257 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cphamn1_2278 on replicon NC_010831
Organism: Chlorobium phaeobacteroides BS1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010831  Cphamn1_2278  50S ribosomal protein L30  100 
 
 
61 aa  124  5e-28  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  unclonable  4.49635e-09  hitchhiker  0.00309208 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2046  50S ribosomal protein L30  81.67 
 
 
62 aa  104  3e-22  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.00780916  normal  0.406407 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2211  50S ribosomal protein L30  83.33 
 
 
61 aa  101  3e-21  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  2.89447e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2405  50S ribosomal protein L30  81.97 
 
 
61 aa  100  7e-21  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.0137776  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1833  50S ribosomal protein L30  81.36 
 
 
63 aa  99.4  1e-20  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.188636  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0199  50S ribosomal protein L30  81.67 
 
 
61 aa  99  2e-20  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.166144  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0307  50S ribosomal protein L30  76.67 
 
 
66 aa  94.4  5e-19  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.0473987  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0733  ribosomal protein L30  60.71 
 
 
62 aa  66.6  1e-10  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0346  ribosomal protein L30  51.72 
 
 
60 aa  64.7  4e-10  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.0149627  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0337  50S ribosomal protein L30  50.85 
 
 
60 aa  63.9  8e-10  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  6.64675e-07  unclonable  3.8279e-08 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3320  50S ribosomal protein L30  50.85 
 
 
60 aa  62  3e-09  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  hitchhiker  0.00901204  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1506  ribosomal protein L30  54.72 
 
 
60 aa  61.6  3e-09  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.41299  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0600  50S ribosomal protein L30  53.57 
 
 
61 aa  61.6  4e-09  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0078  50S ribosomal protein L30  51.67 
 
 
60 aa  60.1  1e-08  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0903493  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0324  50S ribosomal protein L30P  51.79 
 
 
60 aa  59.7  1e-08  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00151243 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2628  50S ribosomal protein L30  55.36 
 
 
61 aa  58.9  2e-08  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.115062  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3006  50S ribosomal protein L30  52.94 
 
 
65 aa  59.3  2e-08  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.319275  hitchhiker  0.00803225 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10736  50S ribosomal protein L30  55.77 
 
 
65 aa  59.3  2e-08  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  decreased coverage  1.07725e-06  normal  0.417501 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3983  50S ribosomal protein L30  50.88 
 
 
59 aa  59.3  2e-08  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.234859  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0423  50S ribosomal protein L30  50.88 
 
 
59 aa  58.9  2e-08  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0858998  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2160  ribosomal protein L30  53.23 
 
 
63 aa  58.9  2e-08  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.0544492  normal  0.73473 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0341  50S ribosomal protein L30  50.88 
 
 
59 aa  59.3  2e-08  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00191247  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3804  ribosomal protein L30  50.88 
 
 
61 aa  59.3  2e-08  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.00029637  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_23620  LSU ribosomal protein L30P  50 
 
 
59 aa  58.9  2e-08  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.844957  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0411  ribosomal protein L30  52.63 
 
 
59 aa  58.5  3e-08  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  1.58772e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3687  50S ribosomal protein L30  52.63 
 
 
59 aa  58.5  3e-08  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  2.88891e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0439  50S ribosomal protein L30P  44.26 
 
 
61 aa  58.5  3e-08  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.188702  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03153  50S ribosomal protein L30  52.63 
 
 
59 aa  58.5  3e-08  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00272403  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2156  50S ribosomal protein L30  50.91 
 
 
58 aa  58.5  3e-08  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  4.99402e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03104  hypothetical protein  52.63 
 
 
59 aa  58.5  3e-08  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00160317  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3597  50S ribosomal protein L30  52.63 
 
 
59 aa  58.5  3e-08  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0159663  normal  0.022282 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4625  50S ribosomal protein L30  52.63 
 
 
59 aa  58.5  3e-08  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000160254  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00748  50S ribosomal protein L30  50.91 
 
 
58 aa  58.5  3e-08  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0411  50S ribosomal protein L30  52.63 
 
 
59 aa  58.5  3e-08  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000870321  hitchhiker  2.43699e-06 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3496  50S ribosomal protein L30  52.63 
 
 
59 aa  58.5  3e-08  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  2.35964e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3785  50S ribosomal protein L30  52.63 
 
 
59 aa  58.5  3e-08  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  8.4288e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0971  50S ribosomal protein L30  57.89 
 
 
61 aa  58.2  4e-08  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3691  50S ribosomal protein L30  50.88 
 
 
59 aa  58.2  4e-08  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0510411  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3733  50S ribosomal protein L30  50.88 
 
 
59 aa  58.2  4e-08  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.000176157  hitchhiker  0.00372314 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3726  50S ribosomal protein L30  50.88 
 
 
59 aa  58.2  4e-08  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.990578  normal  0.0950772 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1143  ribosomal protein L30  51.72 
 
 
61 aa  58.2  4e-08  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  decreased coverage  2.5708e-07  normal  0.0109898 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3618  50S ribosomal protein L30  50.88 
 
 
59 aa  58.2  4e-08  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00151537  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3789  50S ribosomal protein L30  50.88 
 
 
59 aa  58.2  4e-08  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.143721  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001724  LSU ribosomal protein L30p (L7e)  50.91 
 
 
58 aa  58.2  4e-08  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  8.60316e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0860  ribosomal protein L30  52.63 
 
 
66 aa  57.8  4e-08  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3618  50S ribosomal protein L30  50.88 
 
 
59 aa  58.2  4e-08  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0118319  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0619  ribosomal protein L30  50 
 
 
61 aa  57.8  5e-08  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.191878  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_5029  50S ribosomal protein L30  52.83 
 
 
61 aa  57.8  5e-08  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  hitchhiker  1.28267e-05  normal  0.550586 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4361  ribosomal protein L30  58.93 
 
 
59 aa  57.8  5e-08  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  8.36724e-05  normal  0.0761791 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4008  50S ribosomal protein L30  53.57 
 
 
75 aa  57.8  5e-08  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  hitchhiker  0.000205864  hitchhiker  6.50866e-05 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_20690  LSU ribosomal protein L30P  49.06 
 
 
60 aa  57.4  6e-08  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4297  50S ribosomal protein L30  50 
 
 
60 aa  57.4  6e-08  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00294158 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0233  50S ribosomal protein L30  51.79 
 
 
59 aa  57.4  7e-08  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000351817  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4526  50S ribosomal protein L30  47.37 
 
 
59 aa  57.4  7e-08  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  8.79323e-06  hitchhiker  0.000148464 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1340  50S ribosomal protein L30  52.83 
 
 
59 aa  57  8e-08  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  hitchhiker  0.00168719  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3905  50S ribosomal protein L30  50 
 
 
60 aa  57  8e-08  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.0899974  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0176  ribosomal protein L30  46.67 
 
 
60 aa  57  9e-08  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  1.91615e-05  hitchhiker  0.000355415 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3896  50S ribosomal protein L30  47.37 
 
 
59 aa  57  9e-08  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  2.09135e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1120  50S ribosomal protein L30  56.14 
 
 
61 aa  57  9e-08  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.481118  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0301  50S ribosomal protein L30  47.37 
 
 
59 aa  57  9e-08  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  7.35954e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4932  ribosomal protein L30  50.94 
 
 
62 aa  57  9e-08  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0130019  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2300  50S ribosomal protein L30  50.88 
 
 
59 aa  57  1e-07  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.818228  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_23290  LSU ribosomal protein L30P  50.79 
 
 
64 aa  56.6  1e-07  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.0884067  hitchhiker  5.65029e-06 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1167  50S ribosomal protein L30  52.83 
 
 
78 aa  56.6  1e-07  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00970814  normal  0.0899698 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0304  ribosomal protein L30  50 
 
 
59 aa  56.6  1e-07  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00111257  normal  0.144172 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0166  50S ribosomal protein L30  46.67 
 
 
62 aa  56.6  1e-07  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  1.87774e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2315  ribosomal protein L30  47.37 
 
 
60 aa  56.6  1e-07  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.0059609  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2259  50S ribosomal protein L30  50.88 
 
 
59 aa  57  1e-07  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  hitchhiker  0.00380843  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3626  50S ribosomal protein L30  48.28 
 
 
60 aa  57  1e-07  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  5.85179e-05  hitchhiker  1.33791e-11 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0332  50S ribosomal protein L30  48.28 
 
 
60 aa  57  1e-07  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00936849  decreased coverage  0.00323406 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0217  50S ribosomal protein L30  46.67 
 
 
60 aa  55.8  2e-07  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  7.99433e-10  hitchhiker  9.56055e-10 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1813  50S ribosomal protein L30  47.37 
 
 
60 aa  55.8  2e-07  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0212  50S ribosomal protein L30  46.67 
 
 
60 aa  55.5  2e-07  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00049871  hitchhiker  0.00666763 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3506  ribosomal protein L30  50 
 
 
58 aa  55.5  2e-07  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  hitchhiker  0.000460865  hitchhiker  7.5211e-08 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0949  50S ribosomal protein L30  48.21 
 
 
60 aa  55.8  2e-07  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.235553  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3299  50S ribosomal protein L30  48.28 
 
 
60 aa  55.5  2e-07  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0217  50S ribosomal protein L30  46.67 
 
 
60 aa  55.8  2e-07  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000105847  unclonable  1.26926e-11 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0294  50S ribosomal protein L30  46.55 
 
 
60 aa  55.5  3e-07  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  4.87608e-06  normal  0.0630356 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1942  50S ribosomal protein L30  46.55 
 
 
60 aa  55.5  3e-07  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.428807  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4152  50S ribosomal protein L30  46.67 
 
 
60 aa  55.1  3e-07  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  7.26837e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3786  50S ribosomal protein L30  46.55 
 
 
60 aa  55.5  3e-07  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3741  50S ribosomal protein L30  46.67 
 
 
60 aa  55.1  3e-07  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  7.17278e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3496  50S ribosomal protein L30  46.55 
 
 
60 aa  55.5  3e-07  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.943573  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3279  50S ribosomal protein L30  48.28 
 
 
60 aa  55.5  3e-07  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0271147  hitchhiker  0.00015076 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0214  50S ribosomal protein L30  46.67 
 
 
60 aa  55.1  3e-07  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  1.15518e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2821  50S ribosomal protein L30  46.55 
 
 
60 aa  55.5  3e-07  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.238696  normal  0.243188 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3728  50S ribosomal protein L30  46.55 
 
 
60 aa  55.5  3e-07  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.00881974  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2932  50S ribosomal protein L30  48.28 
 
 
60 aa  55.5  3e-07  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  hitchhiker  4.05636e-06 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0345  50S ribosomal protein L30  46.55 
 
 
60 aa  55.5  3e-07  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.123094  normal  0.0645299 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4038  50S ribosomal protein L30  46.67 
 
 
60 aa  55.1  3e-07  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000117775  unclonable  2.00607e-12 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4672  ribosomal protein L30  45 
 
 
60 aa  55.1  3e-07  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  1.04117e-05  unclonable  8.20737e-09 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0218  50S ribosomal protein L30  46.67 
 
 
60 aa  55.1  3e-07  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  3.14653e-05  hitchhiker  9.35583e-05 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0267  50S ribosomal protein L30  46.55 
 
 
63 aa  55.5  3e-07  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.16996  hitchhiker  0.00743529 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2614  50S ribosomal protein L30  46.55 
 
 
60 aa  55.5  3e-07  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.177274  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3758  50S ribosomal protein L30  46.55 
 
 
60 aa  55.5  3e-07  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0279178  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2137  50S ribosomal protein L30P  52.83 
 
 
61 aa  55.5  3e-07  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0274633  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3161  50S ribosomal protein L30  48.28 
 
 
60 aa  55.5  3e-07  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.00158521  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0366  50S ribosomal protein L30  46.55 
 
 
60 aa  55.5  3e-07  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.139804  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3465  50S ribosomal protein L30  46.55 
 
 
60 aa  55.5  3e-07  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0155512  normal  0.071059 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0249  50S ribosomal protein L30  46.67 
 
 
60 aa  55.1  3e-07  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>