More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bphy_6009 on replicon NC_010625
Organism: Burkholderia phymatum STM815



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010625  Bphy_6009  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 322 aa  653    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.853275 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5523  transcriptional regulator, LysR family  87.89 
 
 		 322 aa  581  1.0000000000000001e-165  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.553864 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5626  LysR family transcriptional regulator  85.21 
 
 		 316 aa  526  1e-148  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0807108 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6374  LysR family transcriptional regulator  88.51 
 
 		 313 aa  523  1e-147  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.436439 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0545  transcriptional regulator, LysR family  86.84 
 
 		 305 aa  520  1e-146  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0532  transcriptional regulator, LysR family  85.86 
 
 		 305 aa  515  1.0000000000000001e-145  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4982  LysR family transcriptional regulator  86.49 
 
 		 307 aa  509  1e-143  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.960154 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6260  LysR family transcriptional regulator  83.66 
 
 		 307 aa  504  9.999999999999999e-143  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6427  LysR family transcriptional regulator  83.66 
 
 		 307 aa  502  1e-141  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6662  LysR family transcriptional regulator  83.66 
 
 		 307 aa  502  1e-141  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3512  LysR family transcriptional regulator  70.95 
 
 		 304 aa  421  1e-117  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.069263  normal  0.384971 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2421  LysR family transcriptional regulator  65.88 
 
 		 312 aa  412  1e-114  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.324279 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3334  transcriptional regulator, LysR family  65.42 
 
 		 302 aa  407  1.0000000000000001e-112  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3165  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  65.42 
 
 		 302 aa  407  1.0000000000000001e-112  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.314195 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02400  transcriptional regulator  64.07 
 
 		 300 aa  401  1e-111  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3479  LysR family transcriptional regulator  64.86 
 
 		 306 aa  403  1e-111  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.35259  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0298  LysR family transcriptional regulator  62.8 
 
 		 313 aa  380  1e-104  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.202952 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3181  LysR family transcriptional regulator  57.53 
 
 		 299 aa  367  1e-100  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1573  LysR family transcriptional regulator  52.74 
 
 		 297 aa  333  3e-90  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.117572  normal  0.71184 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2054  LysR family transcriptional regulator  52.4 
 
 		 297 aa  332  8e-90  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.142115  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3686  LysR family transcriptional regulator  52.4 
 
 		 297 aa  332  8e-90  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1352  LysR family transcriptional regulator  53.16 
 
 		 305 aa  330  2e-89  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.156504 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3164  LysR family transcriptional regulator  52.4 
 
 		 297 aa  328  8e-89  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1268  putative HTH-type transcriptional regulator YbhD  51.01 
 
 		 297 aa  324  1e-87  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3576  LysR family transcriptional regulator  51.2 
 
 		 305 aa  303  3.0000000000000004e-81  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.300569  normal  0.06186 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5656  LysR family transcriptional regulator  48.98 
 
 		 305 aa  303  3.0000000000000004e-81  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.601684 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4648  LysR family transcriptional regulator  48.64 
 
 		 305 aa  301  1e-80  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3720  LysR family transcriptional regulator  48.64 
 
 		 305 aa  301  1e-80  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.101076  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3806  LysR family transcriptional regulator  50.17 
 
 		 307 aa  296  2e-79  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.335856 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4552  LysR family transcriptional regulator  51.03 
 
 		 307 aa  295  9e-79  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4412  LysR family transcriptional regulator  50 
 
 		 300 aa  279  4e-74  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.481295  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2874  transcriptional regulator, LysR family  43.45 
 
 		 317 aa  275  5e-73  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000130864  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2590  transcriptional regulator, LysR family  43.1 
 
 		 317 aa  275  8e-73  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0871  transcriptional regulator, LysR family  43.1 
 
 		 317 aa  275  8e-73  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0822  LysR family transcriptional regulator  43.1 
 
 		 317 aa  275  8e-73  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.835428  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2894  LysR family transcriptional regulator  43.1 
 
 		 317 aa  275  8e-73  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0369741  normal  0.204254 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0791  LysR family transcriptional regulator  42.76 
 
 		 317 aa  274  1.0000000000000001e-72  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0795  LysR family transcriptional regulator  42.76 
 
 		 317 aa  273  3e-72  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1913  LysR family transcriptional regulator  44.33 
 
 		 298 aa  268  8.999999999999999e-71  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0283777  normal  0.375382 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2547  LysR family transcriptional regulator  45.92 
 
 		 310 aa  243  3e-63  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.372947 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0162  LysR family transcriptional regulator  46.76 
 
 		 302 aa  243  3e-63  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2001  transcriptional regulator, LysR family  39.38 
 
 		 298 aa  223  4.9999999999999996e-57  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.536649 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5029  LysR family transcriptional regulator  39.66 
 
 		 295 aa  214  9.999999999999999e-55  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.534863  normal  0.59636 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3338  LysR family transcriptional regulator  39.66 
 
 		 295 aa  214  9.999999999999999e-55  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.714315  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5255  LysR family transcriptional regulator  39.66 
 
 		 295 aa  214  1.9999999999999998e-54  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.294771  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5168  LysR family transcriptional regulator  42.47 
 
 		 298 aa  214  1.9999999999999998e-54  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2806  LysR family transcriptional regulator  42.12 
 
 		 296 aa  211  1e-53  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.521552  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3391  LysR family transcriptional regulator  42.47 
 
 		 298 aa  210  2e-53  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.279491  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4125  LysR family transcriptional regulator  42.47 
 
 		 298 aa  210  2e-53  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0971923 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4776  LysR family transcriptional regulator  42.47 
 
 		 298 aa  210  2e-53  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3330  LysR family transcriptional regulator  41.78 
 
 		 298 aa  210  2e-53  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.718277 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4958  LysR family transcriptional regulator  38.62 
 
 		 295 aa  209  4e-53  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.468232 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4438  LysR family transcriptional regulator  38.62 
 
 		 295 aa  209  6e-53  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000948245 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6028  LysR family transcriptional regulator  41.61 
 
 		 300 aa  208  1e-52  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.171858  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3178  LysR family transcriptional regulator  38.46 
 
 		 305 aa  194  1e-48  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.125712  normal  0.0310919 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4128  LysR family transcriptional regulator  37.22 
 
 		 315 aa  191  1e-47  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.968442  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2569  LysR family transcriptional regulator  38.57 
 
 		 300 aa  188  1e-46  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0243965  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1626  transcriptional regulator, LysR family  38.23 
 
 		 300 aa  187  2e-46  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0614386 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2826  LysR family transcriptional regulator  37.54 
 
 		 300 aa  187  2e-46  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0586  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  38.81 
 
 		 304 aa  186  6e-46  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1735  LysR family transcriptional regulator  38.28 
 
 		 300 aa  184  1.0000000000000001e-45  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.26615  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1761  LysR family transcriptional regulator  38.23 
 
 		 300 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.982692  normal  0.0243449 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0180  LysR family transcriptional regulator  38.91 
 
 		 300 aa  183  4.0000000000000006e-45  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  decreased coverage  0.0000907778  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1067  LysR family transcriptional regulator  38.91 
 
 		 300 aa  183  4.0000000000000006e-45  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1910  OsmT protein  38.91 
 
 		 300 aa  183  4.0000000000000006e-45  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.580889  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1512  LysR family transcriptional regulator  38.91 
 
 		 300 aa  183  4.0000000000000006e-45  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1735  LysR family transcriptional regulator  38.91 
 
 		 300 aa  183  4.0000000000000006e-45  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0864805  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0986  LysR family transcriptional regulator  38.91 
 
 		 300 aa  183  4.0000000000000006e-45  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1757  LysR family transcriptional regulator  38.91 
 
 		 300 aa  183  4.0000000000000006e-45  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.233098  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1416  LysR family transcriptional regulator  37.88 
 
 		 300 aa  181  1e-44  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.691659 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1376  LysR family transcriptional regulator  37.88 
 
 		 300 aa  181  1e-44  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.809674  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0713  transcriptional regulator, LysR family  37.37 
 
 		 302 aa  180  4e-44  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0528  LysR family transcriptional regulator  38.18 
 
 		 301 aa  179  8e-44  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000454001 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3236  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  35.52 
 
 		 296 aa  178  9e-44  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4509  LysR family transcriptional regulator  35.4 
 
 		 298 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.391554 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5879  LysR family transcriptional regulator  37.94 
 
 		 299 aa  173  3.9999999999999995e-42  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.927972  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0712  LysR family transcriptional regulator  34.21 
 
 		 299 aa  172  6.999999999999999e-42  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2537  transcription regulator transcription regulator protein  38.64 
 
 		 297 aa  171  1e-41  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.566586 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4012  LysR family transcriptional regulator  33.68 
 
 		 298 aa  171  1e-41  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3441  LysR family transcriptional regulator  34.14 
 
 		 306 aa  171  1e-41  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.985803  hitchhiker  0.000545962 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_51620  LysR family transcriptional regulator protein  36.46 
 
 		 301 aa  171  1e-41  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3454  transcriptional regulator, LysR family  35.17 
 
 		 296 aa  171  2e-41  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3296  putative transcriptional regulator  35.62 
 
 		 306 aa  171  2e-41  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4635  LysR family transcriptional regulator  38.57 
 
 		 300 aa  169  4e-41  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.646338  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2659  OsmT protein  33.33 
 
 		 308 aa  170  4e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1930  LysR family transcriptional regulator  36.52 
 
 		 297 aa  169  4e-41  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0417087 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2568  OsmT protein  32.99 
 
 		 308 aa  169  6e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0008695  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2789  OsmT protein  32.99 
 
 		 308 aa  169  6e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2683  OsmT protein  32.99 
 
 		 308 aa  169  6e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.567691  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2617  OsmT protein  32.99 
 
 		 308 aa  169  6e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1470  LysR family transcriptional regulator  38.23 
 
 		 300 aa  168  1e-40  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.193795  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1166  transcriptional regulator, LysR family  33.33 
 
 		 299 aa  167  2e-40  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.02159  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1911  transcriptional regulator, LysR family  32.45 
 
 		 310 aa  166  4e-40  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6323  MarR family transcriptional regulator  35.31 
 
 		 294 aa  166  5e-40  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.482978  normal  0.771209 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1141  LysR family transcriptional regulator  35.19 
 
 		 297 aa  166  5e-40  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.387698 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1817  LysR family transcriptional regulator  32.12 
 
 		 310 aa  165  6.9999999999999995e-40  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.113228  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1013  LysR family transcriptional regulator  37.88 
 
 		 300 aa  166  6.9999999999999995e-40  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1494  LysR family transcriptional regulator  37.88 
 
 		 300 aa  166  6.9999999999999995e-40  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3165  transcriptional regulator, LysR family  32.65 
 
 		 299 aa  164  2.0000000000000002e-39  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.0000392866  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0589  LysR family transcriptional regulator  35.76 
 
 		 297 aa  163  3e-39  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>