142 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_1404 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_1404  DNA repair protein RecO  100 
 
 		 257 aa  513  1.0000000000000001e-145  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3633  DNA repair protein RecO  64.45 
 
 		 249 aa  317  2e-85  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3059  DNA repair protein RecO  64.45 
 
 		 249 aa  315  4e-85  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.763582  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1198  DNA repair protein RecO  65.02 
 
 		 260 aa  302  4.0000000000000003e-81  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.456888  decreased coverage  0.00478766 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1751  DNA repair protein RecO  67.19 
 
 		 251 aa  292  3e-78  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  hitchhiker  0.00839209  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3265  DNA repair protein RecO  67.05 
 
 		 262 aa  288  4e-77  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.0405649 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2618  DNA repair protein RecO  66.67 
 
 		 262 aa  287  1e-76  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5259  DNA repair protein RecO  63.36 
 
 		 256 aa  271  7e-72  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2343  DNA repair protein RecO  65.65 
 
 		 254 aa  270  2e-71  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.89674  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0652  DNA replication and repair protein RecO  51.76 
 
 		 274 aa  217  1e-55  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.10662  normal  0.394042 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0596  DNA repair protein RecO  48.02 
 
 		 256 aa  186  3e-46  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00201329 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0843  DNA repair protein RecO  43.02 
 
 		 336 aa  186  4e-46  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.236883  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1065  DNA repair protein RecO  44.19 
 
 		 272 aa  184  1.0000000000000001e-45  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0820208  normal  0.0227401 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2897  DNA repair protein RecO  42.25 
 
 		 309 aa  182  5.0000000000000004e-45  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.64605  normal  0.158668 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1087  DNA repair protein RecO  42.25 
 
 		 306 aa  179  2.9999999999999997e-44  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2310  DNA repair protein RecO  41.83 
 
 		 252 aa  176  4e-43  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0770241  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0995  DNA repair protein RecO  42.97 
 
 		 273 aa  176  5e-43  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.212682  normal  0.0801733 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0930  DNA repair protein RecO  42.64 
 
 		 273 aa  173  2.9999999999999996e-42  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.133285  normal  0.103629 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0408  DNA repair protein RecO  39.53 
 
 		 244 aa  167  2e-40  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2168  DNA repair protein RecO  41.27 
 
 		 278 aa  166  4e-40  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.239438  normal  0.196545 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1012  DNA repair protein RecO  40.55 
 
 		 279 aa  165  5e-40  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.39895  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1016  DNA repair protein RecO  40.55 
 
 		 279 aa  165  5e-40  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4248  DNA repair protein RecO  40.94 
 
 		 278 aa  165  6.9999999999999995e-40  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2464  DNA repair protein RecO  41.27 
 
 		 275 aa  164  9e-40  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2817  DNA repair protein RecO  41.27 
 
 		 275 aa  164  9e-40  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2777  DNA repair protein RecO  41.27 
 
 		 275 aa  164  9e-40  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2838  DNA repair protein RecO  41.27 
 
 		 275 aa  164  9e-40  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1787  DNA repair protein RecO  41.27 
 
 		 275 aa  164  9e-40  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.806002  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0545  DNA repair protein RecO  41.27 
 
 		 286 aa  164  1.0000000000000001e-39  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2893  DNA repair protein RecO  41.27 
 
 		 286 aa  164  1.0000000000000001e-39  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0415  DNA repair protein RecO  38.43 
 
 		 244 aa  163  2.0000000000000002e-39  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2250  DNA repair protein RecO  39.45 
 
 		 291 aa  161  1e-38  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0656  DNA repair protein RecO  39.76 
 
 		 278 aa  161  1e-38  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1136  DNA repair protein RecO  39.76 
 
 		 278 aa  161  1e-38  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1094  DNA repair protein RecO  39.76 
 
 		 278 aa  161  1e-38  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1732  DNA repair protein RecO  39.76 
 
 		 286 aa  159  6e-38  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.467987  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2031  DNA repair protein RecO  38.98 
 
 		 242 aa  155  4e-37  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0971735  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2084  DNA repair protein RecO  41.44 
 
 		 256 aa  156  4e-37  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.987652  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1757  DNA repair protein RecO  39.15 
 
 		 242 aa  152  5e-36  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.108646  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2416  DNA repair protein RecO  37.65 
 
 		 298 aa  152  5e-36  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.254827 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0866  DNA repair protein RecO  38.74 
 
 		 244 aa  137  1e-31  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.0186156 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1010  DNA repair protein RecO  38.74 
 
 		 244 aa  137  1e-31  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.028746 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0032  DNA repair protein RecO  35.18 
 
 		 234 aa  116  3.9999999999999997e-25  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1461  DNA repair protein RecO  35.22 
 
 		 242 aa  112  4.0000000000000004e-24  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0483  DNA repair protein  32.94 
 
 		 231 aa  112  4.0000000000000004e-24  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1684  DNA repair protein RecO  31.89 
 
 		 234 aa  112  4.0000000000000004e-24  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2957  DNA repair protein RecO  44.37 
 
 		 242 aa  108  8.000000000000001e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.118345  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2930  DNA repair protein RecO  32.53 
 
 		 242 aa  107  2e-22  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.4363  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2741  DNA repair protein RecO  43.66 
 
 		 242 aa  107  3e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.184755  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2782  DNA repair protein RecO  43.66 
 
 		 242 aa  107  3e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2845  DNA repair protein RecO  43.66 
 
 		 242 aa  107  3e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.316896  normal  0.789708 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2822  DNA repair protein RecO  43.66 
 
 		 242 aa  107  3e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2720  DNA repair protein RecO  32.53 
 
 		 242 aa  106  3e-22  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2851  DNA repair protein RecO  32.53 
 
 		 242 aa  106  3e-22  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.315219  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2718  DNA repair protein RecO  32.53 
 
 		 242 aa  106  3e-22  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.888529  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02459  DNA repair protein RecO  32.53 
 
 		 242 aa  106  4e-22  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1103  DNA repair protein RecO  32.53 
 
 		 242 aa  106  4e-22  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0298375  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3801  DNA repair protein RecO  32.53 
 
 		 242 aa  106  4e-22  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02423  hypothetical protein  32.53 
 
 		 242 aa  106  4e-22  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1112  DNA repair protein RecO  32.53 
 
 		 242 aa  106  4e-22  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3052  DNA repair protein RecO  42.96 
 
 		 236 aa  104  1e-21  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.259313  normal  0.0268872 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3667  DNA repair protein RecO  42.36 
 
 		 243 aa  102  4e-21  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3110  DNA repair protein RecO  36.52 
 
 		 236 aa  99.8  4e-20  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0026851  normal  0.0227356 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2243  DNA repair protein RecO  40.83 
 
 		 246 aa  99.8  4e-20  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1203  DNA repair protein RecO  36.52 
 
 		 236 aa  99.8  4e-20  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0374149  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01719  DNA repair protein RecO  32.03 
 
 		 240 aa  99.4  6e-20  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.748158  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1280  DNA repair protein RecO  36.52 
 
 		 236 aa  99.4  6e-20  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.588723  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1161  DNA repair protein RecO  37.08 
 
 		 236 aa  98.6  9e-20  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.218287  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1247  DNA repair protein RecO  35.96 
 
 		 236 aa  98.6  9e-20  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00802629  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2523  DNA repair protein RecO  38.73 
 
 		 238 aa  98.2  1e-19  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0679966  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0794  recombination protein O, RecO  35.97 
 
 		 246 aa  98.2  1e-19  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3069  DNA repair protein RecO  31.17 
 
 		 245 aa  97.8  2e-19  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.380225  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1206  DNA repair protein RecO  30.43 
 
 		 245 aa  97.1  3e-19  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2783  DNA repair protein RecO  41.55 
 
 		 244 aa  95.9  5e-19  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1138  DNA repair protein RecO  40.14 
 
 		 241 aa  95.5  7e-19  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.146606  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3613  DNA repair protein RecO  40.14 
 
 		 241 aa  95.5  7e-19  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1191  DNA repair protein RecO  40.14 
 
 		 241 aa  95.5  7e-19  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3710  DNA repair protein RecO  32.64 
 
 		 240 aa  95.1  1e-18  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2037  DNA repair protein RecO  36.84 
 
 		 241 aa  94.7  1e-18  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1070  DNA repair protein RecO  40.14 
 
 		 244 aa  93.2  3e-18  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03405  DNA repair protein RecO  33.33 
 
 		 234 aa  93.6  3e-18  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002499  DNA recombination and repair protein RecO  40.85 
 
 		 243 aa  93.2  4e-18  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1150  DNA repair protein RecO  33.14 
 
 		 226 aa  91.7  9e-18  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.674395  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2764  DNA repair protein RecO  36.31 
 
 		 240 aa  91.3  2e-17  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.165076  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1349  DNA repair protein RecO  35.36 
 
 		 247 aa  90.1  3e-17  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.170679  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1245  DNA repair protein RecO  31.58 
 
 		 228 aa  90.1  3e-17  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000428511  unclonable  0.0000000123287 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1386  DNA repair protein RecO  31.02 
 
 		 241 aa  89.7  4e-17  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.810395  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3024  DNA repair protein RecO  33.89 
 
 		 233 aa  89  7e-17  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.179108  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1350  DNA repair protein RecO  33.89 
 
 		 233 aa  88.6  1e-16  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1377  DNA repair protein RecO  30.49 
 
 		 243 aa  88.6  1e-16  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2846  DNA repair protein RecO  33.33 
 
 		 233 aa  87  2e-16  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.403823  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2928  DNA repair protein RecO  33.89 
 
 		 233 aa  87.4  2e-16  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0996  DNA repair protein RecO  29.37 
 
 		 229 aa  86.7  3e-16  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0594947 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0882  DNA repair protein RecO  35.48 
 
 		 224 aa  85.9  5e-16  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.200966 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2973  DNA repair protein RecO  31.5 
 
 		 239 aa  85.9  5e-16  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.318586  hitchhiker  0.00228518 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1633  DNA repair protein RecO  31.08 
 
 		 234 aa  85.9  6e-16  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.183624  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1056  DNA repair protein RecO  32.57 
 
 		 231 aa  83.6  0.000000000000003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1446  DNA repair protein RecO  30.52 
 
 		 243 aa  83.6  0.000000000000003  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.817511  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_54300  DNA repair protein RecO  30.99 
 
 		 233 aa  82  0.000000000000008  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4747  DNA repair protein RecO  35.29 
 
 		 233 aa  81.6  0.00000000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.539187  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>