84 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rxyl_0950 on replicon NC_008148
Organism: Rubrobacter xylanophilus DSM 9941



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008148  Rxyl_0950  D-ribose pyranase  100 
 
 		 129 aa  254  2e-67  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1403  RbsD  66.67 
 
 		 129 aa  169  1e-41  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.130607 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4116  D-ribose pyranase  40.29 
 
 		 139 aa  126  8.000000000000001e-29  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.78189  normal  0.0146091 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4273  D-ribose pyranase  41.01 
 
 		 139 aa  124  5e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4164  D-ribose pyranase  41.01 
 
 		 139 aa  124  5e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.564456  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4214  D-ribose pyranase  41.01 
 
 		 139 aa  124  5e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.629832  normal  0.747016 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4093  D-ribose pyranase  41.01 
 
 		 139 aa  124  5e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4108  D-ribose pyranase  41.01 
 
 		 139 aa  124  6e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.670746  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3964  D-ribose pyranase  40.29 
 
 		 139 aa  122  2e-27  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4246  D-ribose pyranase  40.29 
 
 		 139 aa  122  2e-27  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00697666 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4116  D-ribose pyranase  40.29 
 
 		 143 aa  122  2e-27  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.197034 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4172  D-ribose pyranase  40.29 
 
 		 139 aa  122  2e-27  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5184  D-ribose pyranase  40.29 
 
 		 139 aa  121  3e-27  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0516719  normal  0.987853 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3331  D-ribose pyranase  45.04 
 
 		 132 aa  121  3e-27  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4264  D-ribose pyranase  40.29 
 
 		 139 aa  121  3e-27  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.172258  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4219  RbsD or FucU transport  40.29 
 
 		 139 aa  121  3e-27  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0561  D-ribose pyranase  42.75 
 
 		 131 aa  120  7e-27  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.000000181597  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1602  D-ribose pyranase  41.98 
 
 		 131 aa  118  3e-26  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.000360977  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1883  D-ribose pyranase  41.98 
 
 		 131 aa  118  3e-26  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.000575417  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0223  D-ribose pyranase  43.17 
 
 		 139 aa  116  9.999999999999999e-26  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.00424417  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0163  D-ribose pyranase  43.08 
 
 		 130 aa  115  1.9999999999999998e-25  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4901  D-ribose pyranase  41.01 
 
 		 139 aa  115  1.9999999999999998e-25  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0748188  hitchhiker  0.000152099 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0734  D-ribose pyranase  42.75 
 
 		 131 aa  115  1.9999999999999998e-25  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0795  D-ribose pyranase  41.98 
 
 		 131 aa  114  3e-25  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00053897  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0698  D-ribose pyranase  41.98 
 
 		 131 aa  114  3e-25  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0481903  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0580  D-ribose pyranase  43.51 
 
 		 131 aa  114  3e-25  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4640  D-ribose pyranase  41.98 
 
 		 131 aa  114  6e-25  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.239894  unclonable  1.85437e-26 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0666  D-ribose pyranase  41.98 
 
 		 131 aa  112  1.0000000000000001e-24  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0723  D-ribose pyranase  41.98 
 
 		 131 aa  112  1.0000000000000001e-24  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.86354e-26 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0577  D-ribose pyranase  41.98 
 
 		 131 aa  112  1.0000000000000001e-24  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0633  D-ribose pyranase  41.98 
 
 		 131 aa  112  1.0000000000000001e-24  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1041  D-ribose pyranase  42.75 
 
 		 131 aa  112  2.0000000000000002e-24  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0576  D-ribose pyranase  41.98 
 
 		 131 aa  112  2.0000000000000002e-24  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0117  D-ribose pyranase  43.85 
 
 		 132 aa  112  2.0000000000000002e-24  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1335  RbsD/FucU transport family protein  48.48 
 
 		 131 aa  110  7.000000000000001e-24  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.548659 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3978  D-ribose pyranase  39.57 
 
 		 139 aa  110  7.000000000000001e-24  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.317743  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0405  D-ribose pyranase  39.69 
 
 		 131 aa  109  1.0000000000000001e-23  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.0000120743  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06146  D-ribose pyranase  40.29 
 
 		 139 aa  108  2.0000000000000002e-23  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4175  D-ribose pyranase  38.85 
 
 		 139 aa  108  3e-23  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.228706  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1372  D-ribose pyranase  37.41 
 
 		 139 aa  107  4.0000000000000004e-23  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4528  D-ribose pyranase  38.85 
 
 		 139 aa  107  4.0000000000000004e-23  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0290987  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4238  D-ribose pyranase  38.13 
 
 		 139 aa  107  6e-23  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0753654  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0007  D-ribose pyranase  38.13 
 
 		 139 aa  106  1e-22  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0142466  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4641  D-ribose pyranase  48.15 
 
 		 132 aa  106  1e-22  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.323127  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1801  D-ribose pyranase  43.85 
 
 		 132 aa  106  1e-22  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  hitchhiker  0.00217443  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4210  D-ribose pyranase  38.13 
 
 		 139 aa  106  1e-22  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.768157  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0007  D-ribose pyranase  38.13 
 
 		 139 aa  106  1e-22  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00677295  normal  0.894788 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2688  RbsD or FucU transport  37.78 
 
 		 135 aa  105  2e-22  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000342  ribose ABC transport system high affinity permease RbsD  38.85 
 
 		 139 aa  105  2e-22  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0340  D-ribose pyranase  39.57 
 
 		 138 aa  105  2e-22  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2525  RbsD or FucU transport  45.38 
 
 		 130 aa  104  3e-22  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1613  D-ribose pyranase  38.17 
 
 		 131 aa  103  7e-22  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.181987  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1621  RbsD or FucU transport  41.98 
 
 		 130 aa  103  1e-21  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1791  D-ribose pyranase  42.22 
 
 		 135 aa  102  1e-21  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0045208  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0011  D-ribose pyranase  38.13 
 
 		 139 aa  102  2e-21  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0920  RbsD or FucU transport  38.93 
 
 		 131 aa  101  3e-21  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2280  RbsD or FucU transport  45.38 
 
 		 131 aa  100  1e-20  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.797226  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_01090  ABC-type ribose transport system, auxiliary component  50.39 
 
 		 127 aa  99  2e-20  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0514  D-ribose pyranase  38.85 
 
 		 139 aa  98.6  2e-20  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2156  D-ribose pyranase  38.81 
 
 		 134 aa  97.8  4e-20  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.000592417  normal  0.580313 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2372  ribose ABC transporter protein  38.81 
 
 		 134 aa  97.4  5e-20  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.12949  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1961  D-ribose pyranase  42.42 
 
 		 132 aa  97.1  8e-20  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.00175028  normal  0.0489349 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4201  D-ribose pyranase  48.51 
 
 		 130 aa  95.5  2e-19  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002976  SERP2101  D-ribose pyranase  35.07 
 
 		 134 aa  95.5  2e-19  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3487  D-ribose pyranase  41.67 
 
 		 132 aa  94.7  3e-19  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.472847  normal  0.114556 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1892  RbsD or FucU transport  43.08 
 
 		 154 aa  94.7  3e-19  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2459  D-ribose pyranase  41.67 
 
 		 132 aa  94.4  5e-19  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.710135  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3231  D-ribose pyranase  41.67 
 
 		 132 aa  94.4  5e-19  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.743433 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1924  D-ribose pyranase  38.06 
 
 		 134 aa  92.8  1e-18  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.102223  normal  1 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0260  D-ribose pyranase  34.04 
 
 		 134 aa  88.2  4e-17  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0254  D-ribose pyranase  34.04 
 
 		 134 aa  88.2  4e-17  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2908  D-ribose pyranase  42.75 
 
 		 131 aa  86.7  9e-17  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.0315293 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3202  RbsD or FucU transport  37.21 
 
 		 129 aa  73.2  0.000000000001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0874902  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0395  RbsD or FucU transport  31.5 
 
 		 151 aa  70.9  0.000000000006  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00469727  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03576  hypothetical protein  52.94 
 
 		 52 aa  68.6  0.00000000003  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0416  RbsD or FucU transport  35.16 
 
 		 167 aa  68.2  0.00000000003  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.844403  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0348  RbsD/FucU family transport protein  35.16 
 
 		 167 aa  68.2  0.00000000004  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3642  RbsD or FucU transport  31.11 
 
 		 144 aa  56.6  0.0000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0675148  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1648  RbsD or FucU transport  27.41 
 
 		 139 aa  45.4  0.0003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.776589 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3570  RbsD or FucU transport  33.09 
 
 		 144 aa  43.9  0.0008  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.885747  decreased coverage  0.00511053 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5973  hypothetical protein  30.94 
 
 		 143 aa  43.5  0.0009  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6095  hypothetical protein  30.15 
 
 		 141 aa  42.4  0.002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.282205  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2834  RbsD or FucU transport  26.67 
 
 		 139 aa  40.8  0.006  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.246472  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2211  RbsD or FucU transport  30.71 
 
 		 148 aa  40.4  0.009  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>