromosomal replication initiation protein  31.06 
 
 
454 aa  232  1e-59  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.263255  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0001  chromosomal replication initiation protein  31.39 
 
 
461 aa  231  3e-59  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  2.63579e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0009  chromosomal replication initiation protein  31.52 
 
 
460 aa  230  5e-59  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  2.81375e-07  unclonable  6.00935e-11 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0001  chromosomal replication initiation protein  31.52 
 
 
460 aa  229  5e-59  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  7.24276e-06  unclonable  1.76e-05 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0001  chromosomal replication initiation protein  31.09 
 
 
460 aa  229  7e-59  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  1.79736e-07  unclonable  3.13535e-11 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4177  chromosomal replication initiation protein  31.32 
 
 
462 aa  229  1e-58  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  5.10804e-08  normal  0.0257346 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4153  chromosomal replication initiation protein  31.32 
 
 
462 aa  229  1e-58  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  unclonable  7.6269e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0008  chromosomal replication initiation protein  31.09 
 
 
460 aa  229  1e-58  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0002  chromosomal replication initiation protein  29.8 
 
 
461 aa  228  2e-58  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.020385  hitchhiker  6.03983e-07 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0001  chromosomal replication initiation protein  30.41 
 
 
467 aa  228  2e-58  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  decreased coverage  0.000185056  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5130  chromosomal replication initiation protein  30.41 
 
 
467 aa  228  2e-58  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  decreased coverage  5.58594e-06  normal  0.0494414 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0001  chromosomal replication initiation protein  30.23 
 
 
452 aa  228  2e-58  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  3.98376e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0001  chromosomal replication initiation protein  29.32 
 
 
449 aa  227  3e-58  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3915  chromosomal replication initiation protein  30.41 
 
 
467 aa  227  3e-58  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  1.26813e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4223  chromosomal replication initiation protein  30.41 
 
 
467 aa  227  3e-58  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  decreased coverage  6.6194e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4067  chromosomal replication initiation protein  30.41 
 
 
467 aa  227  3e-58  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  1.02031e-05  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4212  chromosomal replication initiation protein  30.41 
 
 
467 aa  227  3e-58  Escherichia coli E24377A  Bacteria  decreased coverage  2.01887e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0001  chromosomal replication initiation protein  29.72 
 
 
459 aa  227  3e-58  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  decreased coverage  3.86226e-05  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  30.41 
 
 
467 aa  227  3e-58  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  1.36922e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03529  hypothetical protein  30.41 
 
 
467 aa  227  3e-58  Escherichia coli BL21  Bacteria  decreased coverage  0.00951486  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03585  chromosomal replication initiation protein  30.41 
 
 
467 aa  227  3e-58  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0183504  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0001  chromosomal replication initiation protein  31.33 
 
 
462 aa  227  4e-58  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  2.81438e-07  unclonable  1.18337e-08 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  32.42 
 
 
454 aa  226  6e-58  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  3.31762e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0001  chromosomal replication initiation protein  31.03 
 
 
465 aa  226  6e-58  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.00156244  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3373  chromosomal replication initiation protein  29.74 
 
 
460 aa  226  8e-58  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  31.75 
 
 
462 aa  225  1e-57  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.138659  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4050  chromosomal replication initiation protein  30.97 
 
 
466 aa  224  2e-57  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0553543  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4172  chromosomal replication initiation protein  30.97 
 
 
466 aa  224  2e-57  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.049293  normal  0.324603 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4066  chromosomal replication initiation protein  30.97 
 
 
466 aa  224  2e-57  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  8.44177e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  31.14 
 
 
470 aa  224  2e-57  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  1.33107e-05  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4123  chromosomal replication initiation protein  30.97 
 
 
466 aa  224  2e-57  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.00889574  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4230  chromosomal replication initiation protein  30.62 
 
 
466 aa  224  2e-57  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00725647  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0001  chromosomal replication initiation protein  30.67 
 
 
461 aa  224  2e-57  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  1.02323e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1100  chromosomal replication initiation protein  27.92 
 
 
482 aa  224  2e-57  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal  0.018395 
 
 
-
 
NC_002976  SERP2553  chromosomal replication initiation protein  28.67 
 
 
451 aa  224  2e-57  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  hitchhiker  0.000248403  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  31.08 
 
 
464 aa  224  3e-57  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00240104  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0198  chromosomal replication initiation protein  29.25 
 
 
460 aa  224  3e-57  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.00733858  normal  0.0821352 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0003  chromosomal replication initiator protein DnaA  29.83 
 
 
481 aa  223  4e-57  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  unclonable  3.10067e-05  unclonable  5.4574e-05 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2371  chromosomal replication initiation protein  29.96 
 
 
443 aa  224  4e-57  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.0166544  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2507  chromosomal replication initiation protein  30.98 
 
 
472 aa  223  5e-57  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  2.51721e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  29.07 
 
 
439 aa  223  5e-57  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  hitchhiker  0.00780596  normal  0.982574 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0006  chromosomal replication initiation protein  30.47 
 
 
462 aa  223  5e-57  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  4.03403e-07  unclonable  1.36332e-10 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1227  chromosomal replication initiation protein  30.65 
 
 
449 aa  223  6e-57  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.174697  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0001  chromosomal replication initiation protein  29.74 
 
 
466 aa  223  6e-57  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  29.72 
 
 
450 aa  223  7e-57  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  hitchhiker  0.000842824  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  30.02 
 
 
483 aa  223  7e-57  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  3.28329e-05  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0001  chromosomal replication initiation protein  29.76 
 
 
477 aa  222  1e-56  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.839498  normal 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_06201  chromosomal replication initiation protein  29.52 
 
 
464 aa  222  1e-56  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002967  TDE0001  chromosomal replication initiation protein  28.76 
 
 
469 aa  221  2e-56  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>