235 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_0641 on replicon NC_008390
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008390  Bamb_0641  RNA-binding S4 domain-containing protein  100 
 
 		 157 aa  311  1.9999999999999998e-84  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0665  RNA-binding S4 domain-containing protein  99.26 
 
 		 135 aa  268  1e-71  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0263  RNA-binding S4  94.81 
 
 		 135 aa  264  4e-70  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.935864  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0747  RNA-binding S4 domain-containing protein  94.81 
 
 		 135 aa  264  4e-70  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.503491  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3836  RNA-binding S4  94.81 
 
 		 135 aa  263  5e-70  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0717  RNA-binding S4 domain-containing protein  94.07 
 
 		 135 aa  262  2e-69  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2637  RNA-binding S4 domain-containing protein  91.04 
 
 		 135 aa  251  3e-66  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1304  heat shock protein 15  84.44 
 
 		 135 aa  234  4e-61  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2329  heat shock protein 15  83.7 
 
 		 135 aa  233  6e-61  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3325  heat shock protein 15  83.7 
 
 		 135 aa  233  6e-61  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0497  heat shock protein 15  83.7 
 
 		 135 aa  233  6e-61  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.673566  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1102  heat shock protein 15  83.7 
 
 		 135 aa  233  6e-61  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.346027  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3281  heat shock protein 15  83.7 
 
 		 135 aa  233  6e-61  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.102116  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3314  heat shock protein 15  83.7 
 
 		 135 aa  233  6e-61  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2209  heat shock protein 15  83.7 
 
 		 135 aa  233  6e-61  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2501  RNA-binding S4 domain-containing protein  77.14 
 
 		 149 aa  223  7e-58  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.157216  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3964  putative heat shock protein 15  78.36 
 
 		 135 aa  218  3e-56  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0551076 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0734  RNA-binding S4 domain protein  76.87 
 
 		 135 aa  217  3.9999999999999997e-56  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.20304  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2642  putative heat shock protein 15  57.69 
 
 		 131 aa  160  7e-39  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.351064  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2876  RNA-binding S4 domain protein  57.69 
 
 		 132 aa  160  8.000000000000001e-39  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2470  RNA-binding S4 domain protein  57.69 
 
 		 132 aa  159  1e-38  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.264328  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1002  RNA-binding S4  55.38 
 
 		 131 aa  147  4e-35  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.320344 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0206  RNA-binding S4  54.1 
 
 		 122 aa  135  1e-31  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1038  RNA-binding S4  53.28 
 
 		 131 aa  131  3e-30  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0509  RNA-binding S4 protein  51.13 
 
 		 134 aa  127  6e-29  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.916368  normal  0.173554 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2640  RNA-binding S4  52.8 
 
 		 141 aa  125  2.0000000000000002e-28  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.414836  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3698  RNA-binding S4 domain-containing protein  50 
 
 		 130 aa  123  8.000000000000001e-28  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0791  RNA-binding S4 domain protein  52.85 
 
 		 133 aa  122  2e-27  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0330  RNA-binding S4 domain protein  53.33 
 
 		 135 aa  117  6e-26  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.0496107 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1959  RNA-binding S4 domain protein  51.94 
 
 		 167 aa  114  6.9999999999999995e-25  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0257024  normal  0.0767108 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2006  RNA-binding S4  52.1 
 
 		 142 aa  112  2.0000000000000002e-24  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.654471  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3977  RNA-binding S4  48.36 
 
 		 123 aa  112  2.0000000000000002e-24  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1231  RNA-binding S4 domain-containing protein  45.97 
 
 		 138 aa  110  5e-24  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.984155  normal  0.301013 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2515  RNA-binding S4 domain-containing protein  47.15 
 
 		 149 aa  110  7.000000000000001e-24  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.165462  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0884  RNA-binding S4 domain protein  47.5 
 
 		 125 aa  109  2.0000000000000002e-23  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2419  RNA-binding S4 domain-containing protein  47.97 
 
 		 139 aa  108  3e-23  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.676645  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2496  putative heat shock protein  48.48 
 
 		 137 aa  108  3e-23  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.416109 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1639  RNA-binding S4 domain-containing protein  46.88 
 
 		 141 aa  99  2e-20  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.290258 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02152  putative heat shock protein 15-like protein  40.74 
 
 		 176 aa  98.2  4e-20  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2075  RNA-binding S4 domain protein  47.5 
 
 		 134 aa  97.8  4e-20  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.142935  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1265  RNA-binding S4  45.31 
 
 		 131 aa  96.7  1e-19  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.22086 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1162  RNA-binding S4 domain protein  43.97 
 
 		 135 aa  95.9  2e-19  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1173  RNA-binding S4 domain-containing protein  39.37 
 
 		 136 aa  95.1  4e-19  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.116219 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0016  RNA-binding S4  45.9 
 
 		 125 aa  94.4  5e-19  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.10348  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0870  RNA-binding S4  44.19 
 
 		 132 aa  93.6  9e-19  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.774132  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2572  RNA-binding S4 domain-containing protein  47.06 
 
 		 153 aa  93.6  9e-19  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000329633 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0265  RNA-binding S4  41.86 
 
 		 135 aa  89.7  1e-17  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.293458 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1368  RNA-binding S4 domain protein  44.64 
 
 		 140 aa  89.7  1e-17  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1817  heat shock protein 15  42.96 
 
 		 141 aa  87.8  5e-17  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3625  putative heat shock protein  38.66 
 
 		 128 aa  86.7  1e-16  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.679676 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1468  RNA-binding S4  35.46 
 
 		 146 aa  86.7  1e-16  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.369867  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_2104  RNA-binding S4 domain protein  34.71 
 
 		 128 aa  86.7  1e-16  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0950  heat shock RNA-binding protein  36.17 
 
 		 146 aa  85.5  3e-16  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5939  putative heat shock protein  40.15 
 
 		 131 aa  83.6  9e-16  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2048  RNA-binding S4 domain protein  53.75 
 
 		 141 aa  83.2  0.000000000000001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2659  RNA-binding S4  40.83 
 
 		 130 aa  83.6  0.000000000000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.793293  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00599  heat shock protein  40.34 
 
 		 128 aa  82.4  0.000000000000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03954  heat shock protein 15  36.64 
 
 		 134 aa  82.4  0.000000000000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0574  RNA-binding S4  38.14 
 
 		 124 aa  82.8  0.000000000000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  hitchhiker  0.000000475662  unclonable  0.0000000209736 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0237  heat shock protein 15  39.68 
 
 		 135 aa  81.6  0.000000000000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0776  RNA-binding S4 domain-containing protein  37.9 
 
 		 142 aa  81.3  0.000000000000004  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.00252001  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_05160  heat shock protein implicated in 50S component recycling (S4 paralogue)  39.23 
 
 		 130 aa  81.6  0.000000000000004  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0946751  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0170  RNA-binding S4  41.32 
 
 		 135 aa  81.3  0.000000000000005  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.787324 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4962  RNA-binding S4 domain-containing protein  41.61 
 
 		 133 aa  81.3  0.000000000000005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00162426 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0275  RNA-binding S4 domain-containing protein  41.61 
 
 		 133 aa  81.3  0.000000000000005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.927393  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0119  RNA-binding S4  36.29 
 
 		 132 aa  80.9  0.000000000000006  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0359647  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3976  heat shock protein 15  38.52 
 
 		 135 aa  80.9  0.000000000000006  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0176  RNA-binding S4 domain-containing protein  38.52 
 
 		 135 aa  80.9  0.000000000000006  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.905823  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_68630  putative heat shock protein  38.81 
 
 		 131 aa  80.9  0.000000000000007  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3737  heat shock protein 15  38.52 
 
 		 135 aa  80.5  0.000000000000008  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0250  RNA-binding S4 domain protein  41.18 
 
 		 133 aa  80.1  0.00000000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0157296 
 
 
-
 
NC_002950  PG0165  heat shock protein 15  34.17 
 
 		 145 aa  80.1  0.00000000000001  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0164  heat shock protein 15  37.5 
 
 		 132 aa  79.7  0.00000000000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0265  RNA-binding S4 domain-containing protein  41.18 
 
 		 133 aa  80.1  0.00000000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.664213 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0365  RNA-binding S4 domain-containing protein  37.98 
 
 		 170 aa  79.7  0.00000000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0103  RNA-binding S4 domain-containing protein  38.02 
 
 		 132 aa  79.3  0.00000000000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2926  heat shock protein 15  41.48 
 
 		 133 aa  79.3  0.00000000000002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_26490  heat shock protein Hsp15  37.4 
 
 		 127 aa  77.4  0.00000000000006  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.468539  normal  0.352785 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3569  RNA-binding S4 domain-containing protein  38.02 
 
 		 132 aa  77.8  0.00000000000006  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0348447  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3752  RNA-binding S4 domain-containing protein  41.32 
 
 		 135 aa  77  0.00000000000008  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.456531  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0149  RNA-binding S4 domain-containing protein  37.19 
 
 		 132 aa  77  0.00000000000009  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.18465  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1769  S4 domain-containing protein  39.01 
 
 		 137 aa  77  0.0000000000001  Brucella suis 1330  Bacteria  hitchhiker  0.00186229  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1704  S4 domain-containing protein  37.41 
 
 		 133 aa  76.3  0.0000000000001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  unclonable  0.00000120647  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0149  RNA-binding S4 domain-containing protein  37.19 
 
 		 132 aa  77  0.0000000000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4615  RNA-binding S4 domain-containing protein  36.59 
 
 		 135 aa  75.5  0.0000000000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0154  RNA-binding S4 domain-containing protein  36.36 
 
 		 132 aa  75.1  0.0000000000003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.29084  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0167  heat shock protein 15  36.07 
 
 		 134 aa  75.1  0.0000000000003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0728996  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3816  RNA-binding S4 domain protein  40.15 
 
 		 134 aa  74.7  0.0000000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1642  RNA-binding S4  40 
 
 		 147 aa  75.1  0.0000000000004  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.605711  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5459  RNA-binding S4 domain protein  37.21 
 
 		 127 aa  75.1  0.0000000000004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.507195  normal  0.0728213 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0783  RNA-binding S4 domain protein  40.5 
 
 		 117 aa  74.7  0.0000000000004  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0249  RNA-binding S4 domain protein  36.29 
 
 		 137 aa  74.7  0.0000000000005  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0142  RNA-binding S4 domain-containing protein  34.38 
 
 		 132 aa  74.7  0.0000000000005  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0328  RNA-binding S4 domain protein  36.09 
 
 		 137 aa  74.7  0.0000000000005  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_00885  heat shock protein 15  36.67 
 
 		 125 aa  74.3  0.0000000000005  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.467007  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2308  hypothetical protein  37.82 
 
 		 127 aa  74.3  0.0000000000006  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0228  RNA-binding S4  37.07 
 
 		 138 aa  73.9  0.0000000000008  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1408  RNA-binding S4 domain protein  37.1 
 
 		 141 aa  73.2  0.000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4360  RNA-binding S4 domain-containing protein  36.09 
 
 		 132 aa  72.4  0.000000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3894  RNA-binding S4 domain protein  35.54 
 
 		 136 aa  72.4  0.000000000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>