63 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_4419 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_4419  RNA 3'-phosphate cyclase  100 
 
 		 345 aa  687    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.65094  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0680  RNA 3'-phosphate cyclase  65.22 
 
 		 347 aa  462  1e-129  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1474  RNA-3'-phosphate cyclase  54.83 
 
 		 352 aa  349  5e-95  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.155549 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0499  RNA-3'-phosphate cyclase  55.29 
 
 		 365 aa  332  5e-90  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0226  RNA 3'-terminal-phosphate cyclase  53.08 
 
 		 347 aa  319  5e-86  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0294  RNA 3'-phosphate cyclase  50.29 
 
 		 338 aa  314  9.999999999999999e-85  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4728  RNA 3'-terminal-phosphate cyclase  50.29 
 
 		 342 aa  313  3.9999999999999997e-84  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03271  RNA 3'-terminal-phosphate cyclase  50.29 
 
 		 338 aa  311  9e-84  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00246533  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0294  RNA 3'-terminal-phosphate cyclase  50.29 
 
 		 338 aa  311  9e-84  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.94895 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3617  RNA 3'-terminal-phosphate cyclase  50.29 
 
 		 338 aa  311  9e-84  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03223  hypothetical protein  50.29 
 
 		 338 aa  311  9e-84  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00131681  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3800  RNA 3'-terminal-phosphate cyclase  50 
 
 		 338 aa  308  1.0000000000000001e-82  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3700  RNA 3'-terminal-phosphate cyclase  50.29 
 
 		 338 aa  306  3e-82  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0886189 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3895  RNA 3'-terminal-phosphate cyclase  49.71 
 
 		 338 aa  305  6e-82  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2836  RNA 3'-terminal-phosphate cyclase  50.45 
 
 		 342 aa  303  3.0000000000000004e-81  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1272  RNA-3'-phosphate cyclase  49.56 
 
 		 355 aa  301  8.000000000000001e-81  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1191  RNA 3'-terminal-phosphate cyclase  48.5 
 
 		 341 aa  297  2e-79  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.826396  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3719  RNA 3'-terminal-phosphate cyclase  49.85 
 
 		 344 aa  296  3e-79  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3826  RNA 3'-terminal-phosphate cyclase  50 
 
 		 353 aa  293  3e-78  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1948  RNA 3'-terminal-phosphate cyclase  51.38 
 
 		 342 aa  293  4e-78  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_60670  RNA 3'-terminal-phosphate cyclase  49.7 
 
 		 341 aa  291  1e-77  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2542  RNA 3'-terminal-phosphate cyclase  46.99 
 
 		 352 aa  272  8.000000000000001e-72  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.615602  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2495  RNA 3'-terminal-phosphate cyclase  50.9 
 
 		 341 aa  268  1e-70  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0236  RNA 3'-phosphate cyclase  45.75 
 
 		 342 aa  267  2e-70  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1665  RNA-3'-phosphate cyclase  42.9 
 
 		 343 aa  244  9.999999999999999e-64  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1212  RNA 3'-terminal-phosphate cyclase  41.42 
 
 		 361 aa  213  2.9999999999999995e-54  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2819  RNA 3'-phosphate cyclase  41.03 
 
 		 350 aa  212  7e-54  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3770  RNA 3'-terminal-phosphate cyclase  40.35 
 
 		 348 aa  211  1e-53  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.47166  normal  0.173053 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1393  RNA 3'-phosphate cyclase  40.97 
 
 		 350 aa  211  1e-53  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.200418 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1826  RNA 3'-terminal-phosphate cyclase  39.46 
 
 		 350 aa  207  2e-52  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1692  RNA 3'-phosphate cyclase  42.31 
 
 		 348 aa  206  4e-52  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2180  RNA 3'-phosphate cyclase  42.82 
 
 		 371 aa  201  9.999999999999999e-51  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.124299  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_2009  RNA 3'-terminal-phosphate cyclase  38.58 
 
 		 347 aa  200  3.9999999999999996e-50  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.0833015 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2128  RNA-3'-phosphate cyclase  40.86 
 
 		 374 aa  199  7e-50  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.364788  normal  0.0808055 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2269  RNA 3'-phosphate cyclase  41.94 
 
 		 371 aa  195  8.000000000000001e-49  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0625699  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1676  RNA-3'-phosphate cyclase  41.64 
 
 		 371 aa  194  1e-48  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0917  RNA 3'-terminal-phosphate cyclase  38.42 
 
 		 347 aa  193  3e-48  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  0.373275  normal  0.0341505 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0003  RNA 3'-terminal-phosphate cyclase  37.31 
 
 		 337 aa  187  2e-46  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.382529  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0295  RNA 3'-terminal-phosphate cyclase  37.46 
 
 		 354 aa  186  4e-46  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  hitchhiker  0.00707638  normal  0.0740003 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0753  RNA 3'-terminal-phosphate cyclase  35.99 
 
 		 348 aa  186  4e-46  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  0.406999 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_2210  RNA 3'-terminal-phosphate cyclase  36.31 
 
 		 348 aa  186  7e-46  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.098436  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2158  RNA 3'-terminal-phosphate cyclase  37.32 
 
 		 353 aa  182  7e-45  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.164943  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0249  RNA 3'-phosphate cyclase  34.62 
 
 		 337 aa  181  2e-44  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1766  RNA 3'-terminal-phosphate cyclase  31.88 
 
 		 331 aa  180  2.9999999999999997e-44  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0789  RNA 3'-phosphate cyclase  33.44 
 
 		 326 aa  177  2e-43  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0961  RNA 3'-terminal-phosphate cyclase  34.68 
 
 		 331 aa  177  2e-43  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0241  RNA 3'-terminal-phosphate cyclase  30.68 
 
 		 337 aa  170  3e-41  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1672  RNA 3'-terminal-phosphate cyclase  29.73 
 
 		 337 aa  167  2.9999999999999998e-40  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0956  RNA 3'-terminal-phosphate cyclase  30.03 
 
 		 337 aa  166  8e-40  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.107873  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1458  RNA 3'-terminal-phosphate cyclase  29.33 
 
 		 339 aa  159  7e-38  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0600  RNA 3'-terminal-phosphate cyclase  34.63 
 
 		 334 aa  159  8e-38  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1545  RNA 3'-terminal-phosphate cyclase  28.32 
 
 		 338 aa  158  1e-37  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0217  RNA-3'-phosphate cyclase  32.95 
 
 		 349 aa  156  5.0000000000000005e-37  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0239  RNA 3'-phosphate cyclase  36.01 
 
 		 361 aa  155  7e-37  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0274  RNA-3'-phosphate cyclase  33.03 
 
 		 328 aa  154  2e-36  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  hitchhiker  0.000429102  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1291  RNA 3'-phosphate cyclase  33.61 
 
 		 372 aa  152  1e-35  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1143  RNA-3'-phosphate cyclase  31.91 
 
 		 364 aa  151  2e-35  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2696  RNA 3'-phosphate cyclase  32.24 
 
 		 328 aa  146  5e-34  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.949797  normal  1 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3216  RNA 3'-phosphate cyclase  32.21 
 
 		 384 aa  145  8.000000000000001e-34  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1733  RNA-3'-phosphate cyclase  25.5 
 
 		 338 aa  141  1.9999999999999998e-32  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.254233 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2572  RNA 3'-terminal-phosphate cyclase  31.82 
 
 		 339 aa  140  1.9999999999999998e-32  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.728115  n/a   
 
 
-
 
NC_011669  PHATRDRAFT_42732  predicted protein  32.3 
 
 		 408 aa  130  3e-29  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.672427  n/a   
 
 
-
 
BN001304  ANIA_07762  RNA 3'-terminal phosphate cyclase, putative (AFU_orthologue; AFUA_5G07640)  35.29 
 
 		 458 aa  89.4  8e-17  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  0.056865 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>