More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_3626 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011989  Avi_3626  hypothetical protein  100 
 
 
454 aa  910    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0712602  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3492  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  47.84 
 
 
491 aa  285  1.0000000000000001e-75  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0309662  normal  0.10805 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3197  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  38.72 
 
 
492 aa  275  1.0000000000000001e-72  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.508884  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2624  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  38.72 
 
 
453 aa  224  2e-57  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3168  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  37.73 
 
 
446 aa  190  5e-47  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1636  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  36.79 
 
 
448 aa  172  2e-41  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1692  hypothetical protein  39.18 
 
 
448 aa  171  3e-41  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1222  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  35.81 
 
 
456 aa  171  3e-41  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.633545  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2319  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  35.36 
 
 
412 aa  147  3e-34  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.074868  normal  0.706957 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0666  cell cycle protein  35.36 
 
 
412 aa  147  3e-34  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0689  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  35.52 
 
 
409 aa  142  1.9999999999999998e-32  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.544883  normal  0.119595 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0779  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  43 
 
 
377 aa  130  4.0000000000000003e-29  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0526339 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4334  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  40 
 
 
345 aa  129  7.000000000000001e-29  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.114566 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2362  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like  33.33 
 
 
430 aa  129  2.0000000000000002e-28  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.54755  normal  0.628106 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0565  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  32.11 
 
 
412 aa  127  3e-28  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3507  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like  42.16 
 
 
345 aa  126  6e-28  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.381977  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3637  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  36.72 
 
 
400 aa  126  7e-28  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.845838  normal  0.200954 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1114  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  32.8 
 
 
417 aa  125  2e-27  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0822323  normal  0.384948 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2125  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  33.97 
 
 
443 aa  121  3e-26  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.378443  normal  0.301003 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3082  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  43.88 
 
 
368 aa  121  3e-26  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2711  tRNA(Ile)-lysidine synthase  37.5 
 
 
371 aa  121  3e-26  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.658001  normal 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0878  cell cycle protein MesJ  25.83 
 
 
433 aa  116  6.9999999999999995e-25  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1316  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  43.32 
 
 
346 aa  115  1.0000000000000001e-24  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4744  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like  38.22 
 
 
346 aa  115  1.0000000000000001e-24  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.925373  normal 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_1097  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  25.19 
 
 
434 aa  114  4.0000000000000004e-24  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD1254  cell cycle protein MesJ, putative  27.78 
 
 
431 aa  110  7.000000000000001e-23  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6875  tRNA(Ile)-lysidine synthase  40.21 
 
 
358 aa  109  1e-22  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.487527  normal  0.0484276 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5490  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  42.39 
 
 
339 aa  108  3e-22  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0077  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like  39.69 
 
 
326 aa  107  5e-22  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0282  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  51.15 
 
 
344 aa  107  6e-22  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.271533  normal  0.0151148 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2413  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  32.53 
 
 
450 aa  107  6e-22  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5309  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  40.21 
 
 
347 aa  104  3e-21  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0294  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  37.89 
 
 
433 aa  103  4e-21  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.212762 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0978  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like  32.56 
 
 
422 aa  104  4e-21  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0172584  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4841  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  39.15 
 
 
342 aa  103  7e-21  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0339142  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4142  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like  42.93 
 
 
347 aa  102  2e-20  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1817  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like  42.86 
 
 
346 aa  101  3e-20  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.19753  normal  0.581265 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5387  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  40.84 
 
 
342 aa  101  3e-20  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1618  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  35.64 
 
 
524 aa  100  7e-20  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.0950801 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0365  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  34.55 
 
 
390 aa  98.6  2e-19  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1627  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  37.05 
 
 
335 aa  98.6  2e-19  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0079  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  32.86 
 
 
509 aa  99  2e-19  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2027  ketose-bisphosphate aldolase, class-II  36.16 
 
 
357 aa  97.4  4e-19  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.481135  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0071  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  33.33 
 
 
476 aa  96.7  7e-19  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0062  hypothetical protein  33.33 
 
 
476 aa  96.7  7e-19  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0058  cell cycle protein  33.33 
 
 
476 aa  96.7  7e-19  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0062  hypothetical protein  33.33 
 
 
476 aa  96.7  7e-19  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.223025  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0058  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  35.94 
 
 
476 aa  95.9  1e-18  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0058  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  32.39 
 
 
476 aa  95.9  1e-18  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0070  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  32.86 
 
 
476 aa  96.3  1e-18  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.278443  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0061  hypothetical protein  32.86 
 
 
476 aa  95.5  2e-18  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.625972  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0074  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  32.86 
 
 
476 aa  95.5  2e-18  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0125987  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0058  cell cycle protein  32.86 
 
 
476 aa  94.7  3e-18  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5246  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  32.86 
 
 
476 aa  94.7  3e-18  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.320432  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2087  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  36.16 
 
 
335 aa  94.4  4e-18  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.379803  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0167  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  49 
 
 
660 aa  94.4  4e-18  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2510  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  35.75 
 
 
319 aa  94  5e-18  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.336339  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1620  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  36.41 
 
 
390 aa  92.4  1e-17  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1097  PP-loop protein  32.78 
 
 
462 aa  92.4  1e-17  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.873661  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1004  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  33.33 
 
 
521 aa  92.8  1e-17  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.925519  normal  0.368038 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1598  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like protein  41.25 
 
 
284 aa  91.7  3e-17  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.331107 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2060  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  36.46 
 
 
471 aa  91.3  3e-17  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0862311  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0846  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  32.84 
 
 
469 aa  91.7  3e-17  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.00012547  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3087  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  37.67 
 
 
325 aa  89.7  9e-17  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4424  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  40.84 
 
 
455 aa  89  1e-16  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.706573 
 
 
-
 
NC_009044  PICST_31371  predicted protein  28.21 
 
 
484 aa  89.4  1e-16  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1551  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  30.88 
 
 
241 aa  87.8  3e-16  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000000725449 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0441  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  38.42 
 
 
321 aa  87.8  3e-16  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.226465  n/a   
 
 
-
 
NC_002620  TC0228  MesJ/Ycf62 family protein  29.41 
 
 
321 aa  87  6e-16  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  0.131932  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0086  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  36.89 
 
 
470 aa  87  6e-16  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1846  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  37.5 
 
 
388 aa  87  7e-16  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0104  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like  32.81 
 
 
455 aa  86.7  9e-16  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.192858  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3027  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  35.75 
 
 
486 aa  86.3  9e-16  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  decreased coverage  0.00722625  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1263  PP-loop  31.43 
 
 
420 aa  86.3  0.000000000000001  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1467  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  33.85 
 
 
338 aa  86.3  0.000000000000001  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.0235653 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01389  cell cycle protein MesJ  32.45 
 
 
441 aa  86.3  0.000000000000001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.683525  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3147  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  29.41 
 
 
442 aa  85.9  0.000000000000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8428  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  35.82 
 
 
358 aa  85.9  0.000000000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0258  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  34.59 
 
 
430 aa  85.1  0.000000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.380491  normal 
 
 
-
 
NC_002967  TDE1341  hypothetical protein  30.29 
 
 
460 aa  85.5  0.000000000000002  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.181704  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1179  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  34.24 
 
 
464 aa  84.7  0.000000000000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.34468  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0263  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  34.05 
 
 
430 aa  84.7  0.000000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.202307  normal  0.144292 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0831  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  36.56 
 
 
344 aa  84.7  0.000000000000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.209005  normal 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_4968  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  34.94 
 
 
334 aa  85.1  0.000000000000003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.295349 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1464  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  34.24 
 
 
464 aa  84.7  0.000000000000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.727377  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0869  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  23.25 
 
 
455 aa  85.1  0.000000000000003  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4748  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  42.48 
 
 
333 aa  84.3  0.000000000000004  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000165031 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0158  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  29.03 
 
 
457 aa  84  0.000000000000005  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.0865096  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0274  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  34.05 
 
 
430 aa  84  0.000000000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.433905  normal  0.237659 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0581  ATP/GTP hydrolase  26.2 
 
 
330 aa  83.6  0.000000000000006  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1208  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  35.35 
 
 
438 aa  83.6  0.000000000000007  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.429523  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0277  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  34.05 
 
 
430 aa  83.2  0.000000000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006055  Mfl673  lysidine synthetase  27.41 
 
 
398 aa  83.2  0.000000000000008  Mesoplasma florum L1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0258  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  34.05 
 
 
430 aa  83.2  0.000000000000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.921604  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1494  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like  40.74 
 
 
451 aa  83.2  0.000000000000009  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.763713  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1360  PP-loop  34.22 
 
 
445 aa  82.8  0.00000000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2861  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like  32.26 
 
 
326 aa  82.4  0.00000000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0544  hypothetical protein  29.3 
 
 
431 aa  82.8  0.00000000000001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  hitchhiker  0.000216418  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0228  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  31.82 
 
 
473 aa  82.8  0.00000000000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2323  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  31.73 
 
 
347 aa  82.4  0.00000000000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.368291  hitchhiker  0.0000894002 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>