81 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene YPK_0416 on replicon NC_010465
Organism: Yersinia pseudotuberculosis YPIII



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010465  YPK_0416  RbsD or FucU transport  100 
 
 		 167 aa  343  5e-94  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.844403  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0348  RbsD/FucU family transport protein  99.4 
 
 		 167 aa  342  2e-93  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1892  RbsD or FucU transport  37.67 
 
 		 154 aa  107  6e-23  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0561  D-ribose pyranase  37.4 
 
 		 131 aa  93.2  1e-18  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.000000181597  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2908  D-ribose pyranase  35.88 
 
 		 131 aa  88.6  3e-17  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.0315293 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0795  D-ribose pyranase  35.88 
 
 		 131 aa  87.4  7e-17  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00053897  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0734  D-ribose pyranase  35.11 
 
 		 131 aa  87  1e-16  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3331  D-ribose pyranase  38.28 
 
 		 132 aa  86.7  1e-16  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1883  D-ribose pyranase  32.03 
 
 		 131 aa  86.3  2e-16  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.000575417  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3964  D-ribose pyranase  32.35 
 
 		 139 aa  85.5  3e-16  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0723  D-ribose pyranase  34.85 
 
 		 131 aa  85.9  3e-16  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.86354e-26 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1602  D-ribose pyranase  32.03 
 
 		 131 aa  85.5  3e-16  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.000360977  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0666  D-ribose pyranase  34.85 
 
 		 131 aa  85.9  3e-16  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4264  D-ribose pyranase  32.35 
 
 		 139 aa  85.5  3e-16  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.172258  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0577  D-ribose pyranase  34.85 
 
 		 131 aa  85.9  3e-16  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0633  D-ribose pyranase  34.85 
 
 		 131 aa  85.9  3e-16  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4246  D-ribose pyranase  32.35 
 
 		 139 aa  85.5  3e-16  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00697666 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4116  D-ribose pyranase  32.35 
 
 		 143 aa  85.9  3e-16  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.197034 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4172  D-ribose pyranase  32.35 
 
 		 139 aa  85.5  3e-16  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4219  RbsD or FucU transport  32.35 
 
 		 139 aa  85.1  4e-16  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5184  D-ribose pyranase  32.35 
 
 		 139 aa  85.1  4e-16  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0516719  normal  0.987853 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0576  D-ribose pyranase  34.85 
 
 		 131 aa  84.7  5e-16  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4164  D-ribose pyranase  31.62 
 
 		 139 aa  84.3  6e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.564456  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4214  D-ribose pyranase  31.62 
 
 		 139 aa  84.3  6e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.629832  normal  0.747016 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0698  D-ribose pyranase  36.43 
 
 		 131 aa  84.7  6e-16  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0481903  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4093  D-ribose pyranase  31.62 
 
 		 139 aa  84.3  6e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4273  D-ribose pyranase  31.62 
 
 		 139 aa  84.3  6e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0580  D-ribose pyranase  35.61 
 
 		 131 aa  84  8e-16  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4108  D-ribose pyranase  31.62 
 
 		 139 aa  84  8e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.670746  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4640  D-ribose pyranase  34.38 
 
 		 131 aa  83.6  0.000000000000001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.239894  unclonable  1.85437e-26 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4116  D-ribose pyranase  32.35 
 
 		 139 aa  83.6  0.000000000000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.78189  normal  0.0146091 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000342  ribose ABC transport system high affinity permease RbsD  35.11 
 
 		 139 aa  82  0.000000000000003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0163  D-ribose pyranase  33.59 
 
 		 130 aa  81.3  0.000000000000005  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0340  D-ribose pyranase  35.38 
 
 		 138 aa  80.1  0.00000000000001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0223  D-ribose pyranase  32.86 
 
 		 139 aa  80.1  0.00000000000001  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.00424417  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2525  RbsD or FucU transport  36.72 
 
 		 130 aa  80.1  0.00000000000001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1372  D-ribose pyranase  32.82 
 
 		 139 aa  79.3  0.00000000000002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4641  D-ribose pyranase  37.59 
 
 		 132 aa  79.7  0.00000000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.323127  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2372  ribose ABC transporter protein  34.59 
 
 		 134 aa  79  0.00000000000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.12949  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4210  D-ribose pyranase  35.82 
 
 		 139 aa  79  0.00000000000003  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.768157  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0395  RbsD or FucU transport  36.23 
 
 		 151 aa  79  0.00000000000003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00469727  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0007  D-ribose pyranase  35.82 
 
 		 139 aa  79  0.00000000000003  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00677295  normal  0.894788 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0007  D-ribose pyranase  35.82 
 
 		 139 aa  79  0.00000000000003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0142466  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4901  D-ribose pyranase  35.29 
 
 		 139 aa  78.6  0.00000000000004  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0748188  hitchhiker  0.000152099 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0011  D-ribose pyranase  35.88 
 
 		 139 aa  78.6  0.00000000000004  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0920  RbsD or FucU transport  30.3 
 
 		 131 aa  77.4  0.00000000000008  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1961  D-ribose pyranase  33.33 
 
 		 132 aa  77.4  0.00000000000008  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.00175028  normal  0.0489349 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3487  D-ribose pyranase  31.82 
 
 		 132 aa  76.6  0.0000000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.472847  normal  0.114556 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1924  D-ribose pyranase  33.33 
 
 		 134 aa  76.6  0.0000000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.102223  normal  1 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1801  D-ribose pyranase  32.31 
 
 		 132 aa  76.6  0.0000000000001  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  hitchhiker  0.00217443  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2688  RbsD or FucU transport  30 
 
 		 135 aa  76.3  0.0000000000002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3978  D-ribose pyranase  32.35 
 
 		 139 aa  75.9  0.0000000000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.317743  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2459  D-ribose pyranase  31.82 
 
 		 132 aa  76.3  0.0000000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.710135  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3231  D-ribose pyranase  31.82 
 
 		 132 aa  76.3  0.0000000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.743433 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4201  D-ribose pyranase  37.31 
 
 		 130 aa  75.1  0.0000000000004  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2156  D-ribose pyranase  33.08 
 
 		 134 aa  75.1  0.0000000000005  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.000592417  normal  0.580313 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1791  D-ribose pyranase  30.37 
 
 		 135 aa  74.7  0.0000000000005  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0045208  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0260  D-ribose pyranase  28.03 
 
 		 134 aa  72.8  0.000000000002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0254  D-ribose pyranase  28.03 
 
 		 134 aa  72.8  0.000000000002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4175  D-ribose pyranase  30.88 
 
 		 139 aa  71.6  0.000000000005  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.228706  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06146  D-ribose pyranase  33.58 
 
 		 139 aa  71.6  0.000000000005  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1621  RbsD or FucU transport  35.16 
 
 		 130 aa  70.5  0.00000000001  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1041  D-ribose pyranase  28.91 
 
 		 131 aa  70.1  0.00000000001  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002976  SERP2101  D-ribose pyranase  27.91 
 
 		 134 aa  69.3  0.00000000002  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0117  D-ribose pyranase  31.01 
 
 		 132 aa  69.7  0.00000000002  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1403  RbsD  32.81 
 
 		 129 aa  69.3  0.00000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.130607 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0514  D-ribose pyranase  32.06 
 
 		 139 aa  69.3  0.00000000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4528  D-ribose pyranase  30.15 
 
 		 139 aa  68.6  0.00000000004  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0290987  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0950  D-ribose pyranase  35.16 
 
 		 129 aa  68.2  0.00000000005  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4238  D-ribose pyranase  29.41 
 
 		 139 aa  67.8  0.00000000006  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0753654  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1613  D-ribose pyranase  27.34 
 
 		 131 aa  67.8  0.00000000007  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.181987  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0405  D-ribose pyranase  28.12 
 
 		 131 aa  66.2  0.0000000002  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.0000120743  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2280  RbsD or FucU transport  31.06 
 
 		 131 aa  63.2  0.000000002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.797226  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1335  RbsD/FucU transport family protein  32.03 
 
 		 131 aa  56.6  0.0000002  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.548659 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09590  RbsD or FucU transport  26.06 
 
 		 139 aa  55.8  0.0000003  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_01090  ABC-type ribose transport system, auxiliary component  34.81 
 
 		 127 aa  53.5  0.000001  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2834  RbsD or FucU transport  28.74 
 
 		 139 aa  46.6  0.0001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.246472  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03576  hypothetical protein  38.3 
 
 		 52 aa  46.6  0.0002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1648  RbsD or FucU transport  28.74 
 
 		 139 aa  46.2  0.0002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.776589 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3570  RbsD or FucU transport  39.06 
 
 		 144 aa  45.1  0.0005  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.885747  decreased coverage  0.00511053 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3202  RbsD or FucU transport  26.61 
 
 		 129 aa  41.2  0.007  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0874902  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>