More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CPF_2797 on replicon NC_008261
Organism: Clostridium perfringens ATCC 13124



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008261  CPF_2797  hypothetical protein  100 
 
 
134 aa  268  2e-71  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  unclonable  9.39181e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2483  hypothetical protein  100 
 
 
134 aa  268  2e-71  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  5.79369e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0696  hypothetical protein  55.38 
 
 
140 aa  147  4e-35  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  9.83919e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2662  RNA binding S1  57.58 
 
 
140 aa  139  1e-32  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  unclonable  1.44376e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3080  RNA binding S1 domain protein  53.38 
 
 
144 aa  133  9e-31  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  unclonable  2.20475e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0122  RNA-binding S1 domain-containing protein  53.73 
 
 
126 aa  130  6e-30  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0092  RNA binding S1  49.25 
 
 
130 aa  129  1e-29  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  3.04617e-06  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0142  RNA binding S1 domain protein  51.49 
 
 
128 aa  128  3e-29  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  4.17569e-12  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0059  hypothetical protein  45.7 
 
 
160 aa  115  3e-25  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  5.44172e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0060  hypothetical protein  45.7 
 
 
160 aa  115  3e-25  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  decreased coverage  2.01317e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5250  hypothetical protein  45.39 
 
 
161 aa  114  3e-25  Bacillus cereus G9842  Bacteria  unclonable  3.41067e-10  normal 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0056  hypothetical protein  45.7 
 
 
160 aa  115  3e-25  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  decreased coverage  1.61011e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0070  hypothetical protein  45.7 
 
 
160 aa  115  3e-25  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  1.37683e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0056  hypothetical protein  45.7 
 
 
160 aa  115  3e-25  Bacillus cereus E33L  Bacteria  unclonable  7.9318e-13  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0060  hypothetical protein  45.7 
 
 
160 aa  115  3e-25  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  decreased coverage  1.19651e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0066  hypothetical protein  45.39 
 
 
161 aa  114  3e-25  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  1.57952e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0067  hypothetical protein  45.7 
 
 
160 aa  115  3e-25  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0056  hypothetical protein  45.21 
 
 
152 aa  113  7e-25  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  decreased coverage  1.48596e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0056  hypothetical protein  44.08 
 
 
161 aa  113  9e-25  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  1.17621e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0146  hypothetical protein  47.01 
 
 
133 aa  113  1e-24  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0653  RNA binding S1 domain protein  52.31 
 
 
120 aa  112  1e-24  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  1.31287e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0530  hypothetical protein  46.56 
 
 
133 aa  112  2e-24  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  unclonable  4.17558e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0543  hypothetical protein  46.56 
 
 
133 aa  112  2e-24  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  unclonable  1.00816e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0058  hypothetical protein  48.44 
 
 
132 aa  109  1e-23  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  2.38948e-12  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0191  RNA binding S1 domain protein  44.8 
 
 
134 aa  109  1e-23  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00520  RNA binding S1 domain protein  46.4 
 
 
124 aa  109  2e-23  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  unclonable  6.85433e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0075  RNA binding S1 domain protein  47.73 
 
 
120 aa  105  2e-22  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  decreased coverage  5.91466e-13  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0089  RNA binding S1  40.97 
 
 
152 aa  105  2e-22  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0056  hypothetical protein  48.44 
 
 
132 aa  104  5e-22  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0225  RNA binding S1 domain protein  52.24 
 
 
134 aa  92.8  1e-18  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  5.84856e-10  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0265  RNA binding S1 domain-containing protein  45.13 
 
 
125 aa  88.6  3e-17  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.383538  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0066  RNA binding S1 domain protein  41.59 
 
 
129 aa  87.4  6e-17  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0674  RNA binding S1  36.52 
 
 
127 aa  87.4  6e-17  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal  0.175739 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0265  RNA-binding S1 domain-containing protein  32.26 
 
 
164 aa  85.1  3e-16  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1805  RNA-binding S1 domain-containing protein  37.12 
 
 
123 aa  81.3  4e-15  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  hitchhiker  1.94904e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07900  Polyribonucleotide nucleotidyltransferase  53.25 
 
 
705 aa  78.6  3e-14  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2169  30S ribosomal protein S1  42.2 
 
 
387 aa  77.8  5e-14  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  1.04963e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1703  RNA binding S1 domain protein  50 
 
 
385 aa  77  8e-14  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  decreased coverage  2.41805e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1301  RNA binding S1 domain protein  36.43 
 
 
140 aa  75.9  2e-13  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  1.52887e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0127  hypothetical protein  42.31 
 
 
840 aa  74.7  4e-13  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.294313  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0493  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  44.44 
 
 
705 aa  73.6  9e-13  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.000650099  normal  0.24755 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0455  30S ribosomal protein S1  40.37 
 
 
387 aa  72.8  1e-12  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0825  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  47.89 
 
 
698 aa  72.4  2e-12  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.0159879 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0892  30S ribosomal protein S1  40.35 
 
 
399 aa  72  3e-12  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  2.36762e-12  decreased coverage  3.02812e-15 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0136  RNA binding S1  40.38 
 
 
840 aa  72  3e-12  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.43679  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0589  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  41.46 
 
 
706 aa  72  3e-12  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.119802  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2207  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  48.61 
 
 
705 aa  71.2  4e-12  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1098  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  45.71 
 
 
696 aa  70.9  6e-12  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0917  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  45.71 
 
 
696 aa  70.9  6e-12  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.327573  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1314  Polyribonucleotide nucleotidyltransferase  41.67 
 
 
772 aa  70.9  6e-12  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.122367  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0923  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  43.21 
 
 
725 aa  70.9  6e-12  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0957  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  40.96 
 
 
728 aa  70.5  7e-12  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0995  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  47.89 
 
 
698 aa  70.1  9e-12  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0673762  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2704  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  42.47 
 
 
722 aa  70.5  9e-12  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0597018  normal  0.0425513 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1421  30S ribosomal protein S1  51.95 
 
 
382 aa  70.1  9e-12  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00177938  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1209  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  47.89 
 
 
702 aa  70.1  1e-11  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0966  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  46.48 
 
 
699 aa  69.3  1e-11  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  8.74082e-05  normal  0.0188392 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1035  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  47.89 
 
 
699 aa  70.1  1e-11  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  3.90234e-06  hitchhiker  6.30128e-08 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3791  30S ribosomal protein S1  50.65 
 
 
382 aa  69.7  1e-11  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  7.84339e-08  hitchhiker  0.000188764 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1408  30S ribosomal protein S1  50.65 
 
 
382 aa  69.7  1e-11  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  decreased coverage  1.02607e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_15110  CRISPR-associated RAMP protein, Cmr6 family  43.53 
 
 
376 aa  69.7  1e-11  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1592  30S ribosomal protein S1  50.65 
 
 
382 aa  69.7  1e-11  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.03861e-18 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1031  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  47.89 
 
 
699 aa  70.1  1e-11  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  1.2543e-06  hitchhiker  5.83672e-07 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1096  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  47.89 
 
 
699 aa  70.1  1e-11  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.0013386  hitchhiker  0.00237644 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1638  hydroxymethylbutenyl pyrophosphate reductase  40.7 
 
 
705 aa  69.7  1e-11  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal  0.32153 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1380  30S ribosomal protein S1  50.65 
 
 
382 aa  69.7  1e-11  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  1.07777e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3275  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  47.89 
 
 
700 aa  70.1  1e-11  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  2.61182e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1625  30S ribosomal protein S1  50.65 
 
 
382 aa  69.7  1e-11  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  1.50504e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2013  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  49.28 
 
 
712 aa  69.7  1e-11  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0339212  normal  0.44313 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1133  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  47.89 
 
 
699 aa  70.1  1e-11  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  9.84141e-07  unclonable  1.21656e-11 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3541  general secretion pathway protein J  49.38 
 
 
772 aa  69.7  1e-11  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.489396  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3412  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  47.89 
 
 
700 aa  70.1  1e-11  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  8.44924e-06  hitchhiker  0.000972679 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1019  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  46.48 
 
 
701 aa  69.7  1e-11  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  4.61081e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3234  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  47.89 
 
 
703 aa  70.1  1e-11  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  3.96899e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1519  30S ribosomal protein S1  50.65 
 
 
382 aa  69.7  1e-11  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  decreased coverage  1.56073e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1553  30S ribosomal protein S1  50.65 
 
 
382 aa  69.7  1e-11  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00270143  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2829  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  47.89 
 
 
699 aa  70.1  1e-11  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  3.62505e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1661  30S ribosomal protein S1  50.65 
 
 
382 aa  69.7  1e-11  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  6.40216e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1379  30S ribosomal protein S1  50.65 
 
 
382 aa  69.7  1e-11  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  3.85959e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1339  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  47.83 
 
 
718 aa  68.9  2e-11  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0982499  normal  0.0498481 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2822  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  43.84 
 
 
700 aa  69.3  2e-11  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  9.90055e-06  hitchhiker  0.000418907 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1007  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  48.57 
 
 
693 aa  69.3  2e-11  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0328519  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3218  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  47.83 
 
 
716 aa  69.3  2e-11  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.634558  normal 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1149  RNA-binding S1 domain-containing protein  31.01 
 
 
124 aa  68.9  2e-11  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  8.79414e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3511  general stress protein 13  45.78 
 
 
133 aa  68.9  2e-11  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0257  RNA binding S1  40.59 
 
 
772 aa  68.9  2e-11  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0763  30S ribosomal protein S1  46.05 
 
 
416 aa  69.3  2e-11  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  unclonable  3.78884e-12  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1125  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  49.28 
 
 
713 aa  68.2  3e-11  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.412735  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0742  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  49.28 
 
 
713 aa  68.2  3e-11  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0981  RNA-binding S1 domain-containing protein  31.01 
 
 
124 aa  68.2  3e-11  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  unclonable  4.45297e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2170  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  47.22 
 
 
714 aa  68.6  3e-11  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0402548  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1430  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  49.28 
 
 
713 aa  68.2  3e-11  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1032  S1 RNA-binding domain-containing protein  37.7 
 
 
735 aa  68.6  3e-11  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.013008  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0817  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  38.27 
 
 
722 aa  68.6  3e-11  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2291  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  47.22 
 
 
714 aa  68.6  3e-11  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0701506  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1285  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  49.28 
 
 
713 aa  68.2  3e-11  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1294  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  49.28 
 
 
713 aa  68.2  3e-11  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0739218  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0408  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  49.28 
 
 
713 aa  68.2  3e-11  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1834  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  49.28 
 
 
713 aa  68.2  3e-11  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5581  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  47.22 
 
 
715 aa  68.6  3e-11  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.298486  normal  0.0925755 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>