More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Apar_0503 on replicon NC_013203
Organism: Atopobium parvulum DSM 20469



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013203  Apar_0503  L-serine dehydratase, iron-sulfur-dependent, alpha subunit  100 
 
 
549 aa  1112    Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  normal  0.742023 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_16320  L-serine dehydratase, iron-sulfur-dependent, alpha subunit/L-serine dehydratase, iron-sulfur-dependent, beta subunit  43.93 
 
 
552 aa  420  1e-116  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.280056  hitchhiker  0.00195001 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0952  L-serine dehydratase, iron-sulfur-dependent, alpha subunit  44.53 
 
 
536 aa  410  1e-113  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000235834 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_10070  L-serine dehydratase, iron-sulfur-dependent, alpha subunit/L-serine dehydratase, iron-sulfur-dependent, beta subunit  44.15 
 
 
541 aa  400  9.999999999999999e-111  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  hitchhiker  0.000332749  hitchhiker  0.0000000458611 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1459  L-serine dehydratase, iron-sulfur-dependent, alpha subunit  47.33 
 
 
292 aa  253  6e-66  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.00000185683  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1421  L-serine dehydratase, iron-sulfur-dependent, alpha subunit  49.46 
 
 
297 aa  237  3e-61  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0316402  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1331  L-serine dehydratase, iron-sulfur-dependent, alpha subunit  48.22 
 
 
296 aa  209  8e-53  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.742186  normal 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2643  L-serine dehydratase, iron-sulfur-dependent, alpha subunit  41.88 
 
 
293 aa  208  2e-52  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2854  L-serine ammonia-lyase  46.31 
 
 
304 aa  207  3e-52  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal  0.0174652 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3835  L-serine dehydratase, iron-sulfur-dependent, alpha subunit  45.99 
 
 
287 aa  207  5e-52  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.338413  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1253  L-serine dehydratase, iron-sulfur-dependent, alpha subunit  46.18 
 
 
294 aa  207  5e-52  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.987373  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2960  L-serine dehydratase, iron-sulfur-dependent, alpha subunit  41.88 
 
 
293 aa  207  5e-52  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1076  L-serine dehydratase, iron-sulfur-dependent, alpha subunit  43.6 
 
 
297 aa  206  1e-51  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.036098  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1966  L-serine dehydratase, iron-sulfur-dependent, alpha subunit  47.31 
 
 
294 aa  205  2e-51  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1058  L-serine dehydratase, iron-sulfur-dependent, alpha subunit  41.28 
 
 
292 aa  204  3e-51  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1625  L-serine dehydratase 1  30.48 
 
 
457 aa  199  1.0000000000000001e-49  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.701794  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2642  L-serine dehydratase, iron-sulfur-dependent, beta subunit  44.71 
 
 
226 aa  197  3e-49  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3617  L-serine ammonia-lyase  32.19 
 
 
458 aa  197  4.0000000000000005e-49  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0736152  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2834  L-serine dehydratase, iron-sulfur-dependent, alpha subunit  45.16 
 
 
290 aa  197  4.0000000000000005e-49  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1246  L-serine dehydratase, iron-sulfur-dependent, alpha subunit  42.29 
 
 
292 aa  196  6e-49  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0490782  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2959  L-serine dehydratase, iron-sulfur-dependent, beta subunit  44.71 
 
 
226 aa  197  6e-49  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4208  L-serine dehydratase, iron-sulfur-dependent, alpha subunit  45.52 
 
 
292 aa  196  9e-49  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4271  L-serine dehydratase, iron-sulfur-dependent, alpha subunit  45.52 
 
 
292 aa  196  9e-49  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2900  L-serine dehydratase 1  31.83 
 
 
458 aa  196  1e-48  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4247  L-serine dehydratase, iron-sulfur-dependent, alpha subunit  45.52 
 
 
292 aa  195  2e-48  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4046  L-serine dehydratase, iron-sulfur-dependent subunit alpha  45.52 
 
 
292 aa  195  2e-48  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3884  L-serine dehydratase, alpha subunit  45.52 
 
 
292 aa  195  2e-48  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4161  L-serine dehydratase, iron-sulfur-dependent, alpha subunit  45.52 
 
 
292 aa  195  2e-48  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2570  L-serine dehydratase 1  31.36 
 
 
458 aa  194  2e-48  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4360  L-serine dehydratase, iron-sulfur-dependent subunit alpha  45.52 
 
 
292 aa  195  2e-48  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0989  L-serine dehydratase, iron-sulfur-dependent, alpha subunit  45.52 
 
 
292 aa  195  2e-48  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3892  L-serine dehydratase, alpha subunit  45.39 
 
 
292 aa  194  3e-48  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3970  L-serine dehydratase, iron-sulfur-dependent, alpha subunit  45.16 
 
 
292 aa  194  4e-48  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1759  L-serine dehydratase, iron-sulfur-dependent, alpha subunit  43.71 
 
 
291 aa  194  4e-48  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3144  L-serine dehydratase, iron-sulfur-dependent, single chain form  30.84 
 
 
458 aa  193  6e-48  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1548  serine dehydratase alpha chain  31.86 
 
 
519 aa  193  6e-48  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  decreased coverage  0.00000153411  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6183  L-serine dehydratase 1  33.27 
 
 
457 aa  192  2e-47  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2711  L-serine dehydratase 1  31.19 
 
 
458 aa  191  2.9999999999999997e-47  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.468733 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3700  L-serine ammonia-lyase  31.87 
 
 
457 aa  190  5e-47  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG2146  L-serine dehydratase, iron-sulfur-dependent, alpha subunit  45.15 
 
 
290 aa  190  7e-47  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.284202  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0679  L-serine dehydratase 1  31.23 
 
 
460 aa  190  7e-47  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1460  L-serine dehydratase, iron-sulfur-dependent, beta subunit  43.46 
 
 
222 aa  189  1e-46  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.00000000717015  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2554  L-serine dehydratase, iron-sulfur-dependent, alpha subunit  43.21 
 
 
299 aa  188  2e-46  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2606  L-serine dehydratase, iron-sulfur-dependent, alpha subunit  43.21 
 
 
299 aa  188  2e-46  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1304  L-serine dehydratase 1  32.44 
 
 
476 aa  187  3e-46  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00039374  normal  0.309635 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6540  L-serine dehydratase 1  31.47 
 
 
459 aa  188  3e-46  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  hitchhiker  0.00743621  normal 
 
 
-
 
NC_008532  STER_1283  L-serine dehydratase alpha subunit  44.11 
 
 
289 aa  186  7e-46  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.199144  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4393  L-serine ammonia-lyase  31.2 
 
 
458 aa  186  8e-46  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.215998 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2838  L-serine ammonia-lyase  30.48 
 
 
458 aa  186  8e-46  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.947815  hitchhiker  0.0000107679 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1149  L-serine dehydratase 1  31.07 
 
 
499 aa  186  1.0000000000000001e-45  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1625  L-serine dehydratase 1  30.75 
 
 
458 aa  186  1.0000000000000001e-45  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0594859  normal  0.120267 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1946  L-serine dehydratase 1  30.15 
 
 
458 aa  185  2.0000000000000003e-45  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01946  L-serine dehydratase 1  30.84 
 
 
457 aa  185  2.0000000000000003e-45  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0568801  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3047  L-serine dehydratase 1  30.94 
 
 
460 aa  184  3e-45  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3067  L-serine dehydratase, iron-sulfur-dependent subunit alpha  45.56 
 
 
296 aa  182  1e-44  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.589265  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3307  L-serine dehydratase, iron-sulfur-dependent subunit alpha  45.56 
 
 
296 aa  182  1e-44  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.340076  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1195  L-serine dehydratase 1  32.28 
 
 
477 aa  182  2e-44  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.197277  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2892  L-serine dehydratase 1  32.18 
 
 
458 aa  181  2.9999999999999997e-44  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.14665  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1245  L-serine dehydratase, iron-sulfur-dependent, beta subunit  45.37 
 
 
226 aa  181  2.9999999999999997e-44  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0325404  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1725  L-serine ammonia-lyase  30.4 
 
 
458 aa  181  2.9999999999999997e-44  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.0395889 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0891  L-serine dehydratase 1  30.1 
 
 
455 aa  181  4e-44  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0393995  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_16330  L-serine ammonia-lyase, alpha subunit  41.25 
 
 
288 aa  181  4e-44  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  unclonable  1.59813e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0920  L-serine ammonia-lyase  29.71 
 
 
458 aa  180  5.999999999999999e-44  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1420  L-serine dehydratase, iron-sulfur-dependent, beta subunit  41.5 
 
 
222 aa  180  5.999999999999999e-44  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00485508  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02642  L-serine deaminase II  30.1 
 
 
455 aa  180  7e-44  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3075  L-serine ammonia-lyase 2  30.1 
 
 
455 aa  180  7e-44  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.260671  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02604  hypothetical protein  30.1 
 
 
455 aa  180  7e-44  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3102  L-serine dehydratase 2  30.1 
 
 
455 aa  180  7e-44  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2171  L-serine dehydratase 1  30.4 
 
 
458 aa  179  8e-44  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.633035  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6246  L-serine dehydratase 1  30.38 
 
 
455 aa  179  9e-44  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.187309  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1325  L-serine ammonia-lyase  29.83 
 
 
458 aa  179  9e-44  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.138393 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3591  L-serine dehydratase 1  30.54 
 
 
475 aa  179  1e-43  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_26040  L-serine dehydratase  31.02 
 
 
458 aa  179  1e-43  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1804  L-serine ammonia-lyase  30.21 
 
 
458 aa  179  1e-43  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.731285 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1806  L-serine dehydratase 1  29.45 
 
 
458 aa  179  1e-43  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0700873  normal  0.0255188 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2937  L-serine ammonia-lyase 2  30.1 
 
 
455 aa  179  1e-43  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.427341  normal 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_02760  L-serine ammonia-lyase  31.33 
 
 
472 aa  178  2e-43  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_16840  L-serine ammonia-lyase  40.14 
 
 
458 aa  178  2e-43  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.128912  normal  0.527215 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2913  L-serine dehydratase 1  31.65 
 
 
462 aa  178  2e-43  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1057  L-serine dehydratase, iron-sulfur-dependent, beta subunit  44.39 
 
 
226 aa  178  2e-43  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0142  L-serine dehydratase 1  31.65 
 
 
462 aa  178  2e-43  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2295  L-serine ammonia-lyase  30.21 
 
 
458 aa  178  2e-43  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002967  TDE1506  L-serine dehydratase, iron-sulfur-dependent, alpha subunit  45.19 
 
 
296 aa  177  3e-43  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.0178055  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2248  L-serine dehydratase 1  30.4 
 
 
458 aa  178  3e-43  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1886  L-serine dehydratase 1  31.46 
 
 
458 aa  177  3e-43  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0732731  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3620  L-serine dehydratase 1  39.79 
 
 
467 aa  178  3e-43  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.294532  normal  0.0574017 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2874  L-serine dehydratase 1  39.43 
 
 
457 aa  178  3e-43  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.30844  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0155  L-serine dehydratase 1  31.5 
 
 
462 aa  177  3e-43  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1538  L-serine dehydratase 1  28.98 
 
 
458 aa  177  4e-43  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00324731  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0098  L-serine dehydratase, iron-sulfur-dependent, alpha subunit  38.77 
 
 
291 aa  177  4e-43  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.000117533  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2941  L-serine ammonia-lyase  29.9 
 
 
455 aa  177  4e-43  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.73805  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0915  L-serine dehydratase 1  29.9 
 
 
455 aa  177  4e-43  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002976  SERP2094  L-serine dehydratase, iron-sulfur-dependent, alpha subunit  45.83 
 
 
299 aa  177  6e-43  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2402  L-serine dehydratase 1  30.19 
 
 
458 aa  177  6e-43  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000825911  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0329  L-serine dehydratase 1  39.73 
 
 
463 aa  177  6e-43  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3321  L-serine ammonia-lyase  31.46 
 
 
462 aa  177  7e-43  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0112  L-serine dehydratase 1  39.86 
 
 
462 aa  176  8e-43  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4061  L-serine ammonia-lyase 2  29.9 
 
 
455 aa  176  9e-43  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.830001  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0095  L-serine ammonia-lyase  39.86 
 
 
462 aa  176  9.999999999999999e-43  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_16340  L-serine ammonia-lyase, beta subunit  39.23 
 
 
218 aa  176  9.999999999999999e-43  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000548669  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>