221 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sden_0119 on replicon NC_007954
Organism: Shewanella denitrificans OS217



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007954  Sden_0119  RNA-binding S4  100 
 
 
132 aa  271  2.0000000000000002e-72  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0359647  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0103  RNA-binding S4 domain-containing protein  71.21 
 
 
132 aa  198  1.9999999999999998e-50  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0164  heat shock protein 15  70.45 
 
 
132 aa  195  2.0000000000000003e-49  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3569  RNA-binding S4 domain-containing protein  70.45 
 
 
132 aa  194  3e-49  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0348447  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0149  RNA-binding S4 domain-containing protein  70.99 
 
 
132 aa  193  8.000000000000001e-49  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.18465  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0149  RNA-binding S4 domain-containing protein  70.99 
 
 
132 aa  192  2e-48  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4736  RNA-binding S4 domain-containing protein  72.52 
 
 
132 aa  192  2e-48  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00728557  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0154  RNA-binding S4 domain-containing protein  70.99 
 
 
132 aa  191  3e-48  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.29084  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0151  RNA-binding S4 domain-containing protein  70.77 
 
 
132 aa  187  4e-47  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.245693 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0150  RNA-binding S4 domain protein  70.77 
 
 
132 aa  187  4e-47  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0147  RNA-binding S4 domain-containing protein  70.77 
 
 
132 aa  187  4e-47  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.834314  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0167  heat shock protein 15  73.33 
 
 
134 aa  184  2e-46  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0728996  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4208  RNA-binding S4 domain-containing protein  70 
 
 
132 aa  184  2e-46  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.513978  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4360  RNA-binding S4 domain-containing protein  67.94 
 
 
132 aa  182  1.0000000000000001e-45  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0142  RNA-binding S4 domain-containing protein  64.89 
 
 
132 aa  179  1e-44  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3621  RNA-binding S4 domain-containing protein  71.07 
 
 
130 aa  176  5.999999999999999e-44  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0308418  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4593  heat shock protein 15  57.58 
 
 
134 aa  159  9e-39  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00599  heat shock protein  59.35 
 
 
128 aa  154  5.0000000000000005e-37  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4071  RNA-binding S4 domain protein  57.72 
 
 
136 aa  153  1e-36  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3894  RNA-binding S4 domain protein  57.72 
 
 
136 aa  152  2e-36  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0328  RNA-binding S4 domain protein  55.91 
 
 
137 aa  151  2.9999999999999998e-36  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2926  heat shock protein 15  54.55 
 
 
133 aa  150  4e-36  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0176  RNA-binding S4 domain-containing protein  55.73 
 
 
135 aa  150  7e-36  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.905823  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3737  heat shock protein 15  55.73 
 
 
135 aa  150  7e-36  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3976  heat shock protein 15  55.73 
 
 
135 aa  150  7e-36  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03954  heat shock protein 15  53.08 
 
 
134 aa  149  8e-36  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0249  RNA-binding S4 domain protein  55.3 
 
 
137 aa  148  3e-35  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3696  ribosome-associated heat shock protein Hsp15  57.02 
 
 
133 aa  147  4e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3769  ribosome-associated heat shock protein Hsp15  57.02 
 
 
133 aa  147  6e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.594721  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3694  ribosome-associated heat shock protein Hsp15  57.02 
 
 
133 aa  147  6e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3866  ribosome-associated heat shock protein Hsp15  57.02 
 
 
133 aa  147  6e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.22781  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3803  ribosome-associated heat shock protein Hsp15  57.02 
 
 
133 aa  147  6e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0490537  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3813  ribosome-associated heat shock protein Hsp15  56.1 
 
 
133 aa  147  6e-35  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4615  RNA-binding S4 domain-containing protein  57.5 
 
 
135 aa  146  7e-35  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1649  heat shock protein 15  57.14 
 
 
136 aa  145  1.0000000000000001e-34  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0313  RNA-binding S4 domain protein  57.02 
 
 
133 aa  145  2.0000000000000003e-34  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3778  ribosome-associated heat shock protein Hsp15  57.02 
 
 
133 aa  145  2.0000000000000003e-34  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3678  ribosome-associated heat shock protein Hsp15  57.02 
 
 
133 aa  145  2.0000000000000003e-34  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.479283 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0313  ribosome-associated heat shock protein Hsp15  57.02 
 
 
133 aa  145  2.0000000000000003e-34  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.0933812 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3872  ribosome-associated heat shock protein Hsp15  57.02 
 
 
133 aa  145  2.0000000000000003e-34  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3596  ribosome-associated heat shock protein Hsp15  57.02 
 
 
133 aa  145  2.0000000000000003e-34  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0095  RNA-binding S4 domain-containing protein  59.35 
 
 
134 aa  145  2.0000000000000003e-34  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.273746  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4705  ribosome-associated heat shock protein Hsp15  57.02 
 
 
133 aa  145  2.0000000000000003e-34  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.39239  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2308  hypothetical protein  56.59 
 
 
127 aa  144  4.0000000000000006e-34  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03252  ribosome-associated heat shock protein Hsp15  56.2 
 
 
133 aa  142  2e-33  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03204  hypothetical protein  56.2 
 
 
133 aa  142  2e-33  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0228  RNA-binding S4  52.5 
 
 
138 aa  140  4e-33  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2659  RNA-binding S4  51.26 
 
 
130 aa  126  9.000000000000001e-29  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.793293  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0884  RNA-binding S4 domain protein  54.24 
 
 
125 aa  125  2.0000000000000002e-28  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3625  putative heat shock protein  50 
 
 
128 aa  122  1e-27  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.679676 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_05160  heat shock protein implicated in 50S component recycling (S4 paralogue)  49.22 
 
 
130 aa  123  1e-27  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0946751  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0776  RNA-binding S4 domain-containing protein  50.4 
 
 
142 aa  122  2e-27  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.00252001  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1468  RNA-binding S4  49.6 
 
 
146 aa  119  9.999999999999999e-27  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.369867  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0237  heat shock protein 15  48.46 
 
 
135 aa  118  3e-26  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0170  RNA-binding S4  48.82 
 
 
135 aa  117  3.9999999999999996e-26  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.787324 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0019  RNA-binding S4 domain-containing protein  48.39 
 
 
138 aa  117  6e-26  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.329407  normal  0.209211 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3752  RNA-binding S4 domain-containing protein  45.6 
 
 
135 aa  117  7e-26  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.456531  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1173  RNA-binding S4 domain-containing protein  46.51 
 
 
136 aa  115  1.9999999999999998e-25  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.116219 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0275  RNA-binding S4 domain-containing protein  44.44 
 
 
133 aa  114  6e-25  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.927393  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0265  RNA-binding S4  46.92 
 
 
135 aa  113  7.999999999999999e-25  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.293458 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0250  RNA-binding S4 domain protein  44.44 
 
 
133 aa  113  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.0157296 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0265  RNA-binding S4 domain-containing protein  44.44 
 
 
133 aa  113  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.664213 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4962  RNA-binding S4 domain-containing protein  45.24 
 
 
133 aa  112  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00162426 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0950  heat shock RNA-binding protein  47.2 
 
 
146 aa  112  2.0000000000000002e-24  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5939  putative heat shock protein  48.41 
 
 
131 aa  112  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_68630  putative heat shock protein  46.72 
 
 
131 aa  112  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001894  ribosome-associated heat shock protein  55.56 
 
 
100 aa  112  2.0000000000000002e-24  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0365  RNA-binding S4 domain-containing protein  47.5 
 
 
170 aa  111  4.0000000000000004e-24  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0870  RNA-binding S4  47.66 
 
 
132 aa  108  2.0000000000000002e-23  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.774132  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1162  RNA-binding S4 domain protein  48.76 
 
 
135 aa  105  2e-22  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2419  RNA-binding S4 domain-containing protein  44.96 
 
 
139 aa  103  8e-22  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.676645  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2006  RNA-binding S4  44.72 
 
 
142 aa  102  2e-21  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.654471  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3977  RNA-binding S4  44.17 
 
 
123 aa  100  5e-21  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1959  RNA-binding S4 domain protein  42.19 
 
 
167 aa  100  8e-21  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0257024  normal  0.0767108 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3698  RNA-binding S4 domain-containing protein  43.44 
 
 
130 aa  99.8  1e-20  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1817  heat shock protein 15  48.36 
 
 
141 aa  98.2  3e-20  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1265  RNA-binding S4  41.13 
 
 
131 aa  97.8  5e-20  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.22086 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1368  RNA-binding S4 domain protein  45.83 
 
 
140 aa  97.1  8e-20  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2515  RNA-binding S4 domain-containing protein  42.64 
 
 
149 aa  96.3  1e-19  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.165462  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1002  RNA-binding S4  40.62 
 
 
131 aa  96.7  1e-19  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.320344 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2640  RNA-binding S4  40.48 
 
 
141 aa  95.9  2e-19  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.414836  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0330  RNA-binding S4 domain protein  41.8 
 
 
135 aa  94.4  4e-19  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.0496107 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1231  RNA-binding S4 domain-containing protein  43.2 
 
 
138 aa  94.7  4e-19  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.984155  normal  0.301013 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02152  putative heat shock protein 15-like protein  42.06 
 
 
176 aa  93.2  1e-18  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0791  RNA-binding S4 domain protein  37.8 
 
 
133 aa  92  2e-18  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2876  RNA-binding S4 domain protein  38.17 
 
 
132 aa  92  2e-18  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2470  RNA-binding S4 domain protein  37.21 
 
 
132 aa  92  2e-18  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.264328  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1038  RNA-binding S4  40.95 
 
 
131 aa  89.7  1e-17  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1639  RNA-binding S4 domain-containing protein  49.41 
 
 
141 aa  89.7  1e-17  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.290258 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2496  putative heat shock protein  43.44 
 
 
137 aa  89  2e-17  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.416109 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2642  putative heat shock protein 15  36.43 
 
 
131 aa  88.6  3e-17  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.351064  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2048  RNA-binding S4 domain protein  42.34 
 
 
141 aa  87.8  5e-17  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2075  RNA-binding S4 domain protein  49.4 
 
 
134 aa  87  7e-17  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.142935  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0509  RNA-binding S4 protein  39.06 
 
 
134 aa  87  8e-17  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.916368  normal  0.173554 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2572  RNA-binding S4 domain-containing protein  40.15 
 
 
153 aa  86.3  1e-16  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000329633 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0574  RNA-binding S4  40.98 
 
 
124 aa  85.5  2e-16  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  hitchhiker  0.000000475662  unclonable  0.0000000209736 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0734  RNA-binding S4 domain protein  39.2 
 
 
135 aa  85.1  3e-16  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.20304  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0206  RNA-binding S4  38.98 
 
 
122 aa  84.7  4e-16  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2637  RNA-binding S4 domain-containing protein  36.29 
 
 
135 aa  84  7e-16  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0263  RNA-binding S4  37.9 
 
 
135 aa  83.6  9e-16  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.935864  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>