243 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_4278 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
CP001509  ECD_03841  phosphoenolpyruvate carboxylase  56.42 
 
 		 883 aa  970    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4030  Phosphoenolpyruvate carboxylase  56.42 
 
 		 883 aa  971    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1505  phosphoenolpyruvate carboxylase  55.25 
 
 		 875 aa  892    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0274  phosphoenolpyruvate carboxylase  83.09 
 
 		 881 aa  1503    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1508  phosphoenolpyruvate carboxylase  54.75 
 
 		 878 aa  901    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5416  phosphoenolpyruvate carboxylase  56.42 
 
 		 883 aa  970    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4329  phosphoenolpyruvate carboxylase  56.43 
 
 		 883 aa  976    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4217  phosphoenolpyruvate carboxylase  55.25 
 
 		 875 aa  894    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.638207  normal  0.736372 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1318  phosphoenolpyruvate carboxylase  54.75 
 
 		 878 aa  901    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0969534  hitchhiker  0.00571873 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4091  phosphoenolpyruvate carboxylase  57.37 
 
 		 878 aa  998    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4096  phosphoenolpyruvate carboxylase  83.31 
 
 		 889 aa  1514    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002310  phosphoenolpyruvate carboxylase  57.22 
 
 		 877 aa  1025    Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4450  phosphoenolpyruvate carboxylase  56.32 
 
 		 883 aa  974    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.0357723 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00742  phosphoenolpyruvate carboxylase  52.57 
 
 		 873 aa  918    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.00719358  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3900  phosphoenolpyruvate carboxylase  57.37 
 
 		 898 aa  999    Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1069  phosphoenolpyruvate carboxylase  55.22 
 
 		 876 aa  887    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0757254 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0327  phosphoenolpyruvate carboxylase  92.37 
 
 		 878 aa  1661    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.95477 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0125  phosphoenolpyruvate carboxylase  57.37 
 
 		 878 aa  998    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4360  phosphoenolpyruvate carboxylase  56.32 
 
 		 912 aa  974    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4495  phosphoenolpyruvate carboxylase  56.42 
 
 		 883 aa  970    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.305581  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4524  phosphoenolpyruvate carboxylase  56.32 
 
 		 883 aa  974    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000189502 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2754  phosphoenolpyruvate carboxylase  56.04 
 
 		 876 aa  1001    Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4190  phosphoenolpyruvate carboxylase  56.42 
 
 		 883 aa  970    Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3380  phosphoenolpyruvate carboxylase  51.65 
 
 		 873 aa  852    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.0000188284  normal  0.443016 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4112  phosphoenolpyruvate carboxylase  55.43 
 
 		 875 aa  892    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.685624  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0248  phosphoenolpyruvate carboxylase  80.82 
 
 		 887 aa  1459    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1640  phosphoenolpyruvate carboxylase  53.12 
 
 		 883 aa  878    Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  decreased coverage  0.00188681  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4214  phosphoenolpyruvate carboxylase  83.09 
 
 		 889 aa  1509    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4350  phosphoenolpyruvate carboxylase  58.32 
 
 		 879 aa  1009    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0225  phosphoenolpyruvate carboxylase  85.19 
 
 		 878 aa  1524    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0606  phosphoenolpyruvate carboxylase  53.66 
 
 		 872 aa  919    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  decreased coverage  0.00195008  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4278  phosphoenolpyruvate carboxylase  100 
 
 		 878 aa  1806    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.419374 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0994  phosphoenolpyruvate carboxylase  54.27 
 
 		 879 aa  947    Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4442  phosphoenolpyruvate carboxylase  56.42 
 
 		 883 aa  971    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3710  phosphoenolpyruvate carboxylase  83.09 
 
 		 889 aa  1504    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0235  phosphoenolpyruvate carboxylase  82.86 
 
 		 889 aa  1503    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.859727 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0261  phosphoenolpyruvate carboxylase  49.04 
 
 		 882 aa  806    Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.132478  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0189  phosphoenolpyruvate carboxylase  81.19 
 
 		 882 aa  1450    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.00000683526  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4447  phosphoenolpyruvate carboxylase  56.32 
 
 		 883 aa  974    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00169419 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16690  phosphoenolpyruvate carboxylase  55.88 
 
 		 878 aa  942    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00045  phosphoenolpyruvate carboxylase  56.54 
 
 		 888 aa  1011    Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1110  phosphoenolpyruvate carboxylase  55.25 
 
 		 875 aa  891    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3906  phosphoenolpyruvate carboxylase  83.31 
 
 		 889 aa  1510    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1451  phosphoenolpyruvate carboxylase  55.77 
 
 		 878 aa  939    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.4068  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0254  phosphoenolpyruvate carboxylase  80.07 
 
 		 887 aa  1451    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.974753  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0226  phosphoenolpyruvate carboxylase  58.3 
 
 		 878 aa  1033    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4403  phosphoenolpyruvate carboxylase  56.42 
 
 		 883 aa  970    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.494951 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2234  phosphoenolpyruvate carboxylase  54.51 
 
 		 881 aa  920    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4060  phosphoenolpyruvate carboxylase  56.42 
 
 		 883 aa  970    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4015  phosphoenolpyruvate carboxylase  83.31 
 
 		 889 aa  1514    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.265986 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2291  phosphoenolpyruvate carboxylase  47.85 
 
 		 883 aa  802    Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4065  phosphoenolpyruvate carboxylase  58.32 
 
 		 879 aa  1008    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3928  phosphoenolpyruvate carboxylase  57.42 
 
 		 879 aa  970    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0190  phosphoenolpyruvate carboxylase  56.88 
 
 		 880 aa  984    Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4783  phosphoenolpyruvate carboxylase  56.59 
 
 		 878 aa  998    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.380349  hitchhiker  0.000642046 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1255  phosphoenolpyruvate carboxylase  54.31 
 
 		 876 aa  917    Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0155098  normal  0.99385 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4125  phosphoenolpyruvate carboxylase  83.2 
 
 		 889 aa  1514    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0200  phosphoenolpyruvate carboxylase  85.88 
 
 		 878 aa  1536    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.611049  normal  0.122744 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03790  hypothetical protein  56.42 
 
 		 883 aa  970    Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_39300  phosphoenolpyruvate carboxylase  56 
 
 		 878 aa  896    Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4030  phosphoenolpyruvate carboxylase  55.98 
 
 		 883 aa  973    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.366538 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3718  phosphoenolpyruvate carboxylase  83.31 
 
 		 889 aa  1511    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.910029  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3360  phosphoenolpyruvate carboxylase  55.98 
 
 		 878 aa  919    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.620961  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2222  phosphoenolpyruvate carboxylase  56.38 
 
 		 887 aa  991    Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000647926  n/a   
 
 
-
 
NC_011678  PHATRDRAFT_27976  predicted protein  40.26 
 
 		 1009 aa  635  1e-180  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.205513  n/a   
 
 
-
 
NC_009366  OSTLU_51006  predicted protein  40.17 
 
 		 1007 aa  635  1e-180  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.381291  normal  0.0264006 
 
 
-
 
NC_011685  PHATRDRAFT_51136  predicted protein  40.55 
 
 		 877 aa  615  1e-175  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0614  phosphoenolpyruvate carboxylase  34.42 
 
 		 954 aa  476  1e-133  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1436  phosphoenolpyruvate carboxylase  35.97 
 
 		 920 aa  477  1e-133  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4237  phosphoenolpyruvate carboxylase  34.96 
 
 		 929 aa  476  1e-133  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.582668  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0994  Phosphoenolpyruvate carboxylase  36.17 
 
 		 892 aa  472  1.0000000000000001e-131  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.43848  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2753  phosphoenolpyruvate carboxylase  34.71 
 
 		 952 aa  469  1.0000000000000001e-131  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1684  phosphoenolpyruvate carboxylase  35.62 
 
 		 929 aa  467  9.999999999999999e-131  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.56004  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2377  phosphoenolpyruvate carboxylase  35.23 
 
 		 938 aa  461  9.999999999999999e-129  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.439412 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0399  Phosphoenolpyruvate carboxylase  35.05 
 
 		 933 aa  461  9.999999999999999e-129  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.917347  normal  0.991386 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_07300  Phosphoenolpyruvate carboxylase  35.59 
 
 		 942 aa  458  1e-127  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0318  phosphoenolpyruvate carboxylase  35.09 
 
 		 926 aa  457  1e-127  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.56738  normal  0.211574 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2928  phosphoenolpyruvate carboxylase  35.33 
 
 		 928 aa  456  1e-127  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.410794  normal  0.863251 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3592  phosphoenolpyruvate carboxylase  34.21 
 
 		 933 aa  455  1.0000000000000001e-126  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.795293 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3418  Phosphoenolpyruvate carboxylase  36.19 
 
 		 881 aa  456  1.0000000000000001e-126  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0742  Phosphoenolpyruvate carboxylase  33.86 
 
 		 937 aa  453  1.0000000000000001e-126  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2572  phosphoenolpyruvate carboxylase  34.66 
 
 		 1001 aa  450  1e-125  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.374778 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2136  Phosphoenolpyruvate carboxylase  35.54 
 
 		 906 aa  448  1.0000000000000001e-124  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04694  phosphoenolpyruvate carboxylase  34.39 
 
 		 896 aa  447  1.0000000000000001e-124  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.510612  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1667  phosphoenolpyruvate carboxylase  34.13 
 
 		 989 aa  448  1.0000000000000001e-124  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2167  phosphoenolpyruvate carboxylase  34.48 
 
 		 1002 aa  447  1.0000000000000001e-124  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.524225  normal  0.617309 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1876  phosphoenolpyruvate carboxylase  34.1 
 
 		 933 aa  446  1.0000000000000001e-124  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.209652 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3372  Phosphoenolpyruvate carboxylase  35.66 
 
 		 954 aa  448  1.0000000000000001e-124  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.16897  normal  0.0169506 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2358  phosphoenolpyruvate carboxylase  35.57 
 
 		 985 aa  443  1e-123  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0606223  normal  0.223721 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2278  phosphoenolpyruvate carboxylase  34.97 
 
 		 928 aa  442  1e-123  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.307465  normal  0.35007 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1819  Phosphoenolpyruvate carboxylase  35.49 
 
 		 923 aa  445  1e-123  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.218615 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2691  phosphoenolpyruvate carboxylase  35.26 
 
 		 937 aa  445  1e-123  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_17821  phosphoenolpyruvate carboxylase  33.61 
 
 		 989 aa  443  1e-123  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0138  phosphoenolpyruvate carboxylase  35.39 
 
 		 932 aa  440  9.999999999999999e-123  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.497432 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1972  phosphoenolpyruvate carboxylase  33.99 
 
 		 936 aa  442  9.999999999999999e-123  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_17661  phosphoenolpyruvate carboxylase  34.06 
 
 		 989 aa  442  9.999999999999999e-123  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1759  phosphoenolpyruvate carboxylase  34.91 
 
 		 918 aa  436  1e-121  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2233  phosphoenolpyruvate carboxylase  35.04 
 
 		 949 aa  438  1e-121  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.380618  normal  0.0228414 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2408  phosphoenolpyruvate carboxylase  33.88 
 
 		 946 aa  436  1e-121  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2448  phosphoenolpyruvate carboxylase  33.88 
 
 		 946 aa  436  1e-121  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>