More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bphyt_6961 on replicon NC_010676
Organism: Burkholderia phytofirmans PsJN



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010676  Bphyt_6961  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 316 aa  644    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0795  LysR family transcriptional regulator  80.38 
 
 		 316 aa  491  9.999999999999999e-139  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.556779 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3819  LysR family transcriptional regulator  72.47 
 
 		 316 aa  482  1e-135  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.166193  normal  0.37605 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2956  LysR family transcriptional regulator  49.05 
 
 		 316 aa  313  2.9999999999999996e-84  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.2285  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1518  transcriptional regulator, LysR family  49.05 
 
 		 316 aa  311  6.999999999999999e-84  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1826  LysR family transcriptional regulator  48.57 
 
 		 316 aa  306  2.0000000000000002e-82  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0150451  hitchhiker  0.00784297 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6018  LysR family transcriptional regulator  40.38 
 
 		 320 aa  241  2e-62  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6318  LysR family transcriptional regulator  40.38 
 
 		 320 aa  239  2.9999999999999997e-62  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.988548  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5141  LysR family transcriptional regulator  40.75 
 
 		 317 aa  238  1e-61  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.730925 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5134  LysR family transcriptional regulator  39.75 
 
 		 342 aa  233  3e-60  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.178908  normal  0.868057 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2599  LysR family transcriptional regulator  41.89 
 
 		 319 aa  228  8e-59  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.888741  normal  0.833483 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4432  LysR family transcriptional regulator  40 
 
 		 300 aa  210  2e-53  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3970  LysR family transcriptional regulator  40 
 
 		 300 aa  210  2e-53  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0489002 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4103  LysR family transcriptional regulator  40 
 
 		 300 aa  206  3e-52  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1299  LysR family transcriptional regulator  40 
 
 		 300 aa  206  4e-52  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.713495  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4546  LysR family transcriptional regulator  39.32 
 
 		 300 aa  203  2e-51  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.471439  normal  0.18075 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5758  LysR family transcriptional regulator  39.32 
 
 		 300 aa  203  2e-51  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0665563  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3822  LysR family transcriptional regulator  39.32 
 
 		 300 aa  203  2e-51  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.563678  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0068  transcriptional regulator, LysR family  36.31 
 
 		 318 aa  203  4e-51  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_26270  putative transcriptional regulator  39.12 
 
 		 329 aa  197  2.0000000000000003e-49  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.338283  normal  0.903696 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0957  LysR family transcriptional regulator  38.31 
 
 		 300 aa  196  4.0000000000000005e-49  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1940  LysR family transcriptional regulator  38.31 
 
 		 300 aa  196  4.0000000000000005e-49  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1244  LysR family transcriptional regulator  38.31 
 
 		 300 aa  196  4.0000000000000005e-49  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2219  LysR family transcriptional regulator  38.31 
 
 		 300 aa  196  4.0000000000000005e-49  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0296  LysR family transcriptional regulator  38.31 
 
 		 300 aa  196  5.000000000000001e-49  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0206  LysR family transcriptional regulator  38.31 
 
 		 300 aa  196  5.000000000000001e-49  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1663  LysR family transcriptional regulator  38.31 
 
 		 338 aa  195  8.000000000000001e-49  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0218  LysR family transcriptional regulator  38.31 
 
 		 300 aa  191  2e-47  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3205  LysR family transcriptional regulator  36.12 
 
 		 317 aa  187  2e-46  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0988994 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2711  LysR family transcriptional regulator  34.92 
 
 		 306 aa  179  7e-44  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2585  LysR family transcriptional regulator  34.92 
 
 		 306 aa  178  8e-44  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2168  transcriptional regulator, LysR family  34.69 
 
 		 310 aa  178  9e-44  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3555  LysR family transcriptional regulator  36.21 
 
 		 302 aa  164  3e-39  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6670  LysR family transcriptional regulator  35.66 
 
 		 311 aa  160  3e-38  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.128722  normal  0.169753 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3344  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 329 aa  147  3e-34  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0604334  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4171  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 305 aa  147  3e-34  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.632041  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4822  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 329 aa  147  3e-34  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0515  putative DNA-binding transcriptional regulator  30.82 
 
 		 298 aa  146  5e-34  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.523289  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2910  LysR family transcriptional regulator  31.51 
 
 		 309 aa  144  1e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1783  putative DNA-binding transcriptional regulator  29.96 
 
 		 302 aa  144  2e-33  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0146  transcriptional regulator, LysR family  33.2 
 
 		 296 aa  143  4e-33  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6604  LysR family transcriptional regulator  33.66 
 
 		 315 aa  142  8e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0610737  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01316  predicted DNA-binding transcriptional regulator  29.6 
 
 		 302 aa  142  9e-33  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.789583  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1582  putative DNA-binding transcriptional regulator  29.6 
 
 		 302 aa  142  9e-33  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2286  putative DNA-binding transcriptional regulator  29.6 
 
 		 302 aa  142  9e-33  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1986  putative DNA-binding transcriptional regulator  29.6 
 
 		 302 aa  142  9e-33  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.388332 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01326  hypothetical protein  29.6 
 
 		 302 aa  142  9e-33  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.688177  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1553  putative DNA-binding transcriptional regulator  29.6 
 
 		 302 aa  142  9e-33  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.381755  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1301  transcriptional regulator, LysR family  31.65 
 
 		 301 aa  141  1.9999999999999998e-32  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.828365  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1455  putative DNA-binding transcriptional regulator  29.24 
 
 		 302 aa  140  3.9999999999999997e-32  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2305  transcriptional regulator, LysR family  29.24 
 
 		 302 aa  139  4.999999999999999e-32  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.661434  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0229  LysR family transcriptional regulator  32.54 
 
 		 306 aa  139  4.999999999999999e-32  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.983112 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1765  LysR family transcriptional regulator  32.01 
 
 		 315 aa  139  4.999999999999999e-32  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.111845 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0222  LysR family transcriptional regulator  31.27 
 
 		 307 aa  139  7.999999999999999e-32  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5936  transcriptional regulator, LysR family  32.89 
 
 		 302 aa  138  1e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0396  putative DNA-binding transcriptional regulator  31.02 
 
 		 298 aa  138  1e-31  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4846  LysR family transcriptional regulator  32.54 
 
 		 306 aa  137  2e-31  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0377  LysR family transcriptional regulator  32.19 
 
 		 299 aa  138  2e-31  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1495  LysR family transcriptional regulator  32.19 
 
 		 299 aa  138  2e-31  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0603097  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1807  LysR family transcriptional regulator  32.19 
 
 		 299 aa  138  2e-31  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0475  LysR family transcriptional regulator  32.19 
 
 		 299 aa  138  2e-31  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5423  LysR family transcriptional regulator  32.54 
 
 		 306 aa  137  2e-31  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0829573  normal  0.0352079 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2110  LysR family transcriptional regulator  32.19 
 
 		 299 aa  138  2e-31  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.136267  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5439  LysR family transcriptional regulator  32.54 
 
 		 306 aa  137  2e-31  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0793  LysR family transcriptional regulator  32.19 
 
 		 299 aa  138  2e-31  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5307  LysR family transcriptional regulator  31.86 
 
 		 306 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  decreased coverage  0.0037216  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4764  LysR family transcriptional regulator  32.65 
 
 		 306 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.6122  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5236  LysR family transcriptional regulator  32.19 
 
 		 311 aa  133  3e-30  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.61001  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5417  LysR family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 302 aa  133  3.9999999999999996e-30  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.826157  normal  0.396347 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3348  LysR family transcriptional regulator  32.29 
 
 		 306 aa  131  2.0000000000000002e-29  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0103811 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4199  putative DNA-binding transcriptional regulator  27.74 
 
 		 298 aa  130  3e-29  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1450  transcriptional regulator, LysR family  31.67 
 
 		 305 aa  130  3e-29  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.756367  normal  0.270362 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1408  transcriptional regulator, LysR family  31.32 
 
 		 312 aa  128  1.0000000000000001e-28  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0263821  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7451  LysR family transcriptional regulator  33.2 
 
 		 302 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5811  LysR family transcriptional regulator  32.07 
 
 		 303 aa  125  7e-28  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.638559  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3287  LysR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 316 aa  124  2e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7090  transcriptional regulator, LysR family  29.33 
 
 		 306 aa  124  2e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3958  transcriptional regulator, LysR family  28.81 
 
 		 325 aa  124  3e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00354063  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3700  LysR family transcriptional regulator  28.12 
 
 		 332 aa  122  7e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0546971  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5159  LysR family transcriptional regulator  27.49 
 
 		 318 aa  121  1.9999999999999998e-26  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.169813 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0207  LysR family transcriptional regulator  27.92 
 
 		 306 aa  116  3.9999999999999997e-25  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4197  LysR family transcriptional regulator  26.6 
 
 		 310 aa  115  7.999999999999999e-25  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4296  LysR family transcriptional regulator  28.32 
 
 		 295 aa  115  1.0000000000000001e-24  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4505  LysR family transcriptional regulator  31.82 
 
 		 308 aa  112  8.000000000000001e-24  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.061822 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1777  LysR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 351 aa  111  2.0000000000000002e-23  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.142089  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6715  LysR family transcriptional regulator  28.19 
 
 		 316 aa  108  1e-22  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.674594  normal  1 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8659  transcriptional regulator, LysR family  28.52 
 
 		 304 aa  107  3e-22  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3051  LysR family transcriptional regulator  30.38 
 
 		 312 aa  102  9e-21  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.683935  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2701  LysR family transcriptional regulator  30.38 
 
 		 312 aa  102  1e-20  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3086  MarR family transcriptional regulator  29.96 
 
 		 312 aa  101  2e-20  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009036  Sbal_4446  LysR family transcriptional regulator  25.27 
 
 		 306 aa  100  3e-20  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.553142  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3272  transcriptional regulator, LysR family  26.69 
 
 		 302 aa  100  4e-20  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.592818 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2435  LysR family transcriptional regulator  26.69 
 
 		 318 aa  100  5e-20  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4576  transcriptional regulator, LysR family  27.72 
 
 		 327 aa  99.8  6e-20  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0917681  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1042  transcriptional regulator, LysR family  27.4 
 
 		 319 aa  99.8  6e-20  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.429419  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5745  transcriptional regulator, LysR family  29.54 
 
 		 331 aa  99.8  6e-20  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3914  LysR family transcriptional regulator  26.71 
 
 		 321 aa  99.4  7e-20  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.21984  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2998  LysR family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 312 aa  99  1e-19  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.412337 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2257  LysR family transcriptional regulator  26.69 
 
 		 320 aa  97.4  2e-19  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.206337  hitchhiker  0.000000365434 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5141  LysR family transcriptional regulator  26.85 
 
 		 320 aa  98.2  2e-19  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.0705436 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>