More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ddes_0087 on replicon NC_011883
Organism: Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011883  Ddes_0087  histone family protein DNA-binding protein  100 
 
 
91 aa  176  1e-43  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2207  histone family protein DNA-binding protein  81.32 
 
 
91 aa  145  2e-34  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.976216  normal  0.483194 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2752  histone-like DNA-binding protein  76.92 
 
 
91 aa  142  2e-33  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2799  histone family protein DNA-binding protein  79.12 
 
 
91 aa  140  5e-33  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0500  histone family protein DNA-binding protein  65.93 
 
 
90 aa  111  3e-24  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000759527 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1364  histone family protein DNA-binding protein  62.64 
 
 
90 aa  106  9e-23  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2107  histone family protein DNA-binding protein  59.34 
 
 
90 aa  105  3e-22  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  decreased coverage  8.44989e-06  hitchhiker  0.00906741 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2463  histone family protein DNA-binding protein  62.64 
 
 
90 aa  102  2e-21  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0228112  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1900  histone family protein DNA-binding protein  58.24 
 
 
90 aa  100  5e-21  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.0802524 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2014  histone family protein DNA-binding protein  62.64 
 
 
90 aa  100  6e-21  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  decreased coverage  0.000105311  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1090  histone family protein DNA-binding protein  58.24 
 
 
90 aa  100  7e-21  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0293  histone family protein DNA-binding protein  57.78 
 
 
94 aa  99.8  1e-20  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.416752  normal  0.0238993 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0765  nucleoid protein Hbs  57.78 
 
 
91 aa  99  2e-20  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  2.96782e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1870  histone family protein DNA-binding protein  54.95 
 
 
91 aa  99  2e-20  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.0130937 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1957  histone-like DNA-binding protein  56.67 
 
 
91 aa  98.2  3e-20  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  2.4611e-05  normal  0.388646 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1430  histone family protein DNA-binding protein  57.14 
 
 
90 aa  98.6  3e-20  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.000153062  normal  0.144736 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0894  nucleoid DNA-binding protein  57.78 
 
 
91 aa  98.2  3e-20  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  8.08972e-16  hitchhiker  2.65027e-13 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0355  histone-like DNA-binding protein  57.78 
 
 
94 aa  97.1  8e-20  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00204011  normal  0.390975 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2424  histone family protein DNA-binding protein  53.85 
 
 
91 aa  97.1  8e-20  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  3.94497e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3132  DNA-binding protein HU  57.78 
 
 
94 aa  96.7  1e-19  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.246817  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2058  histone-like DNA-binding protein  57.14 
 
 
90 aa  96.3  1e-19  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.954956  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1180  histone-like DNA-binding protein  56.04 
 
 
90 aa  96.7  1e-19  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  unclonable  2.95654e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3089  transcriptional regulator HU subunit beta  52.75 
 
 
90 aa  95.5  2e-19  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  unclonable  1.42002e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3231  transcriptional regulator HU subunit beta  52.75 
 
 
90 aa  95.5  2e-19  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3051  transcriptional regulator HU subunit beta  52.75 
 
 
90 aa  95.5  2e-19  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00488463  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0465  histone family protein DNA-binding protein  54.95 
 
 
90 aa  95.9  2e-19  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0201  histone family protein DNA-binding protein  55.56 
 
 
91 aa  95.9  2e-19  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  4.29798e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1726  histone family protein DNA-binding protein  57.14 
 
 
90 aa  95.9  2e-19  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  unclonable  3.26644e-09  hitchhiker  0.00672024 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1041  DNA-binding protein HU  54.95 
 
 
90 aa  95.1  3e-19  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.436255  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1530  histone family protein DNA-binding protein  54.95 
 
 
90 aa  95.1  3e-19  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.277737  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0532  DNA-binding protein HU-beta  56.04 
 
 
90 aa  94.7  3e-19  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  decreased coverage  0.00043104  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1560  histone family protein DNA-binding protein  54.95 
 
 
90 aa  95.1  3e-19  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.768925  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0362  histone-like DNA-binding protein  58.89 
 
 
91 aa  95.1  3e-19  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2154  histone family protein DNA-binding protein  53.85 
 
 
90 aa  94.7  4e-19  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  5.52537e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0491  transcriptional regulator HU subunit beta  54.95 
 
 
90 aa  94.7  4e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0126716  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0493  transcriptional regulator HU subunit beta  54.95 
 
 
90 aa  94.7  4e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.107938  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3065  transcriptional regulator HU subunit beta  51.65 
 
 
90 aa  94.7  4e-19  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0510  transcriptional regulator HU subunit beta  54.95 
 
 
90 aa  94.7  4e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0507646  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0554  transcriptional regulator HU subunit beta  54.95 
 
 
90 aa  94.7  4e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  hitchhiker  0.00736621  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0500  transcriptional regulator HU subunit beta  54.95 
 
 
90 aa  94.7  4e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.332585  normal  0.0268714 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2873  transcriptional regulator HU subunit beta  51.65 
 
 
90 aa  94.4  5e-19  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1290  nucleoid protein Hbs  56.67 
 
 
91 aa  94.4  5e-19  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  hitchhiker  8.54913e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1686  DNA-binding protein HU-beta, NS1(HU-1)  55.56 
 
 
90 aa  94  6e-19  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  6.46031e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0550  DNA-binding protein HU-beta  56.04 
 
 
92 aa  94  6e-19  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.169626  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00392  HU, DNA-binding transcriptional regulator, beta subunit  53.85 
 
 
90 aa  94  7e-19  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0483  transcriptional regulator HU subunit beta  53.85 
 
 
90 aa  94  7e-19  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000219434  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00396  hypothetical protein  53.85 
 
 
90 aa  94  7e-19  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0517  transcriptional regulator HU subunit beta  53.85 
 
 
90 aa  94  7e-19  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  4.41181e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0526  transcriptional regulator HU subunit beta  53.85 
 
 
90 aa  94  7e-19  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00026983  normal  0.698185 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0324  histone family protein DNA-binding protein  55.56 
 
 
90 aa  94  7e-19  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.064189  normal  0.0110025 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0476  transcriptional regulator HU subunit beta  53.85 
 
 
90 aa  94  7e-19  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000220916  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0363  transcriptional regulator HU subunit beta  53.85 
 
 
90 aa  94  7e-19  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00017145  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3169  histone family protein DNA-binding protein  53.85 
 
 
90 aa  94  7e-19  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  5.828e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3192  transcriptional regulator HU subunit beta  53.85 
 
 
90 aa  94  7e-19  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0216859  hitchhiker  0.00242013 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0238  histone family protein DNA-binding protein  54.95 
 
 
91 aa  93.2  1e-18  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1051  transcriptional regulator HU subunit beta  51.65 
 
 
90 aa  93.2  1e-18  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.593082  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3261  transcriptional regulator HU subunit beta  51.65 
 
 
90 aa  93.2  1e-18  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0907  transcriptional regulator HU subunit beta  53.85 
 
 
90 aa  93.2  1e-18  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0908162  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1608  histone-like DNA-binding protein  56.67 
 
 
96 aa  92.8  1e-18  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  unclonable  5.49082e-20  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1653  histone-like DNA-binding protein  50.55 
 
 
90 aa  93.2  1e-18  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  unclonable  4.7794e-07  unclonable  4.40637e-05 
 
 
 
NC_007614  Nmul_A2337  histone-like DNA-binding protein  56.04 
 
 
90 aa  92.8  1e-18  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  unclonable  4.98066e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4407  histone family protein DNA-binding protein  56.67 
 
 
94 aa  92  2e-18  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  1.92025e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2665  histone family protein DNA-binding protein  59.09 
 
 
91 aa  92.4  2e-18  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.00920373  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1035  histone family protein DNA-binding protein  54.95 
 
 
90 aa  92.8  2e-18  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  decreased coverage  5.57803e-06  hitchhiker  4.62139e-09 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0914  DNA-binding protein HU  54.95 
 
 
90 aa  92.8  2e-18  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.196839  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0170  histone family protein DNA-binding protein  55.56 
 
 
94 aa  92  3e-18  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.01093e-06 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1533  histone family protein DNA-binding protein  49.45 
 
 
90 aa  91.7  3e-18  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.753498  normal  0.353479 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0188  histone family protein DNA-binding protein  55.56 
 
 
94 aa  92  3e-18  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0687  histone family protein DNA-binding protein  56.67 
 
 
91 aa  92  3e-18  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.105584  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2203  histone family protein DNA-binding protein  57.14 
 
 
91 aa  91.7  3e-18  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0471577  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1714  DNA-binding protein HU-beta  49.45 
 
 
90 aa  91.7  3e-18  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.606946  normal  0.0324854 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1772  histone-like DNA-binding protein  53.85 
 
 
90 aa  92  3e-18  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  decreased coverage  0.000757515  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1626  histone family protein DNA-binding protein  49.45 
 
 
90 aa  91.7  4e-18  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  unclonable  1.33039e-12  hitchhiker  6.38901e-09 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1474  putative DNA-binding protein HU-beta  49.45 
 
 
90 aa  91.3  4e-18  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  9.97119e-14  hitchhiker  9.85943e-05 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2511  histone family protein DNA-binding protein  51.11 
 
 
92 aa  91.7  4e-18  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  6.954e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1837  histone family protein DNA-binding protein  54.95 
 
 
90 aa  91.3  4e-18  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.00431989  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1064  DNA-binding protein HU  56.04 
 
 
91 aa  90.9  5e-18  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.203306  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0942  histone family protein DNA-binding protein  52.75 
 
 
90 aa  90.9  5e-18  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0648  histone family protein DNA-binding protein  56.67 
 
 
91 aa  90.9  5e-18  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  4.17185e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1434  histone family protein DNA-binding protein  53.85 
 
 
90 aa  90.9  6e-18  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.087278  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1637  DNA-binding protein HU  53.85 
 
 
90 aa  90.9  6e-18  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.00420342  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1531  DNA-binding protein HU  53.85 
 
 
90 aa  90.9  6e-18  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.259543  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1392  DNA-binding protein HU  53.85 
 
 
90 aa  90.9  6e-18  Bacillus cereus E33L  Bacteria  decreased coverage  5.12711e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1233  histone family protein DNA-binding protein  53.85 
 
 
90 aa  90.9  6e-18  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0133564  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1392  DNA-binding protein HU  53.85 
 
 
90 aa  90.9  6e-18  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.011833  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1604  DNA-binding protein HU  53.85 
 
 
90 aa  90.9  6e-18  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000159132 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4704  histone-like DNA-binding protein  54.44 
 
 
93 aa  90.9  6e-18  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.833222 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1420  DNA-binding protein HU  53.85 
 
 
90 aa  90.9  6e-18  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.190218  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1566  DNA-binding protein HU  53.85 
 
 
90 aa  90.9  6e-18  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.236067  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1673  DNA-binding protein HU  53.85 
 
 
90 aa  90.9  6e-18  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  3.25838e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3779  DNA-binding protein HU  53.85 
 
 
90 aa  90.9  6e-18  Bacillus cereus G9842  Bacteria  decreased coverage  0.000354145  normal  0.961445 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2285  histone family protein DNA-binding protein  51.65 
 
 
90 aa  90.5  7e-18  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0556838  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3085  histone family protein DNA-binding protein  51.11 
 
 
91 aa  90.5  7e-18  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000115471  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2053  nucleoid protein HU beta subunit  53.85 
 
 
90 aa  90.1  8e-18  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.000457213  normal  0.0670315 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1341  histone family protein DNA-binding protein  53.85 
 
 
91 aa  90.5  8e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1866  histone family protein DNA-binding protein  48.35 
 
 
90 aa  90.5  8e-18  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0187787  hitchhiker  0.00274705 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0846  DNA-binding protein HU  54.44 
 
 
104 aa  90.1  9e-18  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  hitchhiker  3.4735e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1181  histone family protein DNA-binding protein  50 
 
 
92 aa  90.1  9e-18  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.42545  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1611  nucleoid protein HU beta subunit  53.85 
 
 
90 aa  90.1  9e-18  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000132089  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2356  histone family protein DNA-binding protein  52.75 
 
 
94 aa  90.1  9e-18  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>