28 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Clim_0182 on replicon NC_010803
Organism: Chlorobium limicola DSM 245



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010803  Clim_0182  photosystem P840 reaction center, large subunit  100 
 
 
731 aa  1498  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  decreased coverage  1.0763e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2693  photosystem P840 reaction center, large subunit  89.88 
 
 
731 aa  1372  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  unclonable  0.00010493  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0343  photosystem P840 reaction center, large subunit  89.06 
 
 
731 aa  1364  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  decreased coverage  2.49067e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0274  photosystem P840 reaction center, large subunit  85.09 
 
 
731 aa  1285  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  unclonable  5.80216e-08  unclonable  3.20304e-06 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0305  photosystem P840 reaction center, large subunit  84.72 
 
 
733 aa  1281  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00464493 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1976  photosystem P840 reaction center, large subunit  91.42 
 
 
734 aa  1388  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  unclonable  3.29009e-07  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0219  photosystem P840 reaction center, large subunit  93.3 
 
 
731 aa  1414  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.0118063  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0332  photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2  27.37 
 
 
737 aa  51.2  8e-05  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.0306945  normal  0.0992407 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4143  photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2  36.25 
 
 
742 aa  48.1  0.0006  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  decreased coverage  0.00848687  normal  0.293188 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4104  photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2  36.25 
 
 
742 aa  48.1  0.0006  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_19571  photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1  24.2 
 
 
768 aa  47.8  0.0007  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.300705  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4668  photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2  35 
 
 
738 aa  47.8  0.0008  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.298458  normal  0.0126467 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1082  photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1  24.2 
 
 
768 aa  47.8  0.0008  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1994  photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2  27.88 
 
 
735 aa  47.8  0.0008  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.28805  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2048  photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2  35 
 
 
734 aa  47.4  0.0009  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.55767  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0399  photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2  35 
 
 
738 aa  47.4  0.001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.992775 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0402  photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2  35 
 
 
742 aa  47.4  0.001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.671863 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0547  photosystem I core protein PsaA  24.78 
 
 
752 aa  47  0.001  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.483497  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_23481  photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1  27.57 
 
 
776 aa  46.2  0.002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.735278 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_17151  photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2  33.75 
 
 
742 aa  46.2  0.002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_17271  photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2  33.75 
 
 
742 aa  46.2  0.002  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2406  photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2  32.5 
 
 
741 aa  45.8  0.002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.185378  hitchhiker  4.43533e-06 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1995  photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1  28.49 
 
 
767 aa  45.8  0.003  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_17021  photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2  32.5 
 
 
742 aa  45.1  0.004  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4670  photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2  33.75 
 
 
742 aa  45.1  0.005  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.497119  normal  0.71822 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0403  photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1  24.28 
 
 
751 aa  45.1  0.005  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.709622 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1615  photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2  32.5 
 
 
742 aa  45.1  0.005  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.687689  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_16401  photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2  31.25 
 
 
742 aa  44.7  0.007  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>