243 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_3380 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
CP001509  ECD_03841  phosphoenolpyruvate carboxylase  49.83 
 
 		 883 aa  824    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4030  Phosphoenolpyruvate carboxylase  49.83 
 
 		 883 aa  824    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1505  phosphoenolpyruvate carboxylase  50.45 
 
 		 875 aa  788    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4783  phosphoenolpyruvate carboxylase  49.37 
 
 		 878 aa  826    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.380349  hitchhiker  0.000642046 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0274  phosphoenolpyruvate carboxylase  50.79 
 
 		 881 aa  838    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1508  phosphoenolpyruvate carboxylase  51.53 
 
 		 878 aa  815    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3928  phosphoenolpyruvate carboxylase  48.91 
 
 		 879 aa  800    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4065  phosphoenolpyruvate carboxylase  49.08 
 
 		 879 aa  809    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4217  phosphoenolpyruvate carboxylase  50.45 
 
 		 875 aa  789    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.638207  normal  0.736372 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1318  phosphoenolpyruvate carboxylase  51.24 
 
 		 878 aa  812    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0969534  hitchhiker  0.00571873 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00045  phosphoenolpyruvate carboxylase  50.57 
 
 		 888 aa  816    Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4214  phosphoenolpyruvate carboxylase  50.57 
 
 		 889 aa  836    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0225  phosphoenolpyruvate carboxylase  50.17 
 
 		 878 aa  809    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4350  phosphoenolpyruvate carboxylase  48.86 
 
 		 879 aa  803    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1069  phosphoenolpyruvate carboxylase  50.57 
 
 		 876 aa  788    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0757254 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3900  phosphoenolpyruvate carboxylase  49.2 
 
 		 898 aa  800    Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1255  phosphoenolpyruvate carboxylase  51.26 
 
 		 876 aa  851    Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0155098  normal  0.99385 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4278  phosphoenolpyruvate carboxylase  51.65 
 
 		 878 aa  841    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.419374 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4442  phosphoenolpyruvate carboxylase  49.83 
 
 		 883 aa  824    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4015  phosphoenolpyruvate carboxylase  50.57 
 
 		 889 aa  835    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.265986 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_39300  phosphoenolpyruvate carboxylase  51.76 
 
 		 878 aa  803    Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3380  phosphoenolpyruvate carboxylase  100 
 
 		 873 aa  1791    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.0000188284  normal  0.443016 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4091  phosphoenolpyruvate carboxylase  49.2 
 
 		 878 aa  800    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0248  phosphoenolpyruvate carboxylase  51.03 
 
 		 887 aa  825    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1640  phosphoenolpyruvate carboxylase  51.99 
 
 		 883 aa  845    Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  decreased coverage  0.00188681  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4495  phosphoenolpyruvate carboxylase  49.83 
 
 		 883 aa  824    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.305581  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0327  phosphoenolpyruvate carboxylase  51.36 
 
 		 878 aa  852    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.95477 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5416  phosphoenolpyruvate carboxylase  49.83 
 
 		 883 aa  824    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4524  phosphoenolpyruvate carboxylase  49.49 
 
 		 883 aa  821    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000189502 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2754  phosphoenolpyruvate carboxylase  50 
 
 		 876 aa  815    Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0606  phosphoenolpyruvate carboxylase  50.11 
 
 		 872 aa  810    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  decreased coverage  0.00195008  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0994  phosphoenolpyruvate carboxylase  48.74 
 
 		 879 aa  795    Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03790  hypothetical protein  49.83 
 
 		 883 aa  824    Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3710  phosphoenolpyruvate carboxylase  50.74 
 
 		 889 aa  833    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0235  phosphoenolpyruvate carboxylase  50.86 
 
 		 889 aa  838    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.859727 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0261  phosphoenolpyruvate carboxylase  46.92 
 
 		 882 aa  732    Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.132478  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0189  phosphoenolpyruvate carboxylase  50.8 
 
 		 882 aa  819    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.00000683526  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16690  phosphoenolpyruvate carboxylase  53.85 
 
 		 878 aa  856    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4190  phosphoenolpyruvate carboxylase  49.83 
 
 		 883 aa  824    Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3906  phosphoenolpyruvate carboxylase  50.97 
 
 		 889 aa  840    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1451  phosphoenolpyruvate carboxylase  53.96 
 
 		 878 aa  860    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.4068  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0125  phosphoenolpyruvate carboxylase  49.2 
 
 		 878 aa  800    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0254  phosphoenolpyruvate carboxylase  51.08 
 
 		 887 aa  831    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.974753  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0226  phosphoenolpyruvate carboxylase  50.63 
 
 		 878 aa  823    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1110  phosphoenolpyruvate carboxylase  50.45 
 
 		 875 aa  785    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2234  phosphoenolpyruvate carboxylase  53.1 
 
 		 881 aa  884    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4450  phosphoenolpyruvate carboxylase  49.49 
 
 		 883 aa  821    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.0357723 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4447  phosphoenolpyruvate carboxylase  49.49 
 
 		 883 aa  821    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00169419 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0190  phosphoenolpyruvate carboxylase  48.4 
 
 		 880 aa  798    Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2291  phosphoenolpyruvate carboxylase  44.24 
 
 		 883 aa  712    Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4060  phosphoenolpyruvate carboxylase  49.83 
 
 		 883 aa  824    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4403  phosphoenolpyruvate carboxylase  49.83 
 
 		 883 aa  824    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.494951 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4329  phosphoenolpyruvate carboxylase  49.49 
 
 		 883 aa  822    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00742  phosphoenolpyruvate carboxylase  49.2 
 
 		 873 aa  804    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.00719358  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4096  phosphoenolpyruvate carboxylase  50.57 
 
 		 889 aa  835    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4125  phosphoenolpyruvate carboxylase  50.57 
 
 		 889 aa  834    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002310  phosphoenolpyruvate carboxylase  51.26 
 
 		 877 aa  823    Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4360  phosphoenolpyruvate carboxylase  49.49 
 
 		 912 aa  820    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4112  phosphoenolpyruvate carboxylase  50.91 
 
 		 875 aa  791    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.685624  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0200  phosphoenolpyruvate carboxylase  50.85 
 
 		 878 aa  818    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.611049  normal  0.122744 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4030  phosphoenolpyruvate carboxylase  49.03 
 
 		 883 aa  820    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.366538 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3718  phosphoenolpyruvate carboxylase  50.34 
 
 		 889 aa  835    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.910029  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3360  phosphoenolpyruvate carboxylase  52.1 
 
 		 878 aa  823    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.620961  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2222  phosphoenolpyruvate carboxylase  50.23 
 
 		 887 aa  818    Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000647926  n/a   
 
 
-
 
NC_011678  PHATRDRAFT_27976  predicted protein  40.45 
 
 		 1009 aa  620  1e-176  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.205513  n/a   
 
 
-
 
NC_011685  PHATRDRAFT_51136  predicted protein  39.2 
 
 		 877 aa  583  1.0000000000000001e-165  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009366  OSTLU_51006  predicted protein  37.74 
 
 		 1007 aa  544  1e-153  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.381291  normal  0.0264006 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2753  phosphoenolpyruvate carboxylase  35.12 
 
 		 952 aa  492  1e-137  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2377  phosphoenolpyruvate carboxylase  35.37 
 
 		 938 aa  475  1e-132  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.439412 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2136  Phosphoenolpyruvate carboxylase  34.73 
 
 		 906 aa  453  1.0000000000000001e-126  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1436  phosphoenolpyruvate carboxylase  35.82 
 
 		 920 aa  449  1e-125  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2928  phosphoenolpyruvate carboxylase  36.3 
 
 		 928 aa  443  1e-123  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.410794  normal  0.863251 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1684  phosphoenolpyruvate carboxylase  35.82 
 
 		 929 aa  446  1e-123  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.56004  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4237  phosphoenolpyruvate carboxylase  32.82 
 
 		 929 aa  445  1e-123  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.582668  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1819  Phosphoenolpyruvate carboxylase  35.86 
 
 		 923 aa  439  1e-121  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.218615 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1972  phosphoenolpyruvate carboxylase  35.85 
 
 		 936 aa  438  1e-121  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0399  Phosphoenolpyruvate carboxylase  33.91 
 
 		 933 aa  433  1e-120  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.917347  normal  0.991386 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3592  phosphoenolpyruvate carboxylase  35.19 
 
 		 933 aa  433  1e-120  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.795293 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1876  phosphoenolpyruvate carboxylase  35.64 
 
 		 933 aa  432  1e-119  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.209652 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2167  phosphoenolpyruvate carboxylase  34.93 
 
 		 1002 aa  427  1e-118  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.524225  normal  0.617309 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2691  phosphoenolpyruvate carboxylase  34.86 
 
 		 937 aa  429  1e-118  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3372  Phosphoenolpyruvate carboxylase  34.28 
 
 		 954 aa  428  1e-118  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.16897  normal  0.0169506 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2572  phosphoenolpyruvate carboxylase  34.86 
 
 		 1001 aa  428  1e-118  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.374778 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0318  phosphoenolpyruvate carboxylase  35.38 
 
 		 926 aa  425  1e-117  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.56738  normal  0.211574 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2358  phosphoenolpyruvate carboxylase  35.06 
 
 		 985 aa  422  1e-116  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0606223  normal  0.223721 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0998  Phosphoenolpyruvate carboxylase  32.7 
 
 		 938 aa  421  1e-116  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0763  phosphoenolpyruvate carboxylase  34.48 
 
 		 950 aa  421  1e-116  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000509332 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3665  phosphoenolpyruvate carboxylase  33.44 
 
 		 970 aa  417  9.999999999999999e-116  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3091  phosphoenolpyruvate carboxylase  33.4 
 
 		 982 aa  419  9.999999999999999e-116  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.723203  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0699  phosphoenolpyruvate carboxylase  34.87 
 
 		 1006 aa  415  1e-114  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2367  Phosphoenolpyruvate carboxylase  34.05 
 
 		 945 aa  415  1e-114  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0994  Phosphoenolpyruvate carboxylase  34.24 
 
 		 892 aa  415  1e-114  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.43848  normal  1 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1147  phosphoenolpyruvate carboxylase  33.13 
 
 		 994 aa  412  1e-113  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2278  phosphoenolpyruvate carboxylase  34.97 
 
 		 928 aa  412  1e-113  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.307465  normal  0.35007 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2220  phosphoenolpyruvate carboxylase  34.73 
 
 		 1018 aa  410  1e-113  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.0767995 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2691  phosphoenolpyruvate carboxylase  35.08 
 
 		 929 aa  411  1e-113  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_20211  phosphoenolpyruvate carboxylase  32.93 
 
 		 994 aa  412  1e-113  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1759  phosphoenolpyruvate carboxylase  34.9 
 
 		 918 aa  407  1.0000000000000001e-112  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6583  phosphoenolpyruvate carboxylase  33.58 
 
 		 981 aa  407  1.0000000000000001e-112  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.800439  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0614  phosphoenolpyruvate carboxylase  32.84 
 
 		 954 aa  408  1.0000000000000001e-112  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>